# TARGET T0368 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.343 0.083 0.034 0.092 0.076 0.075 0.093 0.073 0.063 0.041 0.027 2 K 0.273 0.215 0.082 0.117 0.079 0.064 0.077 0.040 0.030 0.015 0.008 3 P 0.139 0.377 0.070 0.160 0.107 0.071 0.044 0.017 0.010 0.004 0.002 4 L 0.133 0.061 0.022 0.092 0.108 0.120 0.161 0.105 0.103 0.060 0.035 5 K 0.241 0.162 0.128 0.189 0.142 0.076 0.041 0.011 0.006 0.002 0.001 6 E 0.078 0.175 0.230 0.331 0.117 0.045 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 7 V 0.019 0.054 0.072 0.077 0.042 0.059 0.173 0.144 0.170 0.125 0.066 8 V 0.025 0.051 0.153 0.109 0.079 0.107 0.189 0.112 0.095 0.058 0.021 9 G 0.078 0.115 0.431 0.212 0.088 0.041 0.023 0.006 0.004 0.002 0.001 10 A 0.010 0.027 0.110 0.081 0.079 0.102 0.223 0.139 0.116 0.076 0.037 11 Y 0.017 0.021 0.121 0.084 0.054 0.071 0.168 0.121 0.149 0.122 0.071 12 L 0.022 0.046 0.320 0.102 0.090 0.114 0.159 0.064 0.045 0.025 0.013 13 A 0.006 0.038 0.316 0.170 0.130 0.117 0.110 0.048 0.037 0.019 0.010 14 L 0.004 0.010 0.058 0.029 0.026 0.043 0.164 0.143 0.204 0.187 0.131 15 S 0.100 0.072 0.197 0.142 0.113 0.113 0.153 0.058 0.032 0.015 0.006 16 D 0.069 0.113 0.396 0.239 0.105 0.050 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 17 A 0.025 0.023 0.102 0.043 0.043 0.070 0.185 0.138 0.155 0.124 0.092 18 Q 0.022 0.036 0.156 0.173 0.159 0.158 0.177 0.059 0.035 0.017 0.007 19 R 0.035 0.071 0.594 0.132 0.073 0.047 0.031 0.009 0.005 0.002 0.001 20 Q 0.029 0.066 0.301 0.225 0.156 0.113 0.073 0.018 0.010 0.005 0.002 21 L 0.011 0.020 0.054 0.030 0.030 0.053 0.176 0.148 0.197 0.162 0.119 22 V 0.058 0.138 0.349 0.202 0.115 0.070 0.045 0.012 0.006 0.003 0.001 23 A 0.219 0.198 0.320 0.159 0.060 0.025 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 24 G 0.465 0.133 0.103 0.080 0.058 0.052 0.061 0.024 0.014 0.006 0.003 25 E 0.094 0.287 0.149 0.165 0.109 0.084 0.062 0.022 0.015 0.008 0.005 26 Y 0.046 0.090 0.110 0.094 0.098 0.131 0.187 0.098 0.080 0.044 0.021 27 D 0.403 0.165 0.220 0.139 0.049 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.168 0.178 0.316 0.205 0.078 0.035 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 29 A 0.033 0.021 0.095 0.056 0.057 0.101 0.205 0.148 0.137 0.090 0.057 30 A 0.007 0.013 0.156 0.086 0.111 0.198 0.296 0.084 0.034 0.012 0.003 31 A 0.006 0.023 0.826 0.103 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 32 N 0.012 0.065 0.314 0.189 0.162 0.138 0.085 0.019 0.011 0.004 0.002 33 C 0.007 0.013 0.065 0.029 0.030 0.052 0.172 0.160 0.203 0.161 0.108 34 R 0.052 0.068 0.368 0.175 0.147 0.101 