# TARGET T0370 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.204 0.340 0.121 0.056 0.052 0.058 0.012 0.034 0.006 0.001 2 T 0.152 0.200 0.394 0.148 0.027 0.038 0.015 0.003 0.015 0.006 0.002 3 T 0.035 0.271 0.472 0.003 0.043 0.020 0.010 0.001 0.138 0.005 0.001 4 P 0.041 0.004 0.876 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 5 P 0.567 0.005 0.379 0.015 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 6 A 0.660 0.063 0.123 0.080 0.026 0.013 0.012 0.013 0.007 0.003 0.001 7 R 0.630 0.055 0.135 0.100 0.019 0.022 0.021 0.005 0.010 0.003 0.001 8 T 0.543 0.098 0.137 0.149 0.021 0.026 0.008 0.003 0.013 0.002 0.001 9 A 0.713 0.070 0.101 0.063 0.020 0.012 0.007 0.002 0.009 0.003 0.001 10 K 0.793 0.026 0.094 0.050 0.007 0.014 0.007 0.003 0.004 0.002 0.001 11 Q 0.638 0.050 0.108 0.143 0.013 0.020 0.012 0.004 0.011 0.001 0.001 12 R 0.396 0.102 0.283 0.080 0.023 0.052 0.013 0.003 0.037 0.008 0.001 13 I 0.788 0.024 0.119 0.024 0.006 0.022 0.003 0.001 0.009 0.004 0.001 14 Q 0.974 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.959 0.001 0.004 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 T 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.980 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.892 0.001 0.002 0.101 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.861 0.008 0.042 0.076 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 21 E 0.817 0.009 0.027 0.126 0.002 0.005 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 22 L 0.547 0.062 0.135 0.190 0.023 0.009 0.014 0.006 0.009 0.004 0.001 23 D 0.187 0.094 0.433 0.132 0.024 0.072 0.025 0.009 0.021 0.002 0.003 24 V 0.173 0.374 0.206 0.108 0.043 0.039 0.016 0.003 0.037 0.001 0.001 25 D 0.092 0.420 0.241 0.103 0.076 0.035 0.013 0.002 0.014 0.002 0.001 26 A 0.013 0.731 0.088 0.008 0.142 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 27 W 0.005 0.844 0.091 0.001 0.024 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 28 V 0.014 0.683 0.206 0.006 0.024 0.044 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 29 S 0.024 0.597 0.130 0.015 0.170 0.035 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 30 T 0.022 0.560 0.141 0.029 0.208 0.022 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 31 A 0.028 0.419 0.255 0.144 0.085 0.036 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 32 G 0.007 0.129 0.441 0.006 0.266 0.019 0.007 0.015 0.024 0.085 0.001 33 A 0.759 0.038 0.088 0.068 0.012 0.012 0.004 0.005 0.004 0.009 0.001 34 D 0.316 0.039 0.050 0.488 0.009 0.017 0.045 0.003 0.031 0.001 0.001 35 G 0.209 0.013 0.209 0.300 0.050 0.003 0.055 0.115 0.001 0.043 0.002 36 G 0.041 0.004 0.067 0.034 0.022 0.001 0.040 0.542 0.001 0.247 0.001 37 A 0.026 0.180 0.630 0.002 0.033 0.014 0.009 0.001 0.099 0.004 0.001 38 P 0.144 0.006 0.747 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 39 Y 0.048 0.359 0.241 0.106 0.068 0.110 0.017 0.003 0.046 0.001 0.001 40 L 0.028 0.470 0.378 0.027 0.035 0.033 0.006 0.001 0.018 0.001 0.003 41 V 0.004 0.668 0.136 0.001 0.048 0.011 0.003 0.001 0.129 0.001 0.001 42 P 0.013 0.016 0.909 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 43 L 0.032 0.623 0.171 0.021 0.057 0.047 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 44 S 0.036 0.545 0.239 0.012 0.089 0.046 0.004 0.001 0.024 0.002 0.001 45 Y 0.026 0.686 0.108 0.035 0.096 0.023 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 46 L 0.043 0.594 0.184 0.023 0.076 0.042 0.006 0.002 0.028 0.002 0.001 47 W 0.065 0.560 0.155 0.029 0.077 0.050 0.006 0.002 0.052 0.003 0.001 48 D 0.048 0.119 0.166 0.168 0.042 0.091 0.200 0.004 0.153 0.008 0.002 49 G 0.041 0.004 0.048 0.027 0.053 0.003 0.086 0.600 0.001 0.135 0.003 50 E 0.248 0.060 0.145 0.476 0.028 0.016 0.012 0.007 0.004 0.003 0.002 51 T 0.008 0.704 0.102 0.017 0.150 0.005 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 52 F 0.001 0.878 0.065 0.001 0.027 0.008 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 53 L 0.001 0.850 0.109 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 54 V 