# TARGET T0368 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.133 0.032 0.050 0.023 0.031 0.059 0.039 0.633 2 K 0.086 0.012 0.047 0.029 0.034 0.065 0.008 0.720 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 L 0.010 0.003 0.015 0.015 0.074 0.089 0.002 0.793 5 K 0.178 0.018 0.017 0.012 0.016 0.148 0.010 0.601 6 E 0.327 0.058 0.019 0.012 0.018 0.116 0.010 0.439 7 V 0.109 0.067 0.019 0.008 0.013 0.038 0.003 0.743 8 V 0.032 0.097 0.023 0.014 0.018 0.088 0.007 0.721 9 G 0.048 0.092 0.017 0.008 0.013 0.086 0.011 0.725 10 A 0.136 0.261 0.022 0.013 0.026 0.086 0.010 0.445 11 Y 0.035 0.462 0.021 0.013 0.026 0.104 0.005 0.334 12 L 0.021 0.748 0.007 0.008 0.015 0.060 0.003 0.138 13 A 0.007 0.962 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.017 14 L 0.015 0.961 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 15 S 0.022 0.943 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 16 D 0.027 0.919 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.038 17 A 0.019 0.944 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.024 18 Q 0.006 0.965 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.018 19 R 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 20 Q 0.008 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 21 L 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 22 V 0.013 0.968 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 23 A 0.039 0.916 0.009 0.002 0.002 0.002 0.016 0.015 24 G 0.496 0.297 0.010 0.005 0.002 0.006 0.096 0.089 25 E 0.260 0.210 0.154 0.006 0.005 0.083 0.043 0.238 26 Y 0.069 0.199 0.073 0.006 0.021 0.088 0.014 0.530 27 D 0.016 0.146 0.018 0.002 0.009 0.090 0.004 0.713 28 E 0.016 0.156 0.005 0.001 0.002 0.228 0.003 0.589 29 A 0.021 0.724 0.002 0.001 0.001 0.055 0.002 0.194 30 A 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 31 A 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 32 N 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 33 C 0.035 0.921 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.031 34 R 0.007 0.953 0.005 0.001 0.002 0.004 0.003 0.025 35 R 0.005 0.956 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.029 36 A 0.010 0.959 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 37 M 0.007 0.970 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.012 38 E 0.060 0.860 0.016 0.007 0.004 0.005 0.020 0.027 39 I 0.187 0.636 0.050 0.015 0.012 0.009 0.037 0.055 40 S 0.116 0.520 0.043 0.029 0.027 0.021 0.032 0.211 41 H 0.024 0.063 0.032 0.008 0.012 0.021 0.015 0.825 42 T 0.116 0.055 0.019 0.007 0.011 0.208 0.064 0.520 43 M 0.706 0.021 0.017 0.004 0.004 0.056 0.051 0.140 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 46 E 0.008 0.003 0.008 0.011 0.047 0.130 0.001 0.792 47 E 0.276 0.022 0.005 0.005 0.011 0.154 0.005 0.522 48 A 0.295 0.358 0.014 0.014 0.025 0.053 0.003 0.240 49 F 0.204 0.415 0.017 0.011 0.019 0.034 0.007 0.291 50 D 0.165 0.345 0.023 0.011 0.017 0.053 0.024 0.363 51 H 0.339 0.272 0.014 0.008 0.014 0.048 0.040 0.265 52 A 0.298 0.254 0.019 0.009 0.013 0.088 0.044 0.275 53 G 0.166 0.132 0.026 0.009 0.010 0.070 0.049 0.537 54 F 0.179 0.105 0.060 0.010 0.012 0.159 0.023 0.452 55 D 0.061 0.086 0.037 0.009 0.014 0.166 0.009 0.620 56 A 0.042 0.193 0.045 0.015 0.035 0.100 0.005 0.565 57 F 0.031 0.298 0.023 0.013 0.029 0.283 0.005 0.318 58 C 0.053 0.633 0.014 0.008 0.016 0.138 