0.068 0.013 0.005 0.001 0.001 35 R 0.017 0.059 0.612 0.183 0.075 0.034 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 36 A 0.018 0.030 0.139 0.068 0.058 0.078 0.182 0.117 0.136 0.105 0.069 37 M 0.014 0.020 0.069 0.047 0.052 0.099 0.232 0.156 0.153 0.105 0.054 38 E 0.035 0.089 0.496 0.192 0.095 0.049 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 39 I 0.017 0.039 0.144 0.096 0.101 0.128 0.195 0.100 0.087 0.060 0.033 40 S 0.094 0.090 0.089 0.093 0.069 0.077 0.136 0.100 0.113 0.084 0.056 41 H 0.148 0.114 0.099 0.143 0.133 0.122 0.116 0.049 0.038 0.024 0.014 42 T 0.088 0.151 0.153 0.176 0.118 0.092 0.089 0.048 0.043 0.026 0.017 43 M 0.062 0.040 0.022 0.050 0.063 0.084 0.155 0.127 0.146 0.133 0.118 44 P 0.257 0.323 0.078 0.124 0.075 0.049 0.042 0.020 0.015 0.009 0.007 45 P 0.371 0.149 0.065 0.149 0.111 0.068 0.044 0.019 0.013 0.007 0.004 46 E 0.542 0.164 0.050 0.101 0.056 0.033 0.024 0.010 0.009 0.006 0.005 47 E 0.052 0.066 0.042 0.140 0.139 0.157 0.167 0.098 0.072 0.042 0.025 48 A 0.061 0.046 0.030 0.068 0.065 0.084 0.141 0.131 0.146 0.124 0.103 49 F 0.040 0.055 0.060 0.085 0.099 0.114 0.149 0.113 0.121 0.094 0.070 50 D 0.030 0.072 0.082 0.168 0.137 0.121 0.132 0.077 0.078 0.058 0.046 51 H 0.061 0.051 0.028 0.085 0.089 0.104 0.162 0.124 0.127 0.097 0.071 52 A 0.195 0.112 0.058 0.140 0.125 0.117 0.120 0.058 0.041 0.022 0.011 53 G 0.116 0.093 0.066 0.121 0.111 0.114 0.142 0.081 0.076 0.049 0.031 54 F 0.027 0.023 0.019 0.034 0.039 0.058 0.130 0.128 0.189 0.185 0.167 55 D 0.014 0.033 0.032 0.101 0.115 0.162 0.223 0.123 0.103 0.061 0.032 56 A 0.013 0.024 0.059 0.050 0.045 0.061 0.142 0.135 0.171 0.161 0.139 57 F 0.023 0.019 0.068 0.072 0.064 0.075 0.147 0.113 0.150 0.136 0.131 58 C 0.003 0.014 0.063 0.045 0.025 0.029 0.109 0.117 0.201 0.211 0.184 59 H 0.001 0.005 0.033 0.042 0.050 0.071 0.154 0.139 0.191 0.183 0.132 60 A 0.006 0.009 0.093 0.039 0.039 0.062 0.164 0.135 0.167 0.154 0.131 61 G 0.002 0.008 0.052 0.063 0.082 0.129 0.255 0.151 0.129 0.086 0.043 62 L 0.001 0.007 0.041 0.030 0.021 0.033 0.117 0.128 0.226 0.225 0.172 63 A 0.017 0.017 0.079 0.061 0.055 0.090 0.206 0.134 0.144 0.117 0.081 64 E 0.017 0.036 0.173 0.201 0.180 0.152 0.128 0.054 0.032 0.017 0.010 65 A 0.002 0.005 0.052 0.020 0.018 0.030 0.116 0.129 0.201 0.214 0.212 66 L 0.006 0.010 0.060 0.066 0.059 0.088 0.195 0.136 0.157 0.130 0.093 67 A 0.015 0.042 0.311 0.132 0.119 0.121 0.128 0.052 0.041 0.024 0.016 68 G 0.044 0.107 0.168 0.199 0.165 0.144 0.113 0.030 0.017 0.009 0.004 69 L 0.013 0.013 0.015 0.023 0.016 0.025 0.100 0.125 0.213 0.228 