# TARGET T0369 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.608 0.233 0.090 0.043 0.018 0.007 0.001 2 T 0.531 0.242 0.131 0.064 0.024 0.007 0.001 3 D 0.404 0.323 0.165 0.079 0.024 0.005 0.001 4 W 0.070 0.111 0.159 0.257 0.258 0.134 0.011 5 Q 0.083 0.181 0.273 0.249 0.143 0.064 0.008 6 Q 0.240 0.408 0.226 0.090 0.028 0.008 0.001 7 A 0.056 0.109 0.207 0.288 0.231 0.097 0.011 8 L 0.045 0.038 0.044 0.121 0.292 0.396 0.063 9 D 0.062 0.165 0.279 0.291 0.152 0.047 0.004 10 R 0.222 0.329 0.226 0.147 0.056 0.019 0.002 11 H 0.077 0.093 0.124 0.197 0.245 0.217 0.046 12 V 0.065 0.083 0.138 0.223 0.244 0.204 0.042 13 G 0.205 0.287 0.220 0.148 0.085 0.044 0.011 14 V 0.127 0.205 0.233 0.223 0.136 0.064 0.013 15 G 0.050 0.103 0.136 0.192 0.226 0.230 0.063 16 V 0.034 0.089 0.137 0.219 0.246 0.216 0.060 17 R 0.102 0.257 0.270 0.202 0.111 0.047 0.010 18 T 0.028 0.086 0.175 0.314 0.267 0.114 0.016 19 T 0.009 0.022 0.027 0.059 0.195 0.510 0.177 20 R 0.031 0.093 0.233 0.374 0.212 0.055 0.002 21 D 0.045 0.340 0.388 0.177 0.042 0.008 0.001 22 L 0.005 0.014 0.042 0.180 0.415 0.325 0.019 23 I 0.006 0.013 0.040 0.160 0.430 0.336 0.015 24 R 0.101 0.395 0.333 0.141 0.027 0.003 0.001 25 L 0.055 0.273 0.389 0.221 0.054 0.007 0.001 26 I 0.012 0.054 0.156 0.345 0.314 0.114 0.004 27 Q 0.258 0.405 0.234 0.083 0.017 0.003 0.001 28 P 0.634 0.240 0.079 0.035 0.010 0.002 0.001 29 E 0.692 0.233 0.056 0.015 0.003 0.001 0.001 30 D 0.384 0.377 0.178 0.054 0.007 0.001 0.001 31 W 0.200 0.188 0.247 0.249 0.106 0.010 0.001 32 D 0.576 0.292 0.096 0.030 0.006 0.001 0.001 33 K 0.499 0.285 0.146 0.059 0.011 0.001 0.001 34 R 0.385 0.293 0.185 0.103 0.030 0.005 0.001 35 P 0.232 0.228 0.213 0.198 0.099 0.029 0.002 36 I 0.378 0.261 0.177 0.117 0.051 0.016 0.001 37 S 0.472 0.279 0.128 0.077 0.033 0.009 0.001 38 G 0.207 0.296 0.235 0.167 0.069 0.022 0.003 39 K 0.103 0.212 0.236 0.223 0.151 0.066 0.009 40 R 0.053 0.137 0.214 0.267 0.213 0.100 0.015 41 S 0.015 0.054 0.128 0.231 0.289 0.233 0.050 42 V 0.004 0.009 0.015 0.047 0.156 0.460 0.310 43 Y 0.003 0.015 0.052 0.152 0.290 0.351 0.137 44 E 0.007 0.030 0.069 0.142 0.251 0.333 0.168 45 V 0.004 0.006 0.015 0.050 0.150 0.367 0.408 46 A 0.002 0.004 0.005 0.015 0.062 0.339 0.573 47 V 0.005 0.016 0.056 0.172 0.265 0.304 0.182 48 H 0.003 0.006 0.018 0.064 0.166 0.408 0.335 49 L 0.006 0.005 0.006 0.013 0.045 0.275 