# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.146 0.024 0.020 0.016 0.006 0.010 0.026 0.008 0.001 0.003 0.741 2 T 0.053 0.003 0.011 0.012 0.005 0.009 0.067 0.004 0.001 0.002 0.834 3 T 0.048 0.001 0.019 0.019 0.002 0.005 0.037 0.001 0.001 0.003 0.865 4 P 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.940 5 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.984 6 A 0.023 0.003 0.001 0.039 0.004 0.014 0.421 0.001 0.001 0.006 0.491 7 R 0.389 0.022 0.001 0.025 0.003 0.006 0.191 0.001 0.001 0.011 0.351 8 T 0.241 0.360 0.001 0.040 0.006 0.009 0.055 0.002 0.001 0.003 0.284 9 A 0.086 0.472 0.003 0.025 0.009 0.014 0.063 0.002 0.001 0.003 0.324 10 K 0.075 0.491 0.002 0.008 0.003 0.006 0.067 0.006 0.001 0.003 0.339 11 Q 0.150 0.570 0.006 0.004 0.003 0.005 0.054 0.019 0.001 0.003 0.186 12 R 0.243 0.580 0.018 0.004 0.002 0.003 0.039 0.018 0.001 0.003 0.090 13 I 0.100 0.659 0.020 0.006 0.002 0.005 0.027 0.014 0.001 0.002 0.166 14 Q 0.015 0.346 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.615 15 D 0.034 0.416 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.004 0.001 0.001 0.471 16 T 0.032 0.781 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.012 0.001 0.001 0.103 17 L 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.028 18 N 0.012 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.018 19 R 0.020 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 20 L 0.035 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 21 E 0.043 0.882 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.042 22 L 0.110 0.716 0.014 0.001 0.001 0.003 0.004 0.051 0.001 0.001 0.099 23 D 0.307 0.390 0.015 0.005 0.004 0.003 0.005 0.074 0.001 0.001 0.196 24 V 0.189 0.194 0.066 0.037 0.021 0.016 0.030 0.030 0.001 0.005 0.412 25 D 0.063 0.061 0.086 0.113 0.070 0.116 0.097 0.016 0.001 0.005 0.374 26 A 0.035 0.022 0.013 0.494 0.150 0.203 0.025 0.002 0.001 0.002 0.055 27 W 0.006 0.017 0.003 0.410 0.168 0.241 0.034 0.001 0.001 0.001 0.119 28 V 0.001 0.004 0.001 0.495 0.231 0.223 0.007 0.001 0.001 0.001 0.036 29 S 0.001 0.004 0.001 0.435 0.175 0.303 0.020 0.001 0.001 0.001 0.060 30 T 0.008 0.003 0.001 0.179 0.287 0.381 0.028 0.001 0.001 0.003 0.110 31 A 0.007 0.002 0.003 0.155 0.213 0.359 0.043 0.001 0.001 0.004 0.213 32 G 0.006 0.001 0.001 0.062 0.223 0.308 0.173 0.001 0.001 0.006 0.219 33 A 0.006 0.001 0.002 0.028 0.026 0.026 0.057 0.001 0.001 0.004 0.849 34 D 0.012 0.002 0.001 0.013 0.015 0.023 0.462 0.001 0.001 0.011 0.461 35 G 0.579 0.003 0.001 0.007 0.005 0.006 0.140 0.001 0.001 0.063 0.196 36 G 0.403 0.027 0.007 0.012 0.009 0.010 0.237 0.001 0.001 0.027 0.266 37 A 0.117 0.015 0.014 0.038 0.045 0.067 0.277 0.001 0.001 0.010 0.416 38 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.964 39 Y 0.011 0.001 0.001 