# TARGET T0368 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.142 0.037 0.098 0.077 0.073 0.093 0.092 0.089 0.078 0.055 2 K 0.426 0.180 0.047 0.080 0.065 0.053 0.056 0.035 0.027 0.020 0.012 3 P 0.152 0.127 0.044 0.154 0.158 0.130 0.124 0.056 0.032 0.017 0.007 4 L 0.037 0.024 0.013 0.038 0.047 0.059 0.134 0.159 0.197 0.167 0.125 5 K 0.082 0.089 0.125 0.278 0.214 0.106 0.061 0.023 0.014 0.005 0.003 6 E 0.171 0.179 0.218 0.221 0.105 0.058 0.032 0.010 0.004 0.002 0.001 7 V 0.007 0.020 0.052 0.047 0.052 0.086 0.188 0.180 0.175 0.123 0.069 8 V 0.021 0.019 0.052 0.063 0.077 0.107 0.231 0.157 0.129 0.089 0.055 9 G 0.082 0.106 0.347 0.240 0.118 0.056 0.031 0.010 0.006 0.003 0.002 10 A 0.010 0.035 0.171 0.098 0.089 0.105 0.184 0.114 0.097 0.063 0.033 11 Y 0.018 0.016 0.079 0.061 0.048 0.062 0.134 0.131 0.165 0.156 0.131 12 L 0.021 0.030 0.163 0.087 0.092 0.117 0.200 0.105 0.089 0.061 0.035 13 A 0.008 0.039 0.220 0.154 0.135 0.130 0.140 0.078 0.051 0.030 0.016 14 L 0.008 0.012 0.069 0.026 0.027 0.043 0.144 0.129 0.194 0.190 0.157 15 S 0.093 0.062 0.199 0.145 0.110 0.105 0.161 0.062 0.037 0.017 0.009 16 D 0.093 0.125 0.380 0.229 0.098 0.046 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 17 A 0.013 0.013 0.083 0.033 0.038 0.079 0.202 0.144 0.157 0.140 0.098 18 Q 0.047 0.046 0.239 0.182 0.133 0.121 0.145 0.049 0.024 0.009 0.004 19 R 0.033 0.050 0.563 0.173 0.094 0.046 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 20 Q 0.042 0.069 0.288 0.177 0.151 0.129 0.093 0.028 0.013 0.006 0.003 21 L 0.007 0.010 0.069 0.024 0.037 0.062 0.204 0.156 0.190 0.148 0.094 22 V 0.044 0.109 0.484 0.169 0.094 0.048 0.035 0.010 0.004 0.002 0.001 23 A 0.202 0.167 0.362 0.162 0.066 0.024 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 24 G 0.533 0.131 0.154 0.059 0.037 0.028 0.030 0.013 0.008 0.005 0.003 25 E 0.064 0.206 0.169 0.164 0.126 0.109 0.087 0.030 0.022 0.015 0.009 26 Y 0.036 0.070 0.116 0.078 0.091 0.134 0.194 0.112 0.096 0.052 0.023 27 D 0.400 0.130 0.283 0.132 0.038 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.204 0.144 0.414 0.139 0.058 0.024 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 29 A 0.029 0.018 0.149 0.056 0.043 0.100 0.198 0.137 0.127 0.092 0.051 30 A 0.007 0.010 0.193 0.091 0.114 0.200 0.272 0.073 0.028 0.010 0.003 31 A 0.007 0.019 0.881 0.065 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 N 0.015 0.060 0.321 0.182 0.173 0.139 0.075 0.019 0.009 0.005 0.002 33 C 0.006 0.008 0.063 0.015 0.021 0.041 0.164 0.153 0.223 0.185 0.122 34 R 0.039 0.046 0.436 0.192 0.149 0.079 0.046 0.009 