0.650 50 A 0.009 0.011 0.022 0.056 0.112 0.313 0.477 51 V 0.022 0.046 0.084 0.154 0.207 0.252 0.235 52 L 0.013 0.014 0.022 0.061 0.162 0.367 0.361 53 L 0.012 0.023 0.033 0.069 0.144 0.365 0.354 54 E 0.027 0.066 0.137 0.203 0.224 0.222 0.121 55 A 0.016 0.031 0.064 0.150 0.249 0.334 0.156 56 D 0.019 0.029 0.044 0.087 0.185 0.395 0.242 57 L 0.028 0.028 0.040 0.092 0.210 0.442 0.160 58 R 0.062 0.155 0.221 0.245 0.179 0.111 0.026 59 I 0.033 0.063 0.114 0.246 0.304 0.206 0.033 60 A 0.024 0.040 0.072 0.191 0.363 0.278 0.031 61 T 0.184 0.304 0.269 0.171 0.057 0.013 0.001 62 G 0.282 0.333 0.206 0.120 0.046 0.011 0.001 63 A 0.287 0.276 0.220 0.145 0.055 0.015 0.001 64 T 0.457 0.295 0.149 0.070 0.022 0.006 0.001 65 A 0.191 0.189 0.208 0.218 0.142 0.049 0.003 66 D 0.390 0.289 0.167 0.097 0.042 0.013 0.001 67 E 0.344 0.281 0.182 0.121 0.055 0.016 0.002 68 M 0.157 0.188 0.206 0.232 0.150 0.061 0.005 69 A 0.187 0.212 0.224 0.218 0.119 0.037 0.004 70 Q 0.380 0.292 0.181 0.098 0.036 0.011 0.001 71 F 0.222 0.244 0.215 0.183 0.098 0.035 0.003 72 Y 0.116 0.136 0.190 0.248 0.205 0.096 0.009 73 A 0.342 0.300 0.183 0.110 0.047 0.016 0.002 74 V 0.147 0.207 0.239 0.238 0.125 0.042 0.003 75 P 0.351 0.289 0.177 0.112 0.051 0.018 0.002 76 V 0.470 0.330 0.121 0.053 0.019 0.006 0.001 77 L 0.073 0.161 0.266 0.311 0.151 0.036 0.001 78 P 0.050 0.146 0.291 0.328 0.153 0.031 0.002 79 E 0.428 0.416 0.122 0.028 0.005 0.001 0.001 80 Q 0.100 0.344 0.345 0.169 0.036 0.005 0.001 81 L 0.005 0.010 0.035 0.200 0.498 0.246 0.005 82 V 0.022 0.138 0.316 0.363 0.138 0.023 0.001 83 D 0.265 0.573 0.135 0.023 0.003 0.001 0.001 84 R 0.010 0.068 0.219 0.404 0.244 0.054 0.001 85 L 0.002 0.011 0.049 0.213 0.437 0.276 0.011 86 D 0.128 0.384 0.323 0.128 0.030 0.005 0.001 87 Q 0.094 0.345 0.343 0.175 0.037 0.006 0.001 88 S 0.009 0.026 0.046 0.141 0.365 0.387 0.026 89 W 0.020 0.081 0.215 0.374 0.245 0.062 0.003 90 Q 0.191 0.490 0.226 0.073 0.016 0.003 0.001 91 Y 0.037 0.107 0.256 0.353 0.193 0.050 0.002 92 Y 0.028 0.040 0.080 0.219 0.385 0.234 0.013 93 Q 0.144 0.342 0.306 0.153 0.046 0.008 0.001 94 D 0.432 0.365 0.131 0.054 0.015 0.004 0.001 95 R 0.086 0.226 0.299 0.251 0.105 0.030 0.002 96 L 0.127 0.208 0.254 0.244 0.123 0.041 0.003 97 M 0.278 0.290 0.209 0.139 0.063 0.019 0.002 98 A 0.555 0.287 0.102 0.039 0.013 0.004 0.001 99 D 0.239 0.352 0.255 0.118 0.031 0.005 0.001 