# TARGET T0369 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.203 0.056 0.138 0.151 0.076 0.022 0.134 0.115 0.015 0.088 0.001 2 T 0.461 0.120 0.242 0.072 0.046 0.028 0.009 0.003 0.010 0.008 0.001 3 D 0.466 0.038 0.174 0.102 0.020 0.121 0.029 0.008 0.035 0.007 0.002 4 W 0.921 0.004 0.007 0.053 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 5 Q 0.970 0.002 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.977 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 7 A 0.980 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 H 0.939 0.002 0.002 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.868 0.019 0.029 0.073 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 13 G 0.908 0.004 0.009 0.027 0.003 0.002 0.023 0.017 0.001 0.006 0.001 14 V 0.891 0.017 0.015 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.866 0.011 0.018 0.050 0.008 0.005 0.014 0.015 0.004 0.009 0.001 16 V 0.940 0.017 0.020 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 R 0.968 0.003 0.007 0.014 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.960 0.006 0.006 0.020 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 T 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.974 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.981 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.361 0.001 0.004 0.622 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 26 I 0.026 0.122 0.735 0.040 0.005 0.046 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 27 Q 0.004 0.059 0.754 0.001 0.007 0.120 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 28 P 0.983 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.969 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.512 0.002 0.010 0.469 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 W 0.531 0.033 0.143 0.218 0.011 0.015 0.031 0.007 0.007 0.003 0.001 32 D 0.300 0.042 0.094 0.415 0.013 0.056 0.060 0.006 0.010 0.002 0.001 33 K 0.136 0.350 0.222 0.180 0.056 0.016 0.012 0.004 0.022 0.002 0.001 34 R 0.023 0.275 0.528 0.002 0.013 0.022 0.006 0.001 0.129 0.001 0.001 35 P 0.090 0.008 0.853 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 36 I 0.247 0.206 0.306 0.087 0.037 0.049 0.011 0.006 0.045 0.006 0.001 37 S 0.172 0.038 0.429 0.191 0.025 0.018 0.071 0.017 0.011 0.027 0.002 38 G 0.048 0.009 0.043 0.051 0.048 0.002 0.086 0.609 0.002 0.103 0.001 39 K 0.206 0.194 0.305 0.156 0.053 0.025 0.024 0.015 0.007 0.015 0.001 40 R 0.095 0.217 0.391 0.069 0.112 0.040 0.036 0.011 0.016 0.012 0.001 41 S 0.492 0.069 0.322 0.008 0.068 0.021 0.001 0.002 0.006 0.011 0.001 42 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 H 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.962 0.003 0.003 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.951 0.004 0.007 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 E 0.914 0.007 0.009 0.050 0.003 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 55 A 0.923 0.015 0.018 0.032 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.924 0.010 0.011 0.032 0.003 0.008 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 57 L 0.941 0.022 0.012 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.972 0.007 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 I 0.932 0.019 0.009 0.030 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 60 A 0.861 0.038 0.036 0.050 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 61 T 0.353 0.045 0.033 0.547 0.008 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 62 G 0.111 0.009 0.057 0.042 0.066 0.003 0.071 0.494 0.005 0.143 0.001 63 A 0.256 0.143 0.428 0.074 0.032 0.035 0.009 0.002 0.014 0.005 0.001 64 T 0.245 0.128 0.420 0.096 0.014 0.052 0.014 0.002 0.023 0.003 0.003 65 A 0.521 0.059 0.275 0.049 0.043 0.019 0.007 0.006 0.006 0.014 0.001 66 D 0.549 0.034 0.105 0.196 0.012 0.053 0.022 0.006 0.019 0.002 0.002 67 E 0.680 0.087 0.108 0.074 0.018 0.010 0.005 0.002 0.013 0.002 0.001 68 M 0.694 0.046 0.160 0.062 0.008 0.014 0.005 0.002 0.006 0.002 0.002 69 A 0.689 0.052 0.130 0.067 0.015 0.017 0.013 0.006 0.007 0.003 0.001 70 Q 0.562 0.126 0.128 0.132 0.024 0.009 0.008 0.003 0.007 0.001 0.001 71 F 0.314 0.112 0.195 0.245 0.015 0.048 0.024 0.005 0.040 0.001 0.001 72 Y 0.253 0.247 0.266 0.110 0.034 0.021 0.036 0.005 0.023 0.006 0.001 73 A 0.231 0.071 0.286 0.179 0.019 0.074 