# TARGET T0370 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0370.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.703 0.184 0.069 0.031 0.011 0.002 0.001 2 T 0.746 0.163 0.055 0.025 0.009 0.002 0.001 3 T 0.743 0.180 0.052 0.019 0.004 0.001 0.001 4 P 0.711 0.185 0.061 0.030 0.010 0.002 0.001 5 P 0.643 0.178 0.099 0.055 0.021 0.004 0.001 6 A 0.513 0.292 0.132 0.048 0.013 0.002 0.001 7 R 0.380 0.269 0.186 0.122 0.038 0.006 0.001 8 T 0.393 0.264 0.177 0.112 0.045 0.008 0.001 9 A 0.332 0.268 0.221 0.134 0.040 0.005 0.001 10 K 0.541 0.284 0.114 0.047 0.012 0.002 0.001 11 Q 0.273 0.281 0.218 0.153 0.061 0.014 0.001 12 R 0.174 0.250 0.249 0.207 0.096 0.022 0.001 13 I 0.266 0.319 0.231 0.132 0.044 0.008 0.001 14 Q 0.754 0.186 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001 15 D 0.507 0.309 0.120 0.048 0.012 0.002 0.001 16 T 0.095 0.109 0.177 0.317 0.239 0.062 0.002 17 L 0.118 0.252 0.319 0.229 0.071 0.011 0.001 18 N 0.442 0.420 0.110 0.024 0.004 0.001 0.001 19 R 0.054 0.158 0.300 0.327 0.135 0.024 0.001 20 L 0.025 0.036 0.098 0.288 0.397 0.150 0.006 21 E 0.247 0.396 0.234 0.095 0.025 0.004 0.001 22 L 0.262 0.417 0.211 0.087 0.020 0.003 0.001 23 D 0.041 0.143 0.209 0.275 0.229 0.096 0.007 24 V 0.014 0.085 0.190 0.315 0.281 0.105 0.010 25 D 0.014 0.068 0.185 0.322 0.266 0.118 0.025 26 A 0.001 0.005 0.012 0.038 0.148 0.526 0.270 27 W 0.001 0.002 0.008 0.042 0.165 0.416 0.367 28 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.034 0.252 0.700 29 S 0.001 0.004 0.009 0.037 0.119 0.342 0.487 30 T 0.002 0.006 0.014 0.047 0.144 0.413 0.375 31 A 0.008 0.032 0.060 0.150 0.286 0.316 0.147 32 G 0.055 0.173 0.249 0.269 0.163 0.075 0.017 33 A 0.128 0.246 0.244 0.208 0.117 0.047 0.010 34 D 0.380 0.293 0.171 0.097 0.043 0.014 0.003 35 G 0.228 0.216 0.214 0.177 0.112 0.043 0.010 36 G 0.178 0.212 0.208 0.184 0.122 0.073 0.023 37 A 0.076 0.158 0.192 0.216 0.184 0.122 0.052 38 P 0.019 0.035 0.058 0.140 0.255 0.329 0.166 39 Y 0.013 0.037 0.083 0.164 0.231 0.272 0.200 40 L 0.004 0.010 0.020 0.050 0.122 0.380 0.414 41 V 0.003 0.010 0.027 0.083 0.170 0.317 0.390 42 P 0.003 0.008 0.016 0.038 0.096 0.343 0.496 43 L 0.003 0.006 0.012 0.032 0.096 0.344 0.508 44 S 0.004 0.011 0.025 0.058 0.137 0.378 0.386 45 Y 0.003 0.010 0.019 0.052 0.165 0.440 0.311 46 L 0.005 0.020 0.052 0.147 0.293 0.396 0.088 47 W 0.008 0.031 0.086 0.221 0.392 0.239 0.022 48 D 0.117 0.270 0.282 0.219 0.090 0.020 0.002 49 G 0.332 0.374 0.188 0.081 0.020 0.003 0.001 50 E 0.129 0.339 0.287 0.172 0.058 0.013 