# TARGET T0369 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.127 0.045 0.012 0.147 0.015 0.036 0.271 0.083 0.105 0.053 2 T 0.024 0.248 0.082 0.023 0.115 0.041 0.036 0.307 0.065 0.044 0.016 3 D 0.110 0.169 0.082 0.004 0.157 0.002 0.006 0.307 0.042 0.067 0.054 4 W 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.853 0.118 0.014 0.002 5 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.935 0.047 0.004 0.001 6 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.957 0.031 0.003 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.022 0.004 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.057 0.011 0.001 9 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.934 0.052 0.003 0.001 10 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.028 0.898 0.056 0.008 0.001 11 H 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.037 0.861 0.059 0.030 0.001 12 V 0.038 0.121 0.016 0.003 0.065 0.003 0.008 0.620 0.073 0.035 0.017 13 G 0.014 0.005 0.002 0.004 0.011 0.007 0.012 0.753 0.119 0.053 0.019 14 V 0.012 0.031 0.012 0.004 0.025 0.007 0.030 0.796 0.064 0.014 0.004 15 G 0.011 0.010 0.005 0.004 0.014 0.003 0.008 0.804 0.080 0.054 0.007 16 V 0.012 0.021 0.003 0.002 0.022 0.007 0.017 0.818 0.079 0.016 0.004 17 R 0.007 0.008 0.003 0.002 0.010 0.005 0.028 0.831 0.066 0.029 0.011 18 T 0.007 0.022 0.010 0.002 0.014 0.001 0.007 0.756 0.101 0.076 0.004 19 T 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.878 0.097 0.012 0.001 20 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.078 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.029 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.899 0.085 0.012 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.674 0.309 0.011 0.001 24 R 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.050 0.738 0.185 0.015 0.001 25 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.098 0.137 0.721 0.006 26 I 0.043 0.581 0.137 0.001 0.222 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 27 Q 0.003 0.715 0.236 0.002 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.446 0.543 0.003 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.782 0.197 0.009 0.001 30 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.451 0.276 0.263 0.001 31 W 0.017 0.019 0.007 0.001 0.033 0.001 0.006 0.541 0.273 0.095 0.008 32 D 0.015 0.039 0.024 0.009 0.043 0.014 0.054 0.401 0.203 0.185 0.013 33 K 0.037 0.157 0.071 0.006 0.110 0.004 0.026 0.137 0.126 0.300 0.026 34 R 0.057 0.461 0.170 0.003 0.231 0.002 0.010 0.035 0.012 0.010 0.010 35 P 0.096 0.290 0.111 0.016 0.196 0.013 0.045 0.104 0.055 0.037 0.037 36 I 0.055 0.177 0.262 0.107 0.130 0.043 0.023 0.042 0.044 0.067 0.048 37 S 0.006 0.031 0.020 0.080 0.014 0.181 0.424 0.178 0.052 0.011 0.004 38 G 0.013 0.011 0.015 0.026 0.009 0.012 0.012 0.027 0.066 0.697 0.112 39 K 0.100 0.220 0.080 0.020 0.178 0.018 0.038 0.055 0.054 0.173 0.067 40 R 0.034 0.416 0.212 0.027 0.175 0.013 0.010 0.052 0.019 0.025 0.016 41 S 0.010 0.568 0.259 0.007 0.035 0.001 0.001 0.094 0.012 0.010 0.002 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.829 0.168 0.002 0.001 43 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.038 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.060 0.003 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.047 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.051 0.001 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.043 0.001 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.051 0.002 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.921 0.073 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.909 