# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.024 0.023 0.015 0.004 0.008 0.035 0.002 0.001 0.003 0.810 2 T 0.013 0.020 0.003 0.013 0.005 0.008 0.161 0.001 0.001 0.003 0.773 3 D 0.047 0.033 0.001 0.004 0.002 0.003 0.204 0.001 0.001 0.005 0.702 4 W 0.072 0.319 0.001 0.008 0.004 0.008 0.189 0.003 0.001 0.004 0.394 5 Q 0.055 0.661 0.001 0.010 0.005 0.017 0.114 0.003 0.001 0.006 0.128 6 Q 0.033 0.864 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.081 7 A 0.022 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 8 L 0.030 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.024 9 D 0.042 0.894 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.043 10 R 0.049 0.817 0.012 0.001 0.002 0.004 0.007 0.023 0.001 0.001 0.084 11 H 0.172 0.670 0.006 0.004 0.003 0.003 0.005 0.028 0.001 0.001 0.109 12 V 0.106 0.672 0.029 0.013 0.013 0.013 0.014 0.022 0.001 0.001 0.118 13 G 0.059 0.497 0.033 0.035 0.022 0.043 0.031 0.019 0.001 0.002 0.258 14 V 0.063 0.328 0.027 0.057 0.029 0.053 0.034 0.010 0.001 0.002 0.396 15 G 0.062 0.255 0.009 0.047 0.033 0.049 0.056 0.007 0.001 0.002 0.479 16 V 0.105 0.317 0.024 0.071 0.026 0.056 0.070 0.007 0.001 0.005 0.319 17 R 0.036 0.315 0.009 0.075 0.022 0.050 0.083 0.006 0.001 0.004 0.400 18 T 0.079 0.269 0.006 0.024 0.017 0.025 0.128 0.006 0.001 0.005 0.443 19 T 0.052 0.539 0.006 0.013 0.008 0.017 0.100 0.004 0.001 0.004 0.257 20 R 0.014 0.708 0.003 0.008 0.007 0.009 0.038 0.003 0.001 0.002 0.209 21 D 0.021 0.688 0.001 0.001 0.002 0.003 0.112 0.002 0.001 0.003 0.166 22 L 0.016 0.917 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.044 23 I 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 24 R 0.014 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.011 25 L 0.109 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.001 0.001 0.030 26 I 0.314 0.508 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.001 0.001 0.037 27 Q 0.168 0.186 0.138 0.014 0.014 0.013 0.034 0.082 0.001 0.001 0.350 28 P 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.973 29 E 0.010 0.002 0.001 0.011 0.004 0.009 0.369 0.001 0.001 0.002 0.591 30 D 0.764 0.006 0.001 0.007 0.001 0.002 0.048 0.001 0.001 0.017 0.155 31 W 0.488 0.089 0.007 0.043 0.006 0.007 0.107 0.003 0.001 0.012 0.238 32 D 0.177 0.016 0.005 0.061 0.022 0.022 0.247 0.003 0.001 0.013 0.434 33 K 0.220 0.015 0.022 0.104 0.017 0.040 0.069 0.003 0.001 0.010 0.501 34 R 0.056 0.006 0.008 0.107 0.126 0.143 0.177 0.002 0.001 0.003 0.372 35 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.991 36 I 0.006 0.001 0.001 0.066 0.054 0.167 0.209 0.001 0.001 0.002 0.495 37 S 0.047 0.001 0.001 0.011 0.003 0.008 0.037 0.001 0.001 0.004 0.889 38 G 0.063 0.007 0.001 0.031 0.012 0.018 0.167 0.001 0.001 0.007 0.694 39 K 0.307 0.008 0.003 0.022 0.004 0.010 0.178 0.001 0.001 0.017 0.450 40 R 0.118 0.062 0.003 0.060 0.013 0.019 0.163 0.001 0.001 0.006 0.555 41 S 0.060 0.088 0.004 0.020 0.014 0.023 0.188 0.001 0.001 0.004 0.599 42 V 0.029 0.184 0.003 0.010 0.010 0.021 0.087 0.001 0.001 0.002 0.652 43 Y 0.031 0.498 0.002 0.016 0.016 0.031 0.082 0.002 0.001 0.004 0.319 44 E 0.018 0.551 0.001 0.002 0.003 0.012 0.115 0.001 0.001 0.003 0.292 45 V 0.011 0.896 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.078 46 A 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 47 V 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 48 H 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 49 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 50 A 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 