# TARGET T0370 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.239 0.103 0.020 0.232 0.014 0.027 0.079 0.054 0.087 0.047 2 T 0.079 0.223 0.159 0.025 0.179 0.022 0.038 0.098 0.065 0.076 0.034 3 T 0.029 0.304 0.355 0.032 0.091 0.012 0.036 0.074 0.031 0.025 0.012 4 P 0.038 0.320 0.249 0.027 0.119 0.011 0.015 0.117 0.052 0.032 0.021 5 P 0.042 0.192 0.057 0.007 0.104 0.009 0.026 0.310 0.173 0.058 0.023 6 A 0.037 0.153 0.057 0.008 0.106 0.011 0.030 0.379 0.129 0.071 0.018 7 R 0.065 0.149 0.036 0.006 0.153 0.009 0.035 0.406 0.075 0.045 0.022 8 T 0.068 0.118 0.047 0.010 0.097 0.010 0.022 0.362 0.111 0.119 0.035 9 A 0.022 0.101 0.044 0.010 0.060 0.009 0.017 0.574 0.117 0.035 0.011 10 K 0.025 0.077 0.022 0.006 0.056 0.014 0.051 0.564 0.118 0.049 0.018 11 Q 0.038 0.104 0.038 0.007 0.076 0.009 0.050 0.460 0.086 0.099 0.033 12 R 0.031 0.254 0.131 0.006 0.067 0.005 0.014 0.374 0.051 0.053 0.014 13 I 0.007 0.042 0.017 0.002 0.016 0.001 0.003 0.784 0.104 0.019 0.004 14 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.916 0.070 0.002 0.001 15 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.934 0.043 0.015 0.001 16 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.070 0.015 0.001 17 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.888 0.101 0.004 0.001 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.904 0.073 0.005 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.819 0.103 0.031 0.001 20 L 0.010 0.015 0.004 0.002 0.012 0.002 0.014 0.691 0.188 0.056 0.007 21 E 0.018 0.015 0.005 0.005 0.016 0.013 0.062 0.507 0.229 0.118 0.013 22 L 0.017 0.261 0.142 0.017 0.088 0.016 0.089 0.211 0.091 0.057 0.009 23 D 0.217 0.119 0.026 0.004 0.262 0.006 0.038 0.109 0.051 0.070 0.097 24 V 0.124 0.111 0.015 0.006 0.191 0.009 0.026 0.155 0.175 0.149 0.038 25 D 0.187 0.063 0.016 0.024 0.265 0.034 0.090 0.091 0.059 0.116 0.055 26 A 0.164 0.196 0.017 0.010 0.556 0.007 0.005 0.014 0.006 0.011 0.013 27 W 0.240 0.049 0.003 0.002 0.658 0.003 0.007 0.008 0.002 0.003 0.023 28 V 0.306 0.063 0.008 0.004 0.533 0.007 0.009 0.010 0.004 0.010 0.046 29 S 0.254 0.106 0.014 0.006 0.460 0.005 0.012 0.015 0.007 0.025 0.095 30 T 0.211 0.186 0.086 0.014 0.288 0.007 0.009 0.022 0.014 0.078 0.084 31 A 0.054 0.291 0.094 0.049 0.144 0.039 0.064 0.067 0.059 0.098 0.041 32 G 0.044 0.248 0.319 0.099 0.135 0.034 0.012 0.019 0.023 0.042 0.025 33 A 0.043 0.094 0.080 0.040 0.066 0.038 0.094 0.272 0.202 0.048 0.023 34 D 0.048 0.088 0.115 0.065 0.065 0.092 0.191 0.112 0.082 0.107 0.034 35 G 0.016 0.300 0.165 0.175 0.048 0.041 0.063 0.035 0.035 0.102 0.021 36 G 0.021 0.020 0.052 0.110 0.013 0.056 0.014 0.016 0.038 0.521 0.140 37 A 0.014 0.422 0.350 0.028 0.108 0.009 0.011 0.024 0.019 0.010 0.004 38 P 0.165 0.251 0.072 0.005 0.349 0.009 0.019 0.038 0.025 0.021 0.044 39 Y 0.170 0.211 0.083 0.013 0.319 0.011 0.034 0.036 0.026 