# TARGET T0368 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.220 0.051 0.072 0.086 0.086 0.050 0.435 2 K 0.236 0.027 0.087 0.105 0.061 0.073 0.412 3 P 0.323 0.023 0.116 0.121 0.104 0.122 0.190 4 L 0.217 0.020 0.116 0.146 0.159 0.117 0.227 5 K 0.077 0.025 0.031 0.083 0.318 0.052 0.414 6 E 0.022 0.006 0.008 0.015 0.092 0.017 0.840 7 V 0.004 0.003 0.182 0.156 0.072 0.492 0.092 8 V 0.003 0.005 0.123 0.178 0.174 0.439 0.078 9 G 0.003 0.006 0.066 0.329 0.165 0.074 0.358 10 A 0.001 0.002 0.013 0.910 0.016 0.021 0.038 11 Y 0.001 0.001 0.008 0.958 0.007 0.017 0.009 12 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.005 0.007 0.005 13 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.004 0.005 14 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 15 S 0.001 0.001 0.001 0.976 0.002 0.019 0.003 16 D 0.001 0.001 0.001 0.967 0.002 0.027 0.004 17 A 0.001 0.001 0.001 0.964 0.005 0.021 0.009 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.965 0.012 0.008 0.014 19 R 0.001 0.001 0.001 0.977 0.008 0.005 0.008 20 Q 0.001 0.001 0.003 0.971 0.007 0.011 0.008 21 L 0.001 0.001 0.007 0.933 0.007 0.044 0.008 22 V 0.001 0.001 0.010 0.822 0.006 0.148 0.012 23 A 0.001 0.001 0.009 0.342 0.014 0.619 0.016 24 G 0.001 0.001 0.009 0.148 0.068 0.713 0.060 25 E 0.001 0.011 0.014 0.145 0.174 0.057 0.598 26 Y 0.002 0.006 0.023 0.705 0.088 0.021 0.154 27 D 0.001 0.001 0.008 0.947 0.009 0.019 0.014 28 E 0.001 0.001 0.005 0.971 0.004 0.014 0.005 29 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.009 0.003 30 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 31 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 32 N 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.003 33 C 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.008 0.003 34 R 0.001 0.001 0.002 0.977 0.004 0.013 0.003 35 R 0.001 0.001 0.004 0.967 0.002 0.024 0.003 36 A 0.001 0.001 0.007 0.958 0.003 0.022 0.008 37 M 0.002 0.001 0.012 0.918 0.008 0.051 0.008 38 E 0.003 0.001 0.021 0.758 0.015 0.183 0.020 39 I 0.003 0.005 0.021 0.594 0.122 0.134 0.121 40 S 0.004 0.008 0.022 0.155 0.111 0.076 0.624 41 H 0.003 0.003 0.082 0.181 0.083 0.523 0.125 42 T 0.003 0.004 0.086 0.143 0.137 0.485 0.143 43 M 0.003 0.009 0.044 0.141 0.241 0.054 0.509 44 P 0.007 0.011 0.031 0.342 0.071 0.093 0.445 45 P 0.007 0.006 0.064 0.541 0.061 0.118 0.204 46 E 0.007 0.006 0.084 0.579 0.070 0.115 0.138 47 E 0.007 0.009 0.070 0.624 0.065 0.102 0.123 48 A 0.008 0.009 0.067 0.615 0.059 0.117 0.125 49 F 0.006 0.004 0.072 0.547 0.057 0.218 0.097 50 D 0.004 0.004 0.073 0.470 0.068 0.248 0.132 51 H 0.003 0.006 0.066 0.392 0.157 0.136 0.239 52 A 0.003 0.004 0.073 0.347 0.121 0.197 0.256 53 G 0.002 0.002 0.078 0.395 0.076 0.332 0.116 54 F 0.003 0.005 0.060 0.509 0.088 0.200 0.136 55 D 0.003 0.004 0.021 0.659 0.079 0.043 0.190 56 A 0.002 0.001 0.008 0.928 0.011 0.017 0.033 57 F 0.002 0.001 0.007 0.953 0.008 0.014 0.016 58 C 0.001 0.001 0.004 0.972 0.005 0.008 0.009 59 H 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.006 0.006 60 