# TARGET T0368 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.017 0.587 0.003 0.024 0.031 0.001 0.001 0.003 0.234 0.078 0.005 0.017 2 K 0.001 0.016 0.669 0.001 0.004 0.032 0.001 0.001 0.002 0.238 0.015 0.019 0.004 3 P 0.001 0.028 0.724 0.001 0.011 0.135 0.001 0.001 0.002 0.041 0.029 0.001 0.029 4 L 0.001 0.002 0.043 0.001 0.023 0.907 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 5 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 6 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 9 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.941 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 0.001 0.001 15 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 20 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.941 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.001 0.001 21 L 0.001 0.002 0.028 0.001 0.011 0.908 0.001 0.001 0.001 0.011 0.038 0.001 0.001 22 V 0.001 0.003 0.066 0.001 0.018 0.818 0.001 0.001 0.002 0.020 0.069 0.002 0.002 23 A 0.001 0.001 0.034 0.001 0.025 0.732 0.001 0.001 0.002 0.019 0.184 0.001 0.001 24 G 0.001 0.003 0.085 0.001 0.032 0.522 0.001 0.001 0.002 0.073 0.281 0.001 0.001 25 E 0.001 0.012 0.181 0.001 0.035 0.498 0.001 0.001 0.005 0.088 0.178 0.001 0.003 26 Y 0.001 0.007 0.117 0.001 0.018 0.714 0.001 0.001 0.004 0.074 0.061 0.001 0.003 27 D 0.001 0.001 0.019 0.001 0.009 0.941 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.018 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.934 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 32 N 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.886 0.001 0.001 0.001 0.007 0.086 0.001 0.001 33 C 0.001 0.001 0.049 0.001 0.014 0.876 0.001 0.001 0.001 0.016 0.041 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.029 0.001 0.037 0.864 0.001 0.001 0.001 0.017 0.048 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.027 0.001 0.034 0.809 0.001 0.001 0.001 0.020 0.101 0.002 0.002 36 A 0.001 0.002 0.043 0.001 0.042 0.812 0.001 0.001 0.007 0.014 0.068 0.001 0.007 37 M 0.002 0.007 0.080 0.002 0.051 0.721 0.001 0.001 0.010 0.036 0.075 0.006 0.009 38 E 0.002 0.010 0.124 0.006 0.073 0.548 0.002 0.004 0.019 0.050 0.128 0.016 0.017 39 I 0.006 0.011 0.136 0.001 0.090 0.508 0.002 0.007 0.037 0.054 0.099 0.017 0.030 40 S 0.006 0.013 0.184 0.010 0.084 0.323 0.003 0.005 0.033 0.073 0.225 0.008 0.035 41 H 0.005 0.011 0.155 0.004 0.071 0.140 0.003 0.002 0.025 0.171 0.351 0.039 0.022 42 T 0.004 0.033 0.359 0.007 0.024 0.047 0.003 0.001 0.028 0.267 0.133 0.006 0.086 43 M 0.001 0.029 0.412 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.465 0.006 0.072 0.004 44 P 0.001 0.017 0.899 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.057 0.002 0.001 0.019 45 P 0.001 0.006 0.084 0.001 0.177 0.376 0.001 0.001 0.001 0.032 0.320 0.001 0.001 46 E 0.001 0.003 0.021 0.001 0.271 0.368 0.001 0.001 0.001 0.025 0.304 0.001 0.002 47 E 0.002 0.007 0.058 0.003 0.294 0.444 0.001 0.001 0.004 0.042 0.135 0.003 0.007 48 A 0.006 0.052 0.132 0.002 0.104 0.532 0.002 0.002 0.010 0.028 0.095 0.009 0.026 49 F 0.006 0.071 0.208 0.008 0.074 0.369 0.003 0.003 0.016 0.073 0.120 0.025 0.025 