# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.950 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.010 0.020 2 D 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.014 3 E 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.011 4 L 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 5 E 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 6 L 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.006 7 R 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 8 I 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 9 R 0.004 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.096 0.010 10 K 0.004 0.925 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.045 0.016 11 A 0.006 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.008 0.010 12 E 0.012 0.844 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.098 0.036 13 K 0.004 0.881 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.057 0.047 14 L 0.007 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.025 0.027 15 V 0.015 0.920 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.035 0.018 16 Q 0.013 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.058 0.051 17 D 0.010 0.890 0.011 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.025 0.048 18 A 0.027 0.906 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.014 0.035 19 K 0.035 0.811 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.002 0.045 0.084 20 K 0.017 0.830 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.028 0.103 21 E 0.046 0.225 0.258 0.003 0.001 0.002 0.031 0.013 0.123 0.148 0.150 22 F 0.591 0.165 0.005 0.002 0.001 0.001 0.030 0.022 0.003 0.047 0.134 23 E 0.097 0.176 0.001 0.003 0.001 0.003 0.040 0.004 0.001 0.033 0.640 24 M 0.018 0.358 0.002 0.004 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.012 0.553 25 G 0.015 0.567 0.002 0.010 0.006 0.013 0.046 0.005 0.001 0.050 0.285 26 L 0.018 0.747 0.001 0.004 0.005 0.005 0.024 0.002 0.001 0.079 0.115 27 Y 0.008 0.945 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.016 0.021 28 E 0.016 0.785 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.159 0.026 29 R 0.002 0.182 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.789 0.014 30 C 0.003 0.854 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.115 0.018 31 C 0.003 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.012 32 S 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 33 T 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 34 A 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.005 35 Y 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 36 Y 0.002 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.063 0.006 37 A 0.001 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.051 0.005 38 M 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 39 F 0.001 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.004 40 H 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.005 41 A 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 42 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 43 K 0.005 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 0.014 44 A 0.012 0.795 0.015 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.003 0.120 0.038 45 M 0.109 0.653 0.014 0.003 0.001 0.001 0.018 0.015 0.006 0.126 0.055 46 L 0.045 0.068 0.295 0.006 0.001 0.001 0.035 0.011 0.274 0.121 0.143 47 L 0.435 0.028 0.005 0.004 0.002 0.002 0.084 0.009 0.004 0.031 0.397 48 G 0.113 0.015 0.001 0.009 0.001 0.003 0.080 0.006 0.002 0.044 0.726 49 Y 0.032 0.003 0.001 0.011 0.002 0.005 0.174 0.002 0.001 0.032 0.738 50 G 0.011 0.004 0.001 0.037 0.004 0.014 0.121 0.001 0.001 0.038 0.768 51 R 0.021 0.003 0.001 0.019 0.014 0.015 0.143 0.002 0.001 0.040 0.742 52 D 0.087 0.022 0.001 0.068 0.016 0.022 0.142 0.006 0.001 0.091 0.543 53 S 0.127 0.026 0.003 0.034 0.008 0.016 0.147 0.006 0.001 0.070 0.562 54 K 0.071 0.038 0.002 0.042 0.009 0.023 0.156 0.008 0.001 0.057 0.595 55 T 0.049 0.039 0.002 0.034 0.011 0.021 0.120 0.003 0.001 0.337 0.382 56 H 0.036 0.327 0.005 0.031 0.019 0.038 0.080 0.008 0.001 0.146 0.309 57 R 0.058 0.406 0.005 0.018 0.025 0.040 0.052 0.009 0.001 0.050 0.337 58 G 0.019 0.566 0.005 0.015 0.050 0.061 0.041 0.007 0.002 0.028 0.206 59 T 0.062 0.696 0.002 0.006 0.021 0.037 0.025 0.012 0.001 0.016 0.124 60 I 0.077 0.491 0.009 0.018 0.046 0.051 0.035 0.015 0.004 0.061 0.193 61 Y 0.084 0.358 0.013 0.024 0.038 0.056 0.084 0.008 0.007 0.063 0.265 62 L 0.062 0.322 0.014 0.022 0.027 0.032 0.086 0.010 0.006 0.063 0.359 63 I 0.117 0.448 0.014 0.015 0.021 0.020 0.064 0.019 