# TARGET T0369 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.516 0.001 0.005 0.444 0.001 0.001 0.003 0.016 0.008 0.001 0.004 2 T 0.001 0.003 0.124 0.001 0.006 0.847 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 3 D 0.001 0.004 0.021 0.001 0.007 0.942 0.001 0.001 0.002 0.009 0.013 0.001 0.001 4 W 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 5 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 6 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 9 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.909 0.001 0.001 0.001 0.006 0.076 0.001 0.001 11 H 0.001 0.001 0.016 0.001 0.009 0.899 0.001 0.001 0.001 0.012 0.063 0.001 0.001 12 V 0.001 0.002 0.018 0.001 0.009 0.922 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.001 0.001 13 G 0.001 0.001 0.020 0.001 0.017 0.915 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.014 0.001 0.023 0.889 0.001 0.001 0.001 0.021 0.049 0.001 0.001 15 G 0.001 0.003 0.019 0.001 0.013 0.871 0.001 0.001 0.002 0.018 0.070 0.001 0.003 16 V 0.001 0.001 0.026 0.001 0.007 0.930 0.001 0.001 0.002 0.013 0.017 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.016 0.001 0.010 0.941 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.943 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 19 T 0.001 0.002 0.006 0.001 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 20 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 24 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.850 0.001 0.001 0.001 0.010 0.121 0.001 0.001 25 L 0.001 0.002 0.037 0.001 0.013 0.562 0.001 0.001 0.001 0.037 0.344 0.001 0.002 26 I 0.001 0.016 0.475 0.001 0.003 0.082 0.001 0.001 0.001 0.394 0.019 0.006 0.004 27 Q 0.001 0.011 0.886 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.001 0.061 0.009 0.001 0.007 28 P 0.001 0.001 0.024 0.001 0.521 0.176 0.001 0.001 0.001 0.027 0.251 0.001 0.001 29 E 0.001 0.002 0.011 0.001 0.543 0.130 0.001 0.001 0.001 0.017 0.296 0.001 0.001 30 D 0.001 0.003 0.030 0.001 0.800 0.094 0.001 0.001 0.001 0.015 0.057 0.001 0.001 31 W 0.001 0.005 0.049 0.003 0.507 0.128 0.001 0.001 0.004 0.055 0.239 0.002 0.006 32 D 0.006 0.021 0.083 0.004 0.160 0.084 0.001 0.001 0.014 0.083 0.508 0.017 0.018 33 K 0.012 0.052 0.358 0.005 0.044 0.043 0.003 0.001 0.030 0.195 0.120 0.015 0.121 34 R 0.001 0.013 0.609 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.026 0.153 0.012 0.139 0.027 35 P 0.001 0.044 0.689 0.006 0.010 0.014 0.001 0.001 0.029 0.073 0.020 0.006 0.109 36 I 0.001 0.019 0.539 0.010 0.114 0.055 0.001 0.001 0.020 0.142 0.062 0.022 0.016 37 S 0.001 0.009 0.225 0.007 0.256 0.060 0.001 0.001 0.005 0.192 0.236 0.002 0.007 38 G 0.001 0.008 0.187 0.009 0.215 0.035 0.001 0.001 0.008 0.176 0.355 0.002 0.006 39 K 0.001 0.021 0.518 0.003 0.068 0.041 0.001 0.001 0.027 0.190 0.095 0.011 0.026 40 R 0.004 0.071 0.488 0.001 0.013 0.050 0.001 0.001 0.033 0.233 0.039 0.039 0.028 41 S 0.001 0.069 0.525 0.001 0.006 0.139 0.001 0.001 0.015 0.153 0.018 0.002 0.073 42 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 43 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.011 0.861 0.001 0.001 0.001 0.010 0.105 0.001 0.001 52 L 0.001 0.002 0.055 0.001 0.011 0.839 0.001 0.001 0.001 0.035 0.052 0.002 0.002 53 L 0.001 0.003 0.046 0.001 0.026 0.832 0.001 0.001 0.001 0.022 0.063 0.001 0.003 54 E 0.002 0.002 0.035 0.001 0.047 0.832 0.001 0.001 0.001 0.019 0.056 0.002 0.002 55 A 0.002 