# TARGET T0367 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.013 0.781 0.001 0.009 0.131 0.001 0.001 0.006 0.034 0.017 0.003 0.006 2 D 0.001 0.013 0.703 0.001 0.005 0.209 0.001 0.001 0.009 0.044 0.010 0.002 0.005 3 E 0.001 0.002 0.094 0.001 0.006 0.857 0.001 0.001 0.001 0.021 0.018 0.001 0.001 4 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 13 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 17 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 19 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.009 0.041 0.001 0.001 22 F 0.001 0.003 0.026 0.001 0.010 0.833 0.001 0.001 0.001 0.022 0.101 0.001 0.002 23 E 0.001 0.004 0.048 0.001 0.014 0.676 0.001 0.001 0.001 0.024 0.226 0.003 0.002 24 M 0.001 0.001 0.045 0.001 0.016 0.441 0.001 0.001 0.001 0.070 0.423 0.001 0.002 25 G 0.001 0.002 0.181 0.001 0.013 0.261 0.001 0.001 0.002 0.150 0.385 0.003 0.002 26 L 0.002 0.014 0.280 0.001 0.018 0.457 0.001 0.001 0.004 0.133 0.072 0.004 0.014 27 Y 0.002 0.015 0.142 0.001 0.009 0.720 0.001 0.001 0.009 0.058 0.025 0.005 0.014 28 E 0.001 0.003 0.030 0.001 0.007 0.927 0.001 0.001 0.003 0.011 0.011 0.002 0.003 29 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.002 30 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 33 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 38 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 45 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.917 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 0.001 0.001 48 G 0.001 0.002 0.052 0.001 0.019 0.716 0.001 0.001 0.001 0.037 0.171 0.001 0.001 49 Y 0.001 0.002 0.054 0.001 0.042 0.222 0.001 0.001 0.001 0.094 0.582 0.001 0.001 50 G 0.001 0.001 0.082 0.001 0.022 0.035 0.001 0.001 0.001 0.092 0.766 0.001 0.001 51 R 0.001 0.017 0.653 0.001 0.014 0.028 0.001 0.001 0.010 0.216 0.047 0.005 0.011 52 D 0.001 0.046 0.669 0.003 0.010 0.018 0.001 0.001 0.043 0.142 0.023 0.018 0.026 53 S 0.001 0.016 0.627 0.006 0.043 0.034 0.001 0.004 0.039 0.119 0.072 0.009 0.030 54 K 0.001 0.028 0.407 0.017 0.067 0.054 0.001 0.006 0.033 0.189 0.163 0.013 0.021 55 T 0.004 0.021 0.384 0.012 0.058 0.067 0.001 0.008 0.038 0.201 0.143 0.023 0.040 56 H 0.009 0.022 0.408 0.019 0.024 0.105 0.002 0.004 0.035 0.238 0.057 0.030 0.047 57 R 0.042 0.025 0.238 0.007 0.026 0.331 0.009 0.012 0.057 0.097 0.057 0.039 0.060 58 G 0.114 0.009 0.104 0.007 0.022 0.466 0.016 0.028 0.040 0.042 0.043 0.051 0.059 59 T 0.164 0.008 0.074 0.004 0.024 0.486 0.030 0.034 0.031 0.015 0.029 0.032 0.069 60 I 0.150 0.008 0.065 0.009 0.033 0.511 0.025 0.018 0.023 0.023 0.029 0.051 0.054 61 Y 0.094 0.004 0.069 0.008 0.038 0.583 0.015 0.008 0.016 0.027 0.066 0.026 0.046 62 L 0.084 0.009 0.070 0.004 0.041 0.523 0.013 0.004 0.010 0.034 0.130 0.025 0.052 63 I 0.038 0.010 0.099 0.009 0.038 0.407 0.004 0.001 0.003 0.052 0.290 0.020 0.029 64 W 0.020 0.005 0.167 0.018 0.036 0.275 0.002 0.001 0.003 0.145 0.279 0.026 0.025 65 E 0.018 0.006 0.190 0.005 0.073 0.425 0.002 0.001 0.004 0.088 0.105 0.020 0.065 66 C 0.053 0.020 0.119 0.006 0.049 0.474 0.011 0.003 0.013 0.035 0.071 0.054 0.093 67 R 0.077 0.016 0.137 0.010 0.041 0.387 0.020 0.004 0.016 0.036 0.068 0.070 0.119 68 E 0.061 0.020 0.159 0.018 0.027 0.379 0.016 0.003 0.017 0.055 0.069 0.058 0.118 69 E 0.047 0.015 0.219 0.012 0.028 0.332 0.007 0.001 0.010 0.066 0.082 0.078 0.104 70 L 0.015 0.007 0.090 