0.005 0.041 0.234 64 W 0.087 0.544 0.006 0.013 0.009 0.016 0.043 0.011 0.002 0.030 0.239 65 E 0.053 0.524 0.005 0.008 0.018 0.044 0.035 0.010 0.001 0.032 0.271 66 C 0.040 0.587 0.012 0.010 0.024 0.042 0.040 0.007 0.005 0.044 0.189 67 R 0.150 0.214 0.106 0.012 0.026 0.041 0.052 0.016 0.048 0.067 0.268 68 E 0.461 0.071 0.005 0.009 0.014 0.020 0.044 0.023 0.003 0.050 0.301 69 E 0.179 0.030 0.001 0.013 0.009 0.022 0.068 0.006 0.001 0.041 0.630 70 L 0.019 0.014 0.002 0.029 0.007 0.021 0.106 0.001 0.001 0.021 0.778 71 G 0.013 0.009 0.002 0.024 0.049 0.074 0.115 0.003 0.001 0.040 0.670 72 L 0.035 0.009 0.002 0.017 0.047 0.040 0.114 0.003 0.001 0.050 0.682 73 S 0.068 0.032 0.002 0.029 0.023 0.031 0.135 0.009 0.001 0.052 0.617 74 D 0.349 0.060 0.003 0.017 0.007 0.011 0.094 0.007 0.001 0.070 0.381 75 D 0.071 0.061 0.003 0.034 0.012 0.025 0.138 0.009 0.001 0.055 0.592 76 D 0.062 0.088 0.002 0.030 0.024 0.051 0.114 0.006 0.001 0.037 0.584 77 C 0.069 0.057 0.004 0.063 0.072 0.079 0.106 0.007 0.001 0.082 0.460 78 S 0.046 0.119 0.002 0.049 0.077 0.102 0.112 0.008 0.001 0.073 0.411 79 K 0.088 0.131 0.004 0.037 0.080 0.120 0.088 0.009 0.002 0.040 0.402 80 L 0.042 0.131 0.007 0.046 0.073 0.096 0.098 0.005 0.003 0.030 0.468 81 S 0.066 0.216 0.005 0.021 0.063 0.097 0.083 0.011 0.003 0.035 0.401 82 R 0.110 0.427 0.005 0.015 0.021 0.025 0.050 0.014 0.003 0.034 0.294 83 A 0.118 0.485 0.011 0.009 0.017 0.025 0.044 0.016 0.004 0.024 0.249 84 F 0.072 0.449 0.006 0.010 0.016 0.026 0.044 0.007 0.002 0.034 0.335 85 D 0.085 0.272 0.022 0.010 0.025 0.033 0.070 0.010 0.009 0.068 0.395 86 L 0.174 0.214 0.009 0.011 0.015 0.017 0.062 0.016 0.003 0.066 0.412 87 R 0.203 0.142 0.004 0.009 0.014 0.022 0.066 0.010 0.002 0.065 0.464 88 E 0.052 0.112 0.005 0.013 0.010 0.023 0.084 0.003 0.002 0.035 0.661 89 E 0.051 0.124 0.011 0.011 0.015 0.029 0.077 0.004 0.004 0.035 0.637 90 S 0.150 0.125 0.004 0.008 0.030 0.027 0.077 0.015 0.002 0.053 0.509 91 D 0.191 0.180 0.003 0.009 0.011 0.019 0.070 0.011 0.002 0.034 0.471 92 Y 0.130 0.179 0.004 0.018 0.014 0.027 0.079 0.010 0.001 0.030 0.507 93 G 0.073 0.157 0.003 0.029 0.034 0.061 0.100 0.006 0.001 0.031 0.505 94 I 0.047 0.100 0.002 0.041 0.057 0.084 0.109 0.008 0.001 0.043 0.507 95 Y 0.058 0.088 0.002 0.061 0.073 0.093 0.117 0.007 0.001 0.085 0.415 96 K 0.037 0.084 0.002 0.043 0.042 0.049 0.120 0.003 0.001 0.056 0.563 97 E 0.045 0.123 0.003 0.041 0.029 0.048 0.114 0.004 0.001 0.098 0.492 98 V 0.008 0.230 0.002 0.028 0.016 0.016 0.075 0.004 0.001 0.139 0.481 99 S 0.013 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.013 0.024 100 K 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.019 101 D 0.012 0.824 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.111 0.039 102 L 0.007 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.036 0.016 103 A 0.003 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.009 104 I 0.015 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.110 0.025 105 K 0.004 0.833 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.106 0.042 106 I 0.017 0.799 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.127 0.034 107 L 0.011 0.906 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.050 0.020 108 K 0.018 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.040 0.058 109 D 0.003 0.888 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.055 0.042 110 A 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.008 111 E 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.008 112 I 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.007 113 F 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 114 V 0.006 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 115 Q 0.005 0.550 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.414 0.021 116 K 0.004 0.930 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.027 0.022 117 A 0.027 0.908 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.009 0.023 118 K 0.067 0.507 0.013 0.005 0.002 0.004 0.022 0.007 0.006 0.220 0.146 119 N 0.081 0.354 0.010 0.003 0.002 0.005 0.059 0.005 0.007 0.117 0.356 120 A 0.135 0.059 0.135 0.010 0.002 0.006 0.086 0.026 0.060 0.146 0.335 121 V 0.366 0.020 0.020 0.015 0.004 0.007 0.073 0.012 0.013 0.054 0.415 122 N 0.067 0.003 0.001 0.004 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 0.011 0.852 123 K 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.094 0.002 0.001 0.012 0.871 124 N 0.032 0.002 0.001 0.008 0.004 0.007 0.119 0.004 0.001 0.024 0.798 125 R 0.037 0.003 0.001 0.014 0.016 0.020 0.112 0.009 0.001 0.028 0.762