51 V 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 52 L 0.020 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 53 L 0.010 0.953 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.027 54 E 0.022 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.035 55 A 0.020 0.902 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.048 56 D 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.027 57 L 0.024 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.036 58 R 0.026 0.908 0.007 0.002 0.002 0.003 0.007 0.014 0.001 0.001 0.030 59 I 0.041 0.886 0.011 0.003 0.003 0.006 0.004 0.018 0.001 0.001 0.028 60 A 0.042 0.819 0.015 0.018 0.011 0.012 0.003 0.034 0.001 0.001 0.046 61 T 0.082 0.558 0.018 0.018 0.013 0.017 0.018 0.067 0.001 0.002 0.208 62 G 0.177 0.150 0.067 0.022 0.010 0.014 0.028 0.060 0.001 0.004 0.467 63 A 0.140 0.069 0.096 0.018 0.007 0.011 0.130 0.011 0.001 0.007 0.512 64 T 0.056 0.039 0.019 0.024 0.013 0.018 0.215 0.005 0.001 0.007 0.605 65 A 0.048 0.075 0.006 0.030 0.012 0.017 0.107 0.002 0.001 0.006 0.697 66 D 0.067 0.102 0.002 0.011 0.011 0.015 0.261 0.002 0.001 0.009 0.519 67 E 0.200 0.212 0.003 0.010 0.011 0.016 0.147 0.004 0.001 0.011 0.385 68 M 0.211 0.426 0.005 0.011 0.014 0.021 0.069 0.006 0.001 0.007 0.230 69 A 0.092 0.380 0.006 0.009 0.018 0.031 0.058 0.009 0.001 0.005 0.392 70 Q 0.191 0.264 0.006 0.011 0.018 0.024 0.027 0.019 0.001 0.003 0.438 71 F 0.433 0.153 0.022 0.009 0.012 0.018 0.021 0.015 0.001 0.004 0.314 72 Y 0.054 0.054 0.017 0.019 0.027 0.036 0.031 0.008 0.001 0.001 0.753 73 A 0.028 0.011 0.006 0.022 0.016 0.029 0.031 0.003 0.001 0.001 0.852 74 V 0.191 0.016 0.012 0.058 0.020 0.051 0.077 0.003 0.001 0.004 0.569 75 P 0.014 0.002 0.002 0.013 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.952 76 V 0.058 0.007 0.003 0.092 0.014 0.035 0.147 0.001 0.001 0.003 0.639 77 L 0.129 0.012 0.002 0.035 0.006 0.013 0.141 0.001 0.001 0.002 0.660 78 P 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.982 79 E 0.008 0.013 0.001 0.005 0.001 0.006 0.355 0.001 0.001 0.004 0.607 80 Q 0.109 0.090 0.001 0.003 0.001 0.003 0.388 0.001 0.001 0.005 0.399 81 L 0.054 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.076 82 V 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 83 D 0.010 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.058 84 R 0.020 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 85 L 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 86 D 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 87 Q 0.020 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.027 88 S 0.018 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.018 89 W 0.012 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.015 90 Q 0.012 0.945 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.027 91 Y 0.047 0.901 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.029 92 Y 0.073 0.868 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.028 93 Q 0.036 0.875 0.014 0.002 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.050 94 D 0.031 0.733 0.009 0.002 0.001 0.002 0.013 0.023 0.001 0.001 0.184 95 R 0.122 0.651 0.005 0.002 0.002 0.002 0.018 0.035 0.001 0.001 0.161 96 L 0.132 0.670 0.015 0.004 0.003 0.005 0.037 0.024 0.001 0.004 0.104 97 M 0.051 0.727 0.025 0.006 0.007 0.015 0.021 0.012 0.001 0.002 0.135 98 A 0.080 0.603 0.004 0.005 0.008 0.013 0.013 0.021 0.001 0.001 0.251 99 D 0.297 0.394 0.005 0.006 0.015 0.011 0.009 0.039 0.001 0.001 0.222 100 F 0.226 0.368 0.038 0.014 0.027 