100 F 0.071 0.091 0.157 0.310 0.283 0.083 0.003 101 S 0.261 0.337 0.234 0.124 0.037 0.006 0.001 102 T 0.538 0.304 0.109 0.039 0.009 0.001 0.001 103 E 0.272 0.283 0.225 0.153 0.055 0.011 0.001 104 T 0.090 0.116 0.199 0.304 0.218 0.069 0.004 105 T 0.249 0.373 0.238 0.105 0.029 0.006 0.001 106 Y 0.131 0.140 0.171 0.250 0.208 0.092 0.008 107 W 0.173 0.199 0.200 0.211 0.140 0.069 0.008 108 G 0.270 0.257 0.193 0.151 0.082 0.040 0.008 109 V 0.155 0.165 0.190 0.238 0.163 0.078 0.011 110 T 0.326 0.304 0.168 0.110 0.058 0.028 0.006 111 D 0.170 0.187 0.205 0.214 0.138 0.070 0.014 112 S 0.133 0.174 0.171 0.183 0.167 0.138 0.034 113 T 0.062 0.093 0.121 0.182 0.220 0.237 0.085 114 T 0.041 0.064 0.086 0.143 0.226 0.305 0.135 115 G 0.033 0.060 0.101 0.171 0.231 0.256 0.148 116 W 0.027 0.028 0.044 0.090 0.175 0.336 0.299 117 L 0.028 0.027 0.029 0.046 0.105 0.312 0.453 118 L 0.049 0.042 0.061 0.106 0.163 0.275 0.304 119 E 0.043 0.055 0.096 0.160 0.177 0.246 0.223 120 A 0.028 0.021 0.027 0.060 0.120 0.315 0.430 121 A 0.069 0.073 0.077 0.127 0.182 0.271 0.201 122 V 0.075 0.106 0.128 0.178 0.188 0.196 0.129 123 H 0.042 0.055 0.078 0.140 0.196 0.280 0.209 124 L 0.045 0.087 0.115 0.172 0.195 0.239 0.147 125 Y 0.096 0.113 0.111 0.146 0.190 0.225 0.119 126 H 0.049 0.085 0.121 0.191 0.199 0.226 0.129 127 H 0.007 0.017 0.037 0.091 0.181 0.384 0.283 128 R 0.013 0.040 0.065 0.107 0.193 0.338 0.244 129 S 0.020 0.059 0.099 0.185 0.255 0.257 0.126 130 Q 0.009 0.019 0.050 0.101 0.182 0.323 0.317 131 L 0.004 0.007 0.009 0.022 0.075 0.388 0.495 132 L 0.008 0.018 0.052 0.126 0.226 0.348 0.222 133 D 0.025 0.066 0.093 0.124 0.189 0.321 0.181 134 Y 0.006 0.011 0.028 0.103 0.246 0.391 0.215 135 L 0.007 0.017 0.034 0.092 0.232 0.462 0.156 136 N 0.042 0.133 0.200 0.269 0.213 0.119 0.023 137 L 0.062 0.136 0.186 0.235 0.221 0.139 0.021 138 L 0.093 0.126 0.194 0.267 0.201 0.103 0.016 139 G 0.381 0.298 0.159 0.100 0.046 0.015 0.002 140 Y 0.258 0.229 0.214 0.195 0.088 0.016 0.001 141 D 0.518 0.308 0.114 0.044 0.013 0.003 0.001 142 I 0.183 0.125 0.173 0.249 0.191 0.075 0.004 143 K 0.358 0.314 0.190 0.095 0.033 0.009 0.001 144 L 0.260 0.189 0.194 0.205 0.115 0.035 0.002 145 D 0.437 0.293 0.154 0.079 0.028 0.009 0.001 146 L 0.289 0.209 0.197 0.182 0.091 0.028 0.002 147 F 0.502 0.212 0.136 0.097 0.040 0.012 0.001 148 E 0.745 0.181 0.050 0.018 0.005 0.001 0.001