# TARGET T0370 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.989 2 T 0.015 0.015 0.002 0.038 0.013 0.031 0.886 3 T 0.019 0.012 0.004 0.074 0.272 0.037 0.582 4 P 0.017 0.006 0.009 0.098 0.086 0.044 0.739 5 P 0.015 0.005 0.050 0.537 0.042 0.071 0.279 6 A 0.021 0.007 0.043 0.584 0.056 0.049 0.239 7 R 0.013 0.009 0.033 0.660 0.057 0.028 0.199 8 T 0.014 0.013 0.025 0.697 0.032 0.039 0.182 9 A 0.016 0.003 0.031 0.728 0.044 0.067 0.113 10 K 0.010 0.001 0.032 0.779 0.035 0.079 0.063 11 Q 0.011 0.004 0.024 0.778 0.052 0.057 0.073 12 R 0.008 0.007 0.017 0.742 0.035 0.050 0.141 13 I 0.002 0.001 0.011 0.905 0.009 0.019 0.053 14 Q 0.001 0.001 0.012 0.964 0.004 0.013 0.007 15 D 0.001 0.001 0.018 0.955 0.003 0.017 0.006 16 T 0.001 0.001 0.010 0.967 0.002 0.017 0.004 17 L 0.001 0.001 0.009 0.973 0.002 0.014 0.002 18 N 0.001 0.001 0.016 0.928 0.002 0.051 0.003 19 R 0.001 0.001 0.030 0.863 0.003 0.098 0.006 20 L 0.002 0.003 0.044 0.750 0.037 0.113 0.051 21 E 0.005 0.002 0.070 0.608 0.039 0.218 0.059 22 L 0.013 0.001 0.058 0.292 0.157 0.397 0.082 23 D 0.041 0.004 0.016 0.017 0.283 0.156 0.483 24 V 0.137 0.003 0.003 0.002 0.244 0.022 0.589 25 D 0.740 0.002 0.001 0.001 0.070 0.009 0.176 26 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 27 W 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 28 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 29 S 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 30 T 0.717 0.003 0.001 0.001 0.028 0.004 0.246 31 A 0.427 0.051 0.001 0.001 0.244 0.014 0.262 32 G 0.096 0.026 0.001 0.001 0.216 0.007 0.654 33 A 0.022 0.012 0.027 0.003 0.251 0.462 0.223 34 D 0.007 0.013 0.030 0.001 0.165 0.641 0.143 35 G 0.014 0.010 0.039 0.001 0.329 0.442 0.164 36 G 0.025 0.025 0.016 0.001 0.324 0.196 0.413 37 A 0.078 0.028 0.006 0.001 0.249 0.017 0.622 38 P 0.162 0.027 0.011 0.002 0.157 0.057 0.584 39 Y 0.643 0.036 0.006 0.001 0.074 0.050 0.189 40 L 0.799 0.014 0.001 0.001 0.017 0.003 0.167 41 V 0.905 0.003 0.001 0.001 0.020 0.002 0.069 42 P 0.910 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.072 43 L 0.883 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.101 44 S 0.942 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.038 45 Y 0.973 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 46 L 0.964 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.024 47 W 0.899 0.006 0.002 0.002 0.008 0.020 0.063 48 D 0.442 0.008 0.010 0.001 0.057 0.395 0.087 49 G 0.033 0.001 0.010 0.001 0.110 0.816 0.030 50 E 0.169 0.001 0.007 0.001 0.406 0.227 0.189 51 T 0.861 0.006 0.002 0.001 0.030 0.014 0.087 52 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 54 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 55 A 0.929 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.057 56 T 0.280 0.008 0.001 0.001 0.047 0.002 0.662 57 P 0.042 0.006 0.011 0.001 0.299 0.156 0.483 58 A 0.005 0.004 0.032 0.004 0.131 0.740 0.084 59 A 0.007 0.005 0.059 0.018 0.291 0.461 0.160 60 S 0.009 0.008 0.010 0.022 0.333 0.022 0.596 61 P 0.029 0.026 0.044 0.282 0.123 0.204 0.293 62 T 0.068 0.020 0.029 0.549 0.075 0.146 0.111 63 G 0.052 0.015 0.016 0.731 0.032 0.031 0.123 64 R 0.036 0.004 0.017 0.798 0.041 0.028 0.076 65 N 0.069 0.003 0.033 0.790 0.024 0.028 0.053 66 L 0.057 0.006 0.100 0.761 0.015 0.037 0.023 67 S 0.050 0.003 0.132 0.662 0.019 0.104 0.029 68 E 0.052 0.005 0.093 0.359 0.065 0.403 0.024 69 T 0.075 0.007 0.025 0.022 0.266 0.235 0.371 70 G 0.066 0.004 0.025 0.003 0.252 0.319 0.331 71 R 0.346 0.007 0.023 0.002 0.219 0.110 0.293 72 V 0.910 0.003 0.003 0.001 0.009 0.004 0.071 73 R 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 74 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 75 G 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 76 I 0.920 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.066 77 G 0.417 0.007 0.001 0.001 0.146 0.012 0.416 78 P 0.147 0.011 0.009 0.001 0.292 