# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.826 0.007 0.005 0.005 0.017 0.037 0.080 2 D 0.006 0.962 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.015 3 E 0.008 0.946 0.002 0.001 0.001 0.003 0.027 0.013 4 L 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 5 E 0.006 0.943 0.002 0.001 0.001 0.002 0.039 0.008 6 L 0.003 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.009 7 R 0.005 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 8 I 0.010 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.007 9 R 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 10 K 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 11 A 0.017 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 12 E 0.030 0.874 0.003 0.001 0.001 0.003 0.068 0.023 13 K 0.011 0.810 0.005 0.001 0.001 0.008 0.083 0.083 14 L 0.009 0.944 0.002 0.001 0.001 0.004 0.022 0.019 15 V 0.020 0.931 0.002 0.001 0.001 0.003 0.027 0.016 16 Q 0.011 0.917 0.002 0.001 0.001 0.005 0.021 0.044 17 D 0.024 0.905 0.003 0.001 0.001 0.004 0.038 0.025 18 A 0.018 0.927 0.003 0.001 0.001 0.005 0.031 0.017 19 K 0.038 0.842 0.008 0.001 0.001 0.008 0.042 0.060 20 K 0.029 0.685 0.012 0.002 0.001 0.021 0.085 0.164 21 E 0.069 0.324 0.076 0.005 0.006 0.061 0.258 0.201 22 F 0.355 0.236 0.021 0.004 0.003 0.053 0.104 0.223 23 E 0.105 0.210 0.010 0.003 0.003 0.053 0.039 0.578 24 M 0.013 0.213 0.014 0.002 0.006 0.080 0.019 0.654 25 G 0.015 0.484 0.030 0.015 0.016 0.091 0.067 0.282 26 L 0.019 0.833 0.008 0.008 0.005 0.017 0.036 0.075 27 Y 0.015 0.919 0.003 0.002 0.002 0.005 0.031 0.024 28 E 0.012 0.422 0.005 0.004 0.006 0.013 0.492 0.045 29 R 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 30 C 0.001 0.881 0.001 0.001 0.001 0.003 0.103 0.008 31 C 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 32 S 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 33 T 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 34 A 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 35 Y 0.001 0.718 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.001 36 Y 0.001 0.789 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.001 37 A 0.001 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 38 M 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 39 F 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.003 40 H 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 41 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 42 A 0.003 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 43 K 0.004 0.935 0.006 0.001 0.001 0.002 0.046 0.005 44 A 0.014 0.791 0.093 0.001 0.001 0.006 0.072 0.023 45 M 0.076 0.587 0.186 0.004 0.003 0.023 0.067 0.055 46 L 0.129 0.048 0.375 0.006 0.005 0.050 0.154 0.233 47 L 0.204 0.029 0.047 0.004 0.004 0.079 0.037 0.597 48 G 0.181 0.006 0.013 0.002 0.003 0.053 0.020 0.722 49 Y 0.012 0.003 0.007 0.003 0.006 0.143 0.011 0.815 50 G 0.018 0.004 0.010 0.006 0.016 0.114 0.027 0.805 51 R 0.034 0.004 0.013 0.016 0.011 0.111 0.051 0.759 52 D 0.096 0.029 0.027 0.024 0.021 0.107 0.127 0.569 53 S 0.110 0.041 0.019 0.010 0.017 0.104 0.049 0.650 54 K 0.042 0.035 0.039 0.020 0.040 0.130 0.044 0.650 55 T 0.041 0.051 0.035 0.017 0.034 0.098 0.172 0.551 56 H 0.038 0.262 0.035 0.043 0.061 0.093 0.208 0.260 57 R 0.021 0.337 0.051 0.045 0.107 0.075 0.069 0.295 58 G 0.020 0.349 0.059 0.094 0.160 0.047 0.093 0.178 59 T 0.029 0.566 0.044 0.062 0.098 0.028 0.087 0.085 60 I 0.034 0.560 0.047 0.063 0.072 0.028 0.088 0.108 61 Y 0.017 0.552 0.052 0.075 0.077 0.036 0.061 0.129 62 L 0.033 0.629 0.024 