# TARGET T0368 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.285 0.205 0.016 0.154 0.011 0.032 0.063 0.037 0.062 0.045 2 K 0.010 0.454 0.326 0.021 0.083 0.007 0.021 0.063 0.010 0.002 0.003 3 P 0.019 0.490 0.173 0.006 0.061 0.002 0.006 0.181 0.040 0.014 0.006 4 L 0.004 0.007 0.003 0.001 0.008 0.002 0.004 0.712 0.243 0.013 0.003 5 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.888 0.087 0.003 0.001 6 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.918 0.049 0.010 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.863 0.096 0.029 0.001 8 V 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.890 0.088 0.006 0.001 9 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.920 0.063 0.005 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.924 0.047 0.004 0.001 11 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.862 0.098 0.025 0.001 12 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 0.836 0.121 0.015 0.001 13 A 0.005 0.016 0.007 0.001 0.007 0.002 0.029 0.781 0.092 0.052 0.005 14 L 0.006 0.016 0.007 0.003 0.012 0.004 0.016 0.753 0.125 0.052 0.005 15 S 0.004 0.106 0.033 0.008 0.021 0.010 0.022 0.708 0.077 0.010 0.002 16 D 0.007 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.009 0.801 0.102 0.056 0.013 17 A 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 0.006 0.877 0.079 0.017 0.001 18 Q 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.870 0.088 0.017 0.001 19 R 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.885 0.078 0.012 0.002 20 Q 0.003 0.008 0.002 0.001 0.009 0.002 0.021 0.893 0.051 0.010 0.001 21 L 0.017 0.011 0.004 0.002 0.014 0.003 0.015 0.813 0.083 0.030 0.009 22 V 0.010 0.018 0.008 0.006 0.016 0.009 0.031 0.745 0.106 0.046 0.005 23 A 0.014 0.131 0.051 0.040 0.042 0.041 0.103 0.449 0.075 0.047 0.008 24 G 0.021 0.056 0.040 0.039 0.032 0.027 0.046 0.392 0.102 0.199 0.046 25 E 0.054 0.074 0.029 0.006 0.065 0.013 0.046 0.561 0.076 0.051 0.024 26 Y 0.018 0.032 0.010 0.004 0.031 0.002 0.004 0.728 0.114 0.046 0.012 27 D 0.003 0.013 0.004 0.002 0.008 0.007 0.013 0.855 0.084 0.008 0.002 28 E 0.005 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.873 0.075 0.028 0.005 29 A 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.896 0.073 0.014 0.001 30 A 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.904 0.068 0.011 0.001 31 A 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.019 0.906 0.054 0.004 0.001 32 N 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.014 0.867 0.053 0.048 0.005 33 C 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.827 0.104 0.043 0.004 34 R 0.004 0.010 0.002 0.002 0.007 0.007 0.018 0.844 0.093 0.011 0.002 35 R 0.006 0.006 0.003 0.002 0.007 0.002 0.022 0.787 0.096 0.063 0.006 36 A 0.007 0.016 0.008 0.004 0.016 0.008 0.036 0.775 0.098 0.029 0.003 37 M 0.034 0.048 0.006 0.002 0.063 0.004 0.012 0.649 0.134 0.035 0.013 38 E 0.062 0.035 0.009 0.003 0.070 0.007 0.044 0.619 0.102 0.034 0.015 39 I 0.040 0.049 0.017 0.010 0.082 0.014 0.051 0.419 0.155 0.137 0.025 40 S 0.070 0.133 0.028 0.016 0.160 0.026 0.056 0.226 0.156 0.101 0.028 41 H 0.083 0.162 0.050 0.010 0.191 0.009 0.035 0.141 0.106 0.162 0.051 42 T 0.144 0.174 0.080 0.010 0.199 0.010 0.045 0.047 0.055 0.158 0.077 