# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.001 0.001 0.008 0.035 0.025 0.118 0.002 0.001 0.019 0.784 2 T 0.003 0.001 0.001 0.004 0.010 0.008 0.104 0.001 0.001 0.006 0.862 3 T 0.061 0.022 0.001 0.010 0.015 0.019 0.162 0.040 0.001 0.047 0.624 4 P 0.178 0.079 0.004 0.017 0.004 0.004 0.075 0.004 0.001 0.284 0.351 5 P 0.036 0.504 0.004 0.010 0.005 0.011 0.054 0.009 0.001 0.034 0.334 6 A 0.112 0.570 0.003 0.005 0.005 0.010 0.022 0.007 0.001 0.019 0.246 7 R 0.043 0.535 0.015 0.010 0.010 0.010 0.041 0.011 0.007 0.062 0.257 8 T 0.186 0.504 0.003 0.002 0.005 0.009 0.038 0.016 0.002 0.033 0.202 9 A 0.182 0.477 0.007 0.005 0.003 0.005 0.028 0.017 0.003 0.034 0.239 10 K 0.089 0.276 0.004 0.008 0.008 0.011 0.089 0.004 0.002 0.029 0.480 11 Q 0.017 0.308 0.003 0.011 0.002 0.006 0.074 0.003 0.001 0.029 0.547 12 R 0.014 0.200 0.003 0.006 0.006 0.003 0.049 0.004 0.001 0.495 0.220 13 I 0.030 0.810 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 0.012 0.001 0.062 0.064 14 Q 0.047 0.557 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.242 0.126 15 D 0.007 0.831 0.012 0.002 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.060 0.069 16 T 0.039 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.004 0.033 17 L 0.029 0.751 0.020 0.003 0.001 0.001 0.009 0.019 0.010 0.076 0.082 18 N 0.106 0.607 0.005 0.002 0.001 0.001 0.046 0.006 0.004 0.046 0.178 19 R 0.082 0.386 0.042 0.006 0.001 0.002 0.058 0.027 0.022 0.091 0.283 20 L 0.221 0.320 0.011 0.003 0.001 0.001 0.087 0.018 0.005 0.063 0.269 21 E 0.071 0.102 0.005 0.010 0.001 0.004 0.093 0.003 0.004 0.057 0.649 22 L 0.031 0.227 0.002 0.011 0.002 0.006 0.094 0.004 0.001 0.052 0.570 23 D 0.063 0.039 0.012 0.018 0.008 0.020 0.115 0.007 0.004 0.370 0.344 24 V 0.048 0.221 0.006 0.044 0.020 0.044 0.102 0.007 0.001 0.130 0.375 25 D 0.032 0.023 0.002 0.041 0.027 0.088 0.078 0.001 0.001 0.442 0.265 26 A 0.004 0.049 0.003 0.139 0.097 0.207 0.068 0.002 0.001 0.227 0.205 27 W 0.015 0.016 0.003 0.116 0.114 0.266 0.062 0.005 0.001 0.208 0.192 28 V 0.008 0.014 0.004 0.120 0.207 0.285 0.045 0.002 0.001 0.051 0.265 29 S 0.007 0.003 0.001 0.097 0.160 0.384 0.046 0.001 0.001 0.089 0.213 30 T 0.010 0.002 0.001 0.045 0.191 0.250 0.071 0.001 0.001 0.114 0.315 31 A 0.001 0.002 0.002 0.116 0.132 0.209 0.117 0.001 0.003 0.023 0.393 32 G 0.474 0.009 0.006 0.020 0.049 0.065 0.060 0.009 0.009 0.070 0.227 33 A 0.248 0.008 0.003 0.019 0.008 0.013 0.065 0.012 0.002 0.133 0.489 34 D 0.077 0.003 0.001 0.005 0.003 0.011 0.086 0.002 0.001 0.035 0.778 35 G 0.016 0.004 0.002 0.030 0.029 0.066 0.127 0.001 0.001 0.035 0.688 36 G 0.025 0.004 0.001 0.011 0.052 0.051 0.135 0.002 0.001 0.052 0.667 37 A 0.036 0.001 0.001 0.015 0.122 0.091 0.113 0.011 0.001 0.067 0.542 38 P 0.034 0.001 0.001 0.019 0.035 0.072 0.149 0.001 0.001 0.038 0.649 39 Y 0.006 0.001 