# TARGET T0369 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 2 T 0.010 0.014 0.005 0.232 0.010 0.029 0.699 3 D 0.012 0.017 0.010 0.458 0.121 0.045 0.336 4 W 0.001 0.001 0.012 0.909 0.006 0.017 0.053 5 Q 0.001 0.001 0.009 0.968 0.003 0.006 0.013 6 Q 0.001 0.001 0.009 0.974 0.004 0.004 0.008 7 A 0.001 0.001 0.012 0.974 0.002 0.007 0.004 8 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.009 0.003 9 D 0.001 0.001 0.006 0.969 0.002 0.021 0.002 10 R 0.001 0.001 0.004 0.956 0.001 0.036 0.003 11 H 0.001 0.001 0.010 0.927 0.003 0.051 0.008 12 V 0.002 0.001 0.009 0.913 0.014 0.042 0.020 13 G 0.003 0.001 0.012 0.861 0.015 0.084 0.024 14 V 0.004 0.001 0.008 0.899 0.019 0.053 0.016 15 G 0.005 0.002 0.005 0.910 0.013 0.042 0.022 16 V 0.005 0.001 0.004 0.938 0.011 0.019 0.022 17 R 0.004 0.001 0.008 0.930 0.011 0.028 0.019 18 T 0.004 0.001 0.006 0.925 0.013 0.026 0.025 19 T 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.009 0.011 20 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.004 0.003 21 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 22 L 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.006 0.001 23 I 0.001 0.001 0.035 0.939 0.002 0.022 0.001 24 R 0.001 0.001 0.042 0.686 0.002 0.266 0.002 25 L 0.001 0.001 0.057 0.195 0.015 0.721 0.011 26 I 0.002 0.010 0.002 0.008 0.610 0.020 0.348 27 Q 0.002 0.010 0.001 0.001 0.013 0.003 0.971 28 P 0.001 0.003 0.670 0.120 0.014 0.158 0.034 29 E 0.001 0.001 0.730 0.101 0.017 0.131 0.021 30 D 0.001 0.001 0.781 0.098 0.013 0.078 0.029 31 W 0.004 0.012 0.343 0.203 0.060 0.266 0.112 32 D 0.008 0.011 0.147 0.112 0.085 0.420 0.217 33 K 0.016 0.009 0.088 0.107 0.315 0.229 0.236 34 R 0.026 0.017 0.008 0.020 0.433 0.014 0.483 35 P 0.030 0.032 0.008 0.014 0.064 0.024 0.828 36 I 0.025 0.037 0.014 0.015 0.085 0.044 0.780 37 S 0.013 0.012 0.043 0.027 0.222 0.402 0.281 38 G 0.008 0.003 0.040 0.029 0.246 0.485 0.189 39 K 0.020 0.012 0.016 0.050 0.449 0.079 0.375 40 R 0.032 0.031 0.005 0.057 0.330 0.030 0.514 41 S 0.052 0.090 0.003 0.125 0.085 0.013 0.632 42 V 0.001 0.001 0.006 0.976 0.001 0.005 0.010 43 Y 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.002 0.002 44 E 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.004 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.001 50 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.017 0.001 52 L 0.002 0.001 0.002 0.956 0.004 0.030 0.007 53 L 0.004 0.001 0.003 0.930 0.007 0.043 0.012 54 E 0.007 0.001 0.008 0.923 0.009 0.039 0.014 55 A 0.016 0.001 0.013 0.900 0.013 0.035 0.022 56 D 0.017 0.001 0.009 0.902 0.009 0.037 0.024 57 L 0.036 0.003 0.021 0.852 0.014 0.044 0.029 58 R 0.062 0.002 0.026 0.799 0.021 0.057 0.034 59 I 0.063 0.003 0.027 0.805 0.014 0.054 0.034 60 A 0.057 0.010 0.029 0.694 0.027 0.114 0.071 61 T 0.027 0.005 0.018 0.407 0.050 0.402 0.090 62 G 0.020 0.005 0.020 0.122 0.227 0.349 0.256 63 A 0.021 0.007 0.011 0.052 0.362 0.065 0.482 64 T 0.033 0.016 0.017 0.075 0.123 0.065 0.671 65 A 0.020 0.012 0.066 0.372 0.091 0.075 0.364 66 D 0.021 0.007 0.097 0.479 0.076 0.085 0.235 67 E 0.024 0.006 0.152 0.588 0.047 0.081 0.102 68 M 0.055 0.008 0.145 0.516 0.048 0.086 0.143 69 A 0.066 0.008 0.176 0.440 0.050 0.091 0.169 70 Q 0.079 0.011 0.145 0.441 0.068 0.133 0.123 71 F 0.096 0.014 0.104 0.289 0.081 0.224 0.192 72 Y 0.099 0.022 0.039 0.132 0.127 0.221 0.360 73 A 0.104 0.021 0.029 0.044 0.150 0.165 0.487 74 V 0.090 0.010 0.004 0.007 0.208 0.020 0.661 75 P 0.055 0.021 0.002 0.004 0.036 0.014 0.868 76 V 0.060 