# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.009 0.018 0.009 0.002 0.003 0.015 0.002 0.001 0.001 0.882 2 T 0.017 0.007 0.006 0.017 0.004 0.008 0.185 0.001 0.001 0.003 0.753 3 D 0.037 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.145 0.001 0.001 0.002 0.801 4 W 0.032 0.090 0.001 0.007 0.001 0.003 0.176 0.001 0.001 0.002 0.686 5 Q 0.054 0.250 0.001 0.013 0.003 0.013 0.370 0.002 0.001 0.012 0.282 6 Q 0.076 0.674 0.001 0.002 0.001 0.002 0.085 0.002 0.001 0.002 0.155 7 A 0.018 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 8 L 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 9 D 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.021 10 R 0.013 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.024 11 H 0.021 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 12 V 0.017 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 13 G 0.024 0.914 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.039 14 V 0.035 0.895 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.041 15 G 0.033 0.862 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.070 16 V 0.051 0.852 0.013 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.061 17 R 0.030 0.804 0.011 0.003 0.001 0.001 0.011 0.019 0.001 0.001 0.119 18 T 0.105 0.716 0.010 0.002 0.001 0.001 0.022 0.017 0.001 0.001 0.125 19 T 0.033 0.846 0.009 0.003 0.001 0.002 0.020 0.011 0.001 0.001 0.074 20 R 0.006 0.904 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.069 21 D 0.012 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.004 0.001 0.001 0.096 22 L 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.025 23 I 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 24 R 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 25 L 0.073 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.017 26 I 0.291 0.609 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.018 27 Q 0.187 0.257 0.136 0.004 0.003 0.003 0.020 0.079 0.001 0.001 0.310 28 P 0.001 0.002 0.022 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.969 29 E 0.013 0.004 0.001 0.008 0.002 0.004 0.250 0.001 0.001 0.001 0.717 30 D 0.805 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 0.043 0.002 0.001 0.011 0.118 31 W 0.464 0.184 0.007 0.039 0.005 0.006 0.063 0.005 0.001 0.006 0.221 32 D 0.192 0.036 0.005 0.057 0.018 0.019 0.172 0.006 0.001 0.009 0.484 33 K 0.301 0.021 0.023 0.087 0.011 0.023 0.049 0.006 0.001 0.008 0.471 34 R 0.096 0.008 0.013 0.090 0.064 0.065 0.163 0.005 0.001 0.003 0.492 35 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988 36 I 0.007 0.001 0.001 0.062 0.027 0.090 0.229 0.001 0.001 0.002 0.582 37 S 0.086 0.001 0.001 0.014 0.002 0.006 0.042 0.001 0.001 0.005 0.844 38 G 0.097 0.009 0.001 0.033 0.008 0.013 0.160 0.001 0.001 0.006 0.672 39 K 0.272 0.008 0.003 0.021 0.003 0.008 0.187 0.001 0.001 0.013 0.484 40 R 0.080 0.041 0.002 0.049 0.008 0.012 0.157 0.001 0.001 0.005 0.645 41 S 0.040 0.062 0.002 0.010 0.006 0.010 0.198 0.001 0.001 0.003 0.669 42 V 0.031 0.211 0.002 0.007 0.007 0.013 0.123 0.001 0.001 0.003 0.603 43 Y 0.032 0.615 0.001 0.008 0.009 0.016 0.075 0.002 0.001 0.004 0.240 44 E 0.020 0.697 0.001 0.001 0.002 0.007 0.085 0.002 0.001 0.002 0.182 45 V 0.012 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.047 46 A 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 47 V 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 48 H 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 49 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 50 A 0.006 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 