0.046 0.052 40 L 0.259 0.192 0.065 0.006 0.345 0.005 0.010 0.015 0.014 0.029 0.058 41 V 0.015 0.543 0.273 0.014 0.142 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 42 P 0.462 0.060 0.014 0.003 0.320 0.004 0.008 0.003 0.003 0.018 0.105 43 L 0.154 0.173 0.060 0.022 0.482 0.033 0.032 0.007 0.006 0.007 0.024 44 S 0.305 0.067 0.010 0.002 0.542 0.004 0.010 0.003 0.004 0.008 0.044 45 Y 0.262 0.127 0.013 0.002 0.549 0.004 0.002 0.002 0.002 0.008 0.028 46 L 0.344 0.111 0.019 0.002 0.423 0.002 0.003 0.005 0.002 0.023 0.066 47 W 0.119 0.040 0.034 0.290 0.080 0.275 0.046 0.020 0.015 0.031 0.050 48 D 0.010 0.028 0.070 0.710 0.019 0.083 0.047 0.014 0.008 0.006 0.004 49 G 0.005 0.021 0.043 0.206 0.008 0.057 0.030 0.076 0.114 0.410 0.029 50 E 0.029 0.209 0.056 0.039 0.116 0.029 0.056 0.068 0.089 0.289 0.021 51 T 0.192 0.131 0.019 0.003 0.616 0.004 0.008 0.004 0.003 0.005 0.014 52 F 0.137 0.113 0.010 0.001 0.729 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 53 L 0.242 0.061 0.004 0.001 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 54 V 0.293 0.108 0.025 0.002 0.473 0.002 0.002 0.002 0.001 0.011 0.082 55 A 0.260 0.143 0.047 0.009 0.340 0.006 0.016 0.006 0.005 0.045 0.124 56 T 0.022 0.427 0.365 0.030 0.104 0.004 0.004 0.012 0.010 0.013 0.008 57 P 0.030 0.104 0.077 0.017 0.079 0.020 0.027 0.281 0.289 0.060 0.017 58 A 0.033 0.071 0.035 0.014 0.058 0.028 0.091 0.339 0.235 0.076 0.020 59 A 0.053 0.053 0.028 0.024 0.074 0.023 0.068 0.130 0.112 0.370 0.066 60 S 0.087 0.308 0.156 0.010 0.232 0.004 0.010 0.087 0.042 0.037 0.025 61 P 0.046 0.135 0.044 0.005 0.116 0.011 0.036 0.342 0.201 0.046 0.018 62 T 0.098 0.127 0.038 0.009 0.152 0.016 0.057 0.313 0.085 0.071 0.035 63 G 0.165 0.063 0.012 0.012 0.244 0.013 0.018 0.231 0.092 0.082 0.070 64 R 0.030 0.077 0.031 0.022 0.089 0.072 0.089 0.440 0.101 0.036 0.013 65 N 0.330 0.066 0.024 0.002 0.289 0.001 0.005 0.110 0.027 0.065 0.082 66 L 0.076 0.018 0.004 0.002 0.074 0.005 0.010 0.376 0.324 0.081 0.031 67 S 0.028 0.036 0.013 0.009 0.034 0.020 0.087 0.558 0.179 0.026 0.009 68 E 0.052 0.062 0.028 0.016 0.094 0.024 0.146 0.290 0.126 0.139 0.022 69 T 0.223 0.196 0.047 0.011 0.378 0.005 0.009 0.013 0.010 0.045 0.063 70 G 0.140 0.095 0.059 0.039 0.143 0.029 0.017 0.042 0.073 0.233 0.131 71 R 0.266 0.109 0.022 0.009 0.343 0.016 0.046 0.023 0.025 0.072 0.070 72 V 0.213 0.140 0.013 0.002 0.592 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.028 73 R 0.228 0.086 0.012 0.001 0.642 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.019 74 L 0.362 0.072 0.006 0.001 0.486 0.003 0.003 0.003 0.002 0.007 0.055 75 G 0.284 0.099 0.026 0.003 0.513 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.052 76 I 0.212 0.181 0.060 0.043 0.248 0.024 0.030 0.026 0.021 0.068 0.087 77 G 0.016 0.166 0.413 0.277 0.055 0.036 0.006 0.007 0.007 0.011 0.006 78 P 0.061 0.095 