0.002 0.021 0.001 0.047 0.854 0.001 0.001 0.002 0.018 0.047 0.001 0.004 56 D 0.003 0.003 0.019 0.001 0.053 0.837 0.001 0.002 0.003 0.009 0.063 0.002 0.004 57 L 0.004 0.002 0.018 0.002 0.065 0.814 0.001 0.003 0.003 0.017 0.064 0.002 0.004 58 R 0.008 0.002 0.028 0.002 0.053 0.764 0.004 0.003 0.012 0.016 0.094 0.006 0.008 59 I 0.018 0.007 0.062 0.002 0.036 0.624 0.007 0.003 0.019 0.034 0.152 0.008 0.027 60 A 0.025 0.037 0.293 0.002 0.010 0.324 0.009 0.003 0.028 0.090 0.071 0.061 0.047 61 T 0.009 0.022 0.403 0.004 0.007 0.240 0.003 0.001 0.022 0.106 0.065 0.024 0.093 62 G 0.002 0.005 0.119 0.002 0.030 0.562 0.001 0.001 0.003 0.098 0.159 0.006 0.013 63 A 0.001 0.006 0.160 0.002 0.051 0.591 0.001 0.001 0.003 0.069 0.101 0.009 0.007 64 T 0.001 0.011 0.126 0.001 0.088 0.634 0.001 0.001 0.004 0.037 0.074 0.002 0.021 65 A 0.001 0.004 0.103 0.001 0.101 0.638 0.001 0.001 0.002 0.051 0.087 0.005 0.004 66 D 0.002 0.009 0.112 0.001 0.105 0.532 0.001 0.001 0.004 0.066 0.152 0.005 0.010 67 E 0.003 0.010 0.142 0.001 0.112 0.504 0.001 0.001 0.002 0.059 0.150 0.004 0.012 68 M 0.003 0.009 0.204 0.001 0.079 0.395 0.001 0.001 0.002 0.118 0.168 0.011 0.008 69 A 0.002 0.011 0.302 0.001 0.062 0.175 0.001 0.001 0.002 0.145 0.277 0.006 0.016 70 Q 0.001 0.013 0.364 0.001 0.033 0.078 0.001 0.001 0.002 0.228 0.257 0.007 0.015 71 F 0.001 0.008 0.554 0.001 0.018 0.056 0.001 0.001 0.002 0.243 0.109 0.005 0.006 72 Y 0.001 0.005 0.633 0.001 0.018 0.056 0.001 0.001 0.002 0.199 0.075 0.005 0.007 73 A 0.001 0.015 0.625 0.001 0.014 0.111 0.001 0.001 0.005 0.156 0.057 0.003 0.014 74 V 0.001 0.012 0.529 0.001 0.012 0.236 0.001 0.001 0.012 0.142 0.032 0.014 0.010 75 P 0.001 0.009 0.340 0.001 0.020 0.512 0.001 0.001 0.020 0.037 0.022 0.003 0.033 76 V 0.002 0.011 0.242 0.002 0.020 0.571 0.001 0.001 0.025 0.057 0.024 0.037 0.007 77 L 0.001 0.007 0.120 0.001 0.022 0.744 0.001 0.001 0.019 0.034 0.026 0.002 0.025 78 P 0.001 0.001 0.017 0.001 0.015 0.942 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 79 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 82 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 84 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 86 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 87 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 88 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 89 W 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 91 Y 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.943 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.001 0.001 92 Y 0.001 0.001 0.023 0.001 0.008 0.909 0.001 0.001 0.001 0.011 0.047 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.026 0.001 0.013 0.896 0.001 0.001 0.001 0.012 0.050 0.001 0.001 94 D 0.001 0.001 0.030 0.001 0.016 0.825 0.001 0.001 0.001 0.023 0.104 0.001 0.001 95 R 0.001 0.002 0.077 0.001 0.025 0.735 0.001 0.001 0.001 0.051 0.108 0.001 0.001 96 L 0.001 0.007 0.145 0.001 0.045 0.660 0.001 0.001 0.002 0.053 0.085 0.001 0.003 97 M 0.001 0.003 0.097 0.001 0.116 0.635 0.001 0.001 0.002 0.049 0.094 0.002 0.002 98 A 0.001 0.005 0.101 0.001 0.121 0.600 0.001 0.001 0.003 0.044 0.118 0.003 0.004 99 D 0.001 0.009 0.124 0.001 0.132 0.498 0.001 0.001 0.003 0.051 0.169 0.002 0.009 100 F 0.002 0.014 0.215 0.002 0.070 0.334 0.001 0.001 0.007 0.109 0.230 0.008 0.007 101 S 0.002 0.010 0.263 0.002 0.056 0.220 0.001 0.001 0.006 0.148 0.267 0.007 0.016 102 T 0.002 0.018 