# TARGET T0368 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0368.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.53726 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.002 0.001 0.007 0.006 0.002 0.973 2 K 0.062 0.037 0.001 0.097 0.027 0.005 0.771 3 P 0.077 0.054 0.002 0.279 0.032 0.008 0.547 4 L 0.004 0.001 0.007 0.942 0.003 0.006 0.037 5 K 0.001 0.001 0.007 0.982 0.002 0.003 0.004 6 E 0.001 0.001 0.008 0.983 0.002 0.003 0.003 7 V 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.006 0.003 8 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.010 0.002 9 G 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.016 0.003 10 A 0.001 0.001 0.003 0.971 0.002 0.018 0.004 11 Y 0.001 0.001 0.007 0.966 0.003 0.019 0.003 12 L 0.002 0.001 0.017 0.923 0.005 0.047 0.005 13 A 0.003 0.001 0.024 0.848 0.007 0.100 0.016 14 L 0.002 0.001 0.030 0.819 0.019 0.074 0.055 15 S 0.001 0.001 0.025 0.825 0.025 0.101 0.022 16 D 0.002 0.001 0.022 0.851 0.020 0.086 0.019 17 A 0.004 0.002 0.020 0.895 0.011 0.038 0.030 18 Q 0.003 0.001 0.015 0.929 0.006 0.019 0.027 19 R 0.005 0.001 0.017 0.933 0.009 0.020 0.015 20 Q 0.005 0.001 0.013 0.946 0.005 0.022 0.009 21 L 0.006 0.004 0.015 0.893 0.013 0.040 0.029 22 V 0.007 0.004 0.015 0.762 0.029 0.134 0.050 23 A 0.002 0.001 0.017 0.492 0.035 0.418 0.035 24 G 0.002 0.001 0.013 0.285 0.156 0.416 0.127 25 E 0.005 0.011 0.012 0.332 0.180 0.111 0.350 26 Y 0.001 0.003 0.007 0.880 0.021 0.017 0.072 27 D 0.001 0.001 0.007 0.957 0.007 0.011 0.017 28 E 0.001 0.001 0.015 0.961 0.004 0.008 0.010 29 A 0.001 0.001 0.022 0.952 0.004 0.012 0.008 30 A 0.001 0.001 0.010 0.958 0.003 0.021 0.006 31 A 0.001 0.001 0.006 0.923 0.003 0.065 0.003 32 N 0.001 0.001 0.004 0.849 0.006 0.129 0.011 33 C 0.001 0.001 0.005 0.865 0.017 0.050 0.061 34 R 0.001 0.001 0.010 0.933 0.010 0.028 0.017 35 R 0.002 0.001 0.011 0.923 0.010 0.038 0.016 36 A 0.002 0.001 0.015 0.934 0.006 0.024 0.018 37 M 0.011 0.002 0.013 0.928 0.014 0.016 0.016 38 E 0.014 0.002 0.014 0.914 0.007 0.037 0.013 39 I 0.013 0.002 0.025 0.852 0.011 0.068 0.029 40 S 0.029 0.006 0.062 0.609 0.049 0.169 0.076 41 H 0.052 0.006 0.059 0.219 0.171 0.331 0.163 42 T 0.093 0.021 0.051 0.061 0.265 0.216 0.293 43 M 0.041 0.017 0.002 0.007 0.465 0.007 0.460 44 P 0.012 0.008 0.001 0.001 0.029 0.003 0.946 45 P 0.006 0.005 0.364 0.202 0.041 0.329 0.052 46 E 0.007 0.001 0.510 0.189 0.048 0.219 0.025 47 E 0.025 0.004 0.590 0.189 0.035 0.081 0.076 48 A 0.146 0.043 0.159 0.312 0.053 0.104 0.183 49 F 0.198 0.046 0.085 0.185 0.115 0.133 0.238 50 D 0.131 0.032 0.047 0.140 0.122 0.156 0.372 51 H 0.037 0.013 0.045 0.131 0.265 0.190 0.318 52 A 0.020 0.006 0.043 0.150 0.170 0.494 0.117 53 G 0.016 0.009 0.051 0.296 0.160 0.359 0.110 54 F 0.042 0.015 0.025 0.326 0.152 0.058 0.381 55 D 0.052 0.007 0.014 0.380 0.261 