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.003 61 G 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 62 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 63 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.004 64 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.004 0.004 65 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.004 0.004 66 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.008 0.004 67 A 0.001 0.001 0.007 0.944 0.005 0.039 0.005 68 G 0.001 0.001 0.012 0.797 0.005 0.177 0.008 69 L 0.001 0.001 0.009 0.225 0.014 0.735 0.015 70 R 0.001 0.002 0.009 0.068 0.090 0.750 0.080 71 S 0.002 0.012 0.008 0.054 0.172 0.031 0.721 72 F 0.002 0.007 0.030 0.664 0.110 0.023 0.165 73 D 0.001 0.001 0.013 0.934 0.011 0.023 0.017 74 E 0.001 0.001 0.008 0.964 0.005 0.016 0.006 75 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.009 0.003 76 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 77 H 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 78 S 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.013 0.004 79 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.006 0.004 80 D 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.008 0.003 81 K 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.013 0.002 82 A 0.001 0.001 0.003 0.974 0.002 0.016 0.004 83 L 0.001 0.001 0.006 0.950 0.004 0.036 0.003 84 H 0.001 0.001 0.012 0.830 0.008 0.137 0.011 85 Y 0.001 0.004 0.014 0.666 0.098 0.133 0.084 86 F 0.004 0.006 0.014 0.158 0.160 0.066 0.592 87 N 0.002 0.002 0.161 0.270 0.067 0.404 0.092 88 R 0.003 0.003 0.237 0.205 0.077 0.393 0.083 89 R 0.006 0.009 0.257 0.183 0.125 0.139 0.281 90 G 0.017 0.013 0.154 0.245 0.106 0.205 0.261 91 E 0.026 0.015 0.154 0.218 0.089 0.207 0.292 92 L 0.024 0.022 0.125 0.190 0.128 0.154 0.356 93 N 0.023 0.017 0.079 0.214 0.125 0.178 0.363 94 Q 0.021 0.010 0.080 0.246 0.171 0.213 0.259 95 D 0.011 0.006 0.075 0.283 0.152 0.287 0.186 96 E 0.014 0.006 0.044 0.352 0.146 0.233 0.204 97 G 0.023 0.006 0.029 0.366 0.136 0.148 0.292 98 K 0.042 0.006 0.029 0.612 0.077 0.073 0.161 99 L 0.075 0.011 0.031 0.686 0.040 0.040 0.117 100 W 0.066 0.009 0.036 0.721 0.036 0.034 0.099 101 I 0.087 0.006 0.026 0.771 0.019 0.029 0.062 102 S 0.063 0.003 0.022 0.801 0.027 0.033 0.051 103 A 0.038 0.002 0.013 0.864 0.017 0.017 0.049 104 V 0.012 0.001 0.006 0.935 0.010 0.010 0.026 105 Y 0.006 0.001 0.003 0.956 0.012 0.010 0.012 106 S 0.004 0.001 0.002 0.966 0.005 0.011 0.011 107 R 0.001 0.001 0.001 0.978 0.004 0.009 0.006 108 A 0.002 0.001 0.001 0.980 0.004 0.006 0.007 109 L 0.002 0.001 0.001 0.981 0.005 0.005 0.007 110 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.004 0.004 111 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.008 0.004 112 D 0.001 0.001 0.007 0.947 0.005 0.035 0.005 113 G 0.001 0.001 0.012 0.827 0.006 0.146 0.008 114 L 0.001 0.001 0.009 0.234 0.015 0.728 0.013 115 G 0.001 0.002 0.008 0.050 0.075 0.799 0.067 116 R 0.002 0.013 0.009 0.049 0.159 0.031 0.737 117 G 0.003 0.009 0.039 0.598 0.112 0.029 