# TARGET T0369 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.006 0.406 0.040 0.544 2 T 0.002 0.001 0.008 0.915 0.014 0.060 3 D 0.001 0.001 0.007 0.957 0.010 0.023 4 W 0.001 0.001 0.009 0.972 0.006 0.012 5 Q 0.001 0.001 0.005 0.976 0.007 0.011 6 Q 0.001 0.001 0.006 0.971 0.010 0.012 7 A 0.001 0.001 0.010 0.979 0.007 0.004 8 L 0.001 0.001 0.008 0.977 0.009 0.004 9 D 0.001 0.001 0.018 0.963 0.014 0.005 10 R 0.001 0.001 0.010 0.955 0.023 0.012 11 H 0.001 0.001 0.010 0.923 0.033 0.033 12 V 0.002 0.002 0.005 0.958 0.014 0.019 13 G 0.006 0.001 0.006 0.945 0.018 0.023 14 V 0.005 0.001 0.009 0.953 0.015 0.017 15 G 0.008 0.002 0.012 0.951 0.013 0.014 16 V 0.006 0.001 0.011 0.962 0.009 0.012 17 R 0.006 0.001 0.009 0.967 0.007 0.010 18 T 0.003 0.001 0.009 0.973 0.005 0.010 19 T 0.003 0.001 0.003 0.977 0.003 0.013 20 R 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.004 21 D 0.001 0.001 0.009 0.985 0.003 0.003 22 L 0.001 0.001 0.013 0.982 0.003 0.001 23 I 0.001 0.001 0.017 0.974 0.006 0.002 24 R 0.001 0.001 0.032 0.935 0.022 0.010 25 L 0.002 0.001 0.044 0.754 0.118 0.081 26 I 0.010 0.010 0.010 0.078 0.287 0.606 27 Q 0.011 0.025 0.014 0.025 0.449 0.476 28 P 0.007 0.002 0.513 0.047 0.383 0.047 29 E 0.006 0.001 0.609 0.037 0.302 0.045 30 D 0.018 0.002 0.672 0.039 0.233 0.035 31 W 0.123 0.005 0.113 0.035 0.382 0.342 32 D 0.119 0.015 0.038 0.015 0.327 0.487 33 K 0.257 0.051 0.038 0.021 0.254 0.379 34 R 0.330 0.046 0.016 0.018 0.193 0.397 35 P 0.185 0.037 0.018 0.020 0.218 0.522 36 I 0.063 0.020 0.042 0.013 0.700 0.162 37 S 0.029 0.009 0.060 0.008 0.792 0.102 38 G 0.018 0.003 0.065 0.012 0.816 0.086 39 K 0.066 0.016 0.023 0.012 0.705 0.177 40 R 0.111 0.124 0.009 0.018 0.269 0.469 41 S 0.102 0.108 0.003 0.035 0.116 0.637 42 V 0.002 0.001 0.008 0.964 0.015 0.010 43 Y 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 44 E 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 45 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 50 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.006 51 V 0.001 0.001 0.007 0.959 0.016 0.018 52 L 0.002 0.001 0.008 0.913 0.034 0.041 53 L 0.002 0.001 0.010 0.857 0.053 0.077 54 E 0.003 0.001 0.015 0.840 0.058 0.082 55 A 0.003 0.001 0.022 0.899 0.043 0.032 56 D 0.004 0.001 0.026 0.906 0.039 0.023 57 L 0.008 0.002 0.042 0.869 0.051 0.028 58 R 0.008 0.001 0.040 0.862 0.052 0.037 59 I 0.015 0.005 0.028 0.833 0.066 0.052 60 A 0.037 0.011 0.028 0.667 0.124 0.134 61 T 0.047 0.005 0.021 0.420 0.213 0.295 62 G 0.033 0.003 0.042 0.488 0.176 0.257 63 A 0.057 0.017 0.044 0.571 0.144 0.168 64 T 0.055 0.007 0.045 0.582 0.141 0.170 65 A 0.037 0.005 0.097 0.554 0.147 0.159 66 D 0.027 0.008 0.120 0.482 0.183 0.180 67 E 0.015 0.004 0.149 0.412 0.236 0.184 68 M 0.014 0.009 0.098 0.356 0.300 0.223 69 A 0.011 0.010 0.104 0.233 0.398 0.244 70 Q 0.012 0.007 0.057 0.202 0.387 0.336 71 F 0.013 0.005 0.028 0.136 0.369 0.449 72 Y 0.012 0.012 0.014 0.109 0.327 0.525 73 A 0.011 0.009 0.014 0.123 0.297 0.547 74 V 0.024 0.008 0.017 0.346 0.187 0.417 75 P 0.040 0.006 