0.003 0.001 0.001 35 R 0.017 0.047 0.663 0.157 0.074 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 36 A 0.008 0.018 0.112 0.047 0.055 0.083 0.190 0.139 0.160 0.114 0.075 37 M 0.011 0.007 0.045 0.027 0.038 0.077 0.239 0.179 0.189 0.121 0.067 38 E 0.030 0.062 0.519 0.182 0.102 0.056 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 39 I 0.007 0.029 0.115 0.079 0.103 0.138 0.218 0.121 0.096 0.061 0.034 40 S 0.069 0.032 0.050 0.048 0.046 0.054 0.133 0.134 0.174 0.150 0.109 41 H 0.119 0.115 0.106 0.183 0.151 0.132 0.106 0.040 0.025 0.015 0.008 42 T 0.075 0.125 0.135 0.144 0.121 0.097 0.113 0.074 0.061 0.037 0.019 43 M 0.039 0.030 0.014 0.037 0.054 0.071 0.146 0.148 0.157 0.152 0.151 44 P 0.174 0.234 0.060 0.120 0.107 0.081 0.097 0.052 0.038 0.023 0.014 45 P 0.390 0.125 0.052 0.140 0.110 0.073 0.053 0.025 0.017 0.009 0.005 46 E 0.466 0.150 0.053 0.114 0.068 0.052 0.042 0.022 0.015 0.010 0.008 47 E 0.037 0.044 0.033 0.098 0.099 0.132 0.188 0.137 0.118 0.072 0.043 48 A 0.064 0.032 0.017 0.047 0.049 0.070 0.133 0.148 0.158 0.150 0.131 49 F 0.033 0.032 0.028 0.057 0.073 0.091 0.160 0.143 0.153 0.125 0.105 50 D 0.017 0.056 0.042 0.141 0.132 0.121 0.159 0.114 0.098 0.066 0.053 51 H 0.033 0.031 0.015 0.068 0.107 0.130 0.171 0.136 0.129 0.105 0.075 52 A 0.172 0.094 0.047 0.145 0.143 0.124 0.130 0.066 0.044 0.023 0.011 53 G 0.062 0.044 0.033 0.088 0.105 0.132 0.197 0.116 0.107 0.073 0.042 54 F 0.007 0.009 0.012 0.020 0.022 0.034 0.105 0.141 0.220 0.230 0.201 55 D 0.003 0.015 0.021 0.068 0.100 0.149 0.225 0.165 0.129 0.077 0.048 56 A 0.015 0.015 0.054 0.037 0.036 0.047 0.130 0.154 0.190 0.180 0.142 57 F 0.011 0.007 0.028 0.043 0.054 0.072 0.156 0.154 0.174 0.159 0.141 58 C 0.001 0.004 0.028 0.020 0.015 0.019 0.082 0.129 0.225 0.256 0.221 59 H 0.001 0.002 0.021 0.021 0.029 0.049 0.132 0.147 0.211 0.208 0.179 60 A 0.007 0.005 0.083 0.026 0.030 0.055 0.167 0.135 0.176 0.171 0.145 61 G 0.001 0.005 0.034 0.047 0.067 0.104 0.232 0.171 0.153 0.113 0.072 62 L 0.001 0.003 0.018 0.008 0.007 0.012 0.057 0.094 0.221 0.277 0.303 63 A 0.013 0.007 0.061 0.047 0.050 0.087 0.188 0.143 0.170 0.137 0.096 64 E 0.016 0.029 0.222 0.166 0.153 0.148 0.151 0.057 0.032 0.015 0.010 65 A 0.002 0.004 0.048 0.019 0.019 0.035 0.116 0.141 0.206 0.208 0.202 66 L 0.009 0.006 0.023 0.036 0.044 0.084 0.214 0.167 0.170 0.143 0.103 67 A 0.024 0.038 0.269 0.118 0.107 0.111 0.141 0.073 0.058 0.037 0.025 68 G 0.060 0.124 0.145 0.168 0.160 0.150 0.121 0.037 0.020 0.011 0.006 69 L 0.015 0.011 0.012 0.017 0.018 0.027 0.090 0.115 0.204 0.239 0.251 70 R 0.214 