# TARGET T0368 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.535 0.207 0.109 0.080 0.044 0.021 0.003 2 K 0.415 0.258 0.153 0.093 0.050 0.025 0.005 3 P 0.319 0.281 0.177 0.129 0.062 0.026 0.005 4 L 0.115 0.137 0.178 0.228 0.194 0.122 0.026 5 K 0.263 0.318 0.240 0.119 0.042 0.016 0.003 6 E 0.251 0.259 0.228 0.157 0.077 0.025 0.003 7 V 0.219 0.114 0.100 0.157 0.206 0.185 0.019 8 V 0.369 0.181 0.146 0.150 0.102 0.049 0.003 9 G 0.540 0.265 0.116 0.056 0.017 0.005 0.001 10 A 0.529 0.124 0.089 0.105 0.093 0.055 0.005 11 Y 0.474 0.162 0.114 0.092 0.080 0.068 0.011 12 L 0.503 0.191 0.130 0.087 0.051 0.031 0.007 13 A 0.529 0.188 0.131 0.090 0.043 0.017 0.002 14 L 0.259 0.129 0.124 0.149 0.153 0.160 0.026 15 S 0.378 0.222 0.162 0.125 0.075 0.034 0.004 16 D 0.342 0.340 0.184 0.089 0.030 0.012 0.002 17 A 0.230 0.170 0.173 0.225 0.146 0.052 0.004 18 Q 0.258 0.233 0.203 0.177 0.098 0.029 0.002 19 R 0.498 0.310 0.128 0.049 0.013 0.002 0.001 20 Q 0.387 0.376 0.177 0.052 0.008 0.001 0.001 21 L 0.168 0.133 0.188 0.294 0.187 0.029 0.001 22 V 0.593 0.290 0.087 0.025 0.004 0.001 0.001 23 A 0.781 0.174 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 24 G 0.678 0.201 0.078 0.033 0.009 0.001 0.001 25 E 0.363 0.349 0.186 0.082 0.018 0.002 0.001 26 Y 0.126 0.157 0.277 0.298 0.122 0.019 0.001 27 D 0.399 0.403 0.152 0.040 0.007 0.001 0.001 28 E 0.330 0.434 0.177 0.049 0.009 0.001 0.001 29 A 0.055 0.073 0.138 0.340 0.310 0.083 0.002 30 A 0.087 0.194 0.301 0.285 0.114 0.019 0.001 31 A 0.506 0.362 0.104 0.024 0.003 0.001 0.001 32 N 0.227 0.329 0.273 0.136 0.031 0.004 0.001 33 C 0.093 0.091 0.129 0.256 0.286 0.139 0.005 34 R 0.235 0.289 0.231 0.160 0.065 0.019 0.001 35 R 0.429 0.349 0.142 0.059 0.016 0.004 0.001 36 A 0.181 0.154 0.194 0.227 0.157 0.079 0.008 37 M 0.289 0.190 0.178 0.163 0.113 0.060 0.007 38 E 0.477 0.286 0.134 0.065 0.025 0.011 0.002 39 I 0.358 0.176 0.140 0.161 0.105 0.052 0.008 40 S 0.365 0.221 0.157 0.126 0.078 0.046 0.007 41 H 0.408 0.233 0.153 0.107 0.057 0.033 0.010 42 T 0.422 0.211 0.138 0.105 0.065 0.044 0.014 43 M 0.307 0.162 0.154 0.167 0.119 0.073 0.018 44 P 0.531 0.236 0.113 0.066 0.033 0.016 0.004 45 P 0.610 0.224 0.092 0.048 0.018 0.007 0.002 46 E 0.633 0.220 0.085 0.040 0.015 0.006 0.002 47 E 0.356 0.226 0.168 0.136 0.075 0.032 0.006 48 A 0.183 0.171 0.191 0.210 0.149 0.079 0.018 49 F 0.158 0.158 0.163 0.197 0.172 0.114 0.040 50 D 0.253 0.284 0.189 0.134 0.077 0.047 0.016 51 H 0.111 0.101 0.136 0.219 0.241 0.157 0.035 52 A 0.320 0.293 0.179 0.116 0.058 0.027 0.007 53 G 0.149 0.150 0.155 0.193 0.173 0.141 0.040 54 F 0.052 0.060 0.067 0.126 0.224 0.349 0.122 55 D 0.044 0.078 0.136 0.218 0.233 0.194 0.097 56 A 0.043 0.055 0.066 0.092 0.151 0.326 0.268 57 F 0.028 0.046 0.083 0.151 0.183 0.242 0.267 58 C 0.011 0.019 0.034 0.070 0.135 0.355 0.377 59 H 