51 V 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 52 L 0.017 0.960 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 53 L 0.008 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.024 54 E 0.020 0.909 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.048 55 A 0.021 0.908 0.019 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.041 56 D 0.009 0.933 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.036 57 L 0.018 0.927 0.004 0.002 0.003 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.033 58 R 0.024 0.903 0.005 0.002 0.004 0.007 0.007 0.010 0.001 0.001 0.035 59 I 0.041 0.872 0.013 0.004 0.005 0.009 0.005 0.015 0.001 0.001 0.035 60 A 0.069 0.748 0.018 0.015 0.014 0.017 0.006 0.040 0.001 0.001 0.071 61 T 0.107 0.437 0.030 0.021 0.019 0.026 0.035 0.092 0.001 0.003 0.230 62 G 0.221 0.067 0.044 0.017 0.010 0.010 0.032 0.106 0.001 0.006 0.487 63 A 0.211 0.026 0.286 0.019 0.005 0.008 0.098 0.011 0.001 0.011 0.325 64 T 0.036 0.005 0.016 0.018 0.009 0.009 0.219 0.004 0.001 0.004 0.680 65 A 0.009 0.002 0.004 0.011 0.002 0.002 0.027 0.001 0.001 0.002 0.941 66 D 0.016 0.004 0.001 0.011 0.005 0.008 0.459 0.001 0.001 0.006 0.491 67 E 0.216 0.019 0.001 0.013 0.005 0.008 0.264 0.001 0.001 0.027 0.447 68 M 0.269 0.197 0.002 0.025 0.011 0.018 0.158 0.002 0.001 0.011 0.307 69 A 0.169 0.225 0.003 0.020 0.018 0.035 0.106 0.004 0.001 0.010 0.409 70 Q 0.226 0.270 0.003 0.018 0.016 0.026 0.027 0.008 0.001 0.003 0.403 71 F 0.285 0.136 0.009 0.010 0.017 0.023 0.016 0.016 0.001 0.002 0.486 72 Y 0.154 0.103 0.020 0.021 0.037 0.058 0.036 0.011 0.001 0.002 0.556 73 A 0.034 0.018 0.006 0.023 0.023 0.034 0.026 0.004 0.001 0.001 0.831 74 V 0.105 0.019 0.012 0.048 0.020 0.053 0.067 0.002 0.001 0.002 0.673 75 P 0.013 0.002 0.002 0.010 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.959 76 V 0.060 0.007 0.003 0.076 0.010 0.037 0.135 0.001 0.001 0.003 0.667 77 L 0.095 0.007 0.001 0.014 0.003 0.005 0.084 0.001 0.001 0.001 0.790 78 P 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.983 79 E 0.008 0.017 0.001 0.004 0.001 0.005 0.296 0.001 0.001 0.003 0.665 80 Q 0.087 0.103 0.001 0.001 0.001 0.002 0.444 0.001 0.001 0.003 0.358 81 L 0.049 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.057 82 V 0.014 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 83 D 0.012 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.055 84 R 0.033 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.025 85 L 0.018 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 86 D 0.006 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.026 87 Q 0.018 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.051 88 S 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.017 89 W 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 90 Q 0.008 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.012 91 Y 0.020 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 92 Y 0.033 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.009 93 Q 0.018 0.938 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.020 94 D 0.046 0.790 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.063 0.001 0.001 0.088 95 R 0.255 0.596 0.013 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.001 0.001 0.084 96 L 0.191 0.487 0.045 0.002 0.002 0.003 0.088 0.030 0.001 0.005 0.147 97 M 0.035 0.400 0.084 0.007 0.003 0.006 0.039 0.010 0.001 0.002 0.414 98 A 0.039 0.346 0.002 0.006 0.005 0.006 0.042 0.011 0.001 0.002 0.541 99 D 0.304 0.311 0.003 0.003 0.006 0.006 0.095 0.024 0.001 0.010 0.238 100 F 