0.077 0.003 0.001 51 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.897 0.067 0.005 0.001 52 L 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.018 0.880 0.075 0.008 0.002 53 L 0.008 0.022 0.006 0.003 0.013 0.008 0.033 0.793 0.090 0.021 0.003 54 E 0.011 0.008 0.002 0.002 0.012 0.004 0.019 0.807 0.099 0.028 0.006 55 A 0.005 0.021 0.008 0.002 0.012 0.003 0.015 0.854 0.071 0.008 0.002 56 D 0.014 0.005 0.002 0.001 0.011 0.002 0.011 0.845 0.067 0.033 0.008 57 L 0.013 0.014 0.002 0.001 0.025 0.002 0.008 0.770 0.140 0.022 0.004 58 R 0.012 0.017 0.004 0.002 0.028 0.005 0.029 0.776 0.104 0.017 0.004 59 I 0.014 0.015 0.014 0.005 0.013 0.008 0.086 0.702 0.103 0.032 0.008 60 A 0.044 0.037 0.025 0.020 0.048 0.044 0.149 0.426 0.108 0.072 0.027 61 T 0.010 0.438 0.168 0.090 0.083 0.037 0.054 0.060 0.023 0.031 0.006 62 G 0.037 0.024 0.038 0.043 0.017 0.014 0.009 0.026 0.042 0.570 0.180 63 A 0.044 0.384 0.207 0.026 0.164 0.013 0.031 0.050 0.027 0.033 0.021 64 T 0.037 0.516 0.195 0.012 0.150 0.004 0.006 0.034 0.015 0.020 0.013 65 A 0.038 0.134 0.067 0.016 0.093 0.020 0.030 0.316 0.215 0.050 0.019 66 D 0.022 0.064 0.050 0.011 0.047 0.008 0.021 0.564 0.150 0.046 0.018 67 E 0.011 0.021 0.011 0.002 0.017 0.002 0.011 0.608 0.221 0.090 0.007 68 M 0.009 0.031 0.018 0.007 0.019 0.007 0.023 0.649 0.186 0.045 0.005 69 A 0.022 0.045 0.016 0.007 0.036 0.012 0.045 0.474 0.237 0.090 0.015 70 Q 0.015 0.129 0.069 0.020 0.066 0.025 0.117 0.337 0.139 0.075 0.008 71 F 0.087 0.081 0.031 0.011 0.101 0.020 0.072 0.150 0.119 0.248 0.081 72 Y 0.094 0.222 0.060 0.014 0.241 0.012 0.038 0.109 0.073 0.086 0.049 73 A 0.093 0.166 0.072 0.014 0.194 0.013 0.044 0.111 0.110 0.136 0.046 74 V 0.037 0.434 0.201 0.012 0.198 0.005 0.014 0.051 0.025 0.011 0.011 75 P 0.108 0.315 0.098 0.006 0.273 0.006 0.022 0.055 0.038 0.037 0.043 76 V 0.061 0.293 0.128 0.017 0.208 0.018 0.089 0.092 0.036 0.034 0.025 77 L 0.011 0.679 0.227 0.001 0.068 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.002 78 P 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.729 0.247 0.004 0.001 79 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.891 0.101 0.003 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.057 0.022 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.059 0.014 0.001 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.058 0.003 0.001 83 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.955 0.031 0.003 0.001 84 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.944 0.035 0.009 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.057 0.012 0.001 86 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.928 0.054 0.003 0.001 87 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.925 0.040 0.018 0.001 88 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.910 0.058 0.023 0.001 89 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.090 0.004 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.945 0.046 0.001 0.001 91 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.917 0.058 0.010 0.001 92 Y 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.759 0.178 0.047 0.002 93 Q 0.003 0.013 0.003 0.003 0.006 0.013 0.046 0.730 0.155 0.028 0.002 94 D 0.011 0.016 0.006 0.004 0.015 0.008 0.067 0.435 0.128 0.285 0.024 95 R 0.034 0.109 0.057 0.009 0.074 0.012 0.067 0.389 0.109 0.113 0.026 96 L 0.030 0.262 0.099 0.009 0.060 0.005 0.014 0.387 0.073 0.043 0.017 97 M 0.013 0.021 0.007 0.004 0.021 0.005 0.012 0.716 0.179 0.017 0.006 98 A 0.003 0.028 0.014 0.006 0.013 0.014 0.040 0.759 0.111 0.009 0.002 99 D 0.029 0.013 