0.035 0.163 0.349 0.096 0.001 0.001 0.003 0.340 40 L 0.075 0.003 0.002 0.019 0.074 0.248 0.045 0.001 0.001 0.007 0.526 41 V 0.015 0.003 0.001 0.107 0.317 0.385 0.037 0.001 0.001 0.001 0.133 42 P 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.937 43 L 0.003 0.001 0.001 0.323 0.177 0.329 0.035 0.001 0.001 0.001 0.131 44 S 0.034 0.002 0.001 0.147 0.143 0.231 0.049 0.001 0.001 0.006 0.386 45 Y 0.014 0.004 0.001 0.093 0.300 0.296 0.025 0.001 0.001 0.002 0.265 46 L 0.009 0.001 0.001 0.094 0.277 0.386 0.037 0.001 0.001 0.003 0.191 47 W 0.009 0.002 0.001 0.066 0.249 0.346 0.099 0.001 0.001 0.004 0.223 48 D 0.008 0.002 0.001 0.017 0.082 0.109 0.144 0.001 0.001 0.007 0.629 49 G 0.032 0.001 0.001 0.007 0.019 0.023 0.175 0.001 0.001 0.028 0.713 50 E 0.422 0.001 0.005 0.014 0.018 0.014 0.200 0.001 0.001 0.093 0.232 51 T 0.198 0.001 0.028 0.035 0.057 0.042 0.261 0.001 0.001 0.038 0.339 52 F 0.009 0.001 0.009 0.175 0.296 0.292 0.098 0.001 0.001 0.003 0.118 53 L 0.001 0.001 0.001 0.182 0.240 0.494 0.032 0.001 0.001 0.001 0.051 54 V 0.001 0.001 0.001 0.177 0.295 0.439 0.012 0.001 0.001 0.001 0.077 55 A 0.001 0.001 0.001 0.149 0.231 0.497 0.023 0.001 0.001 0.001 0.098 56 T 0.003 0.001 0.001 0.167 0.214 0.287 0.077 0.001 0.001 0.002 0.250 57 P 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 0.013 0.016 0.001 0.001 0.001 0.938 58 A 0.003 0.001 0.001 0.057 0.024 0.105 0.273 0.001 0.001 0.007 0.531 59 A 0.251 0.002 0.001 0.019 0.011 0.020 0.121 0.001 0.001 0.033 0.542 60 S 0.345 0.027 0.001 0.013 0.006 0.010 0.103 0.001 0.001 0.007 0.486 61 P 0.021 0.005 0.002 0.004 0.003 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.944 62 T 0.046 0.025 0.001 0.018 0.020 0.041 0.296 0.001 0.001 0.007 0.546 63 G 0.162 0.110 0.005 0.015 0.030 0.096 0.133 0.002 0.001 0.010 0.438 64 R 0.046 0.377 0.002 0.037 0.108 0.163 0.046 0.004 0.001 0.003 0.216 65 N 0.081 0.228 0.002 0.010 0.051 0.062 0.079 0.005 0.001 0.004 0.477 66 L 0.155 0.384 0.006 0.038 0.075 0.081 0.027 0.011 0.001 0.003 0.220 67 S 0.058 0.388 0.005 0.045 0.088 0.127 0.084 0.029 0.001 0.008 0.168 68 E 0.159 0.250 0.009 0.017 0.056 0.062 0.131 0.045 0.001 0.015 0.255 69 T 0.487 0.120 0.011 0.020 0.024 0.037 0.089 0.054 0.001 0.020 0.137 70 G 0.123 0.013 0.108 0.017 0.014 0.010 0.057 0.007 0.001 0.014 0.638 71 R 0.028 0.002 0.052 0.065 0.060 0.070 0.332 0.001 0.001 0.014 0.377 72 V 0.059 0.001 0.032 0.201 0.177 0.246 0.091 0.001 0.001 0.012 0.179 73 R 0.003 0.001 0.001 0.469 0.216 0.242 0.024 0.001 0.001 0.001 0.043 74 L 0.001 0.001 0.001 0.218 0.216 0.332 0.024 0.001 0.001 0.001 0.208 75 G 0.002 0.001 0.001 0.356 0.237 0.344 0.009 0.001 0.001 0.001 0.050 76 I 0.003 0.001 0.001 0.171 0.135 0.274 0.036 0.001 0.001 0.002 0.379 77 G 0.003 0.001 0.001 0.089 0.283 0.373 0.039 