0.001 0.039 0.125 0.320 0.095 0.001 0.001 0.038 0.374 40 L 0.004 0.001 0.001 0.061 0.087 0.172 0.114 0.001 0.001 0.053 0.507 41 V 0.001 0.001 0.001 0.084 0.321 0.410 0.044 0.001 0.001 0.047 0.093 42 P 0.001 0.001 0.001 0.111 0.160 0.405 0.038 0.001 0.001 0.067 0.216 43 L 0.001 0.001 0.001 0.062 0.304 0.539 0.009 0.001 0.001 0.023 0.061 44 S 0.001 0.001 0.001 0.131 0.209 0.486 0.016 0.001 0.001 0.039 0.117 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.101 0.372 0.409 0.014 0.001 0.001 0.053 0.049 46 L 0.004 0.001 0.001 0.132 0.243 0.399 0.026 0.001 0.001 0.052 0.141 47 W 0.350 0.001 0.002 0.036 0.072 0.146 0.058 0.003 0.004 0.083 0.246 48 D 0.149 0.001 0.001 0.016 0.009 0.017 0.084 0.003 0.002 0.060 0.660 49 G 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.107 0.001 0.001 0.010 0.863 50 E 0.001 0.001 0.001 0.023 0.185 0.250 0.142 0.002 0.001 0.035 0.363 51 T 0.001 0.001 0.001 0.102 0.190 0.380 0.039 0.001 0.001 0.127 0.161 52 F 0.001 0.001 0.001 0.159 0.266 0.379 0.013 0.001 0.001 0.048 0.134 53 L 0.001 0.001 0.001 0.098 0.360 0.418 0.010 0.001 0.001 0.023 0.090 54 V 0.001 0.001 0.001 0.089 0.373 0.355 0.017 0.001 0.001 0.036 0.128 55 A 0.006 0.001 0.001 0.153 0.208 0.253 0.055 0.002 0.001 0.074 0.247 56 T 0.236 0.003 0.001 0.057 0.082 0.106 0.086 0.013 0.002 0.120 0.293 57 P 0.228 0.002 0.001 0.024 0.015 0.025 0.090 0.002 0.001 0.056 0.555 58 A 0.018 0.001 0.001 0.020 0.018 0.033 0.100 0.001 0.001 0.029 0.779 59 A 0.018 0.014 0.001 0.015 0.027 0.031 0.122 0.003 0.001 0.029 0.742 60 S 0.117 0.056 0.002 0.009 0.047 0.032 0.131 0.025 0.001 0.055 0.524 61 P 0.094 0.064 0.003 0.015 0.029 0.037 0.133 0.018 0.001 0.056 0.550 62 T 0.097 0.183 0.002 0.023 0.032 0.087 0.102 0.009 0.001 0.056 0.409 63 G 0.079 0.083 0.008 0.055 0.041 0.092 0.090 0.006 0.002 0.122 0.422 64 R 0.022 0.080 0.007 0.075 0.095 0.133 0.111 0.006 0.002 0.080 0.390 65 N 0.081 0.045 0.005 0.055 0.077 0.121 0.097 0.009 0.003 0.120 0.386 66 L 0.100 0.009 0.006 0.066 0.079 0.090 0.108 0.004 0.003 0.112 0.423 67 S 0.038 0.003 0.002 0.044 0.052 0.120 0.144 0.002 0.002 0.048 0.545 68 E 0.037 0.003 0.002 0.040 0.029 0.077 0.143 0.004 0.001 0.047 0.616 69 T 0.061 0.003 0.003 0.042 0.040 0.063 0.183 0.005 0.002 0.103 0.496 70 G 0.013 0.004 0.001 0.093 0.057 0.120 0.144 0.003 0.001 0.079 0.486 71 R 0.004 0.002 0.001 0.107 0.070 0.145 0.106 0.001 0.001 0.077 0.488 72 V 0.001 0.001 0.001 0.263 0.218 0.276 0.035 0.001 0.001 0.085 0.120 73 R 0.002 0.001 0.001 0.229 0.136 0.386 0.026 0.001 0.001 0.088 0.130 74 L 0.002 0.001 0.001 0.279 0.246 0.262 0.024 0.001 0.001 0.040 0.147 75 G 0.001 0.001 0.001 0.166 0.213 0.399 0.036 0.001 0.001 0.043 0.140 76 I 0.002 0.001 0.001 0.116 0.098 0.181 0.092 0.001 0.001 0.040 0.468 77 G 0.169 0.001 0.004 0.041 0.058 0.078 0.104 0.007 0.009 0.076 0.453 78 P 0.253 0.001 