# TARGET T0368 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.002 0.001 0.017 0.034 0.937 2 K 0.090 0.013 0.006 0.066 0.054 0.772 3 P 0.093 0.025 0.013 0.104 0.085 0.680 4 L 0.020 0.003 0.212 0.582 0.075 0.108 5 K 0.011 0.001 0.163 0.741 0.050 0.035 6 E 0.009 0.001 0.160 0.758 0.051 0.021 7 V 0.004 0.001 0.035 0.919 0.025 0.016 8 V 0.005 0.001 0.011 0.957 0.017 0.009 9 G 0.003 0.001 0.008 0.970 0.012 0.007 10 A 0.002 0.001 0.005 0.981 0.007 0.005 11 Y 0.003 0.001 0.007 0.979 0.008 0.004 12 L 0.004 0.001 0.017 0.958 0.015 0.005 13 A 0.012 0.001 0.029 0.907 0.032 0.019 14 L 0.010 0.001 0.018 0.873 0.044 0.053 15 S 0.007 0.002 0.008 0.810 0.053 0.120 16 D 0.001 0.001 0.007 0.941 0.025 0.026 17 A 0.002 0.001 0.016 0.920 0.041 0.021 18 Q 0.003 0.001 0.014 0.939 0.031 0.012 19 R 0.003 0.001 0.017 0.950 0.019 0.010 20 Q 0.003 0.001 0.010 0.949 0.018 0.019 21 L 0.005 0.001 0.012 0.920 0.030 0.032 22 V 0.006 0.002 0.010 0.853 0.056 0.073 23 A 0.006 0.002 0.013 0.759 0.083 0.138 24 G 0.009 0.003 0.020 0.493 0.183 0.292 25 E 0.014 0.008 0.016 0.552 0.125 0.284 26 Y 0.006 0.003 0.019 0.846 0.055 0.072 27 D 0.001 0.001 0.012 0.955 0.017 0.014 28 E 0.001 0.001 0.022 0.955 0.016 0.006 29 A 0.001 0.001 0.019 0.954 0.017 0.009 30 A 0.001 0.001 0.008 0.964 0.014 0.012 31 A 0.001 0.001 0.009 0.960 0.016 0.014 32 N 0.002 0.001 0.015 0.895 0.046 0.042 33 C 0.001 0.001 0.027 0.890 0.048 0.033 34 R 0.004 0.001 0.040 0.875 0.058 0.023 35 R 0.006 0.001 0.030 0.894 0.045 0.025 36 A 0.009 0.001 0.020 0.860 0.041 0.068 37 M 0.024 0.004 0.023 0.806 0.073 0.071 38 E 0.048 0.006 0.027 0.764 0.087 0.068 39 I 0.048 0.004 0.032 0.755 0.082 0.079 40 S 0.044 0.005 0.051 0.628 0.136 0.136 41 H 0.071 0.011 0.056 0.338 0.213 0.311 42 T 0.045 0.013 0.019 0.160 0.213 0.549 43 M 0.039 0.032 0.005 0.052 0.158 0.714 44 P 0.029 0.013 0.002 0.013 0.166 0.777 45 P 0.004 0.002 0.364 0.455 0.125 0.051 46 E 0.008 0.001 0.560 0.262 0.141 0.029 47 E 0.013 0.003 0.704 0.172 0.094 0.014 48 A 0.068 0.035 0.193 0.400 0.177 0.127 49 F 0.079 0.060 0.073 0.306 0.226 0.257 50 D 0.044 0.021 0.033 0.176 0.319 0.407 51 H 0.017 0.010 0.091 0.239 0.408 0.236 52 A 0.012 0.007 0.119 0.225 0.418 0.221 53 G 0.008 0.010 0.117 0.302 0.399 0.164 54 F 0.016 0.011 0.027 0.444 0.265 0.237 55 D 0.014 0.006 0.028 0.658 0.104 0.189 56 A 0.030 0.005 0.018 0.877 0.031 0.039 57 F 0.032 0.002 0.019 0.906 0.024 0.017 58 C 0.046 0.001 0.019 0.902 0.022 0.009 59 H 