# TARGET T0368 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.235 0.004 0.008 0.025 0.022 0.070 0.006 0.001 0.011 0.587 2 K 0.093 0.360 0.002 0.011 0.040 0.019 0.069 0.031 0.001 0.073 0.301 3 P 0.037 0.694 0.003 0.005 0.002 0.004 0.027 0.004 0.001 0.051 0.172 4 L 0.029 0.895 0.003 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.015 0.041 5 K 0.044 0.565 0.005 0.008 0.008 0.009 0.023 0.006 0.001 0.170 0.162 6 E 0.021 0.709 0.004 0.007 0.004 0.006 0.025 0.004 0.001 0.099 0.120 7 V 0.042 0.759 0.005 0.008 0.004 0.005 0.021 0.007 0.001 0.041 0.105 8 V 0.036 0.793 0.004 0.007 0.005 0.009 0.022 0.006 0.001 0.031 0.085 9 G 0.032 0.752 0.002 0.008 0.006 0.012 0.029 0.004 0.001 0.033 0.121 10 A 0.027 0.721 0.006 0.016 0.007 0.013 0.033 0.009 0.001 0.037 0.129 11 Y 0.077 0.329 0.009 0.031 0.021 0.034 0.064 0.009 0.002 0.256 0.168 12 L 0.046 0.310 0.012 0.046 0.022 0.031 0.081 0.005 0.004 0.147 0.297 13 A 0.053 0.387 0.009 0.021 0.012 0.017 0.081 0.007 0.003 0.072 0.337 14 L 0.054 0.592 0.008 0.012 0.006 0.009 0.038 0.011 0.004 0.041 0.225 15 S 0.047 0.731 0.002 0.005 0.003 0.006 0.024 0.005 0.001 0.029 0.148 16 D 0.013 0.881 0.005 0.003 0.001 0.002 0.010 0.002 0.002 0.020 0.061 17 A 0.011 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.004 0.031 18 Q 0.036 0.892 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.001 0.016 0.037 19 R 0.024 0.793 0.003 0.003 0.002 0.002 0.013 0.003 0.001 0.072 0.083 20 Q 0.049 0.365 0.150 0.006 0.003 0.004 0.039 0.010 0.060 0.168 0.146 21 L 0.308 0.269 0.025 0.004 0.003 0.003 0.044 0.029 0.012 0.084 0.220 22 V 0.193 0.260 0.002 0.003 0.001 0.003 0.038 0.009 0.002 0.030 0.461 23 A 0.029 0.227 0.002 0.005 0.001 0.002 0.048 0.001 0.001 0.020 0.664 24 G 0.016 0.446 0.004 0.008 0.003 0.007 0.057 0.005 0.001 0.048 0.405 25 E 0.016 0.794 0.002 0.002 0.003 0.003 0.020 0.004 0.001 0.021 0.135 26 Y 0.011 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.024 27 D 0.027 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.036 0.027 28 E 0.013 0.416 0.008 0.004 0.001 0.001 0.016 0.004 0.003 0.481 0.054 29 A 0.018 0.815 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.001 0.094 0.043 30 A 0.030 0.848 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.027 0.071 31 A 0.014 0.795 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.058 0.111 32 N 0.007 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.011 0.040 33 C 0.014 0.946 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.008 0.019 34 R 0.024 0.859 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.052 0.045 35 R 0.036 0.794 0.003 0.003 0.001 0.001 0.018 0.004 0.001 0.041 0.099 36 A 0.080 0.192 0.043 0.012 0.003 0.004 0.049 0.015 0.010 0.423 0.170 37 M 0.117 0.135 0.040 0.030 0.005 0.014 0.091 0.012 0.015 0.308 0.232 38 E 0.134 0.037 0.022 0.030 0.005 0.016 0.093 0.007 0.014 0.081 0.561 39 I 0.156 0.013 0.007 0.020 0.009 0.019 0.085 0.014 0.003 0.072 0.603 40 S 0.073 0.004 0.001 0.012 0.005 0.014 0.114 0.003 0.001 0.029 0.744 41 H 0.010 0.001 0.001 0.013 0.007 0.019 0.108 0.002 0.001 0.018 0.823 42 T 0.004 0.001 0.001 0.014 0.007 0.009 0.108 0.001 0.001 0.010 0.847 43 M 0.003 0.001 0.001 0.017 0.029 0.037 0.141 0.004 0.001 