# TARGET T0369 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0369.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.113 0.045 0.021 0.127 0.021 0.031 0.261 0.085 0.132 0.072 2 T 0.018 0.316 0.123 0.021 0.096 0.030 0.029 0.261 0.055 0.038 0.013 3 D 0.093 0.144 0.085 0.004 0.105 0.002 0.007 0.403 0.050 0.064 0.044 4 W 0.005 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.839 0.115 0.022 0.003 5 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.940 0.047 0.002 0.001 6 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.021 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.963 0.023 0.006 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.050 0.011 0.001 9 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.917 0.063 0.004 0.001 10 R 0.001 0.006 0.004 0.002 0.002 0.003 0.035 0.866 0.064 0.014 0.001 11 H 0.005 0.004 0.003 0.002 0.006 0.005 0.050 0.798 0.076 0.049 0.003 12 V 0.069 0.168 0.027 0.005 0.092 0.005 0.012 0.459 0.089 0.051 0.024 13 G 0.035 0.020 0.009 0.016 0.033 0.023 0.042 0.572 0.122 0.092 0.035 14 V 0.036 0.159 0.069 0.014 0.095 0.019 0.046 0.425 0.083 0.041 0.014 15 G 0.062 0.047 0.022 0.013 0.071 0.009 0.020 0.455 0.101 0.157 0.042 16 V 0.038 0.133 0.020 0.004 0.101 0.008 0.021 0.542 0.087 0.036 0.011 17 R 0.051 0.054 0.021 0.004 0.084 0.015 0.029 0.548 0.073 0.061 0.059 18 T 0.020 0.059 0.023 0.004 0.040 0.003 0.008 0.675 0.098 0.060 0.010 19 T 0.004 0.033 0.019 0.002 0.009 0.001 0.002 0.752 0.107 0.069 0.002 20 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.082 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.028 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.882 0.098 0.016 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.727 0.263 0.005 0.001 24 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.776 0.165 0.014 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.072 0.071 0.816 0.004 26 I 0.039 0.585 0.132 0.001 0.219 0.001 0.002 0.004 0.002 0.006 0.009 27 Q 0.007 0.680 0.243 0.001 0.063 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.399 0.593 0.004 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.828 0.162 0.004 0.001 30 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.523 0.241 0.229 0.001 31 W 0.013 0.014 0.007 0.001 0.026 0.001 0.003 0.630 0.220 0.080 0.006 32 D 0.013 0.036 0.025 0.005 0.035 0.010 0.042 0.445 0.181 0.198 0.012 33 K 0.026 0.235 0.125 0.004 0.114 0.002 0.026 0.132 0.090 0.230 0.017 34 R 0.053 0.509 0.172 0.003 0.205 0.001 0.007 0.028 0.008 0.006 0.008 35 P 0.064 0.352 0.155 0.013 0.210 0.011 0.027 0.070 0.044 0.032 0.023 36 I 0.031 0.260 0.329 0.048 0.122 0.027 0.030 0.051 0.044 0.037 0.022 37 S 0.008 0.069 0.045 0.065 0.022 0.121 0.332 0.212 0.089 0.029 0.008 38 G 0.015 0.022 0.027 0.032 0.018 0.020 0.017 0.036 0.100 0.616 0.097 39 K 0.094 0.244 0.126 0.011 0.178 0.014 0.024 0.042 0.064 0.151 0.055 40 R 0.026 0.479 0.254 0.019 0.145 0.006 0.008 0.024 0.010 0.017 0.012 41 S 0.005 0.631 0.265 0.003 0.023 0.001 0.001 0.056 0.007 0.007 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.830 0.166 0.002 0.001 43 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.040 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.038 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.001 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.023 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.044 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.051 0.002 0.001 51 