0.031 0.046 0.031 0.083 0.123 63 I 0.038 0.752 0.010 0.012 0.020 0.018 0.092 0.058 64 W 0.020 0.849 0.004 0.008 0.011 0.011 0.042 0.054 65 E 0.014 0.778 0.014 0.015 0.018 0.017 0.039 0.105 66 C 0.059 0.674 0.024 0.022 0.026 0.031 0.061 0.103 67 R 0.167 0.163 0.100 0.035 0.034 0.045 0.304 0.153 68 E 0.410 0.065 0.018 0.016 0.017 0.055 0.051 0.368 69 E 0.154 0.012 0.010 0.008 0.011 0.057 0.046 0.703 70 L 0.007 0.005 0.009 0.008 0.015 0.129 0.017 0.809 71 G 0.025 0.013 0.016 0.018 0.038 0.145 0.025 0.721 72 L 0.028 0.013 0.011 0.020 0.014 0.123 0.021 0.769 73 S 0.187 0.120 0.015 0.013 0.016 0.082 0.072 0.494 74 D 0.264 0.172 0.010 0.008 0.012 0.076 0.123 0.335 75 D 0.050 0.159 0.027 0.016 0.026 0.100 0.093 0.528 76 D 0.068 0.280 0.028 0.024 0.053 0.078 0.080 0.390 77 C 0.038 0.105 0.032 0.039 0.076 0.105 0.206 0.399 78 S 0.035 0.141 0.050 0.092 0.125 0.085 0.157 0.314 79 K 0.072 0.220 0.029 0.056 0.097 0.072 0.083 0.370 80 L 0.053 0.158 0.039 0.052 0.078 0.089 0.070 0.462 81 S 0.042 0.182 0.045 0.081 0.102 0.089 0.063 0.396 82 R 0.066 0.391 0.014 0.018 0.025 0.064 0.046 0.375 83 A 0.083 0.510 0.031 0.019 0.020 0.049 0.071 0.217 84 F 0.083 0.476 0.021 0.020 0.020 0.050 0.070 0.259 85 D 0.131 0.319 0.034 0.016 0.019 0.049 0.148 0.285 86 L 0.224 0.180 0.027 0.016 0.019 0.070 0.111 0.355 87 R 0.203 0.064 0.021 0.017 0.017 0.071 0.143 0.464 88 E 0.035 0.054 0.007 0.007 0.012 0.083 0.031 0.771 89 E 0.031 0.025 0.017 0.008 0.015 0.114 0.030 0.761 90 S 0.137 0.058 0.015 0.022 0.018 0.142 0.045 0.563 91 D 0.165 0.155 0.014 0.008 0.013 0.075 0.052 0.518 92 Y 0.073 0.172 0.021 0.012 0.026 0.108 0.031 0.557 93 G 0.049 0.161 0.051 0.054 0.107 0.077 0.093 0.406 94 I 0.067 0.124 0.034 0.065 0.088 0.081 0.073 0.468 95 Y 0.029 0.078 0.079 0.110 0.141 0.077 0.166 0.320 96 K 0.027 0.222 0.027 0.054 0.071 0.075 0.087 0.437 97 E 0.027 0.337 0.028 0.038 0.046 0.073 0.052 0.399 98 V 0.019 0.535 0.010 0.021 0.015 0.049 0.040 0.312 99 S 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 100 K 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 101 D 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 102 L 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 103 A 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 104 I 0.013 0.914 0.002 0.001 0.001 0.001 0.061 0.008 105 K 0.006 0.853 0.004 0.001 0.001 0.004 0.086 0.046 106 I 0.017 0.923 0.002 0.001 0.001 0.004 0.034 0.020 107 L 0.036 0.878 0.003 0.001 0.001 0.004 0.058 0.020 108 K 0.011 0.874 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.079 109 D 0.004 0.921 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.029 110 A 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 111 E 0.002 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 112 I 0.002 0.963 0.003 0.001 0.001 0.002 0.023 0.007 113 F 0.003 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 114 V 0.009 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 115 Q 0.004 0.811 0.006 0.001 0.001 0.006 0.130 0.040 116 K 0.005 0.940 0.003 0.001 0.001 0.004 0.030 0.018 117 A 0.027 0.928 0.002 0.001 0.001 0.003 0.026 0.012 118 K 0.046 0.595 0.020 0.005 0.004 0.020 0.202 0.108 119 N 0.042 0.542 0.010 0.004 0.004 0.031 0.098 0.269 120 A 0.133 0.148 0.073 0.016 0.013 0.079 0.258 0.280 121 V 0.137 0.039 0.046 0.022 0.019 0.115 0.155 0.466 122 N 0.189 0.010 0.008 0.004 0.006 0.052 0.041 0.689 123 K 0.030 0.004 0.006 0.004 0.006 0.084 0.017 0.850 124 N 0.022 0.005 0.012 0.010 0.019 0.136 0.027 0.768 125 R 0.032 0.006 0.012 0.018 0.030 0.124 0.031 0.748