# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.009 0.020 0.010 0.002 0.003 0.016 0.002 0.001 0.002 0.883 2 T 0.016 0.006 0.004 0.015 0.004 0.007 0.215 0.001 0.001 0.003 0.730 3 D 0.045 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.137 0.001 0.001 0.003 0.801 4 W 0.037 0.083 0.001 0.008 0.002 0.004 0.227 0.001 0.001 0.003 0.635 5 Q 0.062 0.217 0.001 0.013 0.004 0.011 0.382 0.002 0.001 0.014 0.294 6 Q 0.072 0.658 0.001 0.002 0.001 0.002 0.080 0.002 0.001 0.002 0.180 7 A 0.020 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.056 8 L 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 9 D 0.013 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.021 10 R 0.017 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.027 11 H 0.032 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.020 12 V 0.025 0.945 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.017 13 G 0.033 0.877 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.053 14 V 0.060 0.823 0.027 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.001 0.001 0.071 15 G 0.066 0.719 0.010 0.006 0.005 0.005 0.013 0.026 0.001 0.001 0.150 16 V 0.090 0.623 0.042 0.008 0.003 0.005 0.018 0.013 0.001 0.002 0.197 17 R 0.043 0.572 0.019 0.014 0.005 0.007 0.036 0.019 0.001 0.002 0.285 18 T 0.154 0.499 0.014 0.010 0.005 0.007 0.069 0.015 0.001 0.005 0.222 19 T 0.048 0.708 0.010 0.009 0.003 0.006 0.058 0.009 0.001 0.002 0.147 20 R 0.011 0.783 0.003 0.006 0.004 0.003 0.022 0.005 0.001 0.001 0.161 21 D 0.019 0.676 0.002 0.001 0.001 0.002 0.128 0.004 0.001 0.004 0.164 22 L 0.016 0.893 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 0.007 0.001 0.001 0.047 23 I 0.010 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 24 R 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 25 L 0.090 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 0.022 26 I 0.306 0.584 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.021 27 Q 0.157 0.265 0.139 0.006 0.006 0.006 0.030 0.077 0.001 0.001 0.313 28 P 0.001 0.002 0.015 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.976 29 E 0.012 0.004 0.001 0.008 0.003 0.006 0.327 0.001 0.001 0.002 0.636 30 D 0.815 0.009 0.001 0.007 0.001 0.002 0.046 0.003 0.001 0.014 0.103 31 W 0.541 0.159 0.008 0.036 0.004 0.005 0.060 0.005 0.001 0.007 0.175 32 D 0.185 0.028 0.006 0.056 0.018 0.017 0.167 0.007 0.001 0.009 0.507 33 K 0.257 0.013 0.029 0.092 0.011 0.023 0.051 0.005 0.001 0.008 0.510 34 R 0.072 0.004 0.012 0.099 0.071 0.071 0.189 0.004 0.001 0.003 0.474 35 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 36 I 0.005 0.001 0.001 0.070 0.031 0.099 0.237 0.001 0.001 0.002 0.555 37 S 0.071 0.001 0.001 0.014 0.002 0.006 0.041 0.001 0.001 0.005 0.860 38 G 0.088 0.007 0.001 0.036 0.008 0.013 0.165 0.001 0.001 0.007 0.676 39 K 0.300 0.006 0.003 0.023 0.003 0.007 0.180 0.001 0.001 0.014 0.463 40 R 0.086 0.035 0.002 0.050 0.008 0.011 0.157 0.001 0.001 0.005 0.645 41 S 0.038 0.053 0.002 0.011 0.007 0.011 0.205 0.001 0.001 0.003 0.670 42 V 0.028 0.187 0.002 0.007 0.007 0.014 0.121 0.001 0.001 0.003 0.630 43 Y 0.030 0.584 0.001 0.008 0.010 0.017 0.084 0.001 0.001 0.004 0.261 44 E 0.020 0.661 0.001 0.001 0.002 0.008 0.103 0.002 0.001 0.003 0.199 45 V 0.012 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.048 46 A 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 47 V 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 48 H 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 49 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 50 A 0.006 