0.001 0.001 0.003 0.208 78 P 0.001 0.001 0.001 0.019 0.036 0.061 0.031 0.001 0.001 0.002 0.850 79 T 0.005 0.001 0.001 0.018 0.050 0.081 0.117 0.001 0.001 0.005 0.724 80 R 0.111 0.001 0.001 0.011 0.020 0.031 0.096 0.001 0.001 0.032 0.695 81 D 0.239 0.003 0.002 0.019 0.046 0.035 0.184 0.001 0.001 0.024 0.447 82 L 0.176 0.002 0.010 0.047 0.070 0.084 0.142 0.001 0.001 0.020 0.448 83 V 0.017 0.001 0.004 0.147 0.331 0.318 0.070 0.001 0.001 0.003 0.107 84 L 0.002 0.001 0.001 0.102 0.306 0.427 0.038 0.001 0.001 0.001 0.123 85 V 0.001 0.001 0.001 0.091 0.324 0.489 0.013 0.001 0.001 0.001 0.082 86 E 0.001 0.001 0.001 0.148 0.231 0.461 0.029 0.001 0.001 0.001 0.129 87 G 0.003 0.001 0.001 0.106 0.208 0.404 0.048 0.001 0.001 0.004 0.225 88 T 0.009 0.001 0.001 0.132 0.135 0.217 0.084 0.001 0.001 0.009 0.413 89 A 0.017 0.001 0.002 0.122 0.146 0.242 0.083 0.001 0.001 0.012 0.374 90 L 0.014 0.001 0.001 0.103 0.218 0.228 0.105 0.001 0.001 0.005 0.323 91 P 0.002 0.001 0.001 0.010 0.018 0.027 0.012 0.001 0.001 0.001 0.929 92 L 0.007 0.001 0.001 0.052 0.121 0.306 0.067 0.001 0.001 0.003 0.442 93 E 0.025 0.001 0.001 0.025 0.045 0.110 0.071 0.001 0.001 0.004 0.718 94 P 0.009 0.001 0.001 0.010 0.013 0.024 0.031 0.001 0.001 0.001 0.910 95 A 0.015 0.001 0.001 0.011 0.004 0.012 0.064 0.001 0.001 0.002 0.892 96 G 0.176 0.002 0.001 0.016 0.006 0.009 0.123 0.001 0.001 0.010 0.657 97 L 0.369 0.011 0.004 0.007 0.005 0.008 0.136 0.001 0.001 0.006 0.453 98 P 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.962 99 D 0.018 0.018 0.001 0.008 0.004 0.010 0.130 0.001 0.001 0.003 0.809 100 G 0.110 0.058 0.001 0.003 0.004 0.006 0.227 0.001 0.001 0.006 0.584 101 V 0.140 0.540 0.002 0.008 0.007 0.014 0.083 0.002 0.001 0.003 0.200 102 G 0.034 0.800 0.002 0.008 0.005 0.019 0.024 0.003 0.001 0.001 0.103 103 D 0.033 0.799 0.001 0.002 0.001 0.003 0.011 0.005 0.001 0.001 0.144 104 T 0.045 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.099 105 F 0.039 0.884 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.054 106 A 0.030 0.873 0.005 0.002 0.003 0.005 0.011 0.007 0.001 0.001 0.063 107 E 0.039 0.861 0.003 0.002 0.003 0.006 0.006 0.014 0.001 0.001 0.064 108 K 0.174 0.731 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.070 109 T 0.248 0.461 0.010 0.006 0.005 0.004 0.010 0.135 0.001 0.001 0.120 110 G 0.327 0.069 0.052 0.011 0.004 0.004 0.023 0.110 0.001 0.005 0.396 111 F 0.077 0.013 0.334 0.026 0.003 0.006 0.055 0.010 0.001 0.004 0.472 112 D 0.043 0.002 0.007 0.025 0.006 0.006 0.161 0.003 0.001 0.001 0.747 113 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 114 R 0.008 0.001 0.001 0.017 0.007 0.016 0.413 0.001 0.001 0.004 0.534 115 R 0.637 0.001 0.001 0.014 0.005 0.011 0.068 0.001 0.001 0.021 0.242 116 L 0.244 0.056 0.001 0.075 0.023 0.032 