0.192 0.125 0.158 0.120 0.077 0.065 0.024 0.013 0.007 0.005 71 S 0.079 0.278 0.143 0.186 0.122 0.083 0.062 0.023 0.013 0.007 0.005 72 F 0.006 0.010 0.013 0.029 0.056 0.109 0.225 0.170 0.172 0.122 0.090 73 D 0.473 0.143 0.121 0.132 0.071 0.035 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 74 E 0.053 0.094 0.183 0.351 0.174 0.085 0.043 0.011 0.004 0.001 0.001 75 A 0.002 0.003 0.011 0.010 0.012 0.025 0.095 0.142 0.225 0.248 0.227 76 L 0.002 0.002 0.020 0.025 0.044 0.121 0.304 0.183 0.150 0.092 0.057 77 H 0.006 0.021 0.593 0.202 0.102 0.043 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 78 S 0.001 0.011 0.047 0.063 0.096 0.183 0.298 0.142 0.078 0.052 0.029 79 A 0.003 0.002 0.016 0.008 0.008 0.014 0.072 0.121 0.257 0.273 0.227 80 D 0.066 0.039 0.182 0.170 0.170 0.163 0.142 0.038 0.017 0.008 0.004 81 K 0.008 0.031 0.411 0.238 0.142 0.093 0.057 0.013 0.005 0.002 0.001 82 A 0.005 0.006 0.039 0.019 0.018 0.032 0.120 0.133 0.204 0.229 0.195 83 L 0.005 0.006 0.024 0.034 0.039 0.075 0.211 0.196 0.182 0.145 0.085 84 H 0.010 0.043 0.430 0.175 0.146 0.097 0.058 0.023 0.011 0.005 0.002 85 Y 0.005 0.012 0.049 0.046 0.067 0.116 0.273 0.161 0.132 0.094 0.046 86 F 0.020 0.019 0.042 0.048 0.045 0.047 0.145 0.161 0.200 0.165 0.107 87 N 0.067 0.100 0.124 0.185 0.163 0.118 0.107 0.057 0.041 0.024 0.013 88 R 0.043 0.071 0.118 0.125 0.120 0.130 0.151 0.096 0.073 0.049 0.024 89 R 0.040 0.100 0.075 0.148 0.162 0.139 0.166 0.081 0.049 0.028 0.013 90 G 0.341 0.110 0.065 0.098 0.094 0.079 0.100 0.048 0.036 0.019 0.010 91 E 0.199 0.160 0.120 0.202 0.123 0.077 0.066 0.025 0.015 0.008 0.005 92 L 0.019 0.020 0.032 0.039 0.045 0.061 0.149 0.150 0.180 0.184 0.122 93 N 0.099 0.204 0.142 0.221 0.135 0.086 0.063 0.026 0.013 0.007 0.004 94 Q 0.166 0.182 0.211 0.224 0.118 0.057 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 95 D 0.533 0.158 0.095 0.091 0.050 0.035 0.024 0.007 0.004 0.002 0.002 96 E 0.106 0.193 0.128 0.198 0.133 0.093 0.091 0.028 0.017 0.008 0.004 97 G 0.153 0.060 0.041 0.078 0.085 0.107 0.185 0.117 0.087 0.057 0.031 98 K 0.053 0.123 0.168 0.298 0.205 0.099 0.038 0.009 0.004 0.002 0.001 99 L 0.010 0.027 0.096 0.119 0.140 0.184 0.246 0.096 0.050 0.021 0.010 100 W 0.002 0.005 0.015 0.036 0.049 0.078 0.197 0.191 0.191 0.149 0.087 101 I 0.004 0.004 0.021 0.016 0.021 0.044 0.191 0.203 0.209 0.188 0.101 102 S 0.008 0.025 0.244 0.280 0.192 0.107 0.064 0.036 0.023 0.013 0.007 103 A 0.004 0.012 0.052 0.030 0.039 0.074 0.223 0.177 0.175 0.137 0.078 104 V 0.002 0.006 0.036 0.028 0.020 0.019 0.072 0.132 0.232 0.265 0.189 105 Y 0.005 