# TARGET T0367 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.051 0.054 0.083 0.085 0.120 0.155 0.121 0.125 0.082 0.057 2 D 0.381 0.231 0.138 0.138 0.057 0.026 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 3 E 0.041 0.100 0.130 0.276 0.188 0.128 0.097 0.029 0.010 0.003 0.001 4 L 0.009 0.006 0.040 0.021 0.019 0.036 0.139 0.174 0.211 0.210 0.134 5 E 0.009 0.010 0.171 0.170 0.167 0.206 0.194 0.048 0.018 0.006 0.002 6 L 0.004 0.018 0.548 0.268 0.098 0.037 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 7 R 0.001 0.004 0.040 0.031 0.049 0.166 0.365 0.176 0.094 0.055 0.020 8 I 0.001 0.002 0.279 0.020 0.017 0.031 0.199 0.154 0.155 0.096 0.045 9 R 0.005 0.014 0.801 0.112 0.043 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 10 K 0.004 0.025 0.558 0.211 0.127 0.055 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 11 A 0.001 0.002 0.352 0.011 0.009 0.019 0.141 0.119 0.172 0.122 0.051 12 E 0.003 0.004 0.321 0.135 0.127 0.147 0.214 0.035 0.009 0.002 0.001 13 K 0.001 0.006 0.883 0.073 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.011 0.154 0.048 0.075 0.226 0.332 0.092 0.038 0.018 0.005 15 V 0.001 0.004 0.323 0.022 0.028 0.057 0.289 0.132 0.093 0.040 0.013 16 Q 0.018 0.025 0.882 0.055 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 D 0.009 0.030 0.651 0.200 0.085 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.002 0.003 0.169 0.008 0.011 0.024 0.139 0.127 0.230 0.181 0.105 19 K 0.002 0.004 0.193 0.131 0.180 0.198 0.217 0.052 0.017 0.004 0.001 20 K 0.002 0.011 0.885 0.068 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.035 0.064 0.292 0.118 0.129 0.163 0.139 0.036 0.014 0.007 0.003 22 F 0.010 0.011 0.057 0.021 0.029 0.053 0.224 0.177 0.190 0.146 0.082 23 E 0.093 0.186 0.398 0.136 0.080 0.043 0.041 0.013 0.006 0.003 0.002 24 M 0.088 0.109 0.341 0.223 0.123 0.059 0.035 0.011 0.007 0.003 0.001 25 G 0.473 0.195 0.114 0.077 0.055 0.034 0.029 0.010 0.007 0.004 0.003 26 L 0.023 0.062 0.062 0.134 0.147 0.187 0.213 0.079 0.054 0.026 0.015 27 Y 0.006 0.006 0.011 0.019 0.041 0.074 0.224 0.191 0.207 0.141 0.080 28 E 0.066 0.069 0.147 0.232 0.185 0.141 0.096 0.033 0.018 0.008 0.004 29 R 0.021 0.040 0.089 0.188 0.195 0.177 0.174 0.064 0.031 0.014 0.006 30 C 0.005 0.006 0.022 0.014 0.014 0.024 0.093 0.131 0.231 0.240 0.219 31 C 0.002 0.002 0.017 0.023 0.037 0.062 0.270 0.201 0.181 0.135 0.069 32 S 0.005 0.012 0.196 0.102 0.123 0.125 0.173 0.098 0.090 0.054 0.022 33 T 0.001 0.005 0.045 0.036 0.058 0.128 0.321 0.171 0.118 0.079 0.038 34 A 0.001 0.001 0.019 0.004 0.004 0.007 0.061 0.126 0.247 0.302 0.227 35 Y 0.002 0.003 0.068 0.019 0.022 0.043 0.202 0.159 0.190 0.179 0.114 36 Y 0.002 0.007 0.271 0.079 0.076 0.067 0.148 0.113 0.114 0.081 0.041 37 A 0.001 0.001 0.025 0.005 0.007 0.017 0.106 0.139 0.223 0.249 0.226 38 M 0.001 0.001 0.022 0.004 0.004 0.008 0.077 0.118 0.249 0.281 0.236 39 F 0.001 0.001 0.149 0.029 0.031 0.053 0.221 