50 D 0.002 0.028 0.335 0.003 0.074 0.297 0.001 0.001 0.007 0.076 0.143 0.005 0.029 51 H 0.001 0.004 0.161 0.002 0.088 0.353 0.001 0.001 0.001 0.127 0.255 0.003 0.004 52 A 0.001 0.008 0.108 0.001 0.041 0.191 0.001 0.001 0.002 0.177 0.463 0.002 0.003 53 G 0.002 0.017 0.224 0.003 0.059 0.161 0.001 0.001 0.006 0.117 0.395 0.005 0.008 54 F 0.004 0.013 0.647 0.002 0.017 0.169 0.002 0.002 0.013 0.086 0.020 0.008 0.017 55 D 0.004 0.004 0.142 0.006 0.027 0.530 0.002 0.004 0.007 0.242 0.019 0.007 0.006 56 A 0.006 0.003 0.022 0.001 0.009 0.875 0.006 0.024 0.021 0.008 0.014 0.003 0.007 57 F 0.008 0.004 0.008 0.001 0.008 0.922 0.009 0.013 0.008 0.002 0.014 0.002 0.002 58 C 0.007 0.002 0.036 0.001 0.007 0.888 0.005 0.009 0.014 0.007 0.018 0.002 0.005 59 H 0.004 0.001 0.058 0.001 0.010 0.855 0.001 0.004 0.019 0.014 0.021 0.005 0.005 60 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.014 0.894 0.001 0.001 0.003 0.011 0.052 0.001 0.001 61 G 0.001 0.003 0.030 0.001 0.012 0.847 0.001 0.001 0.001 0.021 0.083 0.001 0.002 62 L 0.001 0.002 0.022 0.001 0.010 0.916 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.033 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.037 0.909 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.044 0.732 0.001 0.001 0.001 0.007 0.202 0.001 0.001 68 G 0.001 0.001 0.024 0.001 0.040 0.558 0.001 0.001 0.001 0.012 0.363 0.001 0.001 69 L 0.001 0.006 0.256 0.001 0.045 0.419 0.001 0.001 0.003 0.090 0.177 0.001 0.002 70 R 0.001 0.010 0.240 0.001 0.105 0.263 0.001 0.001 0.004 0.161 0.212 0.003 0.002 71 S 0.001 0.011 0.206 0.001 0.115 0.342 0.001 0.001 0.011 0.149 0.156 0.002 0.008 72 F 0.001 0.007 0.109 0.001 0.068 0.706 0.001 0.001 0.006 0.059 0.040 0.001 0.002 73 D 0.001 0.001 0.015 0.001 0.031 0.927 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.039 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.029 0.931 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.014 0.934 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.001 0.001 77 H 0.001 0.001 0.013 0.001 0.010 0.912 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 0.001 0.001 78 S 0.001 0.001 0.015 0.001 0.008 0.916 0.001 0.001 0.001 0.007 0.052 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.020 0.899 0.001 0.001 0.001 0.004 0.066 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.031 0.854 0.001 0.001 0.001 0.014 0.080 0.001 0.001 84 H 0.001 0.001 0.019 0.001 0.043 0.767 0.001 0.001 0.002 0.021 0.145 0.002 0.001 85 Y 0.001 0.002 0.022 0.001 0.043 0.804 0.001 0.002 0.004 0.017 0.102 0.001 0.003 86 F 0.002 0.017 0.099 0.001 0.024 0.684 0.001 0.002 0.013 0.081 0.055 0.008 0.012 87 N 0.002 0.010 0.255 0.009 0.038 0.428 0.001 0.001 0.009 0.098 0.112 0.011 0.026 88 R 0.007 0.009 0.131 0.006 0.042 0.295 0.001 0.001 0.009 0.123 0.324 0.033 0.020 89 R 0.006 0.019 0.158 0.010 0.039 0.167 0.001 0.001 0.006 0.125 0.426 0.007 0.034 90 G 0.005 0.008 0.344 0.006 0.029 0.080 0.001 0.001 0.004 0.250 0.191 0.061 0.020 91 E 0.012 0.038 0.534 0.003 0.019 0.070 0.002 0.001 0.009 0.071 0.063 0.025 0.152 92 L 0.028 0.164 0.295 0.008 0.044 0.109 0.006 0.001 0.005 0.075 0.070 0.050 0.144 