# TARGET T0369 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.027 0.061 0.014 0.028 0.100 0.013 0.650 2 T 0.155 0.025 0.048 0.016 0.023 0.196 0.014 0.522 3 D 0.048 0.026 0.022 0.008 0.014 0.132 0.005 0.745 4 W 0.049 0.055 0.016 0.006 0.020 0.190 0.004 0.660 5 Q 0.037 0.089 0.012 0.004 0.016 0.527 0.005 0.310 6 Q 0.048 0.412 0.005 0.003 0.007 0.199 0.004 0.321 7 A 0.014 0.896 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.064 8 L 0.016 0.928 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.042 9 D 0.010 0.964 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.018 10 R 0.029 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.024 11 H 0.062 0.894 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.021 12 V 0.028 0.915 0.007 0.002 0.002 0.003 0.011 0.032 13 G 0.047 0.776 0.019 0.006 0.006 0.016 0.018 0.111 14 V 0.058 0.689 0.040 0.008 0.008 0.022 0.014 0.162 15 G 0.048 0.720 0.020 0.009 0.010 0.027 0.011 0.155 16 V 0.044 0.592 0.041 0.010 0.015 0.033 0.010 0.257 17 R 0.019 0.685 0.015 0.013 0.011 0.037 0.006 0.214 18 T 0.042 0.679 0.014 0.007 0.009 0.054 0.009 0.187 19 T 0.028 0.819 0.007 0.005 0.008 0.024 0.006 0.102 20 R 0.011 0.867 0.008 0.003 0.006 0.009 0.003 0.093 21 D 0.010 0.825 0.003 0.002 0.004 0.036 0.004 0.115 22 L 0.019 0.916 0.001 0.001 0.003 0.014 0.004 0.043 23 I 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 24 R 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 25 L 0.288 0.572 0.007 0.003 0.002 0.002 0.081 0.045 26 I 0.437 0.366 0.036 0.009 0.009 0.005 0.076 0.061 27 Q 0.040 0.119 0.058 0.022 0.035 0.053 0.015 0.659 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 E 0.009 0.011 0.010 0.006 0.012 0.199 0.005 0.750 30 D 0.453 0.013 0.004 0.002 0.002 0.182 0.018 0.327 31 W 0.447 0.204 0.035 0.010 0.012 0.050 0.008 0.234 32 D 0.133 0.259 0.041 0.040 0.057 0.113 0.016 0.342 33 K 0.177 0.082 0.057 0.021 0.037 0.051 0.042 0.531 34 R 0.293 0.062 0.058 0.080 0.091 0.181 0.018 0.217 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 36 I 0.012 0.015 0.058 0.057 0.162 0.166 0.005 0.524 37 S 0.066 0.010 0.020 0.011 0.012 0.070 0.008 0.804 38 G 0.153 0.020 0.015 0.009 0.018 0.097 0.010 0.676 39 K 0.399 0.020 0.043 0.008 0.012 0.122 0.009 0.386 40 R 0.071 0.032 0.051 0.015 0.013 0.131 0.009 0.678 41 S 0.044 0.024 0.015 0.009 0.020 0.226 0.006 0.656 42 V 0.051 0.160 0.028 0.016 0.047 0.099 0.004 0.595 43 Y 0.022 0.151 0.009 0.006 0.017 0.358 0.004 0.433 44 E 0.030 0.247 0.002 0.002 0.004 0.556 0.003 0.156 45 V 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 46 A 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 47 V 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 48 H 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 49 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 51 V 0.010 0.971 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 52 L 0.019 0.949 0.004 0.003 0.003 0.002 0.006 0.014 53 L 0.012 0.937 0.006 0.004 0.004 0.004 0.007 0.027 54 E 0.018 0.887 0.006 0.005 0.005 0.007 0.010 0.062 55 A 0.035 0.844 0.012 0.007 0.009 0.017 0.009 0.067 56 D 0.023 0.879 0.006 0.008 0.008 0.013 0.008 0.055 57 L 0.022 0.885 0.017 0.010 0.014 0.009 0.007 0.036 58 R 0.020 0.895 0.010 0.012 0.013 0.011 0.006 0.032 59 I 0.045 0.846 0.013 0.010 0.014 0.008 0.014 0.050 60 A 0.044 0.871 0.020 0.012 0.013 0.006 0.011 0.023 61 T 0.082 0.704 0.038 0.021 0.021 0.018 0.041 0.074 62 G 0.319 0.257 0.044 0.018 0.019 0.016 0.086 0.241 63 A 0.317 0.100 0.148 0.015 0.021 0.074 0.039 0.286 64 T 0.035 0.035 0.030 0.010 0.011 0.089 0.012 0.778 65 A 0.021 0.024 0.033 0.007 0.015 0.045 0.004 0.852 66 D 0.022 0.033 0.020 0.009 0.015 0.253 0.005 0.643 67 E 0.082 0.049 0.014 0.005 0.011 0.252 0.007 0.580 68 M 0.090 0.234 0.012 0.006 0.017 0.222 0.006 0.413 69 A 0.089 0.329 0.009 0.007 0.014 0.163 0.013 0.375 70 Q 0.114 0.574 0.009 0.008 0.008 0.054 0.015 0.219 71 F 0.275 0.394 0.010 0.008 0.014 0.034 0.033 0.232 72 Y 0.240 0.376 0.036 0.024 0.028 0.029 0.036 0.231 73 A 0.103 0.142 0.034 0.018 0.029 0.039 0.040 0.594 74 V 0.191 0.056 0.040 0.032 0.043 0.046 0.014 0.579 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 