0.004 0.010 0.004 0.006 0.082 0.003 0.003 0.112 0.522 79 T 0.021 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 0.107 0.001 0.001 0.030 0.816 80 R 0.009 0.001 0.001 0.011 0.027 0.057 0.130 0.001 0.001 0.037 0.727 81 D 0.001 0.001 0.001 0.020 0.190 0.382 0.083 0.001 0.001 0.072 0.251 82 L 0.001 0.001 0.001 0.034 0.161 0.495 0.034 0.001 0.001 0.072 0.203 83 V 0.001 0.001 0.001 0.040 0.367 0.495 0.010 0.001 0.001 0.024 0.063 84 L 0.001 0.001 0.001 0.040 0.315 0.551 0.008 0.001 0.001 0.031 0.055 85 V 0.001 0.001 0.001 0.042 0.418 0.480 0.004 0.001 0.001 0.031 0.026 86 E 0.003 0.001 0.001 0.048 0.318 0.505 0.014 0.001 0.001 0.040 0.073 87 G 0.002 0.001 0.001 0.034 0.413 0.464 0.013 0.001 0.001 0.019 0.056 88 T 0.002 0.001 0.001 0.053 0.294 0.519 0.022 0.001 0.001 0.029 0.081 89 A 0.004 0.001 0.001 0.128 0.247 0.296 0.056 0.001 0.001 0.026 0.241 90 L 0.018 0.001 0.001 0.082 0.305 0.336 0.056 0.001 0.001 0.044 0.156 91 P 0.006 0.001 0.001 0.051 0.079 0.120 0.099 0.001 0.001 0.029 0.614 92 L 0.007 0.003 0.002 0.038 0.046 0.067 0.137 0.004 0.002 0.030 0.665 93 E 0.272 0.071 0.003 0.017 0.011 0.011 0.098 0.035 0.003 0.102 0.377 94 P 0.500 0.062 0.002 0.006 0.001 0.002 0.054 0.004 0.001 0.074 0.293 95 A 0.037 0.045 0.002 0.010 0.005 0.010 0.085 0.002 0.001 0.062 0.740 96 G 0.031 0.206 0.002 0.008 0.007 0.012 0.091 0.003 0.001 0.050 0.591 97 L 0.039 0.813 0.001 0.002 0.005 0.003 0.021 0.010 0.001 0.020 0.085 98 P 0.041 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.009 0.066 99 D 0.041 0.788 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.005 0.001 0.056 0.089 100 G 0.014 0.116 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.802 0.045 101 V 0.010 0.796 0.007 0.002 0.001 0.001 0.016 0.007 0.002 0.093 0.064 102 G 0.013 0.917 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.004 0.047 103 D 0.012 0.896 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.009 0.066 104 T 0.039 0.796 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.002 0.029 0.101 105 F 0.102 0.370 0.043 0.004 0.001 0.002 0.025 0.027 0.019 0.279 0.128 106 A 0.111 0.102 0.146 0.007 0.001 0.003 0.070 0.012 0.111 0.186 0.252 107 E 0.226 0.029 0.011 0.006 0.002 0.003 0.093 0.007 0.007 0.047 0.570 108 K 0.116 0.011 0.001 0.008 0.002 0.003 0.083 0.004 0.001 0.041 0.729 109 T 0.027 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.111 0.002 0.001 0.026 0.819 110 G 0.007 0.003 0.001 0.010 0.003 0.013 0.107 0.002 0.001 0.020 0.834 111 F 0.057 0.007 0.002 0.006 0.006 0.009 0.096 0.005 0.001 0.031 0.780 112 D 0.281 0.016 0.001 0.010 0.007 0.011 0.080 0.013 0.001 0.079 0.500 113 P 0.085 0.008 0.001 0.012 0.004 0.010 0.095 0.003 0.001 0.048 0.734 114 R 0.036 0.003 0.001 0.024 0.011 0.025 0.110 0.001 0.001 0.047 0.741 115 R 0.019 0.001 0.001 0.022 0.023 0.031 0.132 0.001 0.001 0.041 