0.035 0.001 0.018 0.907 0.027 0.012 60 A 0.023 0.001 0.035 0.879 0.049 0.014 61 G 0.014 0.001 0.021 0.921 0.030 0.012 62 L 0.004 0.001 0.013 0.954 0.019 0.009 63 A 0.001 0.001 0.009 0.976 0.010 0.004 64 E 0.001 0.001 0.012 0.966 0.015 0.006 65 A 0.002 0.002 0.021 0.932 0.027 0.017 66 L 0.001 0.001 0.024 0.918 0.036 0.019 67 A 0.002 0.001 0.043 0.823 0.082 0.050 68 G 0.003 0.003 0.048 0.496 0.202 0.249 69 L 0.004 0.006 0.135 0.281 0.311 0.262 70 R 0.009 0.007 0.133 0.197 0.341 0.313 71 S 0.010 0.011 0.083 0.319 0.268 0.309 72 F 0.002 0.002 0.049 0.814 0.070 0.063 73 D 0.001 0.001 0.015 0.953 0.021 0.010 74 E 0.001 0.001 0.031 0.942 0.021 0.005 75 A 0.001 0.001 0.030 0.937 0.022 0.008 76 L 0.002 0.001 0.029 0.920 0.032 0.016 77 H 0.002 0.001 0.021 0.902 0.040 0.035 78 S 0.002 0.002 0.013 0.896 0.034 0.054 79 A 0.001 0.001 0.011 0.972 0.011 0.005 80 D 0.001 0.001 0.018 0.967 0.012 0.002 81 K 0.001 0.001 0.018 0.963 0.016 0.003 82 A 0.001 0.001 0.019 0.954 0.015 0.011 83 L 0.002 0.001 0.051 0.910 0.026 0.011 84 H 0.007 0.001 0.062 0.837 0.067 0.026 85 Y 0.015 0.004 0.057 0.800 0.070 0.054 86 F 0.053 0.011 0.040 0.416 0.245 0.235 87 N 0.035 0.008 0.045 0.222 0.351 0.341 88 R 0.075 0.019 0.040 0.216 0.370 0.280 89 R 0.082 0.008 0.040 0.193 0.341 0.335 90 G 0.143 0.009 0.049 0.063 0.325 0.412 91 E 0.335 0.053 0.059 0.062 0.224 0.267 92 L 0.319 0.066 0.068 0.069 0.202 0.275 93 N 0.191 0.029 0.038 0.056 0.408 0.278 94 Q 0.057 0.008 0.178 0.118 0.553 0.085 95 D 0.029 0.003 0.222 0.167 0.530 0.049 96 E 0.023 0.005 0.159 0.129 0.631 0.053 97 G 0.048 0.006 0.039 0.067 0.650 0.190 98 K 0.141 0.011 0.015 0.165 0.239 0.430 99 L 0.511 0.014 0.007 0.357 0.037 0.073 100 W 0.657 0.003 0.003 0.309 0.010 0.017 101 I 0.510 0.001 0.003 0.472 0.006 0.008 102 S 0.365 0.001 0.005 0.604 0.013 0.012 103 A 0.357 0.001 0.011 0.597 0.022 0.012 104 V 0.299 0.002 0.011 0.632 0.033 0.023 105 Y 0.133 0.002 0.020 0.751 0.067 0.027 106 S 0.073 0.002 0.021 0.801 0.064 0.040 107 R 0.024 0.002 0.050 0.817 0.051 0.056 108 A 0.017 0.004 0.128 0.731 0.075 0.045 109 L 0.039 0.005 0.194 0.593 0.124 0.044 110 A 0.073 0.012 0.159 0.487 0.184 0.085 111 L 0.040 0.026 0.121 0.392 0.343 0.078 112 D 0.018 0.004 0.145 0.265 0.477 0.090 113 G 0.012 0.006 0.105 0.166 0.577 0.135 114 L 0.018 0.037 0.053 0.098 0.498 0.295 115 G 0.016 0.028 0.021 0.055 0.405 0.474 116 R 0.009 0.017 0.034 0.169 0.361 0.410 117 G 0.010 0.013 0.087 0.173 0.423 0.294 118 