# TARGET T0368 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.129 0.085 0.034 0.163 0.016 0.018 0.221 0.087 0.078 0.052 2 K 0.085 0.092 0.048 0.019 0.127 0.011 0.017 0.351 0.158 0.061 0.030 3 P 0.049 0.165 0.037 0.015 0.165 0.017 0.032 0.303 0.159 0.041 0.017 4 L 0.092 0.123 0.031 0.006 0.214 0.004 0.039 0.273 0.115 0.072 0.031 5 K 0.045 0.196 0.094 0.019 0.149 0.055 0.118 0.149 0.071 0.082 0.022 6 E 0.269 0.164 0.036 0.004 0.342 0.002 0.002 0.014 0.014 0.042 0.111 7 V 0.017 0.060 0.015 0.005 0.065 0.015 0.030 0.432 0.321 0.033 0.008 8 V 0.008 0.018 0.010 0.007 0.014 0.021 0.101 0.448 0.156 0.202 0.016 9 G 0.048 0.156 0.063 0.006 0.105 0.002 0.006 0.388 0.120 0.084 0.021 10 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.815 0.153 0.015 0.002 11 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.922 0.061 0.004 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.052 0.008 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.903 0.076 0.011 0.001 14 L 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.003 0.023 0.894 0.061 0.006 0.001 15 S 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.022 0.889 0.047 0.023 0.002 16 D 0.002 0.009 0.006 0.003 0.003 0.004 0.008 0.866 0.067 0.031 0.004 17 A 0.002 0.010 0.004 0.001 0.004 0.001 0.003 0.907 0.056 0.009 0.002 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.946 0.046 0.002 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.028 0.001 0.001 20 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.044 0.003 0.001 21 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.887 0.084 0.007 0.002 22 V 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.037 0.783 0.101 0.062 0.001 23 A 0.001 0.787 0.108 0.005 0.029 0.006 0.016 0.037 0.006 0.003 0.001 24 G 0.052 0.055 0.027 0.034 0.026 0.025 0.019 0.078 0.027 0.359 0.298 25 E 0.076 0.139 0.094 0.011 0.082 0.011 0.026 0.285 0.072 0.116 0.087 26 Y 0.011 0.022 0.007 0.004 0.012 0.007 0.002 0.754 0.128 0.034 0.019 27 D 0.002 0.010 0.003 0.002 0.004 0.005 0.008 0.882 0.080 0.004 0.002 28 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.896 0.078 0.014 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.911 0.070 0.012 0.001 30 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.914 0.072 0.003 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.932 0.049 0.002 0.001 32 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.904 0.060 0.023 0.002 33 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.870 0.114 0.009 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.916 0.072 0.002 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.878 0.088 0.019 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.819 0.139 0.020 0.001 37 M 0.004 0.015 0.001 0.001 0.012 0.002 0.027 0.635 0.269 0.030 0.004 38 E 0.004 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.087 0.669 0.154 0.065 0.004 39 I 0.017 0.104 0.050 0.009 0.077 0.031 0.223 0.231 0.103 0.144 0.011 40 S 0.267 0.145 0.032 0.005 0.304 0.002 0.005 0.045 0.032 0.055 0.108 41 H 0.015 0.048 0.025 0.011 0.042 0.026 0.070 0.380 0.318 0.056 0.010 42 T 0.028 0.058 0.028 0.014 0.065 0.030 0.102 0.230 0.117 0.293 0.034 43 M 0.111 0.206 0.092 0.011 0.244 0.009 0.016 0.088 0.050 0.112 0.061 44 P 0.031 0.256 0.101 0.012 0.078 0.009 0.018 0.278 0.137 0.059 0.022 45 P 0.016 0.031 0.015 0.004 0.040 0.004 0.008 0.538 0.279 0.056 0.009 46 E 0.015 0.030 0.014 0.005 0.024 0.007 0.031 0.638 0.185 0.040 0.010 47 E 0.025 0.040 0.021 0.009 0.044 0.012 0.048 0.516 0.160 0.107 0.020 48 A 0.033 0.069 0.025 0.015 0.065 0.015 0.049 0.436 0.165 0.108 0.020 49 F 0.029 0.103 0.044 0.031 0.074 0.032 0.059 0.315 0.173 0.120 0.021 50 D 0.030 0.068 0.041 0.030 0.052 0.034 0.080 0.300 0.146 0.179 0.042 51 H 0.070 0.094 0.076 0.032 0.085 0.017 0.035 0.164 0.109 0.245 0.074 52 A 0.051 0.170 0.090 0.030 0.119 0.020 0.031 0.208 0.138 0.111 0.033 53 G 0.012 0.048 0.022 0.011 0.029 0.023 0.069 0.524 0.196 0.058 0.009 54 F 0.013 0.035 0.020 0.008 0.024 0.010 0.042 0.511 0.152 0.170 0.014 55 D 0.025 0.076 0.032 0.005 0.042 0.004 0.011 0.622 0.120 0.052 0.012 56 A 0.006 0.009 0.004 0.002 0.009 0.002 0.004 0.838 0.110 0.012 0.004 57 F 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.004 0.905 0.063 0.005 0.002 58 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.924 0.060 0.006 0.001 59 