# TARGET T0370 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.011 0.046 0.024 0.041 0.083 0.011 0.712 2 T 0.078 0.014 0.041 0.021 0.046 0.145 0.020 0.635 3 T 0.092 0.013 0.032 0.020 0.029 0.099 0.013 0.703 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 6 A 0.035 0.010 0.015 0.017 0.039 0.159 0.003 0.723 7 R 0.223 0.062 0.019 0.012 0.019 0.098 0.006 0.560 8 T 0.169 0.319 0.019 0.017 0.029 0.058 0.004 0.385 9 A 0.183 0.321 0.032 0.010 0.032 0.069 0.007 0.345 10 K 0.141 0.331 0.012 0.008 0.016 0.134 0.017 0.341 11 Q 0.237 0.370 0.010 0.008 0.010 0.104 0.028 0.232 12 R 0.157 0.566 0.007 0.005 0.006 0.055 0.017 0.187 13 I 0.097 0.410 0.031 0.006 0.019 0.060 0.021 0.356 14 Q 0.025 0.255 0.012 0.003 0.010 0.062 0.006 0.627 15 D 0.032 0.210 0.003 0.001 0.003 0.100 0.005 0.645 16 T 0.037 0.672 0.003 0.001 0.003 0.039 0.004 0.242 17 L 0.007 0.921 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.060 18 N 0.009 0.924 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.055 19 R 0.033 0.897 0.004 0.001 0.002 0.003 0.008 0.053 20 L 0.038 0.916 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.030 21 E 0.084 0.729 0.012 0.005 0.007 0.028 0.029 0.106 22 L 0.211 0.515 0.017 0.006 0.005 0.026 0.044 0.175 23 D 0.246 0.328 0.030 0.008 0.007 0.033 0.066 0.282 24 V 0.110 0.144 0.082 0.018 0.014 0.077 0.055 0.500 25 D 0.043 0.121 0.212 0.044 0.038 0.157 0.027 0.358 26 A 0.057 0.100 0.304 0.133 0.138 0.111 0.017 0.140 27 W 0.054 0.061 0.235 0.149 0.275 0.091 0.008 0.128 28 V 0.013 0.036 0.225 0.309 0.331 0.032 0.004 0.050 29 S 0.016 0.022 0.137 0.386 0.376 0.025 0.004 0.035 30 T 0.008 0.013 0.054 0.449 0.353 0.017 0.005 0.101 31 A 0.011 0.006 0.074 0.263 0.437 0.025 0.003 0.180 32 G 0.010 0.005 0.028 0.212 0.398 0.085 0.004 0.257 33 A 0.020 0.006 0.016 0.055 0.139 0.095 0.008 0.660 34 D 0.031 0.013 0.011 0.029 0.033 0.152 0.012 0.719 35 G 0.153 0.013 0.014 0.025 0.021 0.146 0.087 0.541 36 G 0.276 0.019 0.054 0.040 0.028 0.112 0.112 0.359 37 A 0.100 0.003 0.097 0.042 0.064 0.179 0.009 0.507 38 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.992 39 Y 0.021 0.001 0.066 0.147 0.489 0.093 0.004 0.178 40 L 0.058 0.002 0.083 0.096 0.166 0.044 0.005 0.545 41 V 0.008 0.001 0.151 0.446 0.292 0.015 0.001 0.086 42 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 43 L 0.003 0.001 0.238 0.145 0.526 0.029 0.001 0.058 44 S 0.019 0.001 0.123 0.301 0.267 0.048 0.002 0.238 45 Y 0.014 0.001 0.138 0.212 0.378 0.033 0.003 0.220 46 L 0.021 0.002 0.225 0.226 0.266 0.055 0.002 0.203 47 W 0.016 0.002 0.094 0.227 0.260 0.100 0.005 0.296 48 D 0.013 0.002 0.049 0.109 0.244 0.112 0.008 0.464 49 G 0.029 0.002 0.038 0.057 0.091 0.135 0.029 0.621 50 E 0.114 0.001 0.019 0.028 0.029 0.554 0.020 0.236 51 T 0.094 0.002 0.069 0.090 0.085 0.257 0.015 