0.041 0.076 0.092 0.137 0.196 0.279 0.178 60 A 0.074 0.075 0.102 0.179 0.234 0.234 0.102 61 G 0.065 0.110 0.158 0.194 0.190 0.217 0.066 62 L 0.050 0.029 0.041 0.109 0.200 0.363 0.208 63 A 0.097 0.154 0.165 0.177 0.190 0.184 0.034 64 E 0.098 0.167 0.219 0.271 0.165 0.067 0.014 65 A 0.053 0.068 0.094 0.181 0.286 0.280 0.037 66 L 0.067 0.168 0.230 0.242 0.167 0.113 0.012 67 A 0.278 0.243 0.154 0.148 0.114 0.055 0.007 68 G 0.107 0.207 0.316 0.256 0.092 0.021 0.001 69 L 0.059 0.082 0.128 0.242 0.297 0.178 0.014 70 R 0.178 0.335 0.234 0.149 0.073 0.027 0.003 71 S 0.076 0.266 0.306 0.225 0.093 0.030 0.004 72 F 0.017 0.037 0.081 0.228 0.351 0.258 0.029 73 D 0.103 0.259 0.292 0.225 0.095 0.025 0.002 74 E 0.131 0.350 0.293 0.156 0.053 0.015 0.002 75 A 0.043 0.061 0.084 0.185 0.307 0.287 0.033 76 L 0.049 0.084 0.143 0.251 0.284 0.176 0.013 77 H 0.117 0.310 0.312 0.179 0.062 0.018 0.002 78 S 0.090 0.139 0.201 0.267 0.204 0.090 0.009 79 A 0.035 0.037 0.045 0.101 0.251 0.451 0.080 80 D 0.123 0.172 0.256 0.267 0.139 0.040 0.003 81 K 0.212 0.339 0.260 0.141 0.040 0.008 0.001 82 A 0.148 0.109 0.128 0.209 0.217 0.173 0.015 83 L 0.273 0.140 0.133 0.169 0.171 0.104 0.010 84 H 0.380 0.344 0.177 0.076 0.019 0.004 0.001 85 Y 0.377 0.225 0.177 0.132 0.064 0.022 0.002 86 F 0.342 0.178 0.138 0.154 0.120 0.063 0.005 87 N 0.477 0.264 0.154 0.071 0.024 0.008 0.001 88 R 0.542 0.207 0.120 0.080 0.037 0.013 0.001 89 R 0.426 0.259 0.172 0.092 0.034 0.015 0.002 90 G 0.626 0.192 0.088 0.053 0.028 0.012 0.002 91 E 0.563 0.257 0.108 0.050 0.016 0.005 0.001 92 L 0.340 0.174 0.193 0.193 0.080 0.018 0.001 93 N 0.629 0.258 0.086 0.023 0.004 0.001 0.001 94 Q 0.827 0.147 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 95 D 0.893 0.085 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 96 E 0.899 0.078 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 97 G 0.801 0.133 0.044 0.016 0.005 0.001 0.001 98 K 0.711 0.198 0.068 0.019 0.004 0.001 0.001 99 L 0.317 0.231 0.202 0.150 0.080 0.020 0.001 100 W 0.167 0.169 0.238 0.220 0.145 0.058 0.003 101 I 0.108 0.071 0.104 0.193 0.262 0.242 0.020 102 S 0.320 0.239 0.189 0.148 0.070 0.029 0.003 103 A 0.258 0.184 0.159 0.165 0.129 0.093 0.013 104 V 0.135 0.083 0.087 0.186 0.251 0.218 0.039 105 Y 0.097 0.110 0.167 0.265 0.241 0.108 0.013 106 S 0.175 0.242 0.206 0.176 0.115 0.069 0.017 107 R 0.105 0.138 0.167 0.207 0.195 0.155 0.034 108 A 0.107 0.108 0.137 0.190 0.215 0.207 0.035 109 L 0.174 0.247 0.224 0.186 0.109 0.051 0.009 110 A 0.258 0.184 0.155 0.175 0.140 0.077 0.011 111 L 0.195 0.153 0.155 0.198 0.182 0.105 0.012 112 D 0.338 0.298 0.196 0.112 0.042 0.012 0.002 113 G 0.361 0.276 0.179 0.111 0.051 0.019 0.003 114 L 0.274 0.235 0.193 0.168 0.091 0.036 0.004 115 G 0.324 0.199 0.167 0.154 0.102 0.048 0.008 116 R 0.432 0.301 0.158 0.077 0.025 0.007 0.001 