93 N 0.018 0.026 0.422 0.020 0.027 0.071 0.002 0.001 0.003 0.105 0.153 0.079 0.074 94 Q 0.003 0.004 0.242 0.003 0.066 0.108 0.001 0.001 0.001 0.122 0.402 0.006 0.041 95 D 0.005 0.011 0.163 0.004 0.055 0.074 0.001 0.001 0.001 0.158 0.444 0.058 0.025 96 E 0.002 0.005 0.095 0.006 0.044 0.047 0.001 0.001 0.001 0.112 0.651 0.014 0.024 97 G 0.005 0.007 0.178 0.009 0.023 0.059 0.001 0.001 0.001 0.287 0.387 0.021 0.024 98 K 0.041 0.014 0.378 0.022 0.009 0.104 0.006 0.001 0.002 0.100 0.078 0.066 0.179 99 L 0.261 0.028 0.105 0.005 0.002 0.079 0.040 0.002 0.007 0.029 0.010 0.123 0.309 100 W 0.554 0.006 0.035 0.009 0.001 0.089 0.044 0.003 0.004 0.004 0.003 0.124 0.125 101 I 0.606 0.001 0.015 0.009 0.001 0.137 0.051 0.003 0.004 0.003 0.002 0.063 0.105 102 S 0.611 0.001 0.009 0.016 0.001 0.180 0.045 0.004 0.005 0.003 0.002 0.084 0.040 103 A 0.564 0.001 0.009 0.002 0.001 0.162 0.056 0.002 0.005 0.004 0.003 0.069 0.122 104 V 0.349 0.002 0.022 0.009 0.002 0.428 0.041 0.004 0.006 0.005 0.011 0.056 0.066 105 Y 0.249 0.005 0.027 0.015 0.005 0.540 0.017 0.001 0.005 0.015 0.018 0.042 0.061 106 S 0.053 0.002 0.038 0.004 0.008 0.768 0.003 0.001 0.002 0.030 0.033 0.023 0.037 107 R 0.017 0.001 0.023 0.001 0.008 0.889 0.001 0.001 0.002 0.010 0.025 0.009 0.013 108 A 0.005 0.001 0.017 0.001 0.011 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.002 0.008 109 L 0.004 0.002 0.012 0.001 0.016 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.005 0.005 110 A 0.002 0.001 0.007 0.001 0.022 0.919 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.003 111 L 0.001 0.003 0.016 0.001 0.042 0.863 0.001 0.001 0.001 0.010 0.060 0.001 0.002 112 D 0.001 0.002 0.015 0.001 0.058 0.717 0.001 0.001 0.001 0.010 0.193 0.001 0.001 113 G 0.001 0.003 0.028 0.001 0.064 0.453 0.001 0.001 0.002 0.030 0.416 0.001 0.002 114 L 0.001 0.016 0.166 0.001 0.030 0.225 0.001 0.001 0.007 0.152 0.393 0.003 0.005 115 G 0.001 0.026 0.235 0.003 0.025 0.034 0.001 0.001 0.003 0.295 0.370 0.004 0.004 116 R 0.001 0.024 0.424 0.001 0.026 0.025 0.001 0.001 0.005 0.386 0.094 0.006 0.008 117 G 0.001 0.019 0.317 0.001 0.160 0.159 0.001 0.001 0.003 0.173 0.155 0.003 0.009 118 A 0.001 0.003 0.041 0.001 0.436 0.318 0.001 0.001 0.001 0.025 0.175 0.001 0.001 119 E 0.001 0.008 0.073 0.001 0.382 0.335 0.001 0.001 0.001 0.025 0.174 0.001 0.001 120 A 0.001 0.005 0.048 0.001 0.164 0.551 0.001 0.001 0.001 0.015 0.214 0.001 0.001 121 M 0.001 0.003 0.156 0.001 0.047 0.706 0.001 0.001 0.001 0.052 0.035 0.001 0.001 122 P 0.001 0.001 0.030 0.001 0.052 0.842 0.001 0.001 0.001 0.008 0.067 0.001 0.001 123 E 0.001 0.001 0.022 0.001 0.049 0.852 0.001 0.001 0.001 0.015 0.060 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.021 0.001 0.019 0.924 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.001 0.001 125 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.011 0.926 0.001 0.001 0.001 0.009 0.042 0.001 0.001 126 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.001 0.001 127 V 0.001 0.001 0.024 0.001 0.009 0.945 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 130 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 131 