0.062 0.056 0.107 0.069 0.150 0.217 0.109 0.042 0.032 79 T 0.064 0.080 0.069 0.032 0.077 0.025 0.049 0.079 0.170 0.270 0.085 80 R 0.083 0.189 0.107 0.050 0.188 0.039 0.042 0.061 0.084 0.106 0.051 81 D 0.101 0.073 0.020 0.014 0.192 0.021 0.072 0.108 0.122 0.217 0.059 82 L 0.236 0.158 0.022 0.002 0.524 0.003 0.004 0.003 0.005 0.011 0.032 83 V 0.124 0.149 0.009 0.001 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 84 L 0.406 0.041 0.006 0.001 0.488 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 85 V 0.286 0.085 0.038 0.018 0.452 0.026 0.007 0.003 0.001 0.007 0.075 86 E 0.134 0.010 0.021 0.065 0.057 0.079 0.273 0.029 0.040 0.176 0.115 87 G 0.022 0.397 0.353 0.055 0.131 0.023 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 88 T 0.317 0.076 0.006 0.001 0.472 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.109 89 A 0.191 0.178 0.020 0.003 0.546 0.004 0.002 0.002 0.004 0.010 0.040 90 L 0.013 0.639 0.036 0.001 0.308 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 P 0.498 0.031 0.009 0.001 0.304 0.001 0.003 0.002 0.002 0.014 0.136 92 L 0.013 0.110 0.126 0.091 0.058 0.158 0.353 0.047 0.025 0.010 0.008 93 E 0.066 0.307 0.351 0.024 0.170 0.004 0.007 0.011 0.010 0.013 0.037 94 P 0.036 0.175 0.120 0.051 0.093 0.025 0.018 0.149 0.220 0.082 0.031 95 A 0.008 0.068 0.047 0.059 0.028 0.110 0.190 0.213 0.207 0.059 0.011 96 G 0.025 0.026 0.017 0.017 0.026 0.009 0.044 0.056 0.112 0.596 0.073 97 L 0.060 0.389 0.180 0.012 0.125 0.007 0.029 0.058 0.045 0.059 0.035 98 P 0.030 0.411 0.123 0.012 0.129 0.008 0.014 0.127 0.100 0.022 0.023 99 D 0.008 0.042 0.021 0.008 0.020 0.045 0.117 0.426 0.286 0.021 0.007 100 G 0.022 0.027 0.016 0.007 0.021 0.005 0.030 0.358 0.156 0.316 0.041 101 V 0.038 0.031 0.007 0.003 0.030 0.007 0.019 0.529 0.171 0.137 0.027 102 G 0.010 0.047 0.024 0.018 0.025 0.020 0.021 0.605 0.166 0.053 0.012 103 D 0.015 0.025 0.009 0.004 0.042 0.004 0.025 0.769 0.090 0.010 0.007 104 T 0.010 0.014 0.009 0.003 0.012 0.005 0.021 0.812 0.076 0.034 0.005 105 F 0.007 0.008 0.003 0.001 0.009 0.001 0.005 0.818 0.104 0.038 0.005 106 A 0.007 0.019 0.005 0.002 0.017 0.007 0.019 0.763 0.139 0.019 0.003 107 E 0.008 0.015 0.012 0.003 0.008 0.004 0.069 0.711 0.141 0.021 0.007 108 K 0.009 0.016 0.015 0.007 0.015 0.029 0.286 0.480 0.098 0.038 0.005 109 T 0.019 0.575 0.196 0.018 0.128 0.005 0.010 0.013 0.009 0.019 0.008 110 G 0.046 0.026 0.051 0.080 0.024 0.041 0.021 0.065 0.055 0.447 0.143 111 F 0.063 0.227 0.132 0.043 0.141 0.037 0.066 0.074 0.054 0.117 0.046 112 D 0.116 0.216 0.142 0.030 0.356 0.011 0.018 0.030 0.017 0.017 0.049 113 P 0.052 0.154 0.079 0.013 0.119 0.013 0.026 0.160 0.266 0.095 0.025 114 R 0.047 0.189 0.140 0.020 0.135 0.026 0.080 0.144 0.113 0.085 0.021 115 R 0.122 0.172 0.071 0.015 0.181 0.017 0.039 0.100 0.084 0.143 0.055 116 L 0.095 0.184 0.135 0.038 0.164 0.034 0.060 