# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.859 0.004 0.006 0.007 0.014 0.020 0.077 2 T 0.013 0.906 0.003 0.004 0.004 0.006 0.043 0.021 3 D 0.006 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 0.013 4 W 0.011 0.937 0.002 0.001 0.001 0.003 0.037 0.009 5 Q 0.021 0.879 0.008 0.001 0.001 0.003 0.075 0.012 6 Q 0.024 0.848 0.006 0.002 0.002 0.008 0.058 0.052 7 A 0.057 0.657 0.028 0.003 0.003 0.024 0.105 0.123 8 L 0.054 0.619 0.008 0.005 0.004 0.031 0.134 0.146 9 D 0.080 0.416 0.016 0.004 0.005 0.036 0.116 0.328 10 R 0.048 0.468 0.009 0.007 0.008 0.056 0.070 0.333 11 H 0.053 0.374 0.040 0.010 0.012 0.077 0.107 0.327 12 V 0.081 0.462 0.019 0.015 0.017 0.060 0.085 0.261 13 G 0.060 0.376 0.035 0.011 0.020 0.056 0.093 0.349 14 V 0.029 0.136 0.043 0.021 0.029 0.080 0.340 0.321 15 G 0.013 0.246 0.034 0.017 0.021 0.041 0.513 0.116 16 V 0.018 0.668 0.012 0.009 0.012 0.026 0.110 0.144 17 R 0.008 0.640 0.032 0.033 0.034 0.029 0.093 0.131 18 T 0.005 0.887 0.008 0.007 0.012 0.010 0.033 0.038 19 T 0.010 0.956 0.003 0.001 0.001 0.002 0.021 0.006 20 R 0.009 0.868 0.026 0.009 0.004 0.005 0.062 0.018 21 D 0.017 0.875 0.019 0.006 0.008 0.009 0.029 0.037 22 L 0.367 0.323 0.079 0.007 0.010 0.020 0.131 0.062 23 I 0.336 0.135 0.050 0.028 0.021 0.047 0.162 0.221 24 R 0.031 0.027 0.006 0.004 0.007 0.031 0.015 0.878 25 L 0.006 0.018 0.009 0.006 0.010 0.117 0.014 0.819 26 I 0.024 0.023 0.044 0.044 0.030 0.184 0.061 0.590 27 Q 0.519 0.045 0.006 0.007 0.006 0.060 0.039 0.319 28 P 0.357 0.046 0.011 0.006 0.006 0.065 0.058 0.450 29 E 0.072 0.029 0.013 0.006 0.009 0.096 0.024 0.752 30 D 0.213 0.025 0.009 0.007 0.014 0.065 0.040 0.628 31 W 0.061 0.008 0.011 0.018 0.017 0.103 0.023 0.759 32 D 0.030 0.008 0.018 0.032 0.075 0.108 0.028 0.700 33 K 0.024 0.003 0.012 0.021 0.036 0.094 0.024 0.786 34 R 0.014 0.003 0.037 0.123 0.102 0.163 0.030 0.529 35 P 0.042 0.004 0.011 0.012 0.022 0.075 0.025 0.809 36 I 0.453 0.019 0.010 0.025 0.024 0.069 0.052 0.349 37 S 0.066 0.012 0.010 0.010 0.017 0.091 0.031 0.763 38 G 0.037 0.057 0.009 0.012 0.028 0.106 0.051 0.699 39 K 0.024 0.137 0.019 0.024 0.043 0.131 0.031 0.591 40 R 0.020 0.324 0.018 0.036 0.037 0.082 0.069 0.414 41 S 0.010 0.880 0.004 0.007 0.007 0.009 0.045 0.039 42 V 0.004 0.961 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.008 43 Y 0.002 0.959 0.001 0.002 0.003 0.001 0.027 0.005 44 E 0.002 0.882 0.001 0.003 0.004 0.002 0.103 0.004 45 V 0.001 0.977 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.001 46 A 0.002 0.952 0.002 0.003 0.005 0.001 0.032 0.003 47 V 0.003 0.875 0.004 0.009 0.008 0.004 0.087 0.010 48 H 0.009 0.930 0.003 0.003 0.005 0.004 0.037 0.009 49 L 0.032 0.852 0.008 0.006 0.006 0.008 0.063 0.025 