# TARGET T0369 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 2 T 0.012 0.015 0.004 0.207 0.010 0.025 0.727 3 D 0.013 0.019 0.008 0.426 0.122 0.041 0.370 4 W 0.001 0.001 0.012 0.920 0.005 0.018 0.044 5 Q 0.001 0.001 0.009 0.971 0.002 0.006 0.012 6 Q 0.001 0.001 0.009 0.975 0.004 0.004 0.008 7 A 0.001 0.001 0.012 0.975 0.002 0.007 0.003 8 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.009 0.003 9 D 0.001 0.001 0.006 0.972 0.001 0.019 0.001 10 R 0.001 0.001 0.004 0.960 0.001 0.032 0.002 11 H 0.001 0.001 0.011 0.931 0.002 0.048 0.007 12 V 0.001 0.001 0.008 0.928 0.012 0.034 0.015 13 G 0.001 0.001 0.015 0.892 0.010 0.067 0.016 14 V 0.001 0.001 0.011 0.913 0.010 0.054 0.010 15 G 0.001 0.001 0.008 0.923 0.007 0.047 0.012 16 V 0.002 0.001 0.005 0.944 0.009 0.025 0.015 17 R 0.001 0.001 0.007 0.931 0.009 0.040 0.012 18 T 0.002 0.001 0.005 0.924 0.012 0.035 0.021 19 T 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.007 0.008 20 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.002 21 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 22 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.005 0.001 23 I 0.001 0.001 0.030 0.946 0.002 0.021 0.001 24 R 0.001 0.001 0.035 0.680 0.002 0.281 0.002 25 L 0.001 0.001 0.052 0.191 0.016 0.728 0.012 26 I 0.002 0.009 0.002 0.007 0.639 0.021 0.320 27 Q 0.002 0.009 0.001 0.001 0.015 0.003 0.969 28 P 0.001 0.003 0.648 0.130 0.017 0.157 0.043 29 E 0.001 0.001 0.708 0.116 0.020 0.130 0.024 30 D 0.001 0.001 0.761 0.115 0.014 0.079 0.031 31 W 0.005 0.012 0.354 0.217 0.057 0.243 0.112 32 D 0.009 0.011 0.159 0.121 0.075 0.411 0.214 33 K 0.016 0.008 0.100 0.129 0.280 0.258 0.208 34 R 0.027 0.015 0.007 0.019 0.461 0.013 0.459 35 P 0.033 0.028 0.006 0.013 0.060 0.022 0.837 36 I 0.034 0.039 0.011 0.015 0.087 0.038 0.776 37 S 0.017 0.011 0.036 0.030 0.234 0.350 0.321 38 G 0.011 0.003 0.038 0.032 0.263 0.453 0.199 39 K 0.029 0.015 0.016 0.061 0.396 0.086 0.396 40 R 0.042 0.028 0.005 0.060 0.321 0.032 0.513 41 S 0.065 0.085 0.003 0.119 0.086 0.011 0.630 42 V 0.001 0.001 0.006 0.976 0.001 0.005 0.009 43 Y 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.002 0.002 44 E 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 50 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.009 0.001 51 V 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.018 0.001 52 L 0.002 0.001 0.003 0.951 0.003 0.035 0.006 53 L 0.006 0.001 0.003 0.915 0.008 0.053 0.014 54 E 0.011 0.001 0.012 0.901 0.011 0.047 0.017 55 A 0.030 0.001 0.024 0.847 0.017 0.052 0.029 56 D 0.037 0.002 0.020 0.829 0.013 0.064 0.035 57 L 0.088 0.005 0.036 0.723 0.024 0.076 0.049 58 R 0.149 0.004 0.034 0.628 0.037 0.090 0.059 59 I 0.145 0.006 0.031 0.651 0.025 0.070 0.072 60 A 0.129 0.016 0.029 0.522 0.051 0.118 0.135 61 T 0.044 0.006 0.019 0.225 0.084 0.495 0.128 62 G 0.021 0.004 0.015 0.051 0.255 0.445 0.210 63 A 0.030 0.014 0.007 0.033 0.361 0.048 0.508 64 T 0.050 0.023 0.009 0.052 0.100 0.037 0.729 65 A 0.016 0.008 0.067 0.554 0.045 0.070 0.239 66 D 0.011 0.004 0.086 0.677 0.037 0.057 0.127 67 E 0.011 0.003 0.167 0.679 0.026 0.060 0.055 68 M 0.031 0.007 0.125 0.643 0.031 0.082 0.082 69 A 0.035 0.007 0.156 0.567 0.034 0.092 0.108 70 Q 0.030 0.006 0.120 0.531 0.055 0.185 0.073 71 F 0.028 0.006 0.070 0.277 0.062 0.420 0.137 72 Y 0.046 0.016 0.020 0.079 0.151 0.130 0.558 73 A 0.063 0.020 0.017 0.027 0.116 0.075 0.682 74 V 0.082 0.010 0.003 0.005 0.173 0.016 0.711 75 P 0.041 0.015 0.002 0.003 0.025 0.009 0.906 76 V 0.078 0.073 0.001 0.006 0.095 0.007 0.739 77 L 0.029 0.022 0.001 0.008 0.080 0.002 