0.028 0.665 0.093 0.167 76 V 0.031 0.008 0.020 0.714 0.063 0.164 77 L 0.014 0.002 0.015 0.784 0.035 0.150 78 P 0.003 0.001 0.008 0.938 0.015 0.034 79 E 0.002 0.001 0.009 0.949 0.020 0.019 80 Q 0.001 0.001 0.012 0.948 0.019 0.019 81 L 0.002 0.001 0.006 0.938 0.020 0.033 82 V 0.001 0.001 0.003 0.967 0.016 0.013 83 D 0.001 0.001 0.003 0.967 0.017 0.012 84 R 0.001 0.001 0.003 0.960 0.017 0.019 85 L 0.001 0.001 0.004 0.958 0.016 0.020 86 D 0.001 0.001 0.003 0.971 0.014 0.012 87 Q 0.001 0.001 0.002 0.969 0.013 0.015 88 S 0.001 0.001 0.003 0.963 0.011 0.022 89 W 0.001 0.001 0.011 0.948 0.015 0.024 90 Q 0.001 0.001 0.018 0.936 0.023 0.022 91 Y 0.001 0.001 0.022 0.944 0.018 0.016 92 Y 0.001 0.001 0.024 0.882 0.041 0.049 93 Q 0.002 0.001 0.034 0.822 0.078 0.064 94 D 0.001 0.001 0.031 0.787 0.091 0.089 95 R 0.002 0.002 0.041 0.685 0.146 0.124 96 L 0.006 0.006 0.050 0.624 0.181 0.133 97 M 0.010 0.005 0.131 0.547 0.212 0.095 98 A 0.011 0.003 0.135 0.457 0.258 0.136 99 D 0.014 0.005 0.135 0.444 0.238 0.164 100 F 0.021 0.015 0.073 0.263 0.304 0.324 101 S 0.031 0.010 0.083 0.159 0.422 0.295 102 T 0.049 0.011 0.088 0.180 0.370 0.302 103 E 0.058 0.010 0.051 0.097 0.348 0.436 104 T 0.086 0.026 0.031 0.076 0.301 0.481 105 T 0.078 0.008 0.015 0.049 0.216 0.634 106 Y 0.154 0.030 0.027 0.055 0.246 0.489 107 W 0.131 0.024 0.022 0.064 0.260 0.499 108 G 0.125 0.019 0.027 0.062 0.302 0.465 109 V 0.106 0.017 0.028 0.074 0.328 0.448 110 T 0.068 0.014 0.020 0.092 0.325 0.480 111 D 0.054 0.016 0.035 0.246 0.295 0.354 112 S 0.041 0.021 0.013 0.222 0.147 0.557 113 T 0.004 0.001 0.007 0.951 0.015 0.022 114 T 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 115 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 116 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.004 120 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 122 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 123 H 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 124 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 125 Y 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 126 H 0.001 0.001 0.004 0.982 0.004 0.009 127 H 0.001 0.001 0.005 0.981 0.004 0.009 128 R 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.007 129 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.005 0.008 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 132 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 133 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 136 N 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 137 L 0.001 0.001 0.006 0.982 0.007 0.005 138 L 0.001 0.001 0.008 0.929 0.022 0.040 139 G 0.002 0.001 0.002 0.040 0.118 0.837 140 Y 0.017 0.007 0.004 0.020 0.129 0.824 141 D 0.075 0.019 0.007 0.018 0.206 0.675 142 I 0.057 0.012 0.015 0.027 0.296 0.593 143 K 0.077 0.018 0.028 0.022 0.246 0.609 144 L 0.251 0.024 0.058 0.035 0.273 0.359 145 D 0.244 0.015 0.087 0.052 0.218 0.384 146 L 0.203 0.022 0.106 0.065 0.179 0.425 147 F 0.142 0.029 0.030 0.042 0.119 0.637 148 E 0.004 0.002 0.002 0.005 0.038 0.949