0.010 0.043 0.045 0.091 0.145 0.293 0.147 0.118 0.067 0.037 106 S 0.040 0.056 0.405 0.206 0.123 0.073 0.052 0.022 0.013 0.007 0.004 107 R 0.006 0.016 0.043 0.056 0.072 0.115 0.256 0.162 0.147 0.089 0.038 108 A 0.018 0.009 0.034 0.025 0.018 0.031 0.090 0.115 0.196 0.234 0.230 109 L 0.019 0.027 0.124 0.117 0.148 0.167 0.188 0.094 0.061 0.035 0.020 110 A 0.009 0.024 0.118 0.078 0.071 0.085 0.157 0.135 0.135 0.109 0.080 111 L 0.008 0.010 0.030 0.027 0.034 0.054 0.138 0.137 0.178 0.193 0.190 112 D 0.067 0.073 0.126 0.169 0.156 0.125 0.139 0.062 0.044 0.024 0.016 113 G 0.129 0.119 0.189 0.141 0.118 0.106 0.094 0.040 0.032 0.021 0.012 114 L 0.039 0.043 0.028 0.067 0.076 0.088 0.185 0.135 0.140 0.116 0.082 115 G 0.192 0.093 0.040 0.062 0.069 0.077 0.132 0.095 0.091 0.079 0.070 116 R 0.119 0.295 0.096 0.152 0.116 0.086 0.066 0.029 0.019 0.013 0.008 117 G 0.303 0.248 0.070 0.143 0.102 0.062 0.039 0.015 0.009 0.005 0.003 118 A 0.513 0.122 0.065 0.121 0.078 0.046 0.031 0.011 0.008 0.004 0.002 119 E 0.383 0.190 0.116 0.153 0.076 0.038 0.027 0.009 0.005 0.002 0.002 120 A 0.008 0.014 0.013 0.027 0.033 0.086 0.202 0.194 0.183 0.138 0.102 121 M 0.012 0.016 0.023 0.055 0.098 0.181 0.268 0.158 0.100 0.058 0.031 122 P 0.228 0.138 0.483 0.103 0.029 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.024 0.049 0.105 0.206 0.181 0.178 0.172 0.050 0.023 0.010 0.003 124 F 0.018 0.009 0.045 0.020 0.016 0.025 0.090 0.126 0.208 0.229 0.212 125 K 0.037 0.048 0.229 0.248 0.176 0.133 0.090 0.025 0.010 0.003 0.001 126 K 0.009 0.042 0.556 0.188 0.107 0.061 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 127 V 0.006 0.010 0.027 0.026 0.040 0.084 0.262 0.191 0.165 0.122 0.068 128 V 0.078 0.038 0.092 0.103 0.101 0.123 0.217 0.113 0.083 0.038 0.014 129 E 0.021 0.049 0.275 0.196 0.159 0.120 0.100 0.041 0.020 0.012 0.006 130 M 0.012 0.038 0.183 0.098 0.089 0.104 0.154 0.108 0.096 0.073 0.044 131 I 0.021 0.021 0.096 0.054 0.065 0.079 0.177 0.148 0.163 0.120 0.056 132 E 0.066 0.103 0.250 0.218 0.162 0.088 0.063 0.026 0.013 0.006 0.003 133 E 0.043 0.071 0.162 0.128 0.133 0.121 0.152 0.084 0.057 0.033 0.016 134 R 0.129 0.089 0.151 0.133 0.121 0.093 0.122 0.066 0.047 0.031 0.018 135 K 0.160 0.214 0.124 0.180 0.114 0.079 0.076 0.026 0.015 0.008 0.003 136 G 0.390 0.134 0.081 0.086 0.076 0.054 0.064 0.040 0.036 0.025 0.012 137 E 0.337 0.211 0.096 0.128 0.075 0.050 0.052 0.023 0.015 0.009 0.005 138 T 0.205 0.107 0.058 0.096 0.082 0.078 0.132 0.083 0.075 0.052 0.032 139 P 0.440 0.216 0.060 0.107 0.066 0.039 0.034 0.018 0.011 0.006 0.002 140 G 0.407 0.372 