0.062 0.224 56 A 0.129 0.004 0.012 0.750 0.027 0.055 0.022 57 F 0.118 0.004 0.004 0.852 0.003 0.007 0.012 58 C 0.120 0.001 0.007 0.846 0.003 0.008 0.014 59 H 0.110 0.001 0.009 0.840 0.010 0.010 0.021 60 A 0.140 0.004 0.022 0.718 0.025 0.039 0.053 61 G 0.061 0.006 0.022 0.708 0.038 0.088 0.078 62 L 0.011 0.005 0.020 0.805 0.025 0.057 0.077 63 A 0.003 0.001 0.023 0.904 0.016 0.034 0.018 64 E 0.001 0.001 0.029 0.911 0.007 0.042 0.008 65 A 0.002 0.001 0.031 0.913 0.006 0.037 0.010 66 L 0.003 0.003 0.040 0.878 0.009 0.051 0.016 67 A 0.002 0.002 0.075 0.682 0.016 0.209 0.014 68 G 0.002 0.001 0.059 0.459 0.026 0.421 0.031 69 L 0.003 0.005 0.094 0.400 0.075 0.247 0.177 70 R 0.002 0.003 0.053 0.375 0.158 0.307 0.103 71 S 0.004 0.008 0.051 0.357 0.141 0.203 0.235 72 F 0.004 0.004 0.032 0.799 0.038 0.031 0.093 73 D 0.002 0.001 0.027 0.899 0.011 0.022 0.039 74 E 0.003 0.002 0.054 0.891 0.009 0.025 0.016 75 A 0.004 0.001 0.080 0.864 0.007 0.032 0.013 76 L 0.005 0.003 0.051 0.876 0.010 0.042 0.013 77 H 0.002 0.001 0.023 0.853 0.012 0.103 0.008 78 S 0.001 0.001 0.014 0.852 0.012 0.099 0.022 79 A 0.001 0.001 0.007 0.945 0.007 0.022 0.017 80 D 0.001 0.001 0.010 0.971 0.002 0.011 0.005 81 K 0.001 0.001 0.018 0.950 0.003 0.023 0.005 82 A 0.001 0.001 0.018 0.949 0.002 0.024 0.005 83 L 0.005 0.002 0.031 0.915 0.008 0.030 0.009 84 H 0.007 0.001 0.041 0.846 0.010 0.084 0.010 85 Y 0.008 0.001 0.031 0.816 0.013 0.113 0.018 86 F 0.027 0.020 0.025 0.641 0.063 0.152 0.071 87 N 0.024 0.007 0.027 0.283 0.100 0.290 0.270 88 R 0.036 0.010 0.037 0.202 0.188 0.301 0.225 89 R 0.045 0.016 0.061 0.192 0.147 0.306 0.234 90 G 0.058 0.011 0.058 0.090 0.305 0.222 0.256 91 E 0.126 0.029 0.059 0.120 0.160 0.119 0.387 92 L 0.191 0.080 0.060 0.122 0.126 0.144 0.277 93 N 0.159 0.041 0.051 0.090 0.093 0.146 0.420 94 Q 0.065 0.008 0.080 0.137 0.190 0.271 0.249 95 D 0.047 0.007 0.059 0.122 0.188 0.379 0.197 96 E 0.016 0.004 0.035 0.101 0.143 0.617 0.084 97 G 0.043 0.002 0.009 0.124 0.245 0.311 0.266 98 K 0.218 0.015 0.003 0.270 0.128 0.025 0.342 99 L 0.583 0.020 0.001 0.326 0.016 0.004 0.051 100 W 0.580 0.004 0.001 0.366 0.005 0.001 0.044 101 I 0.593 0.001 0.001 0.367 0.004 0.002 0.032 102 S 0.388 0.001 0.002 0.576 0.012 0.003 0.018 103 A 0.357 0.001 0.009 0.591 0.010 0.008 0.024 104 V 0.200 0.002 0.007 0.746 0.008 0.015 0.021 105 Y 0.083 0.003 0.010 0.848 0.015 0.021 0.019 106 S 0.045 0.002 0.012 0.857 0.017 0.048 0.020 107 R 0.017 0.001 0.013 0.882 0.010 0.058 0.019 108 A 0.017 0.002 0.022 0.888 0.011 0.038 0.024 109 L 0.019 0.003 0.031 0.869 0.009 0.050 0.019 110 A 0.021 0.002 0.036 0.840 0.012 0.060 0.027 111 L 0.026 0.007 0.072 0.772 0.020 0.061 0.043 112 D 0.011 0.002 0.124 0.597 0.036 0.196 0.034 113 G 0.008 0.002 0.116 0.438 0.040 0.357 0.038 114 L 0.008 0.007 0.059 0.236 0.116 0.455 0.118 