0.019 0.748 44 P 0.225 0.222 0.004 0.027 0.005 0.005 0.077 0.010 0.002 0.045 0.377 45 P 0.339 0.466 0.006 0.007 0.001 0.002 0.023 0.014 0.002 0.032 0.109 46 E 0.282 0.314 0.004 0.008 0.003 0.007 0.046 0.009 0.001 0.032 0.295 47 E 0.095 0.255 0.002 0.018 0.024 0.057 0.082 0.006 0.001 0.032 0.428 48 A 0.104 0.129 0.011 0.025 0.059 0.076 0.110 0.006 0.004 0.072 0.402 49 F 0.123 0.071 0.015 0.029 0.045 0.045 0.122 0.012 0.008 0.038 0.493 50 D 0.315 0.104 0.002 0.007 0.015 0.024 0.073 0.012 0.002 0.028 0.420 51 H 0.162 0.150 0.003 0.012 0.007 0.013 0.081 0.004 0.001 0.039 0.527 52 A 0.013 0.146 0.002 0.025 0.014 0.033 0.094 0.003 0.001 0.026 0.643 53 G 0.026 0.475 0.002 0.016 0.026 0.036 0.063 0.005 0.001 0.050 0.300 54 F 0.029 0.535 0.002 0.028 0.037 0.021 0.051 0.006 0.001 0.105 0.187 55 D 0.018 0.740 0.002 0.023 0.014 0.021 0.025 0.003 0.001 0.077 0.076 56 A 0.027 0.785 0.002 0.025 0.010 0.015 0.017 0.003 0.001 0.057 0.060 57 F 0.025 0.640 0.008 0.044 0.015 0.018 0.035 0.005 0.002 0.093 0.115 58 C 0.030 0.729 0.004 0.023 0.016 0.021 0.027 0.008 0.001 0.061 0.080 59 H 0.049 0.674 0.004 0.018 0.011 0.019 0.027 0.007 0.001 0.065 0.125 60 A 0.057 0.543 0.012 0.019 0.012 0.016 0.056 0.006 0.004 0.072 0.202 61 G 0.016 0.708 0.005 0.010 0.008 0.010 0.038 0.005 0.002 0.030 0.169 62 L 0.033 0.884 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.014 0.001 0.005 0.047 63 A 0.055 0.782 0.005 0.004 0.002 0.002 0.013 0.011 0.002 0.039 0.086 64 E 0.063 0.302 0.080 0.006 0.003 0.005 0.044 0.010 0.039 0.239 0.210 65 A 0.353 0.209 0.013 0.006 0.004 0.007 0.052 0.022 0.005 0.130 0.198 66 L 0.227 0.087 0.023 0.017 0.004 0.009 0.075 0.013 0.017 0.093 0.434 67 A 0.095 0.050 0.003 0.022 0.004 0.009 0.121 0.003 0.001 0.030 0.663 68 G 0.039 0.093 0.001 0.019 0.006 0.014 0.097 0.006 0.001 0.034 0.690 69 L 0.056 0.061 0.003 0.015 0.011 0.015 0.153 0.010 0.001 0.047 0.629 70 R 0.040 0.287 0.003 0.048 0.009 0.023 0.088 0.006 0.001 0.039 0.455 71 S 0.067 0.618 0.003 0.014 0.005 0.008 0.037 0.005 0.001 0.033 0.210 72 F 0.034 0.814 0.004 0.010 0.002 0.003 0.016 0.007 0.001 0.020 0.090 73 D 0.061 0.756 0.002 0.007 0.002 0.002 0.018 0.007 0.001 0.060 0.084 74 E 0.038 0.354 0.007 0.014 0.002 0.003 0.032 0.006 0.002 0.411 0.132 75 A 0.024 0.562 0.007 0.006 0.002 0.003 0.034 0.008 0.002 0.200 0.152 76 L 0.041 0.724 0.007 0.003 0.002 0.003 0.018 0.009 0.001 0.068 0.125 77 H 0.013 0.839 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.034 0.092 78 S 0.013 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.020 0.050 79 A 0.020 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.023 0.030 80 D 0.034 0.675 0.010 0.002 0.001 0.001 0.019 0.004 0.004 0.173 0.078 81 K 0.044 0.756 0.006 0.003 0.001 0.002 0.026 0.005 0.002 0.062 0.094 82 A 0.045 0.687 0.010 0.009 0.002 0.003 0.034 0.012 0.003 0.055 0.140 83 L 0.107 0.318 0.013 0.024 0.009 0.017 0.083 0.011 0.003 0.197 0.217 84 H 0.066 0.318 0.005 0.044 0.012 0.036 0.081 0.009 0.002 0.128 0.299 85 Y 0.084 0.064 0.028 0.037 0.017 0.038 0.127 0.008 0.011 0.129 0.457 86 F 0.108 0.029 0.028 0.078 0.043 0.072 0.123 0.008 0.013 0.083 0.414 87 N 0.115 0.009 0.004 0.021 0.015 0.041 0.099 0.004 0.003 0.048 0.643 88 R 0.191 