117 G 0.319 0.306 0.209 0.114 0.039 0.011 0.001 118 A 0.692 0.201 0.065 0.028 0.010 0.003 0.001 119 E 0.468 0.349 0.129 0.042 0.010 0.002 0.001 120 A 0.099 0.104 0.179 0.322 0.229 0.065 0.002 121 M 0.156 0.225 0.265 0.230 0.102 0.022 0.001 122 P 0.462 0.388 0.116 0.028 0.005 0.001 0.001 123 E 0.197 0.264 0.278 0.193 0.058 0.009 0.001 124 F 0.064 0.048 0.075 0.218 0.369 0.217 0.009 125 K 0.199 0.314 0.283 0.154 0.041 0.009 0.001 126 K 0.438 0.349 0.140 0.054 0.015 0.004 0.001 127 V 0.180 0.149 0.173 0.231 0.168 0.090 0.009 128 V 0.256 0.226 0.207 0.158 0.096 0.051 0.008 129 E 0.356 0.208 0.140 0.126 0.093 0.062 0.016 130 M 0.286 0.238 0.181 0.149 0.086 0.049 0.012 131 I 0.302 0.176 0.174 0.171 0.117 0.053 0.006 132 E 0.412 0.298 0.167 0.083 0.029 0.009 0.001 133 E 0.396 0.256 0.172 0.113 0.045 0.015 0.002 134 R 0.550 0.216 0.122 0.074 0.028 0.009 0.001 135 K 0.690 0.206 0.069 0.026 0.007 0.002 0.001 136 G 0.747 0.143 0.059 0.034 0.014 0.003 0.001 137 E 0.703 0.216 0.061 0.017 0.003 0.001 0.001 138 T 0.577 0.233 0.121 0.054 0.013 0.002 0.001 139 P 0.822 0.132 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001 140 G 0.775 0.165 0.042 0.014 0.003 0.001 0.001 141 K 0.436 0.293 0.189 0.069 0.011 0.001 0.001 142 E 0.763 0.178 0.042 0.013 0.004 0.001 0.001 143 R 0.366 0.376 0.182 0.062 0.013 0.001 0.001 144 M 0.082 0.076 0.139 0.328 0.295 0.076 0.003 145 M 0.091 0.258 0.332 0.233 0.075 0.011 0.001 146 E 0.330 0.452 0.163 0.044 0.009 0.002 0.001 147 V 0.059 0.127 0.269 0.333 0.169 0.041 0.002 148 A 0.025 0.038 0.070 0.178 0.339 0.322 0.028 149 I 0.127 0.243 0.282 0.223 0.096 0.026 0.002 150 D 0.295 0.409 0.192 0.076 0.021 0.006 0.001 151 R 0.075 0.141 0.221 0.268 0.195 0.094 0.007 152 I 0.062 0.077 0.126 0.237 0.305 0.179 0.014 153 A 0.203 0.326 0.244 0.148 0.061 0.017 0.002 154 Q 0.109 0.274 0.298 0.209 0.085 0.023 0.002 155 L 0.047 0.061 0.118 0.270 0.343 0.153 0.009 156 G 0.264 0.341 0.248 0.110 0.030 0.006 0.001 157 A 0.525 0.274 0.125 0.056 0.016 0.004 0.001 158 S 0.398 0.284 0.176 0.104 0.033 0.005 0.001 159 N 0.562 0.276 0.108 0.044 0.009 0.001 0.001 160 Q 0.674 0.215 0.073 0.030 0.007 0.001 0.001 161 Q 0.695 0.203 0.070 0.026 0.005 0.001 0.001 162 K 0.668 0.244 0.068 0.017 0.002 0.001 0.001 163 K 0.483 0.270 0.153 0.073 0.018 0.003 0.001 164 P 0.749 0.181 0.049 0.017 0.004 0.001 0.001 165 G 0.615 0.236 0.091 0.043 0.013 0.002 0.001 166 Y 0.160 0.189 0.231 0.256 0.131 0.031 0.001 167 K 0.222 0.277 0.241 0.148 0.081 0.029 0.003 168 A 0.074 0.080 0.115 0.172 0.242 0.272 0.046 169 W 0.084 0.128 0.215 0.249 0.183 0.120 0.021 170 W 0.172 0.125 0.122 0.173 0.186 0.193 0.030 171 E 0.303 0.202 0.158 0.161 0.102 0.064 0.010 172 F 0.432 0.174 0.118 0.116 0.089 0.064 0.007 173 W 0.518 0.180 0.134 0.098 0.048 0.020 0.002 174 S 0.628 0.199 0.093 0.053 0.021 0.005 0.001