0.072 0.081 0.032 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 141 K 0.078 0.102 0.079 0.168 0.165 0.162 0.125 0.059 0.037 0.018 0.007 142 E 0.585 0.140 0.089 0.081 0.042 0.028 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 143 R 0.052 0.081 0.237 0.358 0.162 0.065 0.034 0.009 0.003 0.001 0.001 144 M 0.012 0.015 0.061 0.033 0.029 0.057 0.170 0.188 0.187 0.158 0.090 145 M 0.002 0.005 0.127 0.104 0.144 0.213 0.246 0.091 0.045 0.018 0.006 146 E 0.009 0.023 0.823 0.101 0.027 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.002 0.011 0.114 0.118 0.176 0.257 0.223 0.063 0.023 0.010 0.003 148 A 0.001 0.002 0.039 0.005 0.006 0.012 0.089 0.134 0.266 0.272 0.174 149 I 0.003 0.007 0.190 0.152 0.207 0.207 0.168 0.042 0.017 0.006 0.002 150 D 0.012 0.030 0.817 0.098 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.002 0.006 0.043 0.035 0.061 0.145 0.351 0.165 0.114 0.056 0.022 152 I 0.003 0.003 0.039 0.013 0.015 0.028 0.132 0.159 0.236 0.219 0.153 153 A 0.008 0.023 0.563 0.145 0.113 0.069 0.050 0.017 0.007 0.003 0.002 154 Q 0.009 0.042 0.442 0.194 0.142 0.094 0.052 0.014 0.006 0.003 0.001 155 L 0.003 0.004 0.010 0.008 0.014 0.032 0.136 0.154 0.225 0.238 0.176 156 G 0.174 0.175 0.135 0.164 0.114 0.080 0.082 0.035 0.023 0.011 0.005 157 A 0.171 0.136 0.251 0.140 0.094 0.068 0.065 0.031 0.023 0.014 0.008 158 S 0.121 0.144 0.097 0.138 0.113 0.103 0.121 0.064 0.050 0.032 0.017 159 N 0.284 0.176 0.095 0.124 0.091 0.069 0.071 0.037 0.028 0.016 0.009 160 Q 0.313 0.148 0.100 0.132 0.096 0.070 0.069 0.031 0.021 0.012 0.007 161 Q 0.307 0.160 0.118 0.126 0.078 0.066 0.067 0.033 0.023 0.014 0.009 162 K 0.169 0.148 0.072 0.180 0.136 0.105 0.091 0.046 0.027 0.015 0.010 163 K 0.181 0.172 0.093 0.135 0.106 0.087 0.087 0.053 0.040 0.026 0.020 164 P 0.275 0.141 0.084 0.136 0.103 0.082 0.085 0.041 0.028 0.016 0.008 165 G 0.507 0.162 0.055 0.116 0.073 0.039 0.027 0.010 0.007 0.003 0.002 166 Y 0.009 0.025 0.017 0.080 0.103 0.137 0.213 0.166 0.129 0.079 0.042 167 K 0.015 0.047 0.052 0.150 0.187 0.198 0.169 0.081 0.055 0.028 0.017 168 A 0.011 0.007 0.008 0.018 0.024 0.042 0.140 0.190 0.233 0.193 0.135 169 W 0.009 0.013 0.012 0.061 0.080 0.116 0.214 0.190 0.148 0.104 0.053 170 W 0.005 0.010 0.013 0.026 0.027 0.042 0.108 0.162 0.233 0.214 0.161 171 E 0.013 0.019 0.032 0.072 0.074 0.091 0.166 0.161 0.160 0.125 0.087 172 F 0.013 0.016 0.030 0.042 0.042 0.055 0.140 0.162 0.198 0.186 0.115 173 W 0.011 0.025 0.026 0.089 0.108 0.113 0.156 0.148 0.152 0.109 0.063 174 S 0.045 0.071 0.040 0.101 0.115 0.116 0.160 0.130 0.116 0.069 0.037