A 0.004 0.004 0.334 0.383 0.213 0.063 119 E 0.004 0.005 0.379 0.403 0.152 0.057 120 A 0.004 0.006 0.216 0.594 0.117 0.064 121 M 0.003 0.002 0.042 0.613 0.167 0.173 122 P 0.001 0.001 0.053 0.904 0.033 0.010 123 E 0.001 0.001 0.058 0.885 0.049 0.007 124 F 0.001 0.001 0.034 0.924 0.034 0.007 125 K 0.002 0.001 0.014 0.950 0.023 0.011 126 K 0.002 0.001 0.007 0.961 0.017 0.012 127 V 0.001 0.001 0.008 0.964 0.012 0.016 128 V 0.001 0.001 0.016 0.962 0.011 0.009 129 E 0.002 0.001 0.017 0.957 0.014 0.009 130 M 0.003 0.001 0.013 0.955 0.012 0.017 131 I 0.003 0.001 0.013 0.950 0.014 0.019 132 E 0.004 0.001 0.020 0.944 0.018 0.013 133 E 0.004 0.001 0.018 0.940 0.025 0.013 134 R 0.004 0.003 0.014 0.907 0.047 0.025 135 K 0.003 0.002 0.023 0.691 0.140 0.141 136 G 0.003 0.003 0.015 0.049 0.284 0.645 137 E 0.009 0.013 0.021 0.030 0.300 0.627 138 T 0.014 0.019 0.027 0.033 0.557 0.350 139 P 0.004 0.006 0.045 0.128 0.549 0.268 140 G 0.004 0.003 0.046 0.376 0.350 0.221 141 K 0.002 0.001 0.016 0.901 0.050 0.030 142 E 0.001 0.001 0.009 0.965 0.012 0.013 143 R 0.002 0.001 0.011 0.969 0.010 0.008 144 M 0.002 0.001 0.010 0.974 0.008 0.005 145 M 0.003 0.001 0.005 0.979 0.007 0.006 146 E 0.003 0.001 0.005 0.979 0.008 0.005 147 V 0.002 0.001 0.004 0.980 0.008 0.005 148 A 0.002 0.001 0.003 0.981 0.007 0.007 149 I 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.005 150 D 0.001 0.001 0.005 0.976 0.011 0.006 151 R 0.001 0.001 0.009 0.957 0.017 0.016 152 I 0.002 0.001 0.023 0.940 0.020 0.014 153 A 0.005 0.001 0.049 0.897 0.033 0.016 154 Q 0.008 0.002 0.041 0.854 0.050 0.045 155 L 0.015 0.009 0.037 0.720 0.090 0.129 156 G 0.019 0.005 0.046 0.394 0.258 0.278 157 A 0.013 0.004 0.100 0.265 0.353 0.264 158 S 0.026 0.019 0.098 0.187 0.390 0.282 159 N 0.018 0.016 0.099 0.118 0.478 0.271 160 Q 0.012 0.008 0.143 0.113 0.456 0.268 161 Q 0.024 0.015 0.111 0.078 0.438 0.333 162 K 0.042 0.035 0.063 0.069 0.389 0.402 163 K 0.040 0.030 0.025 0.028 0.564 0.313 164 P 0.031 0.012 0.025 0.029 0.610 0.293 165 G 0.039 0.008 0.024 0.023 0.585 0.321 166 Y 0.429 0.039 0.017 0.020 0.282 0.213 167 K 0.637 0.017 0.006 0.013 0.083 0.245 168 A 0.878 0.007 0.004 0.009 0.029 0.073 169 W 0.911 0.005 0.004 0.018 0.017 0.044 170 W 0.882 0.002 0.016 0.033 0.030 0.037 171 E 0.830 0.003 0.025 0.042 0.034 0.067 172 F 0.714 0.006 0.029 0.046 0.051 0.154 173 W 0.299 0.018 0.009 0.056 0.060 0.559 174 S 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988