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.909 0.075 0.006 0.001 60 A 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.914 0.050 0.003 0.001 61 G 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.010 0.911 0.042 0.021 0.002 62 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.896 0.075 0.015 0.002 63 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.924 0.056 0.004 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.038 0.002 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.033 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.051 0.003 0.001 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.887 0.088 0.005 0.001 68 G 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.045 0.783 0.105 0.053 0.001 69 L 0.001 0.813 0.103 0.003 0.034 0.004 0.009 0.023 0.005 0.002 0.001 70 R 0.051 0.035 0.018 0.032 0.021 0.022 0.015 0.051 0.023 0.417 0.316 71 S 0.092 0.193 0.160 0.015 0.107 0.010 0.015 0.168 0.048 0.107 0.087 72 F 0.012 0.026 0.007 0.005 0.014 0.009 0.002 0.732 0.142 0.031 0.020 73 D 0.002 0.013 0.004 0.003 0.004 0.007 0.010 0.870 0.081 0.005 0.002 74 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.874 0.086 0.026 0.001 75 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.908 0.073 0.012 0.001 76 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.916 0.068 0.003 0.001 77 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.931 0.048 0.002 0.001 78 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.911 0.057 0.019 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.890 0.099 0.007 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.922 0.067 0.002 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.892 0.078 0.015 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.830 0.135 0.016 0.001 83 L 0.003 0.014 0.001 0.001 0.011 0.002 0.024 0.642 0.268 0.030 0.004 84 H 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.081 0.691 0.150 0.056 0.004 85 Y 0.016 0.080 0.041 0.009 0.063 0.026 0.173 0.289 0.115 0.177 0.010 86 F 0.238 0.163 0.036 0.004 0.313 0.001 0.005 0.058 0.037 0.046 0.098 87 N 0.009 0.029 0.016 0.009 0.024 0.017 0.052 0.435 0.365 0.037 0.006 88 R 0.011 0.041 0.025 0.012 0.033 0.026 0.140 0.358 0.168 0.173 0.014 89 R 0.109 0.102 0.040 0.008 0.170 0.011 0.026 0.153 0.126 0.184 0.071 90 G 0.031 0.100 0.044 0.018 0.076 0.019 0.044 0.331 0.219 0.089 0.028 91 E 0.035 0.084 0.050 0.017 0.082 0.018 0.056 0.326 0.166 0.140 0.025 92 L 0.066 0.127 0.066 0.021 0.121 0.021 0.055 0.223 0.101 0.160 0.040 93 N 0.055 0.174 0.078 0.031 0.136 0.023 0.049 0.194 0.107 0.113 0.039 94 Q 0.052 0.100 0.092 0.051 0.073 0.029 0.046 0.229 0.134 0.147 0.047 95 D 0.029 0.095 0.066 0.033 0.063 0.043 0.080 0.307 0.137 0.118 0.027 96 E 0.039 0.125 0.066 0.040 0.064 0.039 0.062 0.213 0.110 0.202 0.041 97 G 0.077 0.105 0.065 0.028 0.108 0.016 0.024 0.223 0.101 0.196 0.058 98 K 0.035 0.087 0.027 0.008 0.059 0.013 0.032 0.501 0.160 0.059 0.021 99 L 0.030 0.042 0.016 0.006 0.048 0.006 0.020 0.677 0.096 0.046 0.011 100 W 0.023 0.022 0.006 0.003 0.025 0.004 0.013 0.788 0.085 0.023 0.008 101 I 0.011 0.012 0.005 0.005 0.018 0.006 0.008 0.851 0.073 0.008 0.004 102 S 0.012 0.010 0.005 0.002 0.019 0.001 0.005 0.870 0.062 0.007 0.006 103 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.915 0.058 0.005 0.001 104 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.889 0.084 0.007 0.001 105 Y 0.001 0.005 0.002 0.003 0.003 0.007 0.027 0.892 0.055 0.004 0.001 106 S 0.005 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.010 0.897 0.049 0.020 0.004 107 R 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.885 0.083 0.014 0.002 108 A 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.912 0.062 0.005 0.001 109 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.950 0.040 0.002 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.037 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.052 0.003 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.892 0.085 0.004 0.001 113 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.045 0.816 0.087 0.039 0.001 114 L 0.001 0.805 0.134 0.004 0.027 0.004 0.006 0.014 0.003 0.002 0.001 115 G 0.058 0.030 0.017 0.033 0.019 0.018 0.009 0.040 0.017 0.388 0.370 116 R 0.082 0.203 0.155 0.014 0.110 0.011 0.015 0.189 0.051 0.089 0.080 117 G 0.013 0.029 0.009 0.006 