43 M 0.017 0.566 0.264 0.008 0.121 0.001 0.006 0.010 0.003 0.002 0.003 44 P 0.002 0.688 0.276 0.003 0.023 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 45 P 0.004 0.007 0.003 0.001 0.007 0.002 0.009 0.399 0.558 0.008 0.002 46 E 0.003 0.006 0.004 0.001 0.005 0.002 0.012 0.558 0.381 0.024 0.004 47 E 0.008 0.008 0.002 0.001 0.012 0.002 0.018 0.381 0.306 0.258 0.004 48 A 0.025 0.026 0.008 0.003 0.045 0.005 0.027 0.503 0.208 0.138 0.012 49 F 0.033 0.112 0.041 0.012 0.095 0.013 0.038 0.225 0.146 0.250 0.034 50 D 0.106 0.146 0.080 0.010 0.168 0.009 0.031 0.120 0.077 0.151 0.103 51 H 0.024 0.054 0.021 0.006 0.041 0.006 0.020 0.386 0.296 0.126 0.020 52 A 0.007 0.217 0.149 0.078 0.040 0.061 0.140 0.197 0.068 0.040 0.004 53 G 0.036 0.049 0.040 0.031 0.029 0.014 0.023 0.202 0.073 0.396 0.108 54 F 0.031 0.029 0.007 0.003 0.045 0.008 0.022 0.639 0.154 0.033 0.029 55 D 0.006 0.005 0.002 0.003 0.012 0.005 0.012 0.818 0.118 0.015 0.004 56 A 0.006 0.009 0.003 0.001 0.012 0.002 0.007 0.875 0.075 0.009 0.002 57 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.940 0.042 0.003 0.001 58 C 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.921 0.057 0.006 0.001 59 H 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.884 0.075 0.020 0.002 60 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.906 0.063 0.003 0.001 61 G 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.909 0.054 0.011 0.002 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.824 0.123 0.037 0.001 63 A 0.001 0.025 0.003 0.001 0.006 0.002 0.007 0.856 0.093 0.003 0.001 64 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.868 0.094 0.015 0.002 65 A 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.034 0.848 0.090 0.014 0.001 66 L 0.007 0.012 0.003 0.002 0.012 0.003 0.011 0.761 0.154 0.032 0.004 67 A 0.004 0.077 0.039 0.014 0.012 0.025 0.078 0.602 0.127 0.019 0.003 68 G 0.014 0.009 0.008 0.004 0.009 0.006 0.035 0.416 0.102 0.349 0.049 69 L 0.049 0.120 0.025 0.011 0.094 0.018 0.042 0.395 0.114 0.101 0.031 70 R 0.013 0.036 0.017 0.039 0.027 0.058 0.041 0.469 0.170 0.109 0.022 71 S 0.100 0.066 0.042 0.005 0.099 0.004 0.018 0.483 0.069 0.073 0.042 72 F 0.003 0.007 0.003 0.002 0.006 0.002 0.003 0.750 0.178 0.043 0.003 73 D 0.002 0.006 0.001 0.002 0.005 0.003 0.011 0.865 0.095 0.008 0.001 74 E 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.013 0.809 0.117 0.043 0.003 75 A 0.001 0.006 0.005 0.002 0.003 0.004 0.016 0.881 0.063 0.018 0.001 76 L 0.009 0.008 0.002 0.001 0.010 0.002 0.006 0.805 0.105 0.045 0.008 77 H 0.003 0.013 0.005 0.004 0.007 0.010 0.032 0.790 0.107 0.028 0.003 78 S 0.012 0.018 0.015 0.003 0.013 0.001 0.008 0.748 0.084 0.085 0.013 79 A 0.001 0.007 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.824 0.137 0.016 0.001 80 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.911 0.064 0.003 0.001 81 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.855 0.086 0.037 0.002 82 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.895 0.067 0.024 0.001 83 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.842 0.124 0.015 0.002 84 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.883 0.079 0.005 0.001 85 Y 0.002 0.006 0.003 0.001 0.006 0.002 0.028 0.862 0.063 