0.136 0.623 0.013 0.007 0.005 0.008 0.023 0.014 0.001 0.003 0.167 101 S 0.065 0.611 0.009 0.018 0.018 0.027 0.042 0.023 0.001 0.005 0.181 102 T 0.194 0.391 0.008 0.011 0.017 0.028 0.043 0.026 0.001 0.006 0.277 103 E 0.274 0.358 0.013 0.019 0.021 0.022 0.017 0.040 0.001 0.002 0.233 104 T 0.180 0.236 0.043 0.047 0.046 0.055 0.054 0.026 0.001 0.006 0.307 105 T 0.061 0.077 0.022 0.063 0.096 0.125 0.082 0.010 0.001 0.004 0.460 106 Y 0.052 0.033 0.013 0.056 0.052 0.109 0.052 0.005 0.001 0.004 0.623 107 W 0.064 0.023 0.006 0.067 0.052 0.104 0.140 0.005 0.001 0.006 0.533 108 G 0.093 0.007 0.005 0.020 0.017 0.022 0.072 0.003 0.001 0.007 0.754 109 V 0.083 0.009 0.029 0.045 0.024 0.042 0.106 0.001 0.001 0.009 0.653 110 T 0.021 0.004 0.002 0.027 0.017 0.028 0.174 0.001 0.001 0.003 0.723 111 D 0.036 0.004 0.002 0.021 0.007 0.011 0.049 0.001 0.001 0.005 0.864 112 S 0.046 0.012 0.002 0.011 0.007 0.013 0.352 0.001 0.001 0.007 0.549 113 T 0.067 0.023 0.002 0.009 0.004 0.008 0.267 0.001 0.001 0.011 0.608 114 T 0.080 0.171 0.002 0.014 0.005 0.010 0.184 0.001 0.001 0.009 0.524 115 G 0.040 0.310 0.002 0.006 0.005 0.010 0.278 0.002 0.001 0.009 0.339 116 W 0.032 0.768 0.001 0.003 0.004 0.006 0.035 0.002 0.001 0.002 0.147 117 L 0.011 0.948 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.027 118 L 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 119 E 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 120 A 0.012 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 121 A 0.011 0.962 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 122 V 0.014 0.938 0.005 0.002 0.003 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 0.018 123 H 0.055 0.836 0.008 0.002 0.004 0.005 0.002 0.022 0.001 0.001 0.065 124 L 0.101 0.655 0.041 0.005 0.008 0.009 0.012 0.027 0.001 0.001 0.142 125 Y 0.114 0.496 0.054 0.017 0.017 0.025 0.042 0.036 0.001 0.004 0.197 126 H 0.094 0.454 0.048 0.045 0.030 0.043 0.054 0.026 0.001 0.004 0.203 127 H 0.070 0.323 0.012 0.022 0.018 0.018 0.074 0.009 0.001 0.003 0.451 128 R 0.043 0.109 0.011 0.011 0.003 0.009 0.062 0.004 0.001 0.003 0.745 129 S 0.080 0.127 0.014 0.017 0.007 0.016 0.187 0.006 0.001 0.010 0.536 130 Q 0.156 0.188 0.010 0.010 0.005 0.008 0.244 0.005 0.001 0.012 0.361 131 L 0.021 0.748 0.010 0.008 0.006 0.018 0.037 0.001 0.001 0.002 0.147 132 L 0.007 0.912 0.001 0.005 0.008 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.053 133 D 0.002 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.046 134 Y 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 135 L 0.004 0.979 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 136 N 0.003 0.968 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 137 L 0.052 0.924 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 138 L 0.042 0.642 0.013 0.001 0.004 0.002 0.002 0.280 0.001 0.001 0.013 139 G 0.459 0.040 0.018 0.002 0.001 0.001 0.003 0.391 0.001 0.004 0.081 140 Y 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 141 D 0.004 0.001 0.006 0.093 0.030 0.028 0.104 0.003 0.001 0.001 0.730 142 I 0.011 0.001 0.011 0.037 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.926 143 K 0.009 0.001 0.001 0.182 0.022 0.044 0.193 0.001 0.001 0.003 0.546 144 L 0.083 0.002 0.001 0.166 0.013 0.028 0.085 0.001 0.001 0.014 0.608 145 D 0.073 0.008 0.001 0.204 0.022 0.033 0.137 0.001 0.001 0.009 0.514 146 L 0.089 0.008 0.003 0.082 0.030 0.044 0.119 0.001 0.001 0.014 0.612 147 F 0.076 0.023 0.002 0.108 0.082 0.131 0.175 0.001 0.001 0.012 0.390 148 E 0.046 0.029 0.004 0.055 0.087 0.153 0.129 0.001 0.001 0.009 0.486