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 51 V 0.006 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 52 L 0.019 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 53 L 0.009 0.954 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.025 54 E 0.023 0.901 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.053 55 A 0.021 0.905 0.019 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.045 56 D 0.007 0.940 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.033 57 L 0.013 0.944 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.028 58 R 0.013 0.932 0.003 0.002 0.004 0.005 0.006 0.009 0.001 0.001 0.026 59 I 0.029 0.919 0.006 0.002 0.003 0.005 0.003 0.012 0.001 0.001 0.021 60 A 0.040 0.877 0.010 0.007 0.007 0.009 0.003 0.024 0.001 0.001 0.024 61 T 0.076 0.659 0.021 0.014 0.014 0.018 0.014 0.094 0.001 0.002 0.087 62 G 0.215 0.134 0.060 0.016 0.010 0.010 0.021 0.150 0.001 0.004 0.380 63 A 0.175 0.035 0.329 0.018 0.005 0.009 0.083 0.018 0.001 0.009 0.319 64 T 0.044 0.006 0.033 0.020 0.008 0.009 0.215 0.006 0.001 0.005 0.654 65 A 0.012 0.003 0.008 0.013 0.002 0.002 0.037 0.001 0.001 0.002 0.921 66 D 0.017 0.005 0.001 0.011 0.004 0.006 0.393 0.001 0.001 0.007 0.556 67 E 0.230 0.022 0.001 0.011 0.004 0.006 0.271 0.001 0.001 0.024 0.431 68 M 0.236 0.217 0.002 0.020 0.008 0.014 0.166 0.002 0.001 0.009 0.325 69 A 0.129 0.256 0.003 0.015 0.014 0.023 0.097 0.004 0.001 0.008 0.452 70 Q 0.224 0.318 0.002 0.009 0.010 0.015 0.033 0.007 0.001 0.003 0.378 71 F 0.349 0.252 0.007 0.008 0.013 0.018 0.019 0.018 0.001 0.003 0.313 72 Y 0.157 0.198 0.015 0.014 0.024 0.032 0.030 0.015 0.001 0.002 0.513 73 A 0.082 0.054 0.010 0.022 0.025 0.037 0.034 0.011 0.001 0.002 0.724 74 V 0.226 0.037 0.023 0.042 0.020 0.049 0.058 0.007 0.001 0.003 0.534 75 P 0.015 0.002 0.003 0.010 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.955 76 V 0.063 0.005 0.006 0.073 0.009 0.026 0.119 0.001 0.001 0.003 0.694 77 L 0.112 0.004 0.002 0.021 0.004 0.007 0.124 0.001 0.001 0.001 0.724 78 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.990 79 E 0.005 0.004 0.001 0.007 0.001 0.005 0.322 0.001 0.001 0.002 0.654 80 Q 0.164 0.034 0.001 0.003 0.001 0.002 0.374 0.001 0.001 0.005 0.416 81 L 0.110 0.752 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.122 82 V 0.028 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.043 83 D 0.018 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.093 84 R 0.050 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.041 85 L 0.029 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 86 D 0.011 0.926 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.040 87 Q 0.021 0.881 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.087 88 S 0.012 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.032 89 W 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 90 Q 0.010 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.012 91 Y 0.027 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.013 92 Y 0.042 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.014 93 Q 0.023 0.925 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.032 94 D 0.025 0.784 0.009 0.001 0.001 0.001 0.015 0.037 0.001 0.001 0.127 95 R 0.202 0.620 0.008 0.001 0.001 0.001 0.014 0.034 0.001 0.001 0.118 96 L 0.205 0.605 0.024 0.002 0.001 0.002 0.050 0.021 0.001 0.004 0.087 97 M 0.042 0.662 0.044 0.005 0.003 0.006 0.023 0.010 0.001 0.001 0.204 98 A 0.027 0.455 0.002 0.003 0.002 0.003 0.012 0.009 0.001 0.001 0.486 99 D 0.189 0.514 0.002 0.002 0.005 0.004 0.035 0.028 0.001 0.003 0.217 100 F 0.156 0.653 