0.389 52 F 0.030 0.002 0.154 0.272 0.394 0.083 0.002 0.063 53 L 0.004 0.001 0.213 0.306 0.385 0.020 0.001 0.070 54 V 0.002 0.001 0.145 0.326 0.482 0.007 0.001 0.036 55 A 0.002 0.001 0.174 0.217 0.524 0.011 0.001 0.070 56 T 0.003 0.001 0.105 0.294 0.417 0.035 0.001 0.142 57 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.989 58 A 0.008 0.001 0.014 0.020 0.095 0.290 0.003 0.570 59 A 0.173 0.003 0.006 0.004 0.008 0.267 0.021 0.517 60 S 0.371 0.025 0.010 0.010 0.011 0.099 0.009 0.466 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 62 T 0.013 0.010 0.006 0.008 0.020 0.384 0.003 0.557 63 G 0.295 0.093 0.020 0.012 0.030 0.143 0.013 0.393 64 R 0.093 0.523 0.028 0.029 0.041 0.068 0.004 0.213 65 N 0.036 0.478 0.018 0.022 0.037 0.058 0.006 0.347 66 L 0.090 0.561 0.024 0.020 0.064 0.030 0.009 0.201 67 S 0.053 0.666 0.009 0.025 0.049 0.059 0.013 0.127 68 E 0.233 0.364 0.010 0.019 0.030 0.067 0.088 0.189 69 T 0.330 0.312 0.022 0.021 0.016 0.030 0.101 0.167 70 G 0.135 0.114 0.076 0.055 0.026 0.034 0.126 0.435 71 R 0.106 0.015 0.162 0.061 0.097 0.225 0.028 0.306 72 V 0.061 0.011 0.188 0.181 0.253 0.094 0.010 0.202 73 R 0.038 0.006 0.213 0.241 0.412 0.042 0.002 0.045 74 L 0.006 0.004 0.181 0.360 0.316 0.018 0.002 0.113 75 G 0.004 0.002 0.166 0.308 0.412 0.013 0.002 0.092 76 I 0.005 0.002 0.081 0.279 0.447 0.018 0.003 0.165 77 G 0.005 0.001 0.045 0.200 0.390 0.054 0.002 0.303 78 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.990 79 T 0.012 0.001 0.014 0.047 0.123 0.159 0.005 0.639 80 R 0.160 0.002 0.016 0.026 0.032 0.137 0.018 0.610 81 D 0.104 0.007 0.040 0.073 0.054 0.207 0.018 0.498 82 L 0.168 0.004 0.081 0.089 0.149 0.172 0.010 0.328 83 V 0.044 0.004 0.150 0.306 0.311 0.051 0.003 0.131 84 L 0.003 0.001 0.168 0.250 0.290 0.022 0.002 0.263 85 V 0.002 0.001 0.181 0.340 0.362 0.013 0.001 0.099 86 E 0.002 0.001 0.201 0.213 0.355 0.018 0.002 0.208 87 G 0.004 0.001 0.109 0.303 0.382 0.030 0.002 0.169 88 T 0.025 0.001 0.163 0.113 0.328 0.083 0.005 0.282 89 A 0.024 0.001 0.109 0.162 0.287 0.071 0.004 0.342 90 L 0.017 0.001 0.125 0.369 0.322 0.037 0.002 0.127 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 92 L 0.015 0.001 0.186 0.138 0.402 0.039 0.004 0.214 93 E 0.028 0.002 0.031 0.076 0.073 0.103 0.003 0.684 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.994 95 A 0.009 0.001 0.004 0.003 0.012 0.060 0.001 0.910 96 G 0.204 0.003 0.005 0.003 0.003 0.127 0.026 0.628 97 L 0.405 0.012 0.011 0.006 0.009 0.118 0.007 0.433 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 D 0.006 0.012 0.006 0.006 0.017 0.078 0.001 0.874 100 G 0.152 0.071 0.009 0.006 0.010 0.140 0.008 0.603 101 V 0.217 0.420 0.013 0.010 0.024 0.058 0.006 0.252 102 G 0.070 0.574 0.021 0.013 0.030 0.033 0.006 0.253 103 D 0.047 0.629 0.015 0.011 0.015 