0.025 0.002 86 F 0.014 0.026 0.006 0.004 0.035 0.008 0.030 0.683 0.123 0.064 0.007 87 N 0.039 0.036 0.024 0.007 0.031 0.010 0.038 0.579 0.131 0.076 0.029 88 R 0.016 0.034 0.024 0.012 0.026 0.021 0.090 0.541 0.128 0.095 0.013 89 R 0.016 0.383 0.167 0.066 0.069 0.024 0.056 0.086 0.044 0.075 0.014 90 G 0.048 0.088 0.077 0.126 0.048 0.056 0.030 0.101 0.083 0.232 0.112 91 E 0.132 0.131 0.040 0.007 0.248 0.012 0.044 0.185 0.082 0.080 0.039 92 L 0.095 0.209 0.065 0.018 0.187 0.016 0.021 0.157 0.091 0.080 0.060 93 N 0.128 0.180 0.102 0.024 0.269 0.012 0.018 0.080 0.046 0.092 0.050 94 Q 0.030 0.107 0.096 0.021 0.046 0.018 0.036 0.389 0.196 0.046 0.015 95 D 0.029 0.045 0.045 0.020 0.036 0.029 0.109 0.462 0.122 0.081 0.023 96 E 0.018 0.236 0.130 0.088 0.050 0.045 0.081 0.182 0.066 0.087 0.018 97 G 0.022 0.045 0.053 0.099 0.026 0.050 0.023 0.202 0.096 0.304 0.081 98 K 0.028 0.066 0.020 0.011 0.075 0.015 0.032 0.604 0.104 0.033 0.012 99 L 0.068 0.097 0.034 0.005 0.146 0.005 0.014 0.524 0.058 0.027 0.022 100 W 0.041 0.026 0.005 0.002 0.061 0.002 0.013 0.794 0.039 0.006 0.010 101 I 0.037 0.006 0.001 0.002 0.036 0.002 0.009 0.821 0.067 0.012 0.009 102 S 0.012 0.010 0.001 0.002 0.021 0.006 0.019 0.870 0.051 0.004 0.003 103 A 0.012 0.006 0.002 0.001 0.015 0.002 0.017 0.911 0.030 0.003 0.003 104 V 0.007 0.007 0.003 0.003 0.008 0.009 0.029 0.878 0.043 0.010 0.003 105 Y 0.009 0.014 0.003 0.003 0.016 0.005 0.010 0.841 0.074 0.020 0.005 106 S 0.007 0.023 0.009 0.003 0.010 0.005 0.020 0.837 0.071 0.012 0.004 107 R 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.016 0.813 0.095 0.055 0.006 108 A 0.008 0.007 0.001 0.002 0.010 0.003 0.015 0.838 0.099 0.013 0.004 109 L 0.006 0.013 0.004 0.002 0.011 0.007 0.029 0.768 0.142 0.017 0.003 110 A 0.007 0.014 0.010 0.003 0.010 0.004 0.031 0.806 0.084 0.027 0.004 111 L 0.032 0.037 0.012 0.006 0.051 0.007 0.018 0.552 0.192 0.077 0.017 112 D 0.006 0.045 0.029 0.023 0.013 0.047 0.112 0.544 0.160 0.017 0.003 113 G 0.028 0.013 0.012 0.008 0.019 0.010 0.064 0.425 0.148 0.229 0.044 114 L 0.023 0.210 0.141 0.068 0.070 0.066 0.163 0.133 0.048 0.059 0.018 115 G 0.050 0.058 0.064 0.159 0.044 0.078 0.033 0.090 0.042 0.241 0.143 116 R 0.034 0.185 0.169 0.077 0.077 0.065 0.071 0.154 0.062 0.078 0.027 117 G 0.058 0.070 0.105 0.078 0.087 0.017 0.010 0.175 0.096 0.197 0.106 118 A 0.010 0.036 0.009 0.010 0.023 0.020 0.052 0.442 0.322 0.064 0.012 119 E 0.017 0.012 0.008 0.003 0.016 0.003 0.036 0.456 0.269 0.153 0.026 120 A 0.003 0.043 0.029 0.007 0.011 0.007 0.031 0.505 0.272 0.090 0.003 121 M 0.021 0.082 0.021 0.003 0.036 0.002 0.006 0.550 0.226 0.038 0.016 122 P 0.001 0.007 0.005 0.003 0.003 0.016 0.047 0.741 0.172 0.005 0.001 123 E 0.003 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.007 0.701 0.102 0.162 0.005 124 F 0.008 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.794 0.125 0.046 0.006 125 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.934 0.054 0.001 0.001 126 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.926 0.047 0.017 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.059 0.007 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.052 0.002 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.938 0.046 0.004 0.001 