0.006 0.002 0.021 0.002 0.020 0.592 0.125 0.163 0.026 100 F 0.023 0.015 0.004 0.002 0.028 0.003 0.011 0.529 0.241 0.129 0.016 101 S 0.029 0.036 0.009 0.008 0.043 0.016 0.050 0.442 0.250 0.102 0.016 102 T 0.035 0.110 0.040 0.014 0.101 0.013 0.064 0.371 0.145 0.091 0.015 103 E 0.101 0.113 0.037 0.008 0.199 0.016 0.084 0.186 0.102 0.108 0.045 104 T 0.159 0.235 0.055 0.008 0.328 0.005 0.011 0.061 0.037 0.047 0.055 105 T 0.102 0.185 0.104 0.024 0.170 0.023 0.056 0.141 0.087 0.069 0.040 106 Y 0.073 0.115 0.090 0.047 0.097 0.038 0.057 0.150 0.120 0.157 0.057 107 W 0.026 0.155 0.097 0.116 0.071 0.100 0.171 0.108 0.074 0.060 0.022 108 G 0.044 0.039 0.064 0.086 0.037 0.028 0.019 0.039 0.070 0.457 0.117 109 V 0.072 0.303 0.133 0.015 0.227 0.012 0.031 0.084 0.055 0.045 0.025 110 T 0.101 0.260 0.116 0.018 0.183 0.016 0.030 0.071 0.046 0.093 0.065 111 D 0.065 0.258 0.171 0.041 0.163 0.021 0.023 0.090 0.060 0.069 0.039 112 S 0.021 0.324 0.267 0.016 0.066 0.007 0.010 0.196 0.048 0.034 0.009 113 T 0.006 0.011 0.005 0.002 0.010 0.002 0.007 0.796 0.133 0.023 0.005 114 T 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.860 0.107 0.010 0.002 115 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.057 0.009 0.001 116 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.033 0.003 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.040 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.032 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.032 0.002 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.033 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.923 0.064 0.003 0.001 122 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.868 0.081 0.013 0.001 123 H 0.006 0.007 0.002 0.001 0.006 0.003 0.023 0.755 0.136 0.055 0.005 124 L 0.007 0.006 0.002 0.002 0.007 0.005 0.036 0.725 0.180 0.026 0.005 125 Y 0.008 0.023 0.007 0.006 0.016 0.016 0.075 0.604 0.175 0.064 0.006 126 H 0.015 0.031 0.014 0.009 0.027 0.017 0.069 0.617 0.127 0.062 0.012 127 H 0.015 0.033 0.015 0.005 0.023 0.004 0.013 0.719 0.114 0.047 0.012 128 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.766 0.196 0.009 0.001 129 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.867 0.107 0.007 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.886 0.100 0.007 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.001 0.001 132 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.001 0.001 133 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.017 0.001 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.020 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.950 0.039 0.002 0.001 136 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.879 0.089 0.006 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.139 0.745 0.093 0.010 0.001 138 L 0.002 0.725 0.204 0.007 0.047 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.001 139 G 0.061 0.009 0.013 0.011 0.011 0.005 0.003 0.008 0.015 0.483 0.381 140 Y 0.040 0.483 0.154 0.006 0.249 0.003 0.008 0.022 0.013 0.011 0.010 141 D 0.228 0.150 0.025 0.002 0.466 0.003 0.007 0.019 0.013 0.025 0.062 142 I 0.141 0.325 0.087 0.009 0.309 0.007 0.015 0.033 0.027 0.018 0.029 143 K 0.178 0.146 0.058 0.013 0.270 0.014 0.042 0.075 0.042 0.084 0.078 144 L 0.057 0.230 0.076 0.037 0.142 0.022 0.035 0.157 0.145 0.068 0.030 145 D 0.095 0.116 0.052 0.014 0.160 0.015 0.037 0.196 0.150 0.109 0.057 146 L 0.044 0.072 0.025 0.014 0.073 0.020 0.063 0.315 0.226 0.125 0.021 147 F 0.110 0.156 0.063 0.020 0.167 0.011 0.020 0.152 0.100 0.135 0.064 148 E 0.041 0.199 0.146 0.046 0.109 0.039 0.057 0.195 0.095 0.055 0.018