0.175 0.364 79 T 0.044 0.010 0.037 0.001 0.313 0.366 0.230 80 R 0.037 0.006 0.057 0.001 0.351 0.329 0.221 81 D 0.101 0.003 0.019 0.001 0.510 0.135 0.232 82 L 0.744 0.008 0.004 0.001 0.051 0.007 0.185 83 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.030 84 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 85 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 86 E 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 87 G 0.964 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.023 88 T 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 89 A 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 90 L 0.946 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.048 91 P 0.913 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.068 92 L 0.351 0.006 0.002 0.001 0.213 0.013 0.414 93 E 0.081 0.024 0.003 0.001 0.162 0.012 0.718 94 P 0.012 0.008 0.138 0.017 0.137 0.138 0.550 95 A 0.003 0.003 0.220 0.024 0.139 0.476 0.135 96 G 0.003 0.009 0.282 0.019 0.178 0.369 0.140 97 L 0.008 0.013 0.054 0.023 0.315 0.039 0.548 98 P 0.006 0.007 0.223 0.116 0.044 0.186 0.418 99 D 0.007 0.009 0.276 0.194 0.089 0.275 0.150 100 G 0.009 0.012 0.175 0.434 0.055 0.170 0.147 101 V 0.010 0.009 0.058 0.699 0.023 0.082 0.119 102 G 0.008 0.001 0.033 0.800 0.015 0.058 0.085 103 D 0.008 0.001 0.025 0.844 0.030 0.043 0.050 104 T 0.006 0.003 0.015 0.905 0.016 0.022 0.032 105 F 0.005 0.002 0.016 0.927 0.007 0.023 0.020 106 A 0.006 0.002 0.023 0.916 0.009 0.028 0.016 107 E 0.004 0.001 0.030 0.881 0.008 0.051 0.025 108 K 0.004 0.002 0.033 0.762 0.025 0.135 0.039 109 T 0.005 0.006 0.021 0.357 0.087 0.392 0.132 110 G 0.010 0.007 0.012 0.042 0.189 0.294 0.446 111 F 0.020 0.014 0.013 0.018 0.312 0.063 0.561 112 D 0.029 0.019 0.009 0.009 0.193 0.035 0.706 113 P 0.027 0.015 0.098 0.070 0.173 0.186 0.431 114 R 0.044 0.022 0.124 0.064 0.186 0.134 0.426 115 R 0.081 0.029 0.119 0.040 0.136 0.113 0.482 116 L 0.095 0.033 0.045 0.026 0.134 0.072 0.595 117 T 0.096 0.018 0.016 0.002 0.094 0.034 0.740 118 T 0.067 0.003 0.045 0.003 0.263 0.240 0.378 119 S 0.170 0.003 0.017 0.001 0.352 0.308 0.149 120 Y 0.798 0.004 0.002 0.001 0.020 0.005 0.171 121 L 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.047 122 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 123 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 124 R 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 125 I 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 126 S 0.841 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.144 127 P 0.624 0.002 0.031 0.007 0.062 0.065 0.210 128 R 0.426 0.002 0.046 0.021 0.302 0.091 0.113 129 R 0.794 0.003 0.035 0.024 0.029 0.035 0.081 130 V 0.883 0.005 0.002 0.023 0.006 0.005 0.075 131 Q 0.927 0.006 0.002 0.031 0.006 0.003 0.025 132 A 0.863 0.004 0.002 0.042 0.013 0.005 0.071 133 W 0.643 0.007 0.014 0.073 0.068 0.052 0.142 134 R 0.294 0.009 0.056 0.112 0.166 0.152 0.211 135 E 0.180 0.021 0.088 0.108 0.188 0.170 0.246 136 A 0.069 0.015 0.137 0.085 0.231 0.170 0.294 137 N 0.028 0.006 0.147 0.065 0.197 0.385 0.171 138 E 0.051 0.008 0.150 0.064 0.154 0.411 0.163 139 L 0.118 0.039 0.117 0.078 0.175 0.114 0.360 140 S 0.160 0.041 0.072 0.098 0.113 0.174 0.342 141 G 0.148 0.013 0.071 0.095 0.161 0.178 0.334 142 R 0.185 0.018 0.092 0.177 0.097 0.063 0.368 143 E 0.249 0.010 0.098 0.232 0.080 0.055 0.276 144 L 0.371 0.022 0.086 0.249 0.064 0.058 0.151 145 M 0.310 0.026 0.052 0.243 0.066 0.053 0.250 146 R 0.243 0.022 0.050 0.270 0.087 0.110 0.217 147 D 0.054 0.005 0.029 0.083 0.114 0.633 0.083 148 G 0.031 0.001 0.012 0.010 0.158 0.682 0.106 149 E 0.153 0.006 0.014 0.010 0.202 0.056 0.558 150 W 0.515 0.021 0.010 0.010 0.075 0.014 0.354 151 L 0.743 0.012 0.009 0.010 0.031 0.009 0.187 152 V 0.769 0.024 0.006 0.009 0.020 0.008 0.165 153 T 0.395 0.013 0.003 0.004 0.008 0.008 0.568 154 D 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982