V 0.012 0.008 0.015 0.017 0.027 0.084 0.004 0.832 77 L 0.164 0.019 0.013 0.011 0.013 0.122 0.005 0.654 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 79 E 0.007 0.010 0.004 0.003 0.012 0.129 0.001 0.834 80 Q 0.081 0.043 0.002 0.001 0.001 0.192 0.003 0.677 81 L 0.074 0.678 0.001 0.001 0.003 0.017 0.002 0.223 82 V 0.009 0.903 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.076 83 D 0.006 0.924 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.060 84 R 0.019 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 85 L 0.047 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 86 D 0.041 0.884 0.005 0.001 0.001 0.005 0.010 0.054 87 Q 0.029 0.845 0.011 0.001 0.001 0.009 0.011 0.093 88 S 0.038 0.839 0.008 0.001 0.002 0.013 0.011 0.089 89 W 0.019 0.846 0.017 0.002 0.004 0.008 0.006 0.099 90 Q 0.018 0.748 0.014 0.002 0.003 0.068 0.007 0.141 91 Y 0.020 0.904 0.006 0.001 0.001 0.013 0.004 0.051 92 Y 0.021 0.931 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.037 93 Q 0.053 0.801 0.008 0.002 0.004 0.018 0.015 0.099 94 D 0.115 0.709 0.011 0.003 0.002 0.011 0.025 0.125 95 R 0.178 0.610 0.018 0.003 0.004 0.022 0.029 0.136 96 L 0.093 0.600 0.021 0.005 0.009 0.066 0.022 0.183 97 M 0.071 0.478 0.035 0.007 0.019 0.053 0.015 0.322 98 A 0.043 0.375 0.016 0.004 0.009 0.083 0.010 0.460 99 D 0.087 0.466 0.011 0.003 0.005 0.071 0.020 0.336 100 F 0.157 0.614 0.012 0.005 0.007 0.023 0.020 0.162 101 S 0.121 0.534 0.033 0.016 0.020 0.063 0.030 0.182 102 T 0.150 0.299 0.043 0.025 0.026 0.045 0.033 0.379 103 E 0.160 0.222 0.096 0.031 0.046 0.056 0.026 0.362 104 T 0.048 0.198 0.085 0.052 0.059 0.065 0.016 0.478 105 T 0.034 0.100 0.137 0.069 0.090 0.069 0.020 0.481 106 Y 0.043 0.047 0.062 0.038 0.055 0.095 0.010 0.650 107 W 0.090 0.046 0.086 0.053 0.073 0.171 0.021 0.460 108 G 0.140 0.033 0.043 0.031 0.035 0.123 0.023 0.573 109 V 0.092 0.019 0.080 0.025 0.036 0.105 0.009 0.634 110 T 0.009 0.009 0.017 0.014 0.017 0.058 0.002 0.874 111 D 0.025 0.010 0.018 0.011 0.023 0.067 0.004 0.841 112 S 0.038 0.020 0.016 0.011 0.018 0.193 0.005 0.699 113 T 0.062 0.046 0.019 0.010 0.018 0.172 0.007 0.667 114 T 0.043 0.104 0.016 0.007 0.016 0.370 0.005 0.438 115 G 0.064 0.256 0.008 0.006 0.013 0.331 0.005 0.317 116 W 0.020 0.828 0.003 0.003 0.005 0.031 0.002 0.108 117 L 0.013 0.889 0.003 0.003 0.007 0.019 0.003 0.064 118 L 0.007 0.960 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.021 119 E 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 120 A 0.011 0.960 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.016 121 A 0.011 0.958 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.017 122 V 0.014 0.931 0.006 0.003 0.004 0.004 0.007 0.031 123 H 0.041 0.849 0.011 0.006 0.004 0.006 0.021 0.061 124 L 0.049 0.788 0.031 0.010 0.010 0.010 0.018 0.084 125 Y 0.044 0.634 0.027 0.017 0.020 0.035 0.017 0.206 126 H 0.089 0.432 0.051 0.027 0.026 0.066 0.025 0.284 127 H 0.070 0.519 0.019 0.015 0.013 0.061 0.013 0.289 128 R 0.043 0.610 0.033 0.010 0.018 0.043 0.009 0.234 129 S 0.027 0.541 0.012 0.009 0.010 0.050 0.011 0.340 130 Q 0.110 0.401 0.008 0.006 0.008 0.135 0.014 0.318 131 L 0.012 0.908 0.006 0.004 0.004 0.012 0.002 0.051 132 L 0.002 0.958 0.003 0.003 0.005 0.004 0.001 0.025 133 D 0.001 0.976 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 134 Y 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 135 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 136 N 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 137 L 0.027 0.949 0.004 0.002 0.002 0.001 0.010 0.006 138 L 0.073 0.833 0.009 0.008 0.004 0.002 0.049 0.022 139 G 0.590 0.078 0.026 0.011 0.006 0.007 0.174 0.107 140 Y 0.068 0.040 0.723 0.028 0.016 0.014 0.016 0.095 141 D 0.011 0.020 0.095 0.028 0.041 0.065 0.007 0.733 142 I 0.018 0.013 0.160 0.028 0.054 0.057 0.004 0.666 143 K 0.010 0.015 0.096 0.029 0.043 0.209 0.004 0.593 144 L 0.100 0.016 0.113 0.021 0.040 0.162 0.011 0.536 145 D 0.111 0.057 0.075 0.044 0.042 0.196 0.014 0.460 146 L 0.119 0.046 0.064 0.030 0.063 0.160 0.013 0.505 147 F 0.104 0.080 0.062 0.047 0.105 0.220 0.013 0.369 148 E 0.075 0.057 0.026 0.024 0.052 0.176 0.016 0.575