# TARGET T0368 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 783 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.713 0.203 0.059 0.019 0.004 0.001 0.001 2 K 0.486 0.267 0.139 0.078 0.025 0.004 0.001 3 P 0.297 0.171 0.161 0.201 0.134 0.034 0.002 4 L 0.582 0.259 0.090 0.043 0.018 0.008 0.001 5 K 0.441 0.251 0.158 0.102 0.038 0.008 0.001 6 E 0.416 0.280 0.164 0.088 0.040 0.012 0.001 7 V 0.547 0.228 0.126 0.071 0.022 0.005 0.001 8 V 0.618 0.245 0.085 0.036 0.012 0.003 0.001 9 G 0.270 0.277 0.214 0.149 0.070 0.019 0.002 10 A 0.269 0.178 0.166 0.213 0.135 0.037 0.003 11 Y 0.383 0.300 0.172 0.096 0.037 0.011 0.001 12 L 0.304 0.188 0.168 0.176 0.115 0.045 0.005 13 A 0.144 0.109 0.119 0.188 0.239 0.174 0.027 14 L 0.125 0.154 0.200 0.242 0.166 0.093 0.020 15 S 0.203 0.270 0.204 0.161 0.102 0.049 0.011 16 D 0.105 0.162 0.191 0.213 0.177 0.119 0.032 17 A 0.089 0.081 0.096 0.168 0.246 0.261 0.060 18 Q 0.125 0.184 0.196 0.205 0.173 0.101 0.016 19 R 0.111 0.154 0.171 0.231 0.202 0.119 0.012 20 Q 0.065 0.080 0.103 0.204 0.283 0.231 0.034 21 L 0.105 0.158 0.203 0.236 0.197 0.089 0.011 22 V 0.271 0.348 0.210 0.121 0.039 0.010 0.001 23 A 0.280 0.285 0.214 0.142 0.059 0.018 0.002 24 G 0.626 0.258 0.073 0.027 0.011 0.004 0.001 25 E 0.119 0.340 0.297 0.181 0.053 0.008 0.001 26 Y 0.012 0.074 0.247 0.361 0.259 0.046 0.002 27 D 0.318 0.481 0.158 0.036 0.006 0.001 0.001 28 E 0.076 0.391 0.360 0.145 0.024 0.003 0.001 29 A 0.001 0.006 0.025 0.144 0.526 0.288 0.009 30 A 0.003 0.056 0.253 0.398 0.244 0.045 0.002 31 A 0.042 0.417 0.357 0.150 0.028 0.006 0.001 32 N 0.004 0.024 0.091 0.263 0.397 0.209 0.013 33 C 0.001 0.001 0.004 0.041 0.298 0.586 0.069 34 R 0.008 0.159 0.404 0.317 0.094 0.015 0.002 35 R 0.021 0.177 0.383 0.296 0.104 0.017 0.001 36 A 0.001 0.007 0.022 0.116 0.392 0.437 0.025 37 M 0.007 0.052 0.192 0.384 0.280 0.082 0.005 38 E 0.212 0.448 0.231 0.081 0.023 0.006 0.001 39 I 0.027 0.126 0.286 0.352 0.176 0.031 0.001 40 S 0.086 0.236 0.308 0.252 0.102 0.015 0.001 41 H 0.373 0.336 0.179 0.079 0.027 0.006 0.001 42 T 0.487 0.284 0.129 0.073 0.023 0.005 0.001 43 M 0.331 0.260 0.205 0.133 0.059 0.012 0.001 44 P 0.584 0.231 0.104 0.054 0.021 0.005 0.001 45 P 0.606 0.187 0.094 0.073 0.032 0.008 0.001 46 E 0.646 0.209 0.083 0.044 0.014 0.003 0.001 47 E 0.611 0.220 0.093 0.050 0.019 0.005 0.001 48 A 0.485 0.218 0.132 0.101 0.047 0.016 0.002 49 F 0.517 0.219 0.121 0.085 0.041 0.015 0.002 50 D 0.486 0.252 0.125 0.081 0.038 0.014 0.003 51 H 0.377 0.222 0.159 0.136 0.077 0.025 0.004 52 A 0.322 0.195 0.164 0.166 0.108 0.039 0.006 53 G 0.322 0.232 0.167 0.140 0.092 0.039 0.008 54 F 0.147 0.173 0.183 0.216 0.178 0.086 0.016 55 D 0.049 0.094 0.132 0.220 0.251 0.199 0.055 56 A 0.034 0.051 0.080 0.166 0.271 0.299 0.099 57 F 0.030 0.062 0.102 0.192 0.260 0.253 0.101 58 C 