0.075 0.003 0.001 0.004 0.486 117 T 0.159 0.022 0.001 0.037 0.035 0.030 0.091 0.002 0.001 0.007 0.615 118 T 0.095 0.011 0.002 0.024 0.015 0.016 0.060 0.002 0.001 0.008 0.768 119 S 0.124 0.007 0.004 0.037 0.037 0.051 0.350 0.004 0.001 0.023 0.363 120 Y 0.351 0.005 0.030 0.060 0.043 0.060 0.144 0.002 0.001 0.036 0.270 121 L 0.024 0.003 0.008 0.279 0.292 0.205 0.098 0.001 0.001 0.005 0.085 122 Y 0.004 0.001 0.004 0.283 0.168 0.231 0.061 0.001 0.001 0.002 0.245 123 F 0.001 0.001 0.001 0.381 0.259 0.317 0.011 0.001 0.001 0.001 0.030 124 R 0.001 0.001 0.001 0.283 0.185 0.327 0.029 0.001 0.001 0.001 0.173 125 I 0.001 0.001 0.001 0.258 0.194 0.420 0.024 0.001 0.001 0.002 0.100 126 S 0.002 0.001 0.001 0.261 0.203 0.318 0.069 0.001 0.001 0.002 0.145 127 P 0.001 0.001 0.001 0.022 0.012 0.025 0.011 0.001 0.001 0.001 0.928 128 R 0.004 0.001 0.001 0.115 0.101 0.264 0.177 0.001 0.001 0.009 0.329 129 R 0.139 0.006 0.001 0.028 0.033 0.058 0.110 0.001 0.001 0.018 0.608 130 V 0.141 0.081 0.002 0.065 0.091 0.119 0.060 0.002 0.001 0.006 0.433 131 Q 0.048 0.069 0.003 0.073 0.131 0.268 0.078 0.001 0.001 0.005 0.322 132 A 0.065 0.087 0.003 0.032 0.070 0.122 0.052 0.003 0.001 0.003 0.563 133 W 0.095 0.136 0.007 0.036 0.096 0.174 0.054 0.005 0.001 0.004 0.393 134 R 0.044 0.084 0.007 0.022 0.061 0.123 0.080 0.004 0.001 0.004 0.571 135 E 0.051 0.071 0.006 0.019 0.052 0.089 0.114 0.004 0.001 0.006 0.587 136 A 0.121 0.090 0.007 0.019 0.032 0.059 0.134 0.006 0.001 0.009 0.523 137 N 0.110 0.079 0.005 0.012 0.024 0.024 0.106 0.006 0.001 0.007 0.628 138 E 0.183 0.094 0.008 0.007 0.014 0.017 0.171 0.005 0.001 0.013 0.489 139 L 0.218 0.151 0.019 0.012 0.022 0.034 0.134 0.005 0.001 0.014 0.392 140 S 0.088 0.171 0.012 0.023 0.042 0.065 0.148 0.006 0.001 0.010 0.435 141 G 0.094 0.089 0.008 0.016 0.038 0.058 0.099 0.007 0.001 0.010 0.583 142 R 0.140 0.116 0.020 0.022 0.038 0.072 0.061 0.004 0.001 0.009 0.518 143 E 0.049 0.063 0.005 0.027 0.116 0.113 0.121 0.007 0.001 0.005 0.494 144 L 0.099 0.067 0.007 0.038 0.133 0.203 0.065 0.005 0.001 0.006 0.375 145 M 0.058 0.118 0.004 0.072 0.190 0.317 0.055 0.006 0.001 0.004 0.177 146 R 0.067 0.117 0.003 0.039 0.098 0.130 0.088 0.007 0.001 0.005 0.446 147 D 0.103 0.074 0.004 0.022 0.045 0.075 0.122 0.009 0.001 0.012 0.534 148 G 0.275 0.048 0.016 0.025 0.030 0.037 0.177 0.012 0.001 0.043 0.337 149 E 0.246 0.040 0.045 0.023 0.027 0.029 0.262 0.005 0.001 0.036 0.289 150 W 0.064 0.029 0.030 0.032 0.070 0.082 0.177 0.002 0.001 0.010 0.503 151 L 0.031 0.021 0.007 0.052 0.146 0.245 0.103 0.001 0.001 0.004 0.390 152 V 0.018 0.018 0.002 0.040 0.181 0.350 0.073 0.001 0.001 0.003 0.313 153 T 0.017 0.022 0.001 0.033 0.190 0.342 0.077 0.001 0.001 0.003 0.313 154 D 0.034 0.028 0.001 0.022 0.073 0.125 0.141 0.002 0.001 0.007 0.567