0.002 0.804 0.088 0.002 0.026 0.045 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 55 A 0.015 0.548 0.242 0.023 0.081 0.062 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 56 T 0.005 0.448 0.250 0.001 0.162 0.021 0.006 0.001 0.104 0.002 0.001 57 P 0.371 0.012 0.530 0.021 0.002 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 58 A 0.636 0.031 0.184 0.114 0.011 0.008 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 59 A 0.230 0.041 0.106 0.406 0.034 0.017 0.073 0.068 0.014 0.011 0.001 60 S 0.060 0.063 0.669 0.004 0.064 0.012 0.015 0.004 0.064 0.044 0.001 61 P 0.714 0.002 0.128 0.055 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 62 T 0.440 0.189 0.138 0.152 0.053 0.006 0.005 0.007 0.007 0.002 0.001 63 G 0.607 0.078 0.149 0.061 0.039 0.009 0.008 0.018 0.007 0.023 0.001 64 R 0.740 0.103 0.064 0.035 0.029 0.007 0.007 0.002 0.008 0.005 0.001 65 N 0.525 0.029 0.102 0.089 0.010 0.144 0.054 0.004 0.039 0.001 0.002 66 L 0.805 0.030 0.043 0.102 0.002 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 67 S 0.836 0.054 0.033 0.059 0.007 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 68 E 0.590 0.081 0.037 0.214 0.024 0.015 0.020 0.004 0.014 0.001 0.001 69 T 0.073 0.224 0.187 0.270 0.045 0.029 0.049 0.002 0.119 0.001 0.001 70 G 0.130 0.043 0.205 0.066 0.178 0.005 0.060 0.178 0.003 0.133 0.002 71 R 0.056 0.312 0.370 0.100 0.107 0.033 0.006 0.003 0.008 0.003 0.001 72 V 0.005 0.785 0.136 0.005 0.044 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 73 R 0.004 0.827 0.103 0.002 0.024 0.019 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 74 L 0.002 0.866 0.087 0.001 0.020 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 75 G 0.006 0.747 0.083 0.004 0.112 0.027 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 76 I 0.009 0.806 0.086 0.010 0.039 0.015 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 77 G 0.023 0.195 0.307 0.003 0.243 0.033 0.028 0.003 0.122 0.042 0.002 78 P 0.278 0.012 0.464 0.049 0.003 0.048 0.002 0.001 0.004 0.002 0.136 79 T 0.242 0.072 0.193 0.341 0.031 0.052 0.025 0.015 0.018 0.004 0.008 80 R 0.246 0.150 0.185 0.134 0.086 0.015 0.110 0.034 0.021 0.019 0.001 81 D 0.155 0.139 0.249 0.263 0.039 0.050 0.065 0.008 0.029 0.003 0.002 82 L 0.024 0.533 0.292 0.033 0.069 0.022 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 83 V 0.004 0.733 0.171 0.007 0.037 0.023 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 84 L 0.002 0.614 0.341 0.001 0.009 0.023 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 85 V 0.004 0.824 0.072 0.003 0.039 0.031 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 86 E 0.008 0.719 0.159 0.012 0.029 0.025 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 87 G 0.008 0.198 0.119 0.005 0.615 0.006 0.011 0.012 0.005 0.021 0.001 88 T 0.010 0.743 0.152 0.015 0.051 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 89 A 0.012 0.491 0.275 0.013 0.155 0.016 0.007 0.002 0.019 0.009 0.001 90 L 0.001 0.680 0.184 0.001 0.020 0.014 0.002 0.001 0.099 0.001 0.001 91 P 0.006 0.009 0.931 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 92 L 0.043 0.427 0.354 0.023 0.033 0.076 0.004 0.001 0.037 0.001 0.002 93 E 0.015 0.138 0.769 0.001 0.024 0.015 0.003 0.001 0.029 0.004 0.001 94 P 0.445 0.012 0.448 0.031 0.005 0.015 0.002 0.002 0.003 0.003 0.035 95 A 0.433 0.029 0.278 0.210 0.017 0.008 0.011 0.007 0.003 0.004 0.001 96 G 0.094 0.009 0.127 0.100 0.032 0.008 0.051 0.428 0.004 0.147 0.001 97 L 0.064 0.123 0.685 0.004 0.017 0.019 0.005 0.001 0.077 0.006 0.001 98 P 0.529 0.004 0.392 0.017 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 99 D 0.545 0.037 0.189 0.147 0.026 0.015 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 100 G 0.548 0.025 0.086 0.068 0.074 0.010 0.031 0.099 0.006 0.052 0.001 101 V 0.835 0.019 0.043 0.086 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 102 G 0.835 0.013 0.040 0.052 0.013 0.005 0.007 0.016 0.003 0.015 0.001 103 D 0.842 0.018 0.043 0.063 0.007 0.013 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 104 