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.914 0.060 0.006 0.001 52 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 0.909 0.053 0.009 0.001 53 L 0.005 0.022 0.006 0.003 0.010 0.007 0.026 0.820 0.083 0.016 0.002 54 E 0.014 0.015 0.004 0.003 0.020 0.006 0.022 0.809 0.073 0.026 0.009 55 A 0.008 0.049 0.018 0.005 0.024 0.007 0.015 0.804 0.055 0.010 0.003 56 D 0.024 0.009 0.003 0.002 0.016 0.002 0.008 0.822 0.050 0.049 0.014 57 L 0.011 0.008 0.001 0.001 0.015 0.002 0.006 0.795 0.135 0.020 0.005 58 R 0.005 0.008 0.002 0.001 0.016 0.005 0.022 0.849 0.083 0.006 0.002 59 I 0.011 0.010 0.008 0.002 0.012 0.003 0.051 0.772 0.101 0.026 0.004 60 A 0.033 0.021 0.015 0.011 0.032 0.025 0.121 0.570 0.088 0.067 0.017 61 T 0.010 0.381 0.149 0.073 0.063 0.041 0.074 0.099 0.036 0.063 0.011 62 G 0.026 0.032 0.057 0.065 0.017 0.027 0.008 0.033 0.043 0.555 0.137 63 A 0.052 0.320 0.166 0.026 0.168 0.015 0.028 0.092 0.048 0.057 0.028 64 T 0.053 0.418 0.163 0.012 0.161 0.005 0.010 0.073 0.032 0.047 0.025 65 A 0.023 0.127 0.054 0.015 0.068 0.013 0.024 0.403 0.222 0.037 0.014 66 D 0.016 0.033 0.019 0.006 0.027 0.010 0.026 0.572 0.199 0.074 0.017 67 E 0.016 0.035 0.015 0.003 0.025 0.004 0.020 0.526 0.200 0.145 0.010 68 M 0.024 0.080 0.038 0.007 0.050 0.008 0.019 0.517 0.171 0.073 0.013 69 A 0.018 0.068 0.035 0.012 0.040 0.021 0.061 0.420 0.241 0.071 0.013 70 Q 0.018 0.080 0.047 0.012 0.050 0.019 0.108 0.387 0.173 0.094 0.014 71 F 0.066 0.109 0.044 0.014 0.103 0.017 0.052 0.192 0.156 0.199 0.047 72 Y 0.051 0.150 0.067 0.024 0.127 0.022 0.052 0.223 0.139 0.109 0.035 73 A 0.095 0.105 0.053 0.013 0.134 0.012 0.044 0.142 0.126 0.208 0.068 74 V 0.030 0.481 0.199 0.007 0.189 0.003 0.012 0.043 0.016 0.011 0.009 75 P 0.074 0.359 0.123 0.004 0.260 0.004 0.017 0.067 0.034 0.031 0.029 76 V 0.046 0.386 0.170 0.005 0.191 0.007 0.054 0.066 0.030 0.025 0.019 77 L 0.029 0.597 0.225 0.001 0.120 0.001 0.001 0.014 0.003 0.003 0.007 78 P 0.002 0.016 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.698 0.259 0.010 0.002 79 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.874 0.112 0.003 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.899 0.060 0.033 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.887 0.085 0.025 0.001 82 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.896 0.092 0.003 0.001 83 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.925 0.056 0.003 0.001 84 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.913 0.050 0.013 0.001 85 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.862 0.094 0.033 0.001 86 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.889 0.086 0.006 0.001 87 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.896 0.066 0.018 0.001 88 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.901 0.056 0.029 0.001 89 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.899 0.086 0.008 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.941 0.051 0.001 0.001 91 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.942 0.038 0.009 0.001 92 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.878 0.088 0.025 0.001 93 Q 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.826 0.125 0.020 0.002 94 D 0.004 0.011 0.004 0.002 0.010 0.004 0.040 0.712 0.135 0.074 0.006 95 R 0.010 0.030 0.021 0.003 0.018 0.006 0.039 0.655 0.133 0.078 0.008 96 L 0.029 0.050 0.019 0.004 0.030 0.003 0.010 0.630 0.128 0.081 0.017 97 M 0.006 0.024 0.006 0.004 0.014 0.006 0.016 0.689 0.211 0.020 0.004 98 A 0.003 0.011 