0.008 0.004 0.005 0.006 0.024 0.031 0.001 0.004 0.109 101 S 0.083 0.707 0.015 0.009 0.011 0.015 0.031 0.024 0.001 0.003 0.101 102 T 0.133 0.490 0.010 0.011 0.015 0.025 0.038 0.034 0.001 0.004 0.241 103 E 0.271 0.332 0.018 0.019 0.022 0.021 0.022 0.038 0.001 0.003 0.254 104 T 0.157 0.180 0.043 0.041 0.034 0.041 0.078 0.028 0.001 0.007 0.390 105 T 0.088 0.085 0.031 0.081 0.094 0.106 0.119 0.012 0.001 0.005 0.379 106 Y 0.055 0.034 0.010 0.044 0.033 0.063 0.061 0.004 0.001 0.005 0.690 107 W 0.067 0.030 0.007 0.063 0.051 0.105 0.157 0.005 0.001 0.008 0.507 108 G 0.161 0.011 0.005 0.025 0.021 0.030 0.116 0.005 0.001 0.013 0.613 109 V 0.099 0.011 0.036 0.038 0.018 0.029 0.089 0.001 0.001 0.007 0.671 110 T 0.011 0.003 0.002 0.020 0.010 0.020 0.111 0.001 0.001 0.002 0.821 111 D 0.045 0.006 0.002 0.027 0.010 0.018 0.078 0.001 0.001 0.006 0.806 112 S 0.064 0.018 0.001 0.010 0.006 0.010 0.313 0.001 0.001 0.007 0.571 113 T 0.055 0.042 0.002 0.008 0.004 0.007 0.258 0.001 0.001 0.007 0.616 114 T 0.059 0.213 0.001 0.009 0.004 0.006 0.176 0.001 0.001 0.007 0.523 115 G 0.031 0.395 0.001 0.003 0.003 0.006 0.260 0.002 0.001 0.008 0.290 116 W 0.025 0.844 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.002 0.001 0.001 0.099 117 L 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 118 L 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 119 E 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 120 A 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 121 A 0.010 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 122 V 0.014 0.943 0.005 0.002 0.002 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 0.016 123 H 0.063 0.826 0.009 0.002 0.003 0.004 0.002 0.025 0.001 0.001 0.065 124 L 0.109 0.620 0.049 0.006 0.008 0.009 0.012 0.029 0.001 0.001 0.158 125 Y 0.117 0.447 0.057 0.022 0.019 0.028 0.045 0.039 0.001 0.004 0.222 126 H 0.101 0.397 0.053 0.051 0.032 0.046 0.061 0.025 0.001 0.004 0.230 127 H 0.069 0.279 0.011 0.025 0.019 0.020 0.083 0.008 0.001 0.003 0.483 128 R 0.038 0.085 0.009 0.010 0.003 0.008 0.063 0.003 0.001 0.003 0.776 129 S 0.081 0.110 0.013 0.017 0.007 0.016 0.197 0.005 0.001 0.011 0.545 130 Q 0.159 0.175 0.009 0.009 0.005 0.008 0.251 0.004 0.001 0.012 0.368 131 L 0.022 0.741 0.009 0.008 0.007 0.018 0.039 0.001 0.001 0.002 0.154 132 L 0.007 0.911 0.001 0.005 0.007 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.054 133 D 0.002 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.043 134 Y 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 135 L 0.004 0.978 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 136 N 0.003 0.968 0.001 0.003 0.005 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 137 L 0.053 0.922 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 138 L 0.046 0.638 0.015 0.001 0.005 0.003 0.002 0.276 0.001 0.001 0.013 139 G 0.439 0.035 0.018 0.002 0.001 0.001 0.004 0.412 0.001 0.004 0.083 140 Y 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 141 D 0.004 0.001 0.007 0.104 0.032 0.029 0.112 0.003 0.001 0.001 0.709 142 I 0.009 0.001 0.012 0.037 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.929 143 K 0.007 0.001 0.001 0.214 0.024 0.047 0.188 0.001 0.001 0.003 0.515 144 L 0.069 0.001 0.001 0.162 0.013 0.026 0.076 0.001 0.001 0.012 0.640 145 D 0.061 0.005 0.001 0.241 0.024 0.037 0.140 0.001 0.001 0.008 0.482 146 L 0.089 0.006 0.002 0.093 0.032 0.046 0.113 0.001 0.001 0.013 0.606 147 F 0.078 0.018 0.002 0.119 0.075 0.124 0.186 0.001 0.001 0.013 0.383 148 E 0.054 0.018 0.004 0.043 0.065 0.109 0.131 0.001 0.001 0.010 0.565