0.016 0.009 0.002 0.726 0.134 0.032 0.023 118 A 0.002 0.016 0.005 0.003 0.005 0.007 0.010 0.856 0.088 0.006 0.002 119 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.873 0.086 0.025 0.002 120 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.894 0.080 0.017 0.001 121 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.906 0.073 0.004 0.001 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.923 0.052 0.003 0.001 123 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.905 0.058 0.022 0.002 124 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.882 0.104 0.009 0.001 125 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.919 0.068 0.002 0.001 126 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.879 0.087 0.019 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.804 0.156 0.021 0.001 128 V 0.002 0.012 0.001 0.001 0.008 0.002 0.024 0.622 0.300 0.025 0.003 129 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.085 0.640 0.194 0.063 0.003 130 M 0.013 0.084 0.061 0.007 0.057 0.022 0.148 0.186 0.126 0.283 0.013 131 I 0.304 0.126 0.019 0.002 0.339 0.001 0.002 0.027 0.028 0.046 0.107 132 E 0.003 0.018 0.007 0.004 0.013 0.013 0.045 0.471 0.410 0.015 0.002 133 E 0.005 0.018 0.012 0.006 0.013 0.019 0.114 0.367 0.141 0.292 0.013 134 R 0.111 0.080 0.017 0.001 0.188 0.002 0.008 0.307 0.144 0.105 0.037 135 K 0.002 0.009 0.003 0.001 0.005 0.003 0.006 0.745 0.209 0.014 0.003 136 G 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.009 0.840 0.100 0.032 0.003 137 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.876 0.081 0.024 0.001 138 T 0.004 0.006 0.002 0.001 0.007 0.002 0.011 0.854 0.094 0.015 0.003 139 P 0.003 0.012 0.004 0.006 0.006 0.008 0.043 0.833 0.069 0.014 0.004 140 G 0.009 0.014 0.005 0.003 0.011 0.004 0.017 0.796 0.060 0.074 0.007 141 K 0.003 0.011 0.004 0.002 0.004 0.003 0.004 0.846 0.090 0.029 0.004 142 E 0.003 0.011 0.005 0.001 0.005 0.001 0.004 0.915 0.048 0.005 0.002 143 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.039 0.003 0.001 144 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.001 0.001 145 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.043 0.002 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.911 0.068 0.004 0.001 147 V 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.035 0.825 0.082 0.044 0.001 148 A 0.001 0.782 0.113 0.004 0.035 0.005 0.010 0.040 0.007 0.003 0.001 149 I 0.056 0.033 0.015 0.031 0.019 0.020 0.014 0.082 0.027 0.395 0.308 150 D 0.056 0.172 0.152 0.016 0.093 0.014 0.024 0.276 0.053 0.084 0.061 151 R 0.011 0.020 0.005 0.004 0.011 0.006 0.002 0.775 0.121 0.027 0.019 152 I 0.001 0.010 0.003 0.002 0.004 0.005 0.007 0.882 0.080 0.004 0.001 153 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.904 0.066 0.016 0.001 154 Q 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.067 0.014 0.001 155 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.923 0.061 0.004 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.942 0.041 0.002 0.001 157 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.931 0.047 0.013 0.001 158 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.911 0.078 0.006 0.001 159 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.927 0.063 0.002 0.001 160 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.908 0.070 0.009 0.001 161 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.804 0.143 0.028 0.001 162 K 0.004 0.033 0.002 0.001 0.018 0.002 0.033 0.595 0.269 0.037 0.005 163 K 0.008 0.010 0.001 0.002 0.013 0.003 0.111 0.595 0.141 0.112 0.006 164 P 0.015 0.183 0.133 0.010 0.108 0.050 0.229 0.123 0.056 0.083 0.010 165 G 0.510 0.035 0.008 0.002 0.189 0.001 0.001 0.011 0.011 0.029 0.203 166 Y 0.009 0.044 0.014 0.008 0.033 0.015 0.030 0.310 0.494 0.038 0.005 167 K 0.007 0.009 0.006 0.010 0.011 0.022 0.123 0.326 0.242 0.235 0.011 168 A 0.058 0.181 0.078 0.012 0.120 0.012 0.037 0.165 0.120 0.185 0.032 169 W 0.111 0.135 0.035 0.013 0.220 0.011 0.030 0.227 0.112 0.060 0.047 170 W 0.080 0.065 0.029 0.036 0.120 0.052 0.067 0.228 0.187 0.098 0.039 171 E 0.121 0.118 0.072 0.020 0.218 0.012 0.038 0.174 0.095 0.075 0.057 172 F 0.110 0.125 0.053 0.018 0.146 0.021 0.054 0.244 0.116 0.069 0.044 173 W 0.062 0.155 0.106 0.055 0.134 0.031 0.037 0.124 0.093 0.147 0.055 174 S 0.058 0.220 0.134 0.043 0.161 0.020 0.031 0.158 0.097 0.056 0.023