0.005 0.003 0.007 0.008 0.038 0.733 0.170 0.019 0.004 99 D 0.016 0.022 0.012 0.003 0.028 0.006 0.047 0.580 0.164 0.110 0.012 100 F 0.031 0.019 0.006 0.001 0.027 0.002 0.007 0.404 0.286 0.193 0.024 101 S 0.015 0.031 0.008 0.005 0.028 0.014 0.059 0.527 0.261 0.044 0.010 102 T 0.024 0.046 0.014 0.006 0.046 0.006 0.035 0.270 0.222 0.300 0.031 103 E 0.106 0.150 0.050 0.006 0.219 0.007 0.032 0.164 0.107 0.117 0.043 104 T 0.152 0.174 0.047 0.008 0.270 0.010 0.021 0.125 0.079 0.061 0.051 105 T 0.079 0.170 0.142 0.033 0.146 0.027 0.074 0.148 0.086 0.061 0.033 106 Y 0.110 0.094 0.069 0.041 0.120 0.044 0.072 0.180 0.094 0.116 0.060 107 W 0.036 0.233 0.109 0.104 0.106 0.057 0.100 0.085 0.059 0.076 0.034 108 G 0.043 0.043 0.084 0.120 0.040 0.040 0.014 0.041 0.061 0.418 0.097 109 V 0.044 0.375 0.171 0.012 0.210 0.008 0.020 0.088 0.039 0.023 0.010 110 T 0.116 0.201 0.086 0.017 0.171 0.024 0.065 0.109 0.055 0.079 0.078 111 D 0.059 0.273 0.170 0.037 0.144 0.022 0.026 0.077 0.058 0.083 0.051 112 S 0.025 0.309 0.176 0.009 0.079 0.006 0.012 0.257 0.083 0.037 0.009 113 T 0.004 0.020 0.011 0.002 0.007 0.003 0.008 0.727 0.171 0.042 0.003 114 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.885 0.094 0.006 0.001 115 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.050 0.004 0.001 116 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.038 0.003 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.957 0.035 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.904 0.062 0.009 0.001 122 V 0.005 0.011 0.002 0.002 0.007 0.007 0.043 0.815 0.086 0.020 0.003 123 H 0.024 0.023 0.008 0.007 0.029 0.008 0.031 0.692 0.110 0.057 0.014 124 L 0.024 0.023 0.004 0.005 0.033 0.017 0.082 0.577 0.180 0.045 0.010 125 Y 0.051 0.066 0.019 0.015 0.073 0.030 0.110 0.432 0.115 0.064 0.024 126 H 0.036 0.058 0.030 0.032 0.068 0.043 0.099 0.379 0.120 0.107 0.029 127 H 0.042 0.113 0.076 0.031 0.059 0.020 0.025 0.444 0.092 0.078 0.021 128 R 0.004 0.008 0.005 0.004 0.006 0.014 0.037 0.702 0.188 0.029 0.005 129 S 0.003 0.014 0.011 0.004 0.007 0.004 0.008 0.787 0.133 0.023 0.005 130 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.870 0.102 0.012 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.043 0.002 0.001 132 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.018 0.001 0.001 133 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.014 0.001 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.027 0.003 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.927 0.060 0.003 0.001 136 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.831 0.121 0.011 0.001 137 L 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.014 0.196 0.686 0.077 0.016 0.001 138 L 0.004 0.704 0.200 0.012 0.054 0.002 0.004 0.006 0.003 0.008 0.003 139 G 0.070 0.014 0.024 0.029 0.015 0.014 0.005 0.012 0.018 0.466 0.333 140 Y 0.032 0.461 0.188 0.011 0.211 0.004 0.010 0.033 0.019 0.018 0.013 141 D 0.208 0.187 0.051 0.003 0.377 0.003 0.010 0.025 0.019 0.030 0.087 142 I 0.056 0.413 0.162 0.013 0.192 0.010 0.028 0.051 0.044 0.015 0.015 143 K 0.152 0.188 0.105 0.010 0.241 0.009 0.020 0.063 0.059 0.075 0.078 144 L 0.040 0.225 0.079 0.015 0.108 0.016 0.030 0.177 0.226 0.067 0.018 145 D 0.085 0.096 0.042 0.011 0.140 0.014 0.051 0.241 0.144 0.116 0.061 146 L 0.046 0.054 0.013 0.009 0.056 0.015 0.058 0.282 0.243 0.196 0.028 147 F 0.073 0.133 0.065 0.036 0.124 0.027 0.034 0.166 0.138 0.149 0.054 148 E 0.038 0.134 0.100 0.046 0.085 0.041 0.059 0.231 0.138 0.101 0.028