0.079 0.072 0.085 0.054 117 T 0.106 0.237 0.146 0.040 0.176 0.022 0.031 0.061 0.059 0.065 0.058 118 T 0.070 0.158 0.072 0.020 0.139 0.023 0.044 0.117 0.193 0.125 0.041 119 S 0.084 0.073 0.030 0.016 0.127 0.032 0.123 0.091 0.134 0.243 0.048 120 Y 0.251 0.188 0.037 0.003 0.462 0.003 0.003 0.002 0.003 0.015 0.034 121 L 0.165 0.107 0.007 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 122 Y 0.339 0.040 0.004 0.001 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 123 F 0.105 0.145 0.006 0.001 0.730 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 124 R 0.369 0.057 0.005 0.001 0.479 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.082 125 I 0.204 0.229 0.044 0.004 0.453 0.003 0.004 0.003 0.002 0.008 0.045 126 S 0.029 0.569 0.182 0.005 0.202 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 127 P 0.397 0.050 0.017 0.009 0.305 0.007 0.010 0.013 0.020 0.021 0.150 128 R 0.006 0.014 0.007 0.050 0.021 0.262 0.368 0.177 0.073 0.017 0.004 129 R 0.276 0.120 0.029 0.004 0.452 0.002 0.004 0.018 0.012 0.031 0.051 130 V 0.407 0.055 0.004 0.002 0.436 0.003 0.003 0.011 0.005 0.011 0.062 131 Q 0.223 0.101 0.023 0.012 0.434 0.011 0.016 0.031 0.015 0.041 0.092 132 A 0.225 0.204 0.055 0.019 0.300 0.011 0.010 0.054 0.016 0.034 0.071 133 W 0.124 0.155 0.048 0.046 0.204 0.045 0.048 0.107 0.051 0.111 0.061 134 R 0.094 0.155 0.099 0.056 0.125 0.055 0.079 0.180 0.060 0.050 0.047 135 E 0.085 0.104 0.080 0.031 0.093 0.023 0.047 0.201 0.112 0.154 0.071 136 A 0.036 0.227 0.112 0.100 0.099 0.061 0.052 0.161 0.085 0.046 0.021 137 N 0.039 0.077 0.041 0.042 0.051 0.050 0.061 0.266 0.179 0.145 0.051 138 E 0.084 0.098 0.056 0.016 0.113 0.017 0.062 0.243 0.099 0.159 0.053 139 L 0.188 0.106 0.039 0.018 0.175 0.020 0.023 0.145 0.065 0.122 0.098 140 S 0.028 0.137 0.124 0.156 0.061 0.104 0.102 0.179 0.051 0.043 0.015 141 G 0.070 0.076 0.070 0.060 0.072 0.018 0.013 0.152 0.095 0.302 0.072 142 R 0.075 0.140 0.047 0.011 0.196 0.010 0.020 0.304 0.118 0.059 0.022 143 E 0.135 0.124 0.028 0.004 0.243 0.008 0.028 0.283 0.063 0.041 0.043 144 L 0.083 0.172 0.048 0.007 0.266 0.012 0.032 0.217 0.064 0.073 0.025 145 M 0.141 0.184 0.118 0.012 0.158 0.009 0.022 0.186 0.052 0.066 0.053 146 R 0.034 0.116 0.217 0.086 0.056 0.055 0.048 0.212 0.096 0.061 0.019 147 D 0.005 0.200 0.139 0.126 0.027 0.111 0.247 0.111 0.023 0.009 0.003 148 G 0.016 0.023 0.025 0.027 0.012 0.004 0.003 0.011 0.029 0.670 0.180 149 E 0.081 0.340 0.103 0.010 0.263 0.009 0.024 0.044 0.047 0.053 0.025 150 W 0.168 0.236 0.039 0.002 0.487 0.002 0.004 0.012 0.011 0.011 0.027 151 L 0.195 0.231 0.062 0.006 0.419 0.005 0.012 0.020 0.010 0.011 0.028 152 V 0.281 0.121 0.030 0.011 0.317 0.016 0.034 0.055 0.023 0.036 0.074 153 T 0.075 0.208 0.128 0.069 0.162 0.058 0.044 0.078 0.051 0.082 0.045 154 D 0.198 0.162 0.076 0.014 0.327 0.007 0.015 0.063 0.030 0.048 0.060