0.016 0.002 0.020 0.018 0.024 0.098 0.008 0.001 0.044 0.577 89 R 0.032 0.010 0.001 0.022 0.013 0.030 0.142 0.005 0.001 0.027 0.717 90 G 0.009 0.008 0.001 0.043 0.072 0.181 0.117 0.006 0.001 0.038 0.524 91 E 0.027 0.013 0.001 0.064 0.136 0.196 0.080 0.002 0.001 0.074 0.407 92 L 0.005 0.017 0.003 0.085 0.144 0.158 0.078 0.001 0.001 0.028 0.480 93 N 0.080 0.105 0.014 0.038 0.085 0.134 0.083 0.007 0.009 0.083 0.363 94 Q 0.346 0.046 0.006 0.013 0.018 0.025 0.050 0.013 0.005 0.092 0.385 95 D 0.184 0.074 0.001 0.009 0.013 0.026 0.069 0.007 0.001 0.064 0.552 96 E 0.035 0.043 0.004 0.017 0.015 0.044 0.101 0.001 0.001 0.053 0.685 97 G 0.006 0.156 0.001 0.023 0.093 0.140 0.088 0.002 0.001 0.066 0.425 98 K 0.007 0.062 0.001 0.018 0.186 0.170 0.044 0.001 0.001 0.338 0.173 99 L 0.002 0.456 0.001 0.034 0.125 0.132 0.027 0.001 0.001 0.074 0.148 100 W 0.004 0.547 0.002 0.022 0.093 0.137 0.016 0.001 0.001 0.104 0.073 101 I 0.005 0.665 0.002 0.024 0.056 0.075 0.009 0.001 0.001 0.111 0.050 102 S 0.004 0.124 0.001 0.013 0.038 0.040 0.007 0.001 0.001 0.743 0.030 103 A 0.008 0.512 0.007 0.013 0.039 0.027 0.017 0.003 0.002 0.289 0.083 104 V 0.033 0.729 0.007 0.012 0.018 0.019 0.014 0.007 0.002 0.085 0.074 105 Y 0.018 0.775 0.006 0.007 0.007 0.007 0.014 0.004 0.002 0.069 0.091 106 S 0.012 0.903 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.004 0.001 0.008 0.055 107 R 0.018 0.916 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.009 0.033 108 A 0.037 0.711 0.011 0.003 0.003 0.003 0.020 0.008 0.005 0.086 0.114 109 L 0.088 0.482 0.027 0.005 0.002 0.004 0.047 0.009 0.012 0.144 0.181 110 A 0.154 0.278 0.052 0.011 0.003 0.005 0.059 0.026 0.023 0.137 0.252 111 L 0.251 0.076 0.035 0.016 0.003 0.007 0.091 0.019 0.024 0.096 0.381 112 D 0.175 0.030 0.002 0.016 0.004 0.009 0.080 0.006 0.002 0.046 0.630 113 G 0.051 0.016 0.001 0.011 0.003 0.008 0.105 0.002 0.001 0.031 0.771 114 L 0.018 0.006 0.001 0.015 0.007 0.016 0.134 0.003 0.001 0.025 0.776 115 G 0.074 0.034 0.001 0.019 0.007 0.013 0.113 0.002 0.001 0.034 0.701 116 R 0.026 0.063 0.002 0.019 0.012 0.015 0.129 0.007 0.001 0.038 0.689 117 G 0.160 0.605 0.002 0.006 0.001 0.003 0.033 0.012 0.001 0.014 0.163 118 A 0.246 0.387 0.003 0.011 0.003 0.003 0.037 0.008 0.001 0.123 0.178 119 E 0.025 0.354 0.005 0.010 0.006 0.009 0.075 0.004 0.001 0.165 0.346 120 A 0.030 0.767 0.003 0.003 0.003 0.005 0.021 0.010 0.001 0.026 0.132 121 M 0.076 0.768 0.005 0.003 0.002 0.002 0.013 0.014 0.002 0.029 0.085 122 P 0.037 0.779 0.002 0.002 0.002 0.004 0.022 0.004 0.001 0.029 0.117 123 E 0.010 0.895 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.013 0.065 124 F 0.027 0.885 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.019 0.043 125 K 0.015 0.860 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.042 0.061 126 K 0.026 0.821 0.008 0.002 0.001 0.001 0.018 0.004 0.002 0.032 0.084 127 V 0.044 0.833 0.005 0.004 0.001 0.001 0.015 0.016 0.001 0.021 0.058 128 V 0.092 0.601 0.005 0.008 0.003 0.006 0.037 0.007 0.002 0.097 0.142 129 E 0.025 0.634 0.007 0.014 0.003 0.005 0.044 0.003 0.002 0.032 0.231 130 M 0.060 0.628 0.006 0.008 0.006 0.013 0.040 0.019 0.001 0.044 0.174 131 I 0.089 0.454 0.012 0.018 0.011 0.019 0.052 0.010 