50 A 0.025 0.761 0.021 0.011 0.010 0.019 0.076 0.078 51 V 0.039 0.638 0.017 0.006 0.007 0.031 0.094 0.169 52 L 0.049 0.569 0.034 0.008 0.005 0.033 0.169 0.132 53 L 0.052 0.715 0.010 0.003 0.004 0.025 0.060 0.130 54 E 0.082 0.600 0.009 0.002 0.003 0.033 0.063 0.207 55 A 0.038 0.638 0.017 0.007 0.007 0.035 0.067 0.192 56 D 0.091 0.568 0.014 0.005 0.010 0.035 0.081 0.197 57 L 0.053 0.145 0.040 0.011 0.014 0.073 0.386 0.277 58 R 0.022 0.193 0.078 0.045 0.055 0.091 0.259 0.258 59 I 0.192 0.113 0.049 0.015 0.031 0.094 0.054 0.453 60 A 0.069 0.041 0.074 0.052 0.044 0.118 0.196 0.406 61 T 0.032 0.103 0.030 0.010 0.026 0.098 0.087 0.613 62 G 0.061 0.162 0.024 0.013 0.023 0.114 0.063 0.540 63 A 0.037 0.266 0.028 0.035 0.021 0.111 0.037 0.466 64 T 0.097 0.631 0.010 0.005 0.007 0.028 0.056 0.165 65 A 0.129 0.576 0.019 0.008 0.007 0.034 0.061 0.166 66 D 0.118 0.367 0.035 0.019 0.016 0.045 0.144 0.256 67 E 0.165 0.269 0.023 0.011 0.012 0.055 0.096 0.369 68 M 0.204 0.147 0.025 0.013 0.021 0.082 0.081 0.428 69 A 0.051 0.033 0.034 0.017 0.020 0.084 0.070 0.691 70 Q 0.101 0.033 0.016 0.010 0.017 0.085 0.044 0.693 71 F 0.183 0.017 0.021 0.014 0.017 0.101 0.063 0.585 72 Y 0.037 0.006 0.018 0.014 0.018 0.114 0.018 0.776 73 A 0.040 0.007 0.015 0.009 0.022 0.072 0.024 0.811 74 V 0.061 0.023 0.018 0.013 0.014 0.116 0.042 0.712 75 P 0.014 0.036 0.040 0.023 0.023 0.145 0.025 0.693 76 V 0.009 0.052 0.014 0.006 0.005 0.072 0.017 0.824 77 L 0.078 0.855 0.003 0.001 0.001 0.007 0.021 0.033 78 P 0.055 0.913 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.012 79 E 0.011 0.920 0.002 0.001 0.001 0.004 0.028 0.033 80 Q 0.007 0.911 0.003 0.001 0.001 0.006 0.046 0.025 81 L 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.005 82 V 0.008 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.007 83 D 0.016 0.896 0.002 0.001 0.001 0.005 0.037 0.042 84 R 0.013 0.163 0.007 0.001 0.001 0.010 0.779 0.027 85 L 0.018 0.654 0.003 0.001 0.001 0.008 0.288 0.027 86 D 0.032 0.820 0.003 0.001 0.001 0.012 0.033 0.100 87 Q 0.011 0.760 0.007 0.002 0.002 0.024 0.038 0.157 88 S 0.021 0.866 0.005 0.001 0.001 0.013 0.052 0.041 89 W 0.061 0.818 0.006 0.001 0.001 0.012 0.052 0.049 90 Q 0.031 0.733 0.018 0.004 0.003 0.025 0.074 0.112 91 Y 0.043 0.679 0.022 0.002 0.003 0.034 0.073 0.145 92 Y 0.068 0.721 0.028 0.003 0.003 0.022 0.075 0.080 93 Q 0.074 0.618 0.034 0.005 0.005 0.026 0.047 0.191 94 D 0.079 0.440 0.021 0.004 0.005 0.045 0.043 0.362 95 R 0.094 0.259 0.056 0.013 0.010 0.081 0.088 0.399 96 L 0.183 0.152 0.028 0.008 0.008 0.075 0.089 0.457 97 M 0.175 0.049 0.016 0.005 0.006 0.076 0.119 0.554 98 A 0.042 0.023 0.016 0.009 0.011 0.107 0.135 0.657 99 D 0.055 0.022 0.013 0.008 0.015 0.109 0.068 