# TARGET T0368 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.155 0.072 0.012 0.014 0.009 0.010 0.018 0.013 0.001 0.002 0.695 2 K 0.140 0.048 0.033 0.024 0.016 0.027 0.084 0.004 0.001 0.004 0.620 3 P 0.005 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.969 4 L 0.039 0.020 0.001 0.051 0.018 0.046 0.129 0.001 0.001 0.002 0.692 5 K 0.189 0.043 0.002 0.020 0.008 0.017 0.073 0.001 0.001 0.003 0.643 6 E 0.145 0.221 0.002 0.039 0.015 0.027 0.084 0.003 0.001 0.002 0.464 7 V 0.074 0.115 0.004 0.014 0.004 0.011 0.035 0.001 0.001 0.002 0.740 8 V 0.064 0.223 0.003 0.022 0.010 0.023 0.105 0.004 0.001 0.003 0.543 9 G 0.213 0.220 0.004 0.009 0.007 0.010 0.081 0.016 0.001 0.006 0.435 10 A 0.087 0.484 0.017 0.004 0.002 0.004 0.031 0.002 0.001 0.002 0.368 11 Y 0.018 0.527 0.002 0.005 0.007 0.009 0.083 0.005 0.001 0.002 0.342 12 L 0.076 0.640 0.003 0.004 0.005 0.006 0.053 0.006 0.001 0.003 0.203 13 A 0.029 0.903 0.002 0.001 0.002 0.003 0.012 0.004 0.001 0.001 0.043 14 L 0.036 0.894 0.003 0.002 0.002 0.004 0.010 0.013 0.001 0.002 0.034 15 S 0.053 0.864 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.056 16 D 0.043 0.765 0.008 0.002 0.002 0.002 0.012 0.050 0.001 0.001 0.115 17 A 0.053 0.811 0.024 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.001 0.003 0.077 18 Q 0.013 0.788 0.007 0.002 0.002 0.004 0.057 0.018 0.001 0.003 0.105 19 R 0.020 0.882 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.076 20 Q 0.025 0.928 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 0.001 0.001 0.023 21 L 0.020 0.930 0.002 0.003 0.002 0.004 0.004 0.015 0.001 0.001 0.019 22 V 0.026 0.935 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.023 23 A 0.053 0.793 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 0.088 24 G 0.387 0.257 0.032 0.005 0.001 0.002 0.020 0.140 0.001 0.005 0.151 25 E 0.368 0.066 0.380 0.001 0.001 0.001 0.063 0.011 0.001 0.004 0.106 26 Y 0.027 0.140 0.084 0.014 0.001 0.003 0.091 0.005 0.001 0.002 0.634 27 D 0.003 0.090 0.001 0.012 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 0.001 0.818 28 E 0.016 0.165 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.001 0.001 0.003 0.499 29 A 0.042 0.824 0.001 0.002 0.001 0.001 0.062 0.005 0.001 0.002 0.061 30 A 0.034 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.017 31 A 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 32 N 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 33 C 0.013 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 34 R 0.004 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.014 35 R 0.019 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 0.034 36 A 0.029 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 37 M 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.012 38 E 0.061 0.826 0.013 0.002 0.002 0.003 0.002 0.038 0.001 0.001 0.053 39 I 0.160 0.678 0.027 0.008 0.004 0.010 0.006 0.060 0.001 0.001 0.045 40 S 0.204 0.269 0.025 0.037 0.024 0.017 0.041 0.132 0.001 0.002 0.249 41 H 0.018 0.008 0.059 0.013 0.002 0.003 0.016 0.004 0.001 0.001 0.876 42 T 0.041 0.003 0.010 0.019 0.003 0.007 0.415 0.007 0.001 0.005 0.490 43 M 0.568 0.002 0.022 0.019 0.001 0.001 0.056 0.002 0.001 0.018 0.310 44 P 0.055 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.277 0.001 0.001 0.002 0.650 45 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.986 46 E 0.009 0.004 0.001 0.012 0.002 0.007 0.340 0.001 0.001 0.005 0.621 47 E 0.386 0.031 0.001 0.004 0.003 0.006 0.224 0.001 0.001 0.021 0.323 48 A 0.296 0.500 0.001 0.006 0.003 0.003 0.024 0.004 0.001 0.001 0.163 49 F 0.167 0.571 0.003 0.008 0.005 0.006 0.019 0.005 0.001 0.003 0.212 50 D 0.168 0.476 0.005 0.004 0.004 0.007 0.044 0.013 0.001 0.003 0.275 51 H 0.229 0.381 0.013 0.006 0.005 0.006 0.038 0.040 0.001 0.003 0.278 52 A 0.189 0.309 0.022 0.007 0.003 0.003 0.077 0.030 0.001 0.005 0.356 53 G 0.208 0.089 0.022 0.010 0.004 0.005 0.158 0.043 0.001 0.020 0.440 54 F 0.290 0.107 0.141 0.014 0.003 0.008 0.109 0.007 0.001 0.013 0.306 55 D 0.068 0.094 0.010 0.023 0.008 0.010 0.131 0.010 0.001 0.003 0.645 56 A 0.037 0.066 0.006 0.014 0.003 0.004 0.032 0.001 0.001 0.002 0.834 57 F 0.026 0.145 0.002 0.018 0.010 0.016 0.292 0.003 0.001 0.004 0.485 58 C 0.067 0.396 0.002 0.019 