0.007 0.057 0.237 0.002 0.001 0.003 0.079 0.458 0.009 0.035 71 G 0.010 0.004 0.154 0.008 0.040 0.089 0.002 0.001 0.005 0.129 0.504 0.037 0.017 72 L 0.016 0.018 0.477 0.004 0.039 0.088 0.004 0.001 0.010 0.119 0.070 0.024 0.129 73 S 0.021 0.044 0.386 0.005 0.023 0.142 0.006 0.003 0.018 0.124 0.049 0.107 0.073 74 D 0.012 0.030 0.466 0.020 0.042 0.137 0.003 0.002 0.011 0.103 0.063 0.021 0.088 75 D 0.012 0.007 0.221 0.012 0.166 0.268 0.002 0.002 0.007 0.104 0.142 0.022 0.036 76 D 0.015 0.008 0.189 0.013 0.164 0.288 0.003 0.002 0.011 0.090 0.155 0.021 0.042 77 C 0.023 0.018 0.224 0.009 0.115 0.300 0.004 0.002 0.022 0.082 0.099 0.032 0.070 78 S 0.035 0.013 0.285 0.013 0.033 0.259 0.007 0.002 0.030 0.104 0.058 0.078 0.083 79 K 0.045 0.016 0.255 0.017 0.027 0.248 0.009 0.002 0.032 0.079 0.069 0.069 0.134 80 L 0.037 0.020 0.243 0.015 0.023 0.292 0.009 0.003 0.027 0.088 0.065 0.061 0.116 81 S 0.020 0.021 0.278 0.007 0.014 0.290 0.005 0.002 0.021 0.126 0.048 0.088 0.081 82 R 0.005 0.014 0.461 0.002 0.010 0.265 0.001 0.001 0.017 0.095 0.028 0.029 0.072 83 A 0.003 0.006 0.208 0.003 0.051 0.585 0.001 0.001 0.005 0.036 0.070 0.005 0.027 84 F 0.006 0.006 0.136 0.006 0.088 0.616 0.001 0.001 0.003 0.048 0.071 0.012 0.008 85 D 0.006 0.008 0.082 0.001 0.115 0.649 0.001 0.001 0.004 0.042 0.063 0.008 0.021 86 L 0.005 0.006 0.077 0.001 0.100 0.682 0.001 0.001 0.003 0.037 0.069 0.006 0.011 87 R 0.005 0.008 0.097 0.002 0.115 0.552 0.001 0.001 0.003 0.060 0.134 0.011 0.011 88 E 0.001 0.004 0.071 0.002 0.056 0.374 0.001 0.001 0.001 0.076 0.404 0.003 0.008 89 E 0.002 0.010 0.139 0.002 0.029 0.242 0.001 0.001 0.002 0.151 0.412 0.004 0.008 90 S 0.001 0.007 0.698 0.001 0.006 0.049 0.001 0.001 0.002 0.199 0.013 0.020 0.006 91 D 0.001 0.035 0.656 0.001 0.040 0.098 0.001 0.001 0.006 0.057 0.060 0.002 0.044 92 Y 0.001 0.011 0.152 0.002 0.227 0.296 0.001 0.001 0.005 0.090 0.205 0.006 0.005 93 G 0.001 0.006 0.112 0.002 0.303 0.310 0.001 0.001 0.008 0.059 0.188 0.003 0.007 94 I 0.003 0.006 0.148 0.003 0.304 0.304 0.001 0.001 0.011 0.067 0.133 0.005 0.013 95 Y 0.005 0.011 0.186 0.003 0.134 0.336 0.001 0.001 0.021 0.110 0.155 0.016 0.021 96 K 0.009 0.025 0.284 0.003 0.061 0.259 0.003 0.001 0.034 0.131 0.127 0.016 0.046 97 E 0.006 0.018 0.325 0.005 0.025 0.235 0.002 0.001 0.026 0.195 0.074 0.041 0.048 98 V 0.001 0.026 0.516 0.001 0.010 0.186 0.001 0.001 0.026 0.143 0.033 0.026 0.030 99 S 0.001 0.016 0.631 0.001 0.007 0.198 0.001 0.001 0.014 0.082 0.017 0.002 0.033 100 K 0.001 0.001 0.019 0.001 0.015 0.937 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.001 0.001 101 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 106 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 108 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 109 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 117 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 118 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 121 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.915 0.001 0.001 0.001 0.009 0.065 0.001 0.001 122 N 0.001 0.002 0.051 0.001 0.009 0.698 0.001 0.001 0.001 0.039 0.200 0.001 0.001 123 K 0.001 0.002 0.138 0.001 0.012 0.286 0.001 0.001 0.001 0.114 0.445 0.001 0.001 124 N 0.001 0.005 0.614 0.001 0.009 0.096 0.001 0.001 0.001 0.074 0.199 0.001 0.002 125 R 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001