0.052 0.001 0.007 0.101 0.009 0.769 77 L 0.029 0.019 0.001 0.011 0.075 0.004 0.862 78 P 0.002 0.001 0.033 0.904 0.006 0.026 0.027 79 E 0.001 0.001 0.025 0.946 0.004 0.017 0.007 80 Q 0.001 0.001 0.039 0.935 0.003 0.010 0.010 81 L 0.001 0.001 0.011 0.971 0.001 0.011 0.004 82 V 0.001 0.001 0.007 0.978 0.001 0.012 0.002 83 D 0.001 0.001 0.006 0.970 0.001 0.021 0.002 84 R 0.001 0.001 0.008 0.958 0.002 0.027 0.004 85 L 0.001 0.001 0.004 0.957 0.008 0.018 0.012 86 D 0.001 0.001 0.004 0.971 0.003 0.018 0.004 87 Q 0.001 0.001 0.005 0.958 0.003 0.031 0.003 88 S 0.001 0.001 0.007 0.953 0.002 0.029 0.008 89 W 0.001 0.001 0.007 0.976 0.002 0.011 0.004 90 Q 0.001 0.001 0.008 0.958 0.002 0.028 0.003 91 Y 0.001 0.001 0.006 0.962 0.001 0.027 0.003 92 Y 0.001 0.001 0.009 0.944 0.004 0.030 0.012 93 Q 0.001 0.001 0.012 0.916 0.005 0.054 0.012 94 D 0.001 0.001 0.015 0.822 0.015 0.135 0.012 95 R 0.002 0.002 0.017 0.712 0.044 0.174 0.049 96 L 0.005 0.007 0.023 0.515 0.076 0.159 0.215 97 M 0.003 0.004 0.090 0.680 0.026 0.090 0.106 98 A 0.003 0.001 0.190 0.601 0.033 0.102 0.070 99 D 0.005 0.002 0.147 0.619 0.023 0.126 0.078 100 F 0.010 0.007 0.117 0.576 0.038 0.148 0.104 101 S 0.025 0.004 0.079 0.417 0.077 0.226 0.171 102 T 0.063 0.005 0.065 0.337 0.133 0.216 0.181 103 E 0.155 0.016 0.035 0.326 0.117 0.085 0.266 104 T 0.218 0.026 0.027 0.218 0.123 0.054 0.335 105 T 0.207 0.019 0.033 0.161 0.086 0.085 0.410 106 Y 0.175 0.020 0.057 0.150 0.111 0.182 0.306 107 W 0.100 0.023 0.040 0.087 0.128 0.420 0.204 108 G 0.047 0.008 0.020 0.019 0.221 0.360 0.324 109 V 0.047 0.009 0.007 0.010 0.154 0.037 0.735 110 T 0.080 0.040 0.009 0.027 0.073 0.073 0.699 111 D 0.066 0.029 0.006 0.060 0.262 0.040 0.537 112 S 0.059 0.024 0.004 0.167 0.117 0.022 0.607 113 T 0.004 0.001 0.004 0.954 0.008 0.011 0.018 114 T 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.003 0.006 115 G 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.002 0.004 116 W 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.002 117 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 118 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 119 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.001 120 A 0.002 0.001 0.004 0.963 0.001 0.025 0.003 121 A 0.003 0.001 0.007 0.925 0.007 0.051 0.006 122 V 0.004 0.001 0.008 0.837 0.015 0.117 0.017 123 H 0.004 0.001 0.015 0.751 0.031 0.127 0.071 124 L 0.003 0.002 0.026 0.817 0.022 0.094 0.036 125 Y 0.003 0.001 0.038 0.824 0.021 0.085 0.028 126 H 0.004 0.002 0.026 0.834 0.024 0.068 0.042 127 H 0.002 0.001 0.008 0.900 0.009 0.046 0.033 128 R 0.001 0.001 0.002 0.976 0.002 0.018 0.002 129 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 131 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 132 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 133 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 136 N 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 137 L 0.001 0.001 0.004 0.929 0.004 0.060 0.002 138 L 0.001 0.001 0.003 0.365 0.006 0.619 0.005 139 G 0.001 0.001 0.002 0.013 0.044 0.887 0.052 140 Y 0.014 0.006 0.002 0.003 0.197 0.008 0.770 141 D 0.099 0.060 0.004 0.003 0.050 0.009 0.775 142 I 0.122 0.053 0.010 0.007 0.078 0.013 0.718 143 K 0.116 0.016 0.020 0.009 0.041 0.025 0.773 144 L 0.046 0.004 0.478 0.130 0.051 0.083 0.208 145 D 0.040 0.006 0.511 0.115 0.079 0.120 0.130 146 L 0.063 0.018 0.396 0.077 0.083 0.206 0.157 147 F 0.051 0.040 0.036 0.025 0.012 0.024 0.812 148 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994