115 G 0.005 0.010 0.017 0.043 0.245 0.343 0.337 116 R 0.010 0.024 0.020 0.027 0.309 0.111 0.500 117 G 0.011 0.014 0.089 0.108 0.211 0.084 0.482 118 A 0.001 0.001 0.399 0.382 0.034 0.145 0.037 119 E 0.001 0.002 0.438 0.361 0.019 0.153 0.025 120 A 0.002 0.006 0.352 0.461 0.021 0.121 0.037 121 M 0.003 0.006 0.105 0.701 0.041 0.042 0.101 122 P 0.001 0.001 0.104 0.793 0.007 0.086 0.009 123 E 0.001 0.001 0.064 0.820 0.007 0.103 0.005 124 F 0.002 0.002 0.023 0.910 0.010 0.037 0.017 125 K 0.002 0.001 0.009 0.941 0.008 0.028 0.010 126 K 0.004 0.001 0.006 0.943 0.005 0.032 0.009 127 V 0.005 0.001 0.006 0.951 0.004 0.017 0.018 128 V 0.006 0.001 0.005 0.966 0.004 0.010 0.008 129 E 0.010 0.001 0.006 0.943 0.005 0.022 0.012 130 M 0.007 0.001 0.010 0.929 0.005 0.026 0.022 131 I 0.012 0.001 0.010 0.921 0.009 0.027 0.020 132 E 0.017 0.002 0.013 0.881 0.012 0.052 0.023 133 E 0.013 0.002 0.020 0.831 0.020 0.056 0.058 134 R 0.016 0.005 0.019 0.715 0.038 0.132 0.074 135 K 0.016 0.007 0.030 0.315 0.072 0.460 0.100 136 G 0.020 0.006 0.031 0.078 0.221 0.426 0.218 137 E 0.026 0.012 0.024 0.048 0.282 0.126 0.483 138 T 0.024 0.025 0.013 0.047 0.368 0.065 0.458 139 P 0.011 0.009 0.026 0.127 0.204 0.410 0.214 140 G 0.015 0.015 0.021 0.198 0.248 0.297 0.206 141 K 0.010 0.006 0.011 0.797 0.026 0.021 0.129 142 E 0.006 0.001 0.007 0.931 0.010 0.010 0.034 143 R 0.007 0.001 0.005 0.959 0.005 0.007 0.016 144 M 0.004 0.001 0.006 0.972 0.002 0.007 0.009 145 M 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.003 0.004 146 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 150 D 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 151 R 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.019 0.003 152 I 0.001 0.001 0.005 0.976 0.002 0.011 0.005 153 A 0.002 0.001 0.023 0.923 0.005 0.037 0.009 154 Q 0.002 0.001 0.029 0.873 0.005 0.081 0.009 155 L 0.003 0.003 0.033 0.718 0.015 0.188 0.041 156 G 0.004 0.003 0.031 0.416 0.050 0.370 0.127 157 A 0.008 0.004 0.049 0.293 0.112 0.256 0.277 158 S 0.012 0.007 0.069 0.272 0.153 0.245 0.241 159 N 0.015 0.007 0.072 0.151 0.192 0.207 0.355 160 Q 0.023 0.008 0.160 0.157 0.158 0.240 0.255 161 Q 0.044 0.014 0.137 0.105 0.175 0.197 0.328 162 K 0.047 0.042 0.064 0.101 0.207 0.121 0.417 163 K 0.042 0.010 0.008 0.014 0.184 0.016 0.727 164 P 0.022 0.006 0.024 0.043 0.165 0.501 0.239 165 G 0.065 0.006 0.016 0.013 0.132 0.597 0.170 166 Y 0.312 0.022 0.006 0.011 0.083 0.013 0.554 167 K 0.726 0.012 0.003 0.008 0.023 0.007 0.222 168 A 0.886 0.004 0.003 0.006 0.016 0.003 0.082 169 W 0.923 0.002 0.003 0.008 0.008 0.002 0.054 170 W 0.934 0.002 0.005 0.016 0.009 0.003 0.032 171 E 0.904 0.004 0.005 0.020 0.010 0.007 0.050 172 F 0.775 0.006 0.007 0.032 0.030 0.019 0.131 173 W 0.487 0.026 0.009 0.037 0.083 0.040 0.318 174 S 0.128 0.011 0.010 0.024 0.125 0.032 0.669