0.229 70 R 0.195 0.193 0.133 0.151 0.115 0.087 0.076 0.025 0.014 0.007 0.005 71 S 0.068 0.275 0.216 0.186 0.106 0.067 0.048 0.016 0.011 0.005 0.003 72 F 0.008 0.011 0.014 0.036 0.061 0.103 0.216 0.165 0.168 0.128 0.092 73 D 0.418 0.148 0.107 0.157 0.090 0.047 0.024 0.005 0.003 0.001 0.001 74 E 0.041 0.115 0.192 0.323 0.170 0.088 0.048 0.013 0.006 0.002 0.001 75 A 0.003 0.004 0.017 0.014 0.015 0.026 0.093 0.127 0.241 0.247 0.213 76 L 0.003 0.006 0.037 0.044 0.058 0.137 0.311 0.162 0.125 0.078 0.039 77 H 0.008 0.033 0.605 0.200 0.093 0.035 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 78 S 0.001 0.013 0.066 0.064 0.091 0.165 0.288 0.127 0.098 0.057 0.032 79 A 0.002 0.002 0.015 0.012 0.012 0.022 0.101 0.147 0.253 0.248 0.186 80 D 0.066 0.053 0.244 0.191 0.166 0.144 0.101 0.021 0.009 0.003 0.001 81 K 0.007 0.042 0.362 0.224 0.168 0.117 0.059 0.013 0.005 0.002 0.001 82 A 0.006 0.007 0.049 0.025 0.019 0.031 0.113 0.114 0.219 0.233 0.185 83 L 0.005 0.011 0.043 0.043 0.042 0.081 0.232 0.171 0.167 0.132 0.073 84 H 0.009 0.050 0.518 0.207 0.119 0.056 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 85 Y 0.007 0.018 0.046 0.052 0.071 0.126 0.281 0.149 0.123 0.082 0.046 86 F 0.023 0.025 0.046 0.056 0.041 0.048 0.139 0.142 0.191 0.173 0.117 87 N 0.101 0.126 0.140 0.161 0.133 0.118 0.106 0.047 0.034 0.021 0.013 88 R 0.045 0.082 0.156 0.137 0.119 0.118 0.136 0.078 0.065 0.040 0.025 89 R 0.045 0.086 0.075 0.151 0.147 0.144 0.163 0.075 0.058 0.035 0.020 90 G 0.226 0.096 0.068 0.112 0.105 0.112 0.124 0.058 0.049 0.032 0.018 91 E 0.174 0.184 0.145 0.245 0.118 0.060 0.039 0.015 0.010 0.006 0.004 92 L 0.020 0.022 0.021 0.029 0.031 0.042 0.108 0.125 0.188 0.202 0.212 93 N 0.104 0.257 0.131 0.247 0.131 0.070 0.037 0.011 0.007 0.003 0.002 94 Q 0.217 0.188 0.143 0.202 0.121 0.070 0.038 0.011 0.006 0.003 0.001 95 D 0.445 0.170 0.114 0.118 0.059 0.038 0.030 0.011 0.008 0.004 0.003 96 E 0.188 0.253 0.127 0.190 0.098 0.064 0.050 0.015 0.009 0.004 0.002 97 G 0.251 0.100 0.041 0.088 0.083 0.098 0.138 0.074 0.062 0.042 0.024 98 K 0.054 0.121 0.154 0.308 0.210 0.103 0.037 0.007 0.004 0.001 0.001 99 L 0.018 0.048 0.127 0.123 0.138 0.165 0.193 0.086 0.056 0.029 0.016 100 W 0.005 0.011 0.025 0.068 0.071 0.096 0.220 0.161 0.168 0.110 0.064 101 I 0.007 0.013 0.040 0.032 0.024 0.044 0.185 0.167 0.206 0.185 0.098 102 S 0.017 0.032 0.272 0.247 0.198 0.109 0.062 0.025 0.019 0.012 0.006 103 A 0.006 0.019 0.073 0.051 0.051 0.081 0.218 0.155 0.159 0.117 0.072 104 V 0.002 0.013 0.058 0.051 0.024 0.025 0.093 0.125 0.228 0.238 0.142 105 Y 0.008 