0.858 78 P 0.001 0.001 0.019 0.963 0.001 0.011 0.006 79 E 0.001 0.001 0.013 0.977 0.001 0.007 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.025 0.966 0.001 0.005 0.003 81 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.005 0.001 82 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 83 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 84 R 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.014 0.003 85 L 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.008 0.006 86 D 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.012 0.002 87 Q 0.001 0.001 0.003 0.962 0.001 0.032 0.002 88 S 0.001 0.001 0.004 0.960 0.001 0.028 0.007 89 W 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.008 0.004 90 Q 0.001 0.001 0.008 0.967 0.002 0.021 0.002 91 Y 0.001 0.001 0.006 0.968 0.001 0.023 0.002 92 Y 0.001 0.001 0.012 0.943 0.004 0.032 0.008 93 Q 0.001 0.001 0.015 0.871 0.005 0.101 0.008 94 D 0.001 0.001 0.015 0.718 0.016 0.238 0.013 95 R 0.002 0.004 0.020 0.545 0.112 0.200 0.117 96 L 0.005 0.009 0.026 0.310 0.097 0.147 0.405 97 M 0.004 0.004 0.143 0.605 0.032 0.095 0.116 98 A 0.003 0.001 0.219 0.585 0.033 0.094 0.064 99 D 0.003 0.002 0.179 0.609 0.019 0.127 0.061 100 F 0.009 0.006 0.102 0.607 0.030 0.156 0.090 101 S 0.025 0.004 0.096 0.507 0.060 0.167 0.141 102 T 0.066 0.005 0.089 0.429 0.110 0.156 0.145 103 E 0.104 0.013 0.056 0.448 0.087 0.102 0.191 104 T 0.167 0.038 0.028 0.197 0.152 0.049 0.369 105 T 0.136 0.019 0.030 0.117 0.079 0.125 0.495 106 Y 0.125 0.024 0.063 0.120 0.138 0.238 0.292 107 W 0.077 0.018 0.044 0.076 0.137 0.359 0.289 108 G 0.046 0.011 0.029 0.018 0.225 0.295 0.375 109 V 0.053 0.016 0.019 0.016 0.172 0.066 0.658 110 T 0.064 0.032 0.015 0.026 0.106 0.092 0.664 111 D 0.040 0.018 0.008 0.049 0.263 0.038 0.585 112 S 0.042 0.020 0.006 0.139 0.124 0.030 0.639 113 T 0.005 0.002 0.006 0.927 0.013 0.017 0.029 114 T 0.002 0.001 0.003 0.977 0.003 0.004 0.010 115 G 0.002 0.001 0.003 0.985 0.003 0.003 0.005 116 W 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.003 0.003 117 L 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.002 118 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 119 E 0.002 0.001 0.002 0.982 0.001 0.011 0.002 120 A 0.003 0.001 0.005 0.959 0.002 0.025 0.004 121 A 0.005 0.002 0.008 0.920 0.008 0.050 0.008 122 V 0.006 0.002 0.009 0.841 0.016 0.109 0.018 123 H 0.005 0.002 0.015 0.764 0.029 0.121 0.065 124 L 0.003 0.002 0.025 0.825 0.021 0.092 0.033 125 Y 0.003 0.001 0.035 0.836 0.019 0.081 0.025 126 H 0.004 0.002 0.025 0.845 0.021 0.066 0.038 127 H 0.002 0.001 0.008 0.904 0.009 0.044 0.032 128 R 0.001 0.001 0.002 0.976 0.002 0.017 0.002 129 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.002 131 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 132 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 133 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 136 N 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 137 L 0.001 0.001 0.004 0.933 0.004 0.056 0.002 138 L 0.001 0.001 0.003 0.364 0.006 0.621 0.005 139 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.041 0.900 0.044 140 Y 0.019 0.007 0.002 0.005 0.181 0.010 0.776 141 D 0.136 0.056 0.004 0.005 0.057 0.010 0.731 142 I 0.164 0.043 0.008 0.009 0.075 0.012 0.688 143 K 0.172 0.015 0.019 0.013 0.044 0.027 0.711 144 L 0.112 0.007 0.288 0.128 0.073 0.082 0.309 145 D 0.087 0.009 0.353 0.123 0.109 0.116 0.203 146 L 0.101 0.020 0.285 0.078 0.107 0.205 0.204 147 F 0.070 0.041 0.039 0.030 0.012 0.033 0.775 148 E 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992