0.018 0.021 0.031 0.069 0.166 0.400 0.295 59 H 0.012 0.020 0.037 0.088 0.193 0.375 0.276 60 A 0.025 0.051 0.087 0.156 0.209 0.299 0.174 61 G 0.021 0.052 0.080 0.163 0.242 0.280 0.162 62 L 0.018 0.038 0.060 0.111 0.196 0.340 0.238 63 A 0.027 0.041 0.060 0.114 0.205 0.374 0.178 64 E 0.039 0.097 0.141 0.220 0.236 0.208 0.059 65 A 0.021 0.037 0.065 0.153 0.280 0.378 0.066 66 L 0.023 0.037 0.062 0.153 0.293 0.356 0.076 67 A 0.078 0.167 0.206 0.234 0.196 0.102 0.017 68 G 0.173 0.329 0.252 0.166 0.060 0.017 0.002 69 L 0.115 0.197 0.242 0.241 0.146 0.054 0.005 70 R 0.508 0.324 0.104 0.040 0.016 0.007 0.001 71 S 0.099 0.317 0.303 0.202 0.066 0.011 0.001 72 F 0.013 0.078 0.249 0.348 0.261 0.050 0.002 73 D 0.288 0.468 0.176 0.054 0.013 0.003 0.001 74 E 0.055 0.308 0.379 0.201 0.047 0.009 0.001 75 A 0.001 0.006 0.023 0.127 0.489 0.338 0.016 76 L 0.002 0.051 0.241 0.399 0.252 0.053 0.002 77 H 0.028 0.328 0.387 0.202 0.044 0.011 0.001 78 S 0.003 0.017 0.051 0.165 0.402 0.333 0.030 79 A 0.001 0.001 0.004 0.040 0.287 0.597 0.071 80 D 0.006 0.133 0.405 0.349 0.093 0.013 0.001 81 K 0.016 0.160 0.350 0.318 0.133 0.023 0.001 82 A 0.001 0.005 0.014 0.083 0.354 0.508 0.035 83 L 0.006 0.036 0.149 0.377 0.323 0.103 0.005 84 H 0.175 0.489 0.225 0.081 0.023 0.007 0.001 85 Y 0.039 0.159 0.303 0.315 0.153 0.030 0.002 86 F 0.052 0.185 0.314 0.306 0.124 0.019 0.001 87 N 0.295 0.312 0.225 0.115 0.043 0.010 0.001 88 R 0.512 0.269 0.118 0.069 0.026 0.006 0.001 89 R 0.225 0.251 0.238 0.181 0.084 0.020 0.001 90 G 0.258 0.251 0.214 0.163 0.088 0.025 0.002 91 E 0.420 0.278 0.152 0.097 0.041 0.012 0.001 92 L 0.255 0.214 0.201 0.203 0.104 0.022 0.001 93 N 0.460 0.280 0.153 0.078 0.025 0.004 0.001 94 Q 0.530 0.266 0.119 0.063 0.018 0.004 0.001 95 D 0.690 0.180 0.071 0.039 0.016 0.004 0.001 96 E 0.601 0.206 0.094 0.058 0.029 0.010 0.002 97 G 0.373 0.213 0.165 0.151 0.074 0.022 0.003 98 K 0.357 0.278 0.159 0.118 0.063 0.021 0.003 99 L 0.177 0.214 0.206 0.205 0.138 0.053 0.007 100 W 0.064 0.107 0.169 0.274 0.246 0.123 0.018 101 I 0.035 0.044 0.068 0.151 0.307 0.325 0.070 102 S 0.014 0.037 0.093 0.205 0.290 0.289 0.071 103 A 0.007 0.011 0.021 0.066 0.178 0.479 0.238 104 V 0.004 0.008 0.018 0.059 0.176 0.424 0.311 105 Y 0.010 0.025 0.051 0.110 0.218 0.372 0.214 106 S 0.013 0.038 0.065 0.142 0.238 0.323 0.181 107 R 0.013 0.032 0.052 0.112 0.192 0.355 0.244 108 A 0.018 0.028 0.045 0.100 0.215 0.417 0.177 109 L 0.030 0.086 0.139 0.228 0.250 0.212 0.056 110 A 0.012 0.026 0.056 0.145 0.290 0.402 0.069 111 L 0.020 0.036 0.061 0.151 0.295 0.365 0.073 112 D 0.084 0.203 0.226 0.235 0.165 0.076 0.012 113 G 0.208 0.357 0.237 0.138 0.047 0.012 0.001 114 L 0.129 0.209 0.259 0.235 0.125 0.040 0.003 115 G 0.554 0.302 0.092 0.034 0.013 0.005 0.001 116 R 0.110 0.334 0.302 0.188 0.056 0.008 0.001 117 G 0.016 