130 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.936 0.045 0.006 0.001 131 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.855 0.110 0.015 0.002 132 E 0.006 0.015 0.004 0.001 0.011 0.003 0.024 0.765 0.141 0.027 0.002 133 E 0.012 0.035 0.022 0.007 0.021 0.016 0.142 0.643 0.074 0.021 0.005 134 R 0.050 0.089 0.068 0.040 0.079 0.035 0.078 0.299 0.089 0.134 0.039 135 K 0.037 0.166 0.066 0.076 0.074 0.074 0.158 0.146 0.080 0.097 0.026 136 G 0.028 0.056 0.080 0.167 0.036 0.051 0.033 0.090 0.084 0.289 0.085 137 E 0.089 0.175 0.097 0.024 0.177 0.026 0.076 0.129 0.069 0.093 0.046 138 T 0.069 0.307 0.208 0.030 0.182 0.014 0.015 0.079 0.031 0.033 0.032 139 P 0.015 0.075 0.056 0.057 0.032 0.101 0.167 0.324 0.112 0.049 0.012 140 G 0.025 0.082 0.140 0.045 0.033 0.012 0.011 0.140 0.077 0.377 0.058 141 K 0.014 0.060 0.025 0.009 0.037 0.006 0.008 0.661 0.126 0.045 0.009 142 E 0.004 0.011 0.004 0.001 0.009 0.004 0.011 0.878 0.067 0.008 0.003 143 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.932 0.044 0.010 0.002 144 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.041 0.009 0.001 145 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.016 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.018 0.002 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.038 0.008 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.041 0.001 0.001 150 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.973 0.016 0.001 0.001 151 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.954 0.029 0.008 0.001 152 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.902 0.079 0.010 0.001 153 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.855 0.114 0.006 0.001 154 Q 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.003 0.049 0.831 0.077 0.025 0.001 155 L 0.037 0.147 0.063 0.016 0.081 0.016 0.045 0.405 0.110 0.063 0.016 156 G 0.063 0.072 0.046 0.039 0.055 0.030 0.029 0.258 0.125 0.212 0.071 157 A 0.074 0.077 0.032 0.011 0.092 0.014 0.041 0.331 0.138 0.149 0.042 158 S 0.054 0.126 0.064 0.029 0.115 0.036 0.063 0.235 0.117 0.120 0.042 159 N 0.121 0.164 0.075 0.028 0.198 0.015 0.022 0.122 0.071 0.119 0.065 160 Q 0.063 0.076 0.034 0.013 0.104 0.015 0.035 0.290 0.230 0.109 0.030 161 Q 0.055 0.102 0.043 0.021 0.112 0.027 0.084 0.310 0.131 0.083 0.033 162 K 0.108 0.103 0.063 0.031 0.118 0.022 0.064 0.107 0.082 0.223 0.081 163 K 0.027 0.263 0.471 0.070 0.088 0.015 0.012 0.029 0.010 0.007 0.008 164 P 0.021 0.097 0.062 0.053 0.040 0.104 0.275 0.234 0.082 0.021 0.010 165 G 0.036 0.046 0.048 0.076 0.034 0.037 0.024 0.057 0.078 0.466 0.097 166 Y 0.140 0.242 0.040 0.009 0.381 0.009 0.014 0.054 0.031 0.042 0.039 167 K 0.179 0.101 0.023 0.013 0.318 0.018 0.042 0.110 0.061 0.073 0.062 168 A 0.214 0.156 0.046 0.014 0.366 0.006 0.014 0.070 0.034 0.038 0.041 169 W 0.230 0.110 0.017 0.010 0.414 0.010 0.019 0.084 0.029 0.026 0.051 170 W 0.184 0.145 0.027 0.009 0.396 0.008 0.015 0.084 0.035 0.041 0.055 171 E 0.181 0.094 0.030 0.016 0.245 0.033 0.093 0.158 0.055 0.045 0.051 172 F 0.098 0.135 0.063 0.037 0.133 0.027 0.059 0.148 0.072 0.154 0.073 173 W 0.100 0.102 0.044 0.038 0.114 0.039 0.061 0.081 0.085 0.224 0.112 174 S 0.036 0.350 0.293 0.044 0.142 0.014 0.013 0.041 0.027 0.025 0.016