0.002 51 T 0.011 0.040 0.143 0.325 0.336 0.133 0.013 52 F 0.001 0.002 0.006 0.024 0.133 0.608 0.227 53 L 0.001 0.004 0.011 0.042 0.168 0.485 0.290 54 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.045 0.307 0.634 55 A 0.001 0.005 0.012 0.048 0.148 0.388 0.399 56 T 0.002 0.011 0.036 0.114 0.248 0.404 0.186 57 P 0.020 0.088 0.172 0.265 0.253 0.151 0.050 58 A 0.149 0.255 0.230 0.186 0.111 0.054 0.015 59 A 0.196 0.243 0.222 0.172 0.102 0.052 0.012 60 S 0.165 0.218 0.225 0.203 0.129 0.054 0.006 61 P 0.123 0.202 0.225 0.209 0.147 0.078 0.016 62 T 0.059 0.099 0.154 0.243 0.237 0.177 0.031 63 G 0.051 0.070 0.100 0.193 0.278 0.264 0.044 64 R 0.112 0.268 0.261 0.205 0.101 0.045 0.007 65 N 0.046 0.135 0.219 0.282 0.196 0.107 0.015 66 L 0.026 0.041 0.084 0.196 0.349 0.273 0.033 67 S 0.170 0.273 0.238 0.187 0.099 0.029 0.004 68 E 0.319 0.325 0.192 0.110 0.041 0.012 0.002 69 T 0.114 0.259 0.298 0.205 0.100 0.023 0.002 70 G 0.039 0.150 0.238 0.294 0.196 0.074 0.008 71 R 0.014 0.081 0.184 0.303 0.269 0.122 0.026 72 V 0.001 0.003 0.012 0.045 0.193 0.559 0.187 73 R 0.001 0.009 0.032 0.136 0.281 0.379 0.161 74 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.057 0.393 0.535 75 G 0.001 0.008 0.026 0.093 0.218 0.392 0.262 76 I 0.001 0.005 0.015 0.074 0.245 0.483 0.176 77 G 0.009 0.062 0.172 0.327 0.304 0.113 0.012 78 P 0.158 0.320 0.262 0.168 0.073 0.017 0.002 79 T 0.209 0.357 0.264 0.130 0.034 0.006 0.001 80 R 0.226 0.316 0.244 0.148 0.057 0.010 0.001 81 D 0.094 0.268 0.301 0.208 0.099 0.027 0.003 82 L 0.017 0.078 0.211 0.334 0.256 0.092 0.012 83 V 0.003 0.008 0.015 0.047 0.172 0.530 0.225 84 L 0.004 0.033 0.095 0.222 0.280 0.251 0.115 85 V 0.001 0.004 0.011 0.040 0.135 0.455 0.354 86 E 0.004 0.042 0.120 0.235 0.265 0.237 0.097 87 G 0.006 0.026 0.067 0.154 0.261 0.371 0.116 88 T 0.010 0.082 0.220 0.297 0.244 0.126 0.021 89 A 0.009 0.016 0.047 0.159 0.386 0.342 0.040 90 L 0.049 0.189 0.304 0.279 0.134 0.040 0.004 91 P 0.123 0.297 0.260 0.193 0.097 0.029 0.002 92 L 0.050 0.135 0.276 0.319 0.176 0.042 0.003 93 E 0.503 0.350 0.109 0.030 0.007 0.001 0.001 94 P 0.633 0.246 0.085 0.028 0.007 0.001 0.001 95 A 0.755 0.169 0.047 0.020 0.007 0.002 0.001 96 G 0.608 0.267 0.081 0.030 0.010 0.003 0.001 97 L 0.143 0.213 0.261 0.249 0.108 0.024 0.001 98 P 0.109 0.249 0.273 0.227 0.109 0.030 0.003 99 D 0.323 0.370 0.198 0.081 0.023 0.005 0.001 100 G 0.114 0.269 0.311 0.204 0.083 0.017 0.001 101 V 0.054 0.052 0.081 0.194 0.322 0.263 0.034 102 G 0.040 0.099 0.185 0.305 0.241 0.118 0.013 103 D 0.123 