0.092 0.019 0.018 0.006 0.003 74 V 0.033 0.409 0.379 0.007 0.017 0.019 0.008 0.001 0.127 0.001 0.001 75 P 0.050 0.010 0.891 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 76 V 0.246 0.165 0.434 0.084 0.011 0.047 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 77 L 0.021 0.254 0.533 0.002 0.051 0.027 0.002 0.001 0.107 0.004 0.001 78 P 0.926 0.001 0.057 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 79 E 0.976 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.955 0.001 0.006 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.951 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.976 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.990 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 S 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Y 0.956 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.977 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 D 0.930 0.002 0.005 0.056 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.883 0.012 0.026 0.065 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 96 L 0.793 0.029 0.062 0.073 0.004 0.015 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 97 M 0.911 0.011 0.029 0.033 0.001 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 98 A 0.941 0.005 0.021 0.022 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 99 D 0.803 0.008 0.028 0.138 0.004 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 100 F 0.788 0.012 0.030 0.149 0.002 0.007 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 101 S 0.733 0.038 0.078 0.107 0.012 0.014 0.009 0.003 0.004 0.003 0.001 102 T 0.578 0.088 0.063 0.222 0.023 0.008 0.007 0.003 0.007 0.001 0.001 103 E 0.300 0.240 0.194 0.152 0.030 0.029 0.013 0.001 0.038 0.001 0.001 104 T 0.172 0.326 0.332 0.075 0.022 0.042 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 105 T 0.173 0.326 0.229 0.089 0.057 0.048 0.019 0.002 0.052 0.004 0.001 106 Y 0.270 0.165 0.299 0.134 0.022 0.061 0.011 0.005 0.028 0.003 0.002 107 W 0.140 0.154 0.189 0.354 0.045 0.022 0.050 0.007 0.034 0.005 0.001 108 G 0.029 0.020 0.078 0.043 0.105 0.006 0.133 0.387 0.003 0.196 0.001 109 V 0.066 0.331 0.463 0.028 0.058 0.022 0.005 0.004 0.017 0.005 0.001 110 T 0.235 0.150 0.409 0.100 0.018 0.053 0.009 0.005 0.010 0.008 0.002 111 D 0.088 0.253 0.241 0.074 0.158 0.060 0.040 0.005 0.073 0.008 0.001 112 S 0.477 0.044 0.330 0.027 0.064 0.019 0.003 0.007 0.005 0.021 0.004 113 T 0.949 0.002 0.003 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 T 0.960 0.004 0.005 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 G 0.980 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 116 W 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 E 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.977 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 V 0.875 0.005 0.004 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 H 0.752 0.017 0.025 0.151 0.005 0.011 0.020 0.005 0.012 0.001 0.001 124 L 0.871 0.009 0.013 0.078 0.002 0.008 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 125 Y 0.852 0.025 0.020 0.072 0.008 0.009 0.007 0.002 0.003 0.003 0.001 126 H 0.759 0.024 0.030 0.118 0.008 0.028 0.018 0.003 0.010 0.001 0.001 127 H 0.883 0.011 0.020 0.051 0.003 0.014 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 128 R 0.982 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 S 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 N 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.261 0.001 0.004 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 G 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.380 0.587 0.001 0.004 0.001 140 Y 0.022 0.328 0.555 0.021 0.010 0.044 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 141 D 0.042 0.145 0.539 0.026 0.010 0.179 0.024 0.001 0.029 0.001 0.004 142 I 0.091 0.509 0.253 0.029 0.043 0.036 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 143 K 0.105 0.227 0.434 0.037 0.021 0.109 0.012 0.003 0.048 0.002 0.003 144 L 0.283 0.267 0.224 0.101 0.061 0.031 0.005 0.002 0.021 0.005 0.001 145 D 0.248 0.108 0.283 0.087 0.031 0.122 0.059 0.004 0.053 0.002 0.002 146 L 0.340 0.143 0.152 0.304 0.010 0.026 0.004 0.001 0.018 0.001 0.002 147 F 0.155 0.173 0.344 0.142 0.058 0.038 0.034 0.015 0.028 0.012 0.001 148 E 0.144 0.128 0.275 0.060 0.102 0.019 0.062 0.083 0.016 0.110 0.001