0.212 118 A 0.001 0.001 0.020 0.909 0.014 0.032 0.023 119 E 0.001 0.001 0.014 0.950 0.006 0.021 0.008 120 A 0.001 0.001 0.003 0.976 0.004 0.012 0.005 121 M 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.008 0.003 122 P 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.011 0.002 123 E 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.015 0.004 124 F 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.008 0.004 125 K 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.010 0.003 126 K 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.015 0.002 127 V 0.001 0.001 0.005 0.967 0.003 0.020 0.005 128 V 0.001 0.001 0.009 0.924 0.005 0.057 0.004 129 E 0.001 0.001 0.022 0.753 0.010 0.203 0.011 130 M 0.001 0.005 0.022 0.546 0.161 0.153 0.113 131 I 0.002 0.004 0.013 0.086 0.140 0.058 0.696 132 E 0.001 0.001 0.176 0.198 0.048 0.546 0.030 133 E 0.001 0.001 0.175 0.168 0.095 0.517 0.043 134 R 0.001 0.005 0.147 0.294 0.124 0.078 0.351 135 K 0.001 0.002 0.057 0.790 0.031 0.075 0.044 136 G 0.002 0.001 0.053 0.797 0.022 0.086 0.038 137 E 0.001 0.002 0.026 0.888 0.024 0.028 0.032 138 T 0.001 0.001 0.005 0.941 0.012 0.016 0.025 139 P 0.001 0.001 0.002 0.956 0.007 0.023 0.010 140 G 0.001 0.001 0.001 0.956 0.004 0.030 0.009 141 K 0.001 0.001 0.001 0.970 0.004 0.017 0.007 142 E 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.011 0.007 143 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.007 0.006 144 M 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.005 0.005 145 M 0.001 0.001 0.002 0.981 0.004 0.007 0.004 146 E 0.001 0.001 0.005 0.952 0.005 0.032 0.005 147 V 0.001 0.001 0.008 0.885 0.005 0.093 0.009 148 A 0.001 0.001 0.009 0.458 0.013 0.502 0.016 149 I 0.001 0.002 0.011 0.181 0.069 0.675 0.061 150 D 0.002 0.011 0.013 0.169 0.183 0.049 0.572 151 R 0.001 0.005 0.022 0.765 0.076 0.021 0.110 152 I 0.001 0.001 0.009 0.940 0.010 0.024 0.016 153 A 0.001 0.001 0.007 0.960 0.005 0.020 0.007 154 Q 0.001 0.001 0.002 0.978 0.005 0.011 0.005 155 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.007 0.003 156 G 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.011 0.002 157 A 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.014 0.005 158 S 0.001 0.001 0.001 0.979 0.004 0.009 0.006 159 N 0.001 0.001 0.002 0.971 0.006 0.015 0.006 160 Q 0.001 0.001 0.003 0.966 0.002 0.025 0.003 161 Q 0.001 0.001 0.007 0.943 0.006 0.031 0.012 162 K 0.002 0.001 0.017 0.897 0.008 0.068 0.008 163 K 0.003 0.001 0.024 0.756 0.019 0.175 0.022 164 P 0.003 0.005 0.019 0.629 0.097 0.145 0.101 165 G 0.005 0.005 0.011 0.087 0.126 0.041 0.726 166 Y 0.001 0.002 0.116 0.121 0.049 0.665 0.046 167 K 0.001 0.002 0.132 0.060 0.077 0.704 0.025 168 A 0.012 0.014 0.174 0.124 0.205 0.107 0.364 169 W 0.027 0.021 0.199 0.345 0.073 0.149 0.187 170 W 0.054 0.016 0.307 0.240 0.068 0.170 0.145 171 E 0.055 0.014 0.322 0.156 0.117 0.167 0.168 172 F 0.052 0.015 0.127 0.111 0.195 0.241 0.259 173 W 0.034 0.030 0.044 0.045 0.019 0.176 0.651 174 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996