0.096 0.276 0.343 0.227 0.041 0.002 118 A 0.317 0.466 0.161 0.045 0.010 0.002 0.001 119 E 0.061 0.344 0.377 0.176 0.035 0.006 0.001 120 A 0.001 0.006 0.027 0.147 0.519 0.289 0.010 121 M 0.002 0.058 0.255 0.399 0.238 0.046 0.002 122 P 0.034 0.381 0.369 0.172 0.036 0.008 0.001 123 E 0.002 0.016 0.064 0.218 0.433 0.254 0.014 124 F 0.001 0.001 0.004 0.040 0.289 0.600 0.064 125 K 0.008 0.154 0.407 0.333 0.087 0.011 0.001 126 K 0.019 0.180 0.393 0.297 0.097 0.014 0.001 127 V 0.002 0.008 0.020 0.108 0.404 0.437 0.022 128 V 0.011 0.058 0.184 0.383 0.281 0.078 0.004 129 E 0.306 0.484 0.152 0.044 0.011 0.003 0.001 130 M 0.049 0.176 0.299 0.332 0.126 0.017 0.001 131 I 0.113 0.278 0.320 0.203 0.073 0.012 0.001 132 E 0.504 0.275 0.127 0.066 0.023 0.005 0.001 133 E 0.536 0.309 0.096 0.042 0.014 0.003 0.001 134 R 0.143 0.210 0.270 0.236 0.115 0.024 0.002 135 K 0.293 0.311 0.195 0.126 0.057 0.016 0.002 136 G 0.314 0.283 0.192 0.129 0.058 0.021 0.003 137 E 0.086 0.094 0.133 0.239 0.277 0.151 0.019 138 T 0.103 0.144 0.180 0.229 0.211 0.116 0.017 139 P 0.159 0.212 0.203 0.193 0.126 0.082 0.025 140 G 0.108 0.159 0.163 0.195 0.198 0.144 0.033 141 K 0.049 0.080 0.118 0.188 0.242 0.254 0.069 142 E 0.132 0.154 0.169 0.197 0.196 0.132 0.021 143 R 0.097 0.186 0.221 0.233 0.170 0.084 0.010 144 M 0.034 0.037 0.063 0.174 0.313 0.335 0.043 145 M 0.053 0.096 0.138 0.234 0.273 0.179 0.027 146 E 0.197 0.295 0.222 0.157 0.086 0.037 0.006 147 V 0.167 0.273 0.237 0.205 0.091 0.025 0.003 148 A 0.136 0.170 0.209 0.238 0.168 0.073 0.006 149 I 0.493 0.305 0.112 0.053 0.025 0.010 0.002 150 D 0.154 0.363 0.273 0.155 0.046 0.009 0.001 151 R 0.021 0.101 0.258 0.336 0.231 0.052 0.002 152 I 0.300 0.448 0.180 0.055 0.014 0.003 0.001 153 A 0.073 0.355 0.361 0.170 0.035 0.006 0.001 154 Q 0.002 0.008 0.033 0.159 0.515 0.274 0.009 155 L 0.003 0.072 0.293 0.393 0.204 0.035 0.001 156 G 0.046 0.450 0.349 0.126 0.024 0.005 0.001 157 A 0.003 0.023 0.094 0.278 0.418 0.176 0.008 158 S 0.001 0.003 0.008 0.072 0.402 0.486 0.028 159 N 0.017 0.260 0.443 0.235 0.041 0.004 0.001 160 Q 0.057 0.341 0.401 0.166 0.032 0.003 0.001 161 Q 0.006 0.025 0.054 0.219 0.459 0.232 0.006 162 K 0.057 0.155 0.299 0.343 0.126 0.019 0.001 163 K 0.684 0.279 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 164 P 0.231 0.351 0.274 0.121 0.021 0.002 0.001 165 G 0.489 0.327 0.135 0.041 0.007 0.001 0.001 166 Y 0.529 0.236 0.131 0.077 0.024 0.003 0.001 167 K 0.614 0.263 0.084 0.031 0.006 0.001 0.001 168 A 0.372 0.268 0.187 0.114 0.051 0.008 0.001 169 W 0.292 0.207 0.168 0.160 0.117 0.047 0.008 170 W 0.351 0.208 0.163 0.149 0.089 0.036 0.005 171 E 0.426 0.307 0.147 0.074 0.031 0.012 0.002 172 F 0.426 0.235 0.137 0.115 0.060 0.023 0.003 173 W 0.442 0.210 0.132 0.120 0.069 0.023 0.003 174 S 0.588 0.218 0.102 0.059 0.024 0.008 0.001