0.005 0.134 59 H 0.009 0.966 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.013 60 A 0.012 0.959 0.003 0.002 0.003 0.004 0.003 0.015 61 G 0.029 0.915 0.003 0.003 0.002 0.006 0.007 0.036 62 L 0.019 0.941 0.005 0.002 0.003 0.005 0.004 0.021 63 A 0.006 0.968 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.016 64 E 0.003 0.979 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 65 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 66 L 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 67 A 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 68 G 0.199 0.729 0.003 0.001 0.001 0.001 0.044 0.022 69 L 0.227 0.660 0.032 0.002 0.002 0.002 0.047 0.027 70 R 0.218 0.356 0.037 0.005 0.004 0.038 0.074 0.267 71 S 0.208 0.143 0.086 0.004 0.004 0.159 0.038 0.358 72 F 0.111 0.217 0.094 0.003 0.010 0.056 0.012 0.497 73 D 0.013 0.154 0.037 0.001 0.004 0.156 0.004 0.631 74 E 0.018 0.156 0.006 0.001 0.002 0.386 0.003 0.429 75 A 0.032 0.808 0.002 0.001 0.001 0.035 0.002 0.119 76 L 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 77 H 0.009 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.046 78 S 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 79 A 0.030 0.903 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.051 80 D 0.011 0.907 0.004 0.001 0.002 0.009 0.004 0.062 81 K 0.014 0.916 0.003 0.001 0.001 0.008 0.005 0.054 82 A 0.010 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 83 L 0.006 0.966 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 84 H 0.045 0.882 0.007 0.003 0.003 0.005 0.013 0.042 85 Y 0.075 0.836 0.020 0.004 0.003 0.004 0.018 0.040 86 F 0.116 0.679 0.027 0.009 0.011 0.013 0.034 0.111 87 N 0.069 0.351 0.062 0.013 0.015 0.035 0.036 0.419 88 R 0.140 0.237 0.059 0.013 0.014 0.104 0.041 0.393 89 R 0.207 0.147 0.048 0.010 0.014 0.198 0.035 0.340 90 G 0.131 0.141 0.035 0.020 0.021 0.085 0.028 0.540 91 E 0.065 0.087 0.056 0.021 0.029 0.220 0.011 0.511 92 L 0.121 0.116 0.037 0.035 0.066 0.169 0.009 0.446 93 N 0.089 0.274 0.026 0.064 0.081 0.076 0.011 0.379 94 Q 0.099 0.144 0.035 0.040 0.087 0.070 0.016 0.509 95 D 0.068 0.115 0.018 0.018 0.035 0.170 0.016 0.559 96 E 0.164 0.118 0.010 0.012 0.016 0.141 0.032 0.507 97 G 0.208 0.189 0.020 0.013 0.011 0.113 0.051 0.394 98 K 0.259 0.081 0.037 0.012 0.018 0.183 0.025 0.384 99 L 0.057 0.140 0.039 0.026 0.036 0.144 0.005 0.553 100 W 0.047 0.218 0.023 0.034 0.086 0.168 0.008 0.416 101 I 0.048 0.497 0.037 0.039 0.066 0.064 0.006 0.243 102 S 0.015 0.679 0.014 0.021 0.033 0.043 0.004 0.191 103 A 0.023 0.775 0.008 0.012 0.020 0.033 0.005 0.123 104 V 0.012 0.945 0.003 0.004 0.006 0.007 0.002 0.021 105 Y 0.014 0.945 0.003 0.003 0.004 0.007 0.004 0.020 106 S 0.013 0.950 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.023 107 R 0.018 0.931 0.005 0.002 0.003 0.006 0.007 0.030 108 A 0.006 0.970 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.012 109 L 0.005 0.974 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.010 110 A 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 111 L 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 112 D 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 113 G 0.090 0.855 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 0.016 114 L 0.259 0.611 0.018 0.003 0.002 0.003 0.082 0.023 115 G 0.646 0.095 0.023 0.005 0.002 0.007 0.134 0.090 116 R 0.086 0.081 