0.710 100 F 0.112 0.012 0.012 0.015 0.024 0.121 0.061 0.642 101 S 0.037 0.008 0.017 0.020 0.040 0.134 0.088 0.657 102 T 0.027 0.008 0.018 0.022 0.044 0.125 0.043 0.713 103 E 0.050 0.009 0.028 0.047 0.077 0.141 0.040 0.608 104 T 0.023 0.006 0.041 0.041 0.061 0.101 0.043 0.685 105 T 0.067 0.010 0.059 0.067 0.110 0.109 0.052 0.527 106 Y 0.034 0.006 0.057 0.075 0.106 0.091 0.095 0.536 107 W 0.014 0.006 0.076 0.098 0.154 0.111 0.046 0.496 108 G 0.034 0.007 0.057 0.067 0.151 0.092 0.063 0.529 109 V 0.024 0.007 0.036 0.071 0.069 0.101 0.148 0.545 110 T 0.035 0.045 0.039 0.036 0.062 0.108 0.221 0.454 111 D 0.042 0.148 0.017 0.027 0.046 0.119 0.080 0.521 112 S 0.027 0.491 0.013 0.021 0.027 0.061 0.050 0.310 113 T 0.010 0.925 0.002 0.003 0.005 0.006 0.021 0.029 114 T 0.006 0.935 0.002 0.003 0.004 0.005 0.028 0.016 115 G 0.004 0.893 0.006 0.010 0.008 0.005 0.063 0.012 116 W 0.004 0.945 0.003 0.002 0.003 0.003 0.033 0.006 117 L 0.007 0.925 0.004 0.002 0.003 0.002 0.053 0.005 118 L 0.007 0.867 0.006 0.004 0.004 0.004 0.091 0.017 119 E 0.007 0.693 0.005 0.003 0.005 0.010 0.233 0.044 120 A 0.010 0.896 0.004 0.002 0.002 0.007 0.060 0.019 121 A 0.018 0.837 0.006 0.004 0.005 0.012 0.074 0.044 122 V 0.021 0.619 0.014 0.006 0.007 0.032 0.171 0.130 123 H 0.020 0.783 0.011 0.005 0.006 0.017 0.111 0.047 124 L 0.053 0.758 0.018 0.005 0.005 0.024 0.056 0.081 125 Y 0.028 0.281 0.056 0.016 0.017 0.067 0.327 0.208 126 H 0.011 0.420 0.030 0.003 0.004 0.061 0.308 0.163 127 H 0.013 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.014 128 R 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.015 129 S 0.001 0.936 0.002 0.001 0.002 0.004 0.040 0.014 130 Q 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 131 L 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 132 L 0.001 0.763 0.003 0.002 0.003 0.002 0.224 0.003 133 D 0.002 0.940 0.005 0.005 0.004 0.001 0.041 0.003 134 Y 0.023 0.803 0.037 0.010 0.016 0.006 0.090 0.015 135 L 0.062 0.093 0.288 0.078 0.035 0.025 0.343 0.075 136 N 0.578 0.031 0.024 0.015 0.014 0.037 0.059 0.242 137 L 0.150 0.002 0.008 0.002 0.002 0.039 0.019 0.778 138 L 0.010 0.002 0.016 0.008 0.019 0.213 0.015 0.718 139 G 0.003 0.001 0.007 0.004 0.011 0.054 0.012 0.909 140 Y 0.018 0.003 0.041 0.104 0.062 0.127 0.032 0.612 141 D 0.031 0.004 0.132 0.047 0.055 0.086 0.061 0.584 142 I 0.035 0.007 0.085 0.093 0.066 0.127 0.043 0.543 143 K 0.018 0.007 0.149 0.018 0.032 0.080 0.034 0.664 144 L 0.106 0.029 0.104 0.043 0.047 0.099 0.074 0.496 145 D 0.063 0.028 0.229 0.071 0.093 0.080 0.112 0.324 146 L 0.036 0.023 0.107 0.038 0.082 0.089 0.113 0.512 147 F 0.041 0.020 0.140 0.128 0.145 0.085 0.101 0.341 148 E 0.047 0.014 0.046 0.059 0.092 0.097 0.068 0.578