0.032 0.031 0.026 0.001 0.004 0.234 101 S 0.071 0.152 0.027 0.032 0.071 0.087 0.095 0.023 0.001 0.004 0.437 102 T 0.078 0.066 0.009 0.031 0.037 0.054 0.080 0.009 0.001 0.005 0.631 103 E 0.150 0.050 0.009 0.034 0.037 0.054 0.186 0.009 0.001 0.017 0.453 104 T 0.219 0.028 0.017 0.039 0.037 0.043 0.206 0.007 0.001 0.026 0.378 105 T 0.122 0.022 0.020 0.065 0.050 0.055 0.161 0.003 0.001 0.014 0.487 106 Y 0.056 0.012 0.013 0.074 0.082 0.116 0.135 0.001 0.001 0.010 0.500 107 W 0.031 0.009 0.005 0.093 0.106 0.175 0.133 0.001 0.001 0.006 0.440 108 G 0.028 0.007 0.003 0.050 0.075 0.127 0.088 0.001 0.001 0.005 0.616 109 V 0.026 0.007 0.004 0.068 0.080 0.157 0.099 0.001 0.001 0.005 0.551 110 T 0.025 0.007 0.001 0.037 0.032 0.081 0.209 0.001 0.001 0.005 0.601 111 D 0.041 0.010 0.002 0.036 0.014 0.027 0.087 0.001 0.001 0.008 0.775 112 S 0.047 0.021 0.002 0.011 0.007 0.011 0.354 0.001 0.001 0.010 0.535 113 T 0.052 0.059 0.002 0.008 0.005 0.008 0.368 0.001 0.001 0.011 0.486 114 T 0.033 0.349 0.002 0.005 0.003 0.005 0.131 0.001 0.001 0.004 0.467 115 G 0.021 0.534 0.001 0.002 0.003 0.005 0.222 0.002 0.001 0.007 0.203 116 W 0.019 0.887 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.065 117 L 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 118 L 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 119 E 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 120 A 0.015 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 121 A 0.017 0.949 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.016 122 V 0.016 0.933 0.007 0.001 0.002 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.020 123 H 0.054 0.845 0.007 0.002 0.003 0.003 0.002 0.028 0.001 0.001 0.058 124 L 0.091 0.736 0.035 0.005 0.005 0.005 0.007 0.020 0.001 0.001 0.095 125 Y 0.078 0.622 0.037 0.026 0.017 0.027 0.024 0.036 0.001 0.002 0.132 126 H 0.088 0.479 0.035 0.058 0.026 0.045 0.037 0.029 0.001 0.002 0.201 127 H 0.066 0.263 0.014 0.029 0.018 0.020 0.066 0.012 0.001 0.002 0.511 128 R 0.036 0.079 0.010 0.012 0.003 0.009 0.066 0.004 0.001 0.003 0.778 129 S 0.077 0.110 0.013 0.016 0.006 0.013 0.189 0.005 0.001 0.009 0.562 130 Q 0.144 0.219 0.006 0.008 0.005 0.007 0.217 0.004 0.001 0.010 0.379 131 L 0.026 0.758 0.007 0.006 0.006 0.015 0.030 0.002 0.001 0.002 0.148 132 L 0.010 0.913 0.001 0.004 0.006 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.052 133 D 0.003 0.941 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.046 134 Y 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 135 L 0.004 0.976 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 136 N 0.004 0.969 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 137 L 0.041 0.930 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 138 L 0.038 0.808 0.014 0.002 0.004 0.005 0.004 0.113 0.001 0.001 0.011 139 G 0.338 0.074 0.020 0.003 0.003 0.002 0.006 0.439 0.001 0.005 0.109 140 Y 0.006 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 141 D 0.009 0.004 0.010 0.052 0.021 0.021 0.102 0.010 0.001 0.002 0.770 142 I 0.022 0.001 0.027 0.037 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.891 143 K 0.018 0.003 0.001 0.100 0.020 0.038 0.268 0.001 0.001 0.005 0.548 144 L 0.148 0.005 0.005 0.128 0.013 0.027 0.078 0.001 0.001 0.016 0.581 145 D 0.064 0.015 0.001 0.201 0.026 0.035 0.139 0.001 0.001 0.005 0.513 146 L 0.047 0.011 0.002 0.059 0.019 0.032 0.090 0.001 0.001 0.007 0.732 147 F 0.075 0.047 0.002 0.142 0.084 0.164 0.155 0.002 0.001 0.009 0.320 148 E 0.072 0.074 0.004 0.060 0.059 0.122 0.123 0.002 0.001 0.008 0.475