0.727 116 L 0.047 0.001 0.001 0.014 0.021 0.030 0.150 0.004 0.001 0.046 0.685 117 T 0.137 0.002 0.001 0.013 0.012 0.018 0.157 0.005 0.001 0.064 0.590 118 T 0.015 0.001 0.001 0.015 0.015 0.035 0.190 0.002 0.001 0.041 0.685 119 S 0.003 0.001 0.001 0.058 0.079 0.242 0.143 0.001 0.001 0.048 0.426 120 Y 0.001 0.001 0.001 0.098 0.157 0.356 0.058 0.001 0.001 0.066 0.264 121 L 0.001 0.001 0.001 0.106 0.325 0.443 0.014 0.001 0.001 0.048 0.063 122 Y 0.001 0.001 0.001 0.097 0.285 0.477 0.011 0.001 0.001 0.033 0.096 123 F 0.001 0.001 0.001 0.106 0.408 0.382 0.008 0.001 0.001 0.030 0.067 124 R 0.001 0.001 0.001 0.081 0.353 0.412 0.017 0.001 0.001 0.041 0.093 125 I 0.003 0.001 0.001 0.077 0.293 0.288 0.042 0.001 0.001 0.029 0.266 126 S 0.192 0.007 0.002 0.046 0.213 0.181 0.061 0.012 0.003 0.069 0.214 127 P 0.201 0.024 0.003 0.035 0.020 0.030 0.096 0.007 0.002 0.058 0.523 128 R 0.049 0.019 0.002 0.031 0.047 0.087 0.097 0.009 0.001 0.033 0.624 129 R 0.045 0.042 0.002 0.058 0.092 0.143 0.097 0.005 0.001 0.042 0.473 130 V 0.038 0.033 0.003 0.045 0.133 0.140 0.097 0.004 0.001 0.043 0.463 131 Q 0.056 0.054 0.003 0.071 0.153 0.163 0.082 0.009 0.002 0.055 0.352 132 A 0.091 0.044 0.003 0.036 0.053 0.092 0.105 0.006 0.002 0.042 0.527 133 W 0.089 0.041 0.004 0.043 0.070 0.124 0.104 0.006 0.003 0.052 0.463 134 R 0.049 0.042 0.006 0.029 0.028 0.064 0.101 0.003 0.003 0.032 0.642 135 E 0.114 0.107 0.006 0.016 0.024 0.035 0.079 0.012 0.003 0.035 0.569 136 A 0.280 0.096 0.003 0.008 0.020 0.018 0.064 0.010 0.001 0.049 0.451 137 N 0.062 0.057 0.004 0.016 0.024 0.038 0.112 0.005 0.002 0.042 0.639 138 E 0.061 0.141 0.004 0.018 0.034 0.060 0.096 0.006 0.001 0.030 0.549 139 L 0.222 0.132 0.004 0.015 0.063 0.049 0.078 0.009 0.001 0.037 0.390 140 S 0.043 0.179 0.002 0.024 0.063 0.092 0.114 0.009 0.001 0.023 0.451 141 G 0.077 0.237 0.003 0.019 0.041 0.094 0.070 0.012 0.001 0.027 0.420 142 R 0.087 0.165 0.002 0.024 0.140 0.158 0.058 0.011 0.001 0.048 0.307 143 E 0.018 0.120 0.004 0.026 0.121 0.291 0.067 0.002 0.002 0.037 0.313 144 L 0.030 0.068 0.062 0.031 0.137 0.187 0.062 0.004 0.021 0.054 0.344 145 M 0.314 0.024 0.013 0.014 0.082 0.078 0.045 0.017 0.009 0.060 0.344 146 R 0.501 0.014 0.001 0.005 0.014 0.022 0.039 0.007 0.001 0.040 0.357 147 D 0.020 0.008 0.001 0.013 0.004 0.015 0.067 0.001 0.001 0.015 0.855 148 G 0.010 0.009 0.001 0.013 0.026 0.045 0.083 0.004 0.001 0.024 0.785 149 E 0.014 0.004 0.001 0.025 0.231 0.151 0.091 0.003 0.001 0.046 0.434 150 W 0.008 0.004 0.001 0.065 0.099 0.126 0.081 0.001 0.001 0.041 0.573 151 L 0.024 0.008 0.002 0.085 0.117 0.108 0.103 0.002 0.001 0.057 0.495 152 V 0.056 0.010 0.002 0.053 0.047 0.050 0.143 0.006 0.001 0.051 0.583 153 T 0.083 0.013 0.002 0.030 0.019 0.029 0.109 0.007 0.001 0.049 0.659 154 D 0.072 0.011 0.002 0.025 0.013 0.025 0.107 0.008 0.001 0.044 0.692