0.324 0.290 0.173 0.064 0.022 0.003 104 T 0.027 0.078 0.167 0.322 0.285 0.110 0.011 105 F 0.012 0.016 0.036 0.114 0.308 0.418 0.095 106 A 0.048 0.147 0.234 0.284 0.195 0.083 0.010 107 E 0.175 0.331 0.247 0.146 0.069 0.028 0.004 108 K 0.061 0.137 0.228 0.276 0.202 0.085 0.010 109 T 0.107 0.173 0.235 0.244 0.164 0.069 0.008 110 G 0.209 0.215 0.191 0.173 0.131 0.068 0.013 111 F 0.177 0.158 0.185 0.221 0.175 0.076 0.009 112 D 0.334 0.262 0.174 0.123 0.070 0.032 0.005 113 P 0.335 0.228 0.168 0.145 0.084 0.036 0.005 114 R 0.244 0.245 0.204 0.163 0.098 0.041 0.005 115 R 0.255 0.254 0.209 0.161 0.087 0.030 0.004 116 L 0.175 0.181 0.198 0.225 0.155 0.059 0.006 117 T 0.372 0.274 0.172 0.110 0.051 0.018 0.003 118 T 0.196 0.244 0.230 0.193 0.101 0.032 0.005 119 S 0.136 0.290 0.254 0.182 0.092 0.038 0.008 120 Y 0.012 0.057 0.141 0.260 0.316 0.181 0.034 121 L 0.002 0.009 0.028 0.086 0.238 0.485 0.153 122 Y 0.002 0.016 0.041 0.093 0.201 0.391 0.256 123 F 0.001 0.003 0.008 0.035 0.128 0.434 0.391 124 R 0.001 0.014 0.071 0.213 0.300 0.269 0.132 125 I 0.001 0.002 0.006 0.031 0.152 0.506 0.302 126 S 0.004 0.047 0.128 0.258 0.265 0.223 0.075 127 P 0.006 0.027 0.064 0.174 0.294 0.343 0.092 128 R 0.028 0.180 0.304 0.269 0.130 0.070 0.019 129 R 0.012 0.078 0.216 0.327 0.242 0.108 0.016 130 V 0.007 0.014 0.030 0.106 0.310 0.440 0.094 131 Q 0.025 0.108 0.204 0.296 0.251 0.104 0.012 132 A 0.041 0.086 0.126 0.200 0.261 0.245 0.041 133 W 0.016 0.074 0.186 0.340 0.263 0.112 0.009 134 R 0.091 0.237 0.282 0.229 0.118 0.037 0.006 135 E 0.260 0.293 0.202 0.143 0.072 0.028 0.003 136 A 0.303 0.228 0.191 0.154 0.091 0.030 0.003 137 N 0.422 0.281 0.171 0.086 0.030 0.009 0.001 138 E 0.337 0.311 0.185 0.105 0.046 0.016 0.002 139 L 0.155 0.143 0.175 0.230 0.195 0.091 0.011 140 S 0.259 0.249 0.195 0.162 0.088 0.040 0.006 141 G 0.348 0.249 0.170 0.121 0.071 0.034 0.007 142 R 0.204 0.198 0.219 0.209 0.122 0.043 0.005 143 E 0.349 0.268 0.170 0.114 0.065 0.029 0.005 144 L 0.150 0.202 0.228 0.215 0.135 0.063 0.008 145 M 0.130 0.169 0.218 0.245 0.178 0.056 0.003 146 R 0.306 0.279 0.208 0.134 0.056 0.015 0.001 147 D 0.620 0.226 0.089 0.043 0.016 0.005 0.001 148 G 0.551 0.214 0.130 0.071 0.028 0.006 0.001 149 E 0.597 0.243 0.099 0.045 0.014 0.003 0.001 150 W 0.282 0.227 0.207 0.175 0.086 0.021 0.001 151 L 0.325 0.281 0.213 0.124 0.047 0.009 0.001 152 V 0.361 0.254 0.197 0.134 0.046 0.008 0.001 153 T 0.784 0.155 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001 154 D 0.765 0.156 0.053 0.020 0.005 0.001 0.001