0.540 0.008 0.008 0.059 0.018 0.200 117 G 0.029 0.074 0.071 0.007 0.026 0.095 0.007 0.692 118 A 0.035 0.061 0.042 0.003 0.012 0.109 0.005 0.731 119 E 0.045 0.077 0.014 0.003 0.004 0.332 0.008 0.516 120 A 0.204 0.295 0.017 0.003 0.005 0.165 0.019 0.292 121 M 0.084 0.610 0.011 0.006 0.011 0.016 0.005 0.257 122 P 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 123 E 0.016 0.280 0.002 0.004 0.007 0.066 0.004 0.619 124 F 0.109 0.619 0.003 0.001 0.003 0.018 0.010 0.237 125 K 0.008 0.920 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.058 126 K 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 127 V 0.010 0.953 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 128 V 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 129 E 0.010 0.964 0.004 0.002 0.001 0.002 0.005 0.012 130 M 0.035 0.921 0.008 0.003 0.002 0.002 0.010 0.019 131 I 0.064 0.800 0.020 0.008 0.013 0.007 0.017 0.072 132 E 0.025 0.307 0.022 0.007 0.014 0.025 0.012 0.587 133 E 0.070 0.436 0.016 0.007 0.009 0.081 0.028 0.353 134 R 0.408 0.310 0.013 0.003 0.004 0.045 0.045 0.172 135 K 0.177 0.333 0.030 0.007 0.007 0.038 0.041 0.368 136 G 0.149 0.164 0.045 0.011 0.013 0.056 0.035 0.527 137 E 0.360 0.097 0.051 0.007 0.017 0.116 0.045 0.306 138 T 0.194 0.109 0.024 0.017 0.025 0.082 0.011 0.539 139 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 140 G 0.015 0.022 0.007 0.007 0.019 0.360 0.004 0.566 141 K 0.337 0.061 0.010 0.003 0.007 0.094 0.010 0.479 142 E 0.040 0.372 0.006 0.004 0.006 0.065 0.003 0.504 143 R 0.045 0.539 0.005 0.003 0.005 0.097 0.003 0.303 144 M 0.014 0.901 0.002 0.001 0.003 0.010 0.001 0.066 145 M 0.003 0.975 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 146 E 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 147 V 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 148 A 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 149 I 0.062 0.874 0.005 0.002 0.001 0.003 0.017 0.036 150 D 0.053 0.829 0.016 0.002 0.001 0.014 0.014 0.072 151 R 0.076 0.724 0.017 0.001 0.003 0.022 0.017 0.140 152 I 0.017 0.824 0.009 0.001 0.002 0.026 0.004 0.116 153 A 0.013 0.751 0.004 0.001 0.001 0.066 0.004 0.160 154 Q 0.017 0.926 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.043 155 L 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 156 G 0.022 0.923 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.041 157 A 0.011 0.955 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 158 S 0.029 0.909 0.003 0.001 0.004 0.005 0.007 0.042 159 N 0.036 0.871 0.007 0.002 0.003 0.010 0.008 0.063 160 Q 0.046 0.853 0.006 0.002 0.001 0.010 0.012 0.069 161 Q 0.079 0.828 0.018 0.002 0.002 0.005 0.020 0.046 162 K 0.136 0.622 0.020 0.006 0.008 0.012 0.078 0.118 163 K 0.173 0.284 0.105 0.022 0.023 0.034 0.029 0.330 164 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 165 G 0.065 0.037 0.028 0.020 0.038 0.145 0.016 0.652 166 Y 0.100 0.015 0.035 0.004 0.006 0.028 0.011 0.802 167 K 0.098 0.037 0.060 0.018 0.022 0.165 0.010 0.590 168 A 0.230 0.041 0.084 0.017 0.023 0.235 0.013 0.357 169 W 0.192 0.100 0.090 0.025 0.052 0.110 0.014 0.417 170 W 0.055 0.112 0.225 0.051 0.080 0.100 0.011 0.366 171 E 0.084 0.101 0.084 0.044 0.073 0.208 0.020 0.386 172 F 0.204 0.150 0.110 0.049 0.083 0.062 0.023 0.320 173 W 0.116 0.127 0.115 0.061 0.108 0.102 0.020 0.349 174 S 0.070 0.087 0.077 0.059 0.090 0.112 0.024 0.480