0.032 0.009 0.242 104 T 0.066 0.659 0.012 0.007 0.011 0.028 0.013 0.205 105 F 0.054 0.770 0.008 0.007 0.018 0.020 0.009 0.115 106 A 0.042 0.747 0.011 0.008 0.017 0.027 0.012 0.137 107 E 0.095 0.671 0.009 0.006 0.008 0.025 0.029 0.156 108 K 0.274 0.496 0.019 0.006 0.005 0.018 0.047 0.135 109 T 0.201 0.414 0.038 0.015 0.011 0.026 0.058 0.237 110 G 0.161 0.102 0.085 0.024 0.026 0.040 0.062 0.501 111 F 0.120 0.040 0.128 0.020 0.037 0.091 0.030 0.534 112 D 0.058 0.020 0.050 0.029 0.040 0.133 0.007 0.663 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 114 R 0.013 0.006 0.022 0.025 0.058 0.394 0.004 0.478 115 R 0.281 0.010 0.013 0.013 0.016 0.123 0.011 0.532 116 L 0.190 0.062 0.029 0.045 0.067 0.121 0.008 0.478 117 T 0.111 0.033 0.025 0.037 0.061 0.197 0.013 0.522 118 T 0.085 0.019 0.026 0.028 0.036 0.082 0.017 0.708 119 S 0.095 0.019 0.038 0.059 0.074 0.202 0.029 0.483 120 Y 0.224 0.013 0.070 0.095 0.117 0.159 0.038 0.284 121 L 0.087 0.008 0.213 0.224 0.244 0.074 0.011 0.138 122 Y 0.007 0.002 0.114 0.154 0.212 0.044 0.002 0.464 123 F 0.003 0.001 0.173 0.402 0.361 0.011 0.001 0.047 124 R 0.006 0.001 0.115 0.196 0.417 0.020 0.002 0.242 125 I 0.004 0.001 0.161 0.223 0.417 0.017 0.003 0.175 126 S 0.004 0.001 0.082 0.226 0.245 0.054 0.001 0.386 127 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 128 R 0.006 0.001 0.083 0.119 0.267 0.247 0.003 0.275 129 R 0.285 0.002 0.027 0.028 0.048 0.149 0.007 0.455 130 V 0.088 0.027 0.183 0.164 0.194 0.058 0.005 0.280 131 Q 0.039 0.025 0.213 0.233 0.252 0.065 0.003 0.170 132 A 0.016 0.032 0.074 0.129 0.202 0.038 0.004 0.504 133 W 0.024 0.046 0.103 0.115 0.401 0.040 0.006 0.265 134 R 0.034 0.074 0.039 0.098 0.167 0.123 0.014 0.451 135 E 0.093 0.087 0.027 0.029 0.070 0.149 0.025 0.522 136 A 0.165 0.193 0.023 0.022 0.046 0.107 0.024 0.420 137 N 0.169 0.136 0.016 0.016 0.016 0.065 0.046 0.536 138 E 0.268 0.092 0.033 0.014 0.015 0.107 0.050 0.421 139 L 0.338 0.110 0.045 0.017 0.031 0.134 0.026 0.299 140 S 0.134 0.153 0.056 0.054 0.085 0.148 0.021 0.350 141 G 0.055 0.110 0.041 0.044 0.076 0.097 0.017 0.560 142 R 0.080 0.076 0.051 0.042 0.088 0.176 0.010 0.476 143 E 0.049 0.140 0.027 0.103 0.110 0.158 0.011 0.402 144 L 0.096 0.211 0.028 0.091 0.153 0.068 0.012 0.342 145 M 0.093 0.186 0.054 0.178 0.238 0.049 0.017 0.185 146 R 0.079 0.132 0.041 0.131 0.169 0.076 0.027 0.345 147 D 0.040 0.055 0.021 0.042 0.062 0.054 0.031 0.695 148 G 0.196 0.059 0.031 0.070 0.046 0.049 0.142 0.409 149 E 0.499 0.004 0.036 0.028 0.044 0.171 0.022 0.197 150 W 0.008 0.002 0.021 0.061 0.046 0.035 0.002 0.826 151 L 0.030 0.003 0.035 0.193 0.451 0.078 0.002 0.208 152 V 0.024 0.004 0.051 0.190 0.271 0.043 0.002 0.416 153 T 0.007 0.007 0.030 0.195 0.320 0.050 0.002 0.389 154 D 0.011 0.006 0.014 0.074 0.159 0.049 0.003 0.683