0.006 0.116 0.213 132 E 0.077 0.126 0.101 0.020 0.013 0.029 0.083 0.007 0.054 0.135 0.355 133 E 0.317 0.042 0.013 0.011 0.006 0.016 0.063 0.022 0.007 0.071 0.434 134 R 0.394 0.019 0.001 0.009 0.005 0.011 0.049 0.010 0.001 0.049 0.453 135 K 0.030 0.004 0.001 0.010 0.002 0.006 0.065 0.001 0.001 0.014 0.868 136 G 0.001 0.002 0.001 0.012 0.012 0.029 0.118 0.001 0.001 0.012 0.811 137 E 0.055 0.017 0.001 0.006 0.018 0.013 0.100 0.004 0.001 0.029 0.756 138 T 0.411 0.093 0.001 0.007 0.007 0.005 0.066 0.010 0.001 0.062 0.338 139 P 0.034 0.235 0.001 0.008 0.001 0.003 0.085 0.004 0.001 0.036 0.592 140 G 0.018 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.005 0.063 141 K 0.011 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.023 142 E 0.012 0.910 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.023 0.042 143 R 0.009 0.917 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.039 0.021 144 M 0.004 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.014 0.019 145 M 0.009 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.026 0.015 146 E 0.005 0.887 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.064 0.032 147 V 0.011 0.835 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.002 0.094 0.035 148 A 0.014 0.931 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.015 0.022 149 I 0.034 0.821 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.047 0.080 150 D 0.021 0.707 0.007 0.003 0.001 0.001 0.021 0.003 0.002 0.089 0.145 151 R 0.042 0.754 0.010 0.002 0.001 0.001 0.024 0.011 0.003 0.058 0.094 152 I 0.149 0.461 0.041 0.007 0.002 0.004 0.036 0.026 0.016 0.098 0.161 153 A 0.194 0.296 0.007 0.009 0.003 0.006 0.066 0.010 0.004 0.056 0.349 154 Q 0.102 0.081 0.009 0.011 0.003 0.009 0.092 0.006 0.006 0.066 0.617 155 L 0.097 0.064 0.014 0.024 0.005 0.012 0.129 0.009 0.005 0.071 0.569 156 G 0.163 0.078 0.005 0.012 0.007 0.016 0.088 0.007 0.003 0.047 0.575 157 A 0.091 0.050 0.005 0.007 0.006 0.011 0.090 0.004 0.002 0.030 0.704 158 S 0.061 0.036 0.002 0.008 0.011 0.022 0.103 0.012 0.001 0.035 0.708 159 N 0.156 0.083 0.001 0.011 0.010 0.023 0.092 0.017 0.001 0.055 0.551 160 Q 0.135 0.018 0.001 0.017 0.021 0.036 0.084 0.003 0.001 0.054 0.630 161 Q 0.006 0.006 0.003 0.021 0.020 0.033 0.107 0.001 0.001 0.023 0.780 162 K 0.028 0.007 0.003 0.013 0.020 0.023 0.088 0.003 0.002 0.024 0.789 163 K 0.606 0.023 0.001 0.005 0.008 0.005 0.052 0.011 0.001 0.081 0.207 164 P 0.036 0.009 0.001 0.008 0.003 0.007 0.130 0.003 0.001 0.034 0.769 165 G 0.014 0.019 0.001 0.015 0.008 0.023 0.110 0.002 0.001 0.028 0.779 166 Y 0.008 0.022 0.001 0.080 0.201 0.189 0.105 0.003 0.001 0.083 0.308 167 K 0.004 0.029 0.001 0.124 0.110 0.241 0.059 0.001 0.001 0.125 0.306 168 A 0.003 0.015 0.001 0.199 0.288 0.273 0.024 0.001 0.001 0.091 0.106 169 W 0.004 0.011 0.001 0.263 0.213 0.238 0.034 0.001 0.001 0.077 0.158 170 W 0.005 0.003 0.001 0.259 0.222 0.255 0.026 0.001 0.001 0.132 0.096 171 E 0.008 0.003 0.001 0.283 0.143 0.235 0.051 0.001 0.001 0.092 0.182 172 F 0.046 0.008 0.003 0.119 0.165 0.203 0.086 0.002 0.003 0.086 0.279 173 W 0.043 0.008 0.003 0.081 0.131 0.196 0.112 0.005 0.003 0.065 0.354 174 S 0.116 0.024 0.003 0.039 0.039 0.075 0.128 0.006 0.003 0.060 0.506