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 132 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 133 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 134 R 0.001 0.002 0.014 0.001 0.016 0.854 0.001 0.001 0.001 0.009 0.102 0.001 0.001 135 K 0.001 0.003 0.025 0.001 0.016 0.378 0.001 0.001 0.001 0.022 0.553 0.001 0.001 136 G 0.001 0.005 0.132 0.001 0.013 0.097 0.001 0.001 0.001 0.185 0.562 0.002 0.002 137 E 0.001 0.019 0.477 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 0.003 0.359 0.104 0.001 0.007 138 T 0.001 0.027 0.710 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.235 0.012 0.004 0.002 139 P 0.001 0.018 0.514 0.001 0.011 0.053 0.001 0.001 0.001 0.154 0.245 0.001 0.002 140 G 0.001 0.009 0.227 0.001 0.037 0.298 0.001 0.001 0.001 0.119 0.307 0.001 0.002 141 K 0.001 0.001 0.025 0.001 0.018 0.927 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 142 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 143 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 144 M 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 145 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 150 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 151 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 152 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 154 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.912 0.001 0.001 0.001 0.004 0.062 0.001 0.002 155 L 0.001 0.002 0.037 0.001 0.019 0.779 0.001 0.001 0.001 0.018 0.137 0.002 0.003 156 G 0.001 0.008 0.169 0.001 0.040 0.408 0.001 0.001 0.002 0.045 0.315 0.007 0.006 157 A 0.001 0.009 0.311 0.001 0.068 0.253 0.001 0.001 0.002 0.091 0.243 0.004 0.016 158 S 0.001 0.016 0.415 0.001 0.081 0.166 0.001 0.001 0.001 0.140 0.161 0.008 0.009 159 N 0.001 0.009 0.535 0.001 0.115 0.085 0.001 0.001 0.001 0.095 0.145 0.003 0.010 160 Q 0.001 0.007 0.333 0.002 0.239 0.080 0.001 0.001 0.001 0.126 0.198 0.004 0.009 161 Q 0.001 0.009 0.228 0.002 0.163 0.080 0.001 0.001 0.002 0.216 0.281 0.009 0.010 162 K 0.001 0.027 0.330 0.002 0.055 0.078 0.001 0.001 0.003 0.321 0.157 0.004 0.020 163 K 0.001 0.014 0.570 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.002 0.364 0.016 0.015 0.003 164 P 0.001 0.007 0.308 0.007 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 0.128 0.510 0.002 0.010 165 G 0.004 0.017 0.254 0.012 0.018 0.009 0.001 0.001 0.004 0.180 0.470 0.014 0.016 166 Y 0.039 0.029 0.498 0.006 0.019 0.014 0.008 0.001 0.029 0.121 0.036 0.093 0.108 167 K 0.165 0.016 0.236 0.024 0.006 0.010 0.050 0.006 0.055 0.044 0.011 0.087 0.288 168 A 0.379 0.008 0.051 0.020 0.004 0.008 0.074 0.013 0.028 0.019 0.004 0.283 0.108 169 W 0.399 0.006 0.037 0.020 0.004 0.011 0.093 0.021 0.035 0.007 0.005 0.084 0.278 170 W 0.531 0.002 0.042 0.027 0.004 0.014 0.077 0.016 0.020 0.007 0.008 0.165 0.088 171 E 0.655 0.002 0.024 0.005 0.003 0.009 0.065 0.012 0.015 0.008 0.009 0.071 0.123 172 F 0.485 0.005 0.067 0.005 0.005 0.008 0.044 0.007 0.013 0.016 0.012 0.159 0.176 173 W 0.227 0.019 0.233 0.033 0.008 0.015 0.023 0.002 0.010 0.071 0.035 0.091 0.234 174 S 0.027 0.015 0.489 0.014 0.012 0.018 0.003 0.001 0.007 0.161 0.047 0.096 0.110