0.011 0.016 0.207 0.005 0.001 0.007 0.270 59 H 0.034 0.871 0.001 0.007 0.002 0.005 0.021 0.002 0.001 0.001 0.056 60 A 0.029 0.860 0.002 0.003 0.002 0.005 0.020 0.009 0.001 0.002 0.068 61 G 0.122 0.752 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.001 0.002 0.088 62 L 0.048 0.804 0.021 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.101 63 A 0.006 0.894 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.079 64 E 0.011 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.001 0.001 0.082 65 A 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 66 L 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 67 A 0.012 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.011 68 G 0.088 0.826 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.036 69 L 0.155 0.644 0.096 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.067 70 R 0.123 0.273 0.080 0.010 0.002 0.002 0.020 0.153 0.001 0.002 0.336 71 S 0.444 0.068 0.116 0.002 0.001 0.001 0.071 0.021 0.001 0.003 0.274 72 F 0.042 0.127 0.027 0.008 0.001 0.001 0.040 0.004 0.001 0.001 0.748 73 D 0.004 0.108 0.001 0.006 0.001 0.001 0.128 0.001 0.001 0.001 0.750 74 E 0.019 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.643 0.001 0.001 0.006 0.207 75 A 0.038 0.886 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.004 0.001 0.001 0.036 76 L 0.042 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.010 77 H 0.025 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 78 S 0.015 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.043 79 A 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 80 D 0.005 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.022 81 K 0.016 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.019 0.001 0.001 0.028 82 A 0.030 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 83 L 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 84 H 0.053 0.828 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.001 0.001 0.050 85 Y 0.301 0.553 0.034 0.003 0.002 0.004 0.002 0.042 0.001 0.001 0.060 86 F 0.145 0.314 0.038 0.024 0.014 0.012 0.015 0.067 0.001 0.001 0.370 87 N 0.018 0.036 0.020 0.024 0.007 0.017 0.019 0.006 0.001 0.001 0.853 88 R 0.040 0.029 0.005 0.027 0.013 0.025 0.110 0.006 0.001 0.002 0.743 89 R 0.407 0.053 0.005 0.018 0.006 0.011 0.090 0.006 0.001 0.012 0.393 90 G 0.210 0.098 0.014 0.030 0.014 0.019 0.085 0.004 0.001 0.007 0.520 91 E 0.067 0.062 0.008 0.027 0.026 0.033 0.138 0.002 0.001 0.006 0.631 92 L 0.101 0.075 0.008 0.027 0.051 0.086 0.096 0.002 0.001 0.006 0.547 93 N 0.066 0.085 0.003 0.038 0.104 0.150 0.114 0.005 0.001 0.004 0.430 94 Q 0.094 0.110 0.004 0.029 0.068 0.077 0.152 0.006 0.001 0.010 0.449 95 D 0.132 0.133 0.009 0.012 0.020 0.031 0.204 0.005 0.001 0.015 0.439 96 E 0.078 0.086 0.006 0.010 0.012 0.018 0.372 0.009 0.001 0.020 0.388 97 G 0.285 0.064 0.009 0.009 0.007 0.008 0.272 0.018 0.001 0.062 0.265 98 K 0.268 0.127 0.109 0.006 0.003 0.004 0.196 0.003 0.001 0.028 0.255 99 L 0.016 0.132 0.015 0.010 0.009 0.011 0.177 0.002 0.001 0.004 0.624 100 W 0.042 0.217 0.005 0.021 0.032 0.061 0.187 0.004 0.001 0.009 0.420 101 I 0.029 0.618 0.003 0.015 0.020 0.047 0.075 0.003 0.001 0.004 0.187 102 S 0.013 0.780 0.001 0.005 0.010 0.016 0.033 0.004 0.001 0.001 0.137 103 A 0.034 0.820 0.002 0.002 0.004 0.004 0.014 0.005 0.001 0.001 0.115 104 V 0.021 0.929 0.002 0.002 0.001 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.026 105 Y 0.019 0.904 0.006 0.002 0.002 0.003 0.010 0.019 0.001 0.001 0.035 106 S 0.027 0.902 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.047 107 R 0.012 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 0.042 108 A 0.008 0.961 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 109 L 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.018 110 A 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 111 L 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 112 D 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.005 113 G 0.109 0.791 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.043 114 L 0.152 0.622 0.105 0.001 0.001 0.001 0.009 0.067 0.001 0.001 0.041 115 G 0.250 0.102 0.043 0.009 0.003 0.002 0.031 0.318 0.001 0.007 0.237 116 R 0.065 0.013 0.810 