0.418 0.002 0.032 0.127 0.001 0.001 0.007 0.198 0.163 0.013 0.021 103 E 0.001 0.019 0.592 0.004 0.019 0.062 0.001 0.001 0.007 0.161 0.094 0.016 0.024 104 T 0.001 0.018 0.632 0.011 0.018 0.045 0.001 0.001 0.010 0.147 0.068 0.014 0.034 105 T 0.002 0.015 0.520 0.012 0.023 0.061 0.001 0.001 0.021 0.190 0.085 0.034 0.035 106 Y 0.005 0.040 0.533 0.004 0.028 0.061 0.003 0.004 0.047 0.100 0.060 0.032 0.082 107 W 0.009 0.041 0.421 0.009 0.042 0.094 0.005 0.009 0.047 0.095 0.123 0.041 0.064 108 G 0.012 0.022 0.371 0.010 0.045 0.072 0.003 0.004 0.033 0.131 0.196 0.041 0.061 109 V 0.006 0.014 0.366 0.005 0.042 0.082 0.001 0.002 0.012 0.236 0.161 0.030 0.042 110 T 0.003 0.023 0.323 0.005 0.029 0.127 0.001 0.001 0.007 0.239 0.194 0.013 0.035 111 D 0.004 0.014 0.320 0.002 0.019 0.318 0.001 0.001 0.003 0.190 0.090 0.021 0.017 112 S 0.003 0.017 0.295 0.002 0.009 0.500 0.001 0.001 0.004 0.098 0.040 0.005 0.026 113 T 0.001 0.003 0.042 0.001 0.009 0.895 0.001 0.001 0.001 0.022 0.019 0.002 0.004 114 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 115 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 116 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 122 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 123 H 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 124 L 0.001 0.002 0.015 0.001 0.009 0.922 0.001 0.001 0.001 0.012 0.039 0.001 0.001 125 Y 0.001 0.001 0.011 0.001 0.012 0.892 0.001 0.001 0.001 0.015 0.067 0.001 0.001 126 H 0.001 0.001 0.021 0.001 0.007 0.841 0.001 0.001 0.001 0.026 0.104 0.001 0.001 127 H 0.001 0.002 0.062 0.001 0.006 0.790 0.001 0.001 0.001 0.047 0.091 0.001 0.001 128 R 0.001 0.001 0.018 0.001 0.004 0.917 0.001 0.001 0.001 0.014 0.045 0.001 0.001 129 S 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.001 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 131 L 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 132 L 0.011 0.001 0.002 0.001 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 133 D 0.015 0.001 0.002 0.001 0.004 0.964 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 134 Y 0.021 0.001 0.002 0.001 0.003 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 135 L 0.029 0.001 0.002 0.001 0.005 0.938 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.002 0.005 136 N 0.012 0.001 0.003 0.001 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.003 0.002 137 L 0.011 0.002 0.018 0.001 0.015 0.748 0.001 0.001 0.001 0.018 0.165 0.002 0.017 138 L 0.001 0.002 0.056 0.005 0.026 0.207 0.001 0.001 0.001 0.088 0.601 0.007 0.006 139 G 0.001 0.004 0.135 0.004 0.021 0.039 0.001 0.001 0.001 0.141 0.635 0.003 0.015 140 Y 0.001 0.012 0.641 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.002 0.253 0.019 0.035 0.016 141 D 0.001 0.017 0.922 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.024 0.005 0.002 0.020 142 I 0.001 0.011 0.725 0.006 0.038 0.029 0.001 0.001 0.003 0.084 0.082 0.009 0.013 143 K 0.001 0.019 0.486 0.004 0.089 0.036 0.001 0.001 0.015 0.155 0.158 0.006 0.031 144 L 0.001 0.010 0.534 0.002 0.045 0.023 0.001 0.001 0.021 0.296 0.014 0.040 0.014 145 D 0.001 0.021 0.694 0.005 0.060 0.027 0.001 0.001 0.032 0.049 0.053 0.006 0.051 146 L 0.005 0.046 0.465 0.001 0.135 0.024 0.003 0.001 0.028 0.062 0.194 0.013 0.023 147 F 0.003 0.024 0.618 0.001 0.077 0.024 0.002 0.001 0.027 0.055 0.129 0.014 0.027 148 E 0.001 0.004 0.909 0.001 0.018 0.017 0.001 0.001 0.004 0.021 0.017 0.002 0.008