0.021 0.073 0.073 0.097 0.163 0.251 0.129 0.100 0.058 0.027 106 S 0.058 0.096 0.426 0.171 0.102 0.062 0.048 0.019 0.011 0.005 0.003 107 R 0.009 0.026 0.062 0.086 0.085 0.123 0.255 0.136 0.118 0.072 0.029 108 A 0.025 0.023 0.066 0.048 0.030 0.041 0.110 0.108 0.179 0.201 0.171 109 L 0.034 0.050 0.195 0.172 0.161 0.150 0.121 0.050 0.035 0.021 0.011 110 A 0.009 0.031 0.138 0.087 0.069 0.079 0.154 0.122 0.134 0.099 0.078 111 L 0.007 0.011 0.025 0.027 0.031 0.051 0.134 0.132 0.189 0.198 0.197 112 D 0.070 0.092 0.171 0.191 0.137 0.116 0.120 0.045 0.031 0.017 0.011 113 G 0.102 0.129 0.211 0.176 0.131 0.101 0.078 0.029 0.022 0.013 0.008 114 L 0.048 0.056 0.051 0.094 0.080 0.088 0.162 0.112 0.126 0.100 0.083 115 G 0.259 0.105 0.042 0.062 0.059 0.070 0.107 0.074 0.081 0.072 0.069 116 R 0.153 0.263 0.104 0.157 0.102 0.078 0.069 0.029 0.022 0.014 0.010 117 G 0.200 0.254 0.078 0.154 0.119 0.083 0.057 0.024 0.017 0.009 0.005 118 A 0.505 0.141 0.070 0.122 0.074 0.040 0.026 0.009 0.006 0.004 0.002 119 E 0.441 0.179 0.086 0.139 0.074 0.039 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 120 A 0.008 0.013 0.017 0.029 0.036 0.077 0.174 0.164 0.191 0.162 0.128 121 M 0.010 0.018 0.026 0.058 0.108 0.196 0.281 0.145 0.093 0.045 0.019 122 P 0.288 0.133 0.457 0.083 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.014 0.041 0.089 0.173 0.184 0.209 0.192 0.054 0.027 0.012 0.004 124 F 0.006 0.006 0.026 0.017 0.014 0.022 0.080 0.116 0.217 0.249 0.246 125 K 0.045 0.052 0.246 0.284 0.187 0.107 0.059 0.013 0.005 0.002 0.001 126 K 0.007 0.042 0.561 0.173 0.109 0.064 0.031 0.007 0.004 0.001 0.001 127 V 0.005 0.009 0.034 0.025 0.032 0.060 0.204 0.168 0.200 0.157 0.106 128 V 0.025 0.021 0.057 0.079 0.096 0.157 0.271 0.129 0.089 0.053 0.022 129 E 0.018 0.052 0.505 0.166 0.110 0.072 0.046 0.015 0.009 0.005 0.002 130 M 0.013 0.038 0.190 0.128 0.114 0.128 0.177 0.077 0.066 0.044 0.025 131 I 0.018 0.045 0.084 0.063 0.043 0.056 0.144 0.132 0.179 0.153 0.084 132 E 0.108 0.126 0.217 0.200 0.148 0.092 0.059 0.022 0.016 0.009 0.004 133 E 0.076 0.095 0.178 0.139 0.115 0.111 0.132 0.064 0.048 0.028 0.015 134 R 0.161 0.114 0.127 0.135 0.112 0.103 0.114 0.054 0.040 0.026 0.015 135 K 0.218 0.241 0.118 0.155 0.095 0.067 0.055 0.021 0.015 0.009 0.006 136 G 0.342 0.152 0.078 0.096 0.081 0.072 0.065 0.036 0.037 0.025 0.016 137 E 0.359 0.229 0.096 0.142 0.070 0.042 0.031 0.012 0.009 0.005 0.004 138 T 0.154 0.090 0.033 0.092 0.087 0.090 0.140 0.109 0.093 0.065 0.047 139 P 0.480 0.210 0.058 0.108 0.060 0.034 0.027 0.012 0.007 0.003 0.002 140 G 0.351 0.421 0.069 