T 0.934 0.012 0.015 0.029 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 F 0.896 0.019 0.015 0.060 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 106 A 0.949 0.007 0.020 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.856 0.017 0.033 0.073 0.006 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 108 K 0.665 0.046 0.123 0.114 0.006 0.021 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 109 T 0.236 0.091 0.093 0.524 0.019 0.006 0.010 0.003 0.016 0.001 0.001 110 G 0.116 0.012 0.105 0.044 0.055 0.006 0.063 0.338 0.002 0.258 0.001 111 F 0.169 0.259 0.237 0.218 0.043 0.036 0.005 0.004 0.021 0.006 0.001 112 D 0.034 0.129 0.397 0.015 0.050 0.061 0.057 0.001 0.249 0.006 0.001 113 P 0.509 0.007 0.322 0.053 0.002 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.078 114 R 0.321 0.143 0.285 0.122 0.040 0.034 0.011 0.008 0.030 0.005 0.001 115 R 0.229 0.133 0.435 0.082 0.017 0.054 0.010 0.004 0.027 0.002 0.007 116 L 0.177 0.170 0.421 0.084 0.027 0.063 0.014 0.003 0.037 0.002 0.001 117 T 0.128 0.182 0.299 0.155 0.071 0.076 0.029 0.007 0.045 0.006 0.002 118 T 0.277 0.121 0.268 0.162 0.091 0.032 0.019 0.008 0.010 0.009 0.003 119 S 0.164 0.073 0.077 0.599 0.038 0.012 0.012 0.013 0.008 0.003 0.001 120 Y 0.007 0.614 0.189 0.018 0.136 0.010 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 121 L 0.003 0.751 0.191 0.002 0.030 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 122 Y 0.001 0.877 0.054 0.002 0.046 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 123 F 0.001 0.857 0.090 0.001 0.036 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 124 R 0.001 0.738 0.187 0.001 0.006 0.052 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 125 I 0.003 0.776 0.141 0.001 0.030 0.019 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 126 S 0.002 0.537 0.284 0.001 0.014 0.031 0.003 0.001 0.129 0.001 0.001 127 P 0.084 0.005 0.808 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 128 R 0.730 0.018 0.008 0.237 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 R 0.022 0.648 0.033 0.014 0.261 0.004 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 130 V 0.026 0.800 0.094 0.008 0.024 0.019 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 131 Q 0.059 0.672 0.060 0.032 0.102 0.027 0.004 0.001 0.041 0.001 0.001 132 A 0.056 0.394 0.196 0.029 0.251 0.031 0.008 0.005 0.018 0.011 0.001 133 W 0.185 0.384 0.148 0.123 0.072 0.040 0.006 0.002 0.037 0.003 0.001 134 R 0.293 0.157 0.183 0.087 0.092 0.041 0.095 0.008 0.020 0.023 0.001 135 E 0.302 0.162 0.171 0.188 0.052 0.042 0.032 0.009 0.035 0.006 0.002 136 A 0.373 0.089 0.218 0.144 0.049 0.019 0.049 0.012 0.019 0.026 0.001 137 N 0.435 0.029 0.108 0.194 0.022 0.030 0.129 0.037 0.007 0.007 0.002 138 E 0.371 0.102 0.149 0.221 0.031 0.035 0.051 0.008 0.028 0.003 0.001 139 L 0.344 0.135 0.296 0.136 0.009 0.051 0.009 0.002 0.016 0.001 0.001 140 S 0.348 0.149 0.240 0.158 0.040 0.010 0.031 0.004 0.013 0.007 0.001 141 G 0.268 0.022 0.159 0.085 0.086 0.008 0.061 0.209 0.003 0.098 0.001 142 R 0.480 0.147 0.246 0.067 0.020 0.018 0.005 0.003 0.011 0.002 0.001 143 E 0.491 0.143 0.273 0.033 0.016 0.019 0.007 0.002 0.014 0.002 0.001 144 L 0.614 0.101 0.176 0.070 0.006 0.022 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 145 M 0.367 0.167 0.259 0.100 0.031 0.041 0.010 0.002 0.019 0.002 0.001 146 R 0.374 0.241 0.239 0.044 0.028 0.024 0.010 0.001 0.035 0.004 0.001 147 D 0.257 0.038 0.360 0.258 0.008 0.022 0.036 0.002 0.014 0.002 0.003 148 G 0.027 0.004 0.034 0.017 0.031 0.001 0.078 0.674 0.001 0.133 0.001 149 E 0.201 0.190 0.401 0.116 0.037 0.025 0.012 0.003 0.010 0.003 0.002 150 W 0.064 0.372 0.424 0.029 0.046 0.029 0.008 0.001 0.025 0.002 0.001 151 L 0.080 0.444 0.372 0.023 0.021 0.044 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 152 V 0.077 0.578 0.217 0.039 0.028 0.036 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 153 T 0.072 0.575 0.183 0.036 0.063 0.027 0.005 0.001 0.035 0.003 0.001 154 D 0.124 0.192 0.224 0.094 0.076 0.103 0.092 0.008 0.079 0.007 0.001