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.087 117 G 0.006 0.019 0.005 0.015 0.002 0.003 0.058 0.001 0.001 0.001 0.889 118 A 0.009 0.015 0.001 0.012 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.930 119 E 0.040 0.049 0.001 0.005 0.001 0.002 0.262 0.001 0.001 0.003 0.637 120 A 0.523 0.287 0.002 0.013 0.002 0.005 0.048 0.004 0.001 0.004 0.115 121 M 0.176 0.729 0.001 0.008 0.001 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.070 122 P 0.013 0.502 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.480 123 E 0.032 0.740 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.220 124 F 0.025 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.029 125 K 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.021 126 K 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 127 V 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 128 V 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 129 E 0.022 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.017 130 M 0.083 0.888 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 131 I 0.056 0.836 0.006 0.002 0.002 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.072 132 E 0.031 0.310 0.017 0.006 0.002 0.003 0.005 0.012 0.001 0.001 0.614 133 E 0.048 0.236 0.011 0.004 0.003 0.009 0.113 0.016 0.001 0.003 0.558 134 R 0.554 0.171 0.009 0.005 0.002 0.003 0.041 0.018 0.001 0.004 0.194 135 K 0.270 0.355 0.019 0.009 0.002 0.002 0.026 0.009 0.001 0.002 0.307 136 G 0.087 0.089 0.008 0.012 0.011 0.008 0.062 0.014 0.001 0.003 0.707 137 E 0.444 0.113 0.028 0.013 0.004 0.009 0.079 0.006 0.001 0.007 0.297 138 T 0.196 0.128 0.014 0.030 0.012 0.018 0.173 0.015 0.001 0.003 0.409 139 P 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.983 140 G 0.018 0.004 0.001 0.004 0.002 0.004 0.520 0.001 0.001 0.007 0.439 141 K 0.560 0.026 0.009 0.005 0.001 0.001 0.100 0.001 0.001 0.013 0.284 142 E 0.047 0.325 0.001 0.012 0.002 0.002 0.079 0.002 0.001 0.002 0.528 143 R 0.067 0.351 0.002 0.005 0.003 0.004 0.211 0.001 0.001 0.008 0.348 144 M 0.030 0.834 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.113 145 M 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 146 E 0.012 0.917 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.052 147 V 0.023 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 148 A 0.025 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.015 149 I 0.062 0.879 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.029 150 D 0.069 0.689 0.049 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.001 0.001 0.162 151 R 0.023 0.737 0.013 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.204 152 I 0.018 0.668 0.002 0.001 0.001 0.001 0.073 0.010 0.001 0.004 0.223 153 A 0.014 0.815 0.003 0.001 0.001 0.001 0.080 0.003 0.001 0.001 0.084 154 Q 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 155 L 0.012 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 156 G 0.012 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 157 A 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 158 S 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 159 N 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 160 Q 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 161 Q 0.049 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.007 162 K 0.090 0.842 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.017 163 K 0.128 0.719 0.071 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.056 164 P 0.029 0.087 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.820 165 G 0.179 0.041 0.004 0.012 0.003 0.003 0.026 0.031 0.001 0.001 0.700 166 Y 0.129 0.037 0.038 0.010 0.001 0.003 0.019 0.002 0.001 0.002 0.760 167 K 0.029 0.085 0.001 0.028 0.007 0.017 0.125 0.003 0.001 0.001 0.706 168 A 0.412 0.076 0.002 0.021 0.007 0.011 0.083 0.002 0.001 0.006 0.379 169 W 0.261 0.385 0.003 0.035 0.017 0.028 0.045 0.003 0.001 0.003 0.221 170 W 0.073 0.378 0.009 0.062 0.054 0.095 0.046 0.005 0.001 0.004 0.275 171 E 0.098 0.228 0.005 0.031 0.036 0.062 0.044 0.008 0.001 0.003 0.483 172 F 0.151 0.195 0.010 0.030 0.044 0.064 0.037 0.015 0.001 0.003 0.451 173 W 0.122 0.179 0.022 0.059 0.087 0.139 0.095 0.015 0.001 0.009 0.273 174 S 0.068 0.091 0.014 0.034 0.061 0.093 0.163 0.006 0.001 0.006 0.463