0.089 0.037 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 141 K 0.103 0.101 0.066 0.157 0.174 0.160 0.119 0.055 0.038 0.019 0.008 142 E 0.477 0.180 0.095 0.104 0.061 0.040 0.027 0.008 0.005 0.002 0.001 143 R 0.045 0.113 0.247 0.351 0.143 0.061 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 144 M 0.013 0.015 0.035 0.034 0.036 0.066 0.178 0.169 0.203 0.155 0.095 145 M 0.004 0.009 0.082 0.090 0.143 0.221 0.265 0.099 0.055 0.023 0.007 146 E 0.023 0.038 0.771 0.114 0.033 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.003 0.016 0.108 0.117 0.161 0.221 0.241 0.077 0.037 0.014 0.004 148 A 0.001 0.003 0.023 0.009 0.009 0.019 0.102 0.139 0.250 0.256 0.187 149 I 0.007 0.014 0.205 0.190 0.208 0.184 0.136 0.033 0.015 0.006 0.002 150 D 0.019 0.047 0.743 0.126 0.042 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.003 0.008 0.033 0.037 0.062 0.147 0.350 0.163 0.119 0.058 0.022 152 I 0.002 0.005 0.035 0.018 0.019 0.036 0.150 0.155 0.217 0.205 0.158 153 A 0.009 0.036 0.576 0.155 0.099 0.061 0.042 0.012 0.006 0.003 0.001 154 Q 0.010 0.051 0.400 0.218 0.148 0.096 0.055 0.013 0.006 0.002 0.001 155 L 0.006 0.007 0.011 0.013 0.016 0.032 0.126 0.145 0.235 0.237 0.174 156 G 0.160 0.185 0.119 0.167 0.132 0.094 0.082 0.030 0.019 0.009 0.004 157 A 0.208 0.155 0.169 0.132 0.083 0.074 0.078 0.038 0.033 0.018 0.011 158 S 0.153 0.139 0.087 0.121 0.101 0.108 0.128 0.063 0.052 0.030 0.018 159 N 0.318 0.212 0.092 0.129 0.082 0.059 0.052 0.023 0.017 0.010 0.006 160 Q 0.330 0.183 0.087 0.116 0.087 0.067 0.061 0.028 0.022 0.012 0.007 161 Q 0.246 0.138 0.109 0.152 0.107 0.089 0.073 0.033 0.027 0.015 0.011 162 K 0.158 0.153 0.086 0.212 0.143 0.099 0.080 0.030 0.019 0.011 0.009 163 K 0.182 0.188 0.108 0.153 0.106 0.082 0.074 0.039 0.032 0.021 0.016 164 P 0.341 0.150 0.080 0.129 0.092 0.076 0.070 0.028 0.019 0.010 0.006 165 G 0.483 0.184 0.058 0.119 0.071 0.040 0.025 0.009 0.006 0.003 0.002 166 Y 0.010 0.037 0.027 0.108 0.139 0.160 0.208 0.129 0.099 0.056 0.027 167 K 0.026 0.070 0.071 0.228 0.240 0.178 0.113 0.039 0.022 0.010 0.005 168 A 0.015 0.010 0.011 0.021 0.026 0.044 0.127 0.168 0.225 0.195 0.158 169 W 0.016 0.024 0.028 0.110 0.120 0.142 0.215 0.133 0.111 0.068 0.034 170 W 0.009 0.015 0.022 0.038 0.036 0.047 0.120 0.140 0.210 0.207 0.157 171 E 0.016 0.026 0.046 0.093 0.100 0.106 0.158 0.131 0.136 0.108 0.080 172 F 0.018 0.030 0.052 0.061 0.047 0.056 0.126 0.137 0.189 0.168 0.118 173 W 0.029 0.042 0.040 0.096 0.092 0.103 0.154 0.124 0.140 0.113 0.069 174 S 0.068 0.093 0.064 0.108 0.101 0.108 0.140 0.104 0.103 0.070 0.042