0.138 0.164 0.132 0.080 40 H 0.001 0.002 0.080 0.026 0.041 0.090 0.315 0.149 0.140 0.100 0.058 41 A 0.001 0.001 0.011 0.003 0.003 0.007 0.064 0.112 0.230 0.286 0.284 42 A 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.005 0.044 0.093 0.222 0.327 0.297 43 K 0.001 0.001 0.059 0.024 0.029 0.061 0.228 0.161 0.183 0.152 0.101 44 A 0.001 0.002 0.091 0.013 0.014 0.034 0.156 0.144 0.190 0.193 0.163 45 M 0.001 0.001 0.011 0.005 0.006 0.015 0.099 0.153 0.242 0.260 0.208 46 L 0.001 0.001 0.032 0.010 0.006 0.008 0.037 0.091 0.215 0.295 0.304 47 L 0.001 0.002 0.028 0.033 0.063 0.120 0.268 0.169 0.161 0.096 0.059 48 G 0.012 0.022 0.142 0.075 0.088 0.121 0.236 0.113 0.113 0.050 0.027 49 Y 0.023 0.032 0.031 0.077 0.094 0.158 0.281 0.142 0.092 0.053 0.019 50 G 0.474 0.178 0.063 0.099 0.057 0.038 0.038 0.020 0.016 0.010 0.007 51 R 0.079 0.104 0.059 0.115 0.119 0.124 0.155 0.101 0.068 0.046 0.030 52 D 0.329 0.292 0.062 0.130 0.081 0.043 0.032 0.014 0.009 0.005 0.004 53 S 0.305 0.121 0.038 0.098 0.085 0.085 0.091 0.058 0.053 0.037 0.028 54 K 0.286 0.111 0.041 0.116 0.110 0.092 0.098 0.057 0.040 0.029 0.020 55 T 0.109 0.190 0.086 0.183 0.142 0.097 0.084 0.044 0.034 0.019 0.014 56 H 0.012 0.016 0.010 0.038 0.058 0.104 0.191 0.172 0.166 0.140 0.094 57 R 0.143 0.120 0.099 0.199 0.158 0.106 0.086 0.037 0.025 0.016 0.010 58 G 0.034 0.032 0.034 0.070 0.066 0.078 0.153 0.135 0.165 0.135 0.099 59 T 0.009 0.019 0.021 0.058 0.058 0.078 0.162 0.155 0.185 0.148 0.107 60 I 0.010 0.011 0.021 0.049 0.056 0.096 0.194 0.163 0.179 0.136 0.083 61 Y 0.016 0.032 0.153 0.157 0.148 0.144 0.153 0.085 0.059 0.036 0.019 62 L 0.003 0.009 0.034 0.047 0.048 0.071 0.160 0.160 0.195 0.166 0.107 63 I 0.003 0.005 0.013 0.026 0.034 0.057 0.148 0.164 0.227 0.201 0.122 64 W 0.022 0.034 0.146 0.173 0.149 0.146 0.150 0.076 0.061 0.031 0.014 65 E 0.040 0.070 0.201 0.206 0.176 0.136 0.100 0.038 0.022 0.009 0.004 66 C 0.005 0.008 0.015 0.027 0.033 0.062 0.176 0.187 0.212 0.176 0.098 67 R 0.018 0.027 0.040 0.098 0.123 0.149 0.215 0.139 0.103 0.058 0.028 68 E 0.032 0.069 0.292 0.210 0.155 0.104 0.075 0.033 0.018 0.008 0.004 69 E 0.097 0.138 0.160 0.206 0.157 0.108 0.082 0.028 0.014 0.006 0.003 70 L 0.032 0.025 0.017 0.045 0.054 0.087 0.199 0.175 0.168 0.131 0.067 71 G 0.495 0.231 0.067 0.098 0.050 0.027 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 72 L 0.021 0.029 0.025 0.052 0.071 0.095 0.178 0.155 0.160 0.127 0.088 73 S 0.053 0.091 0.033 0.080 0.086 0.093 0.149 0.112 0.111 0.101 0.092 74 D 0.194 0.209 0.089 0.184 0.133 0.081 0.058 0.024 0.016 0.008 0.004 75 D 0.486 0.147 0.072 0.130 0.073 0.044 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 76 D 0.249 0.179 0.099 0.180 0.112 0.072 0.053 0.024 0.017 0.009 0.006 77 C 0.020 0.018 0.014 0.039 0.050 0.084 0.192 0.176 0.182 0.133 0.093 78 S 0.073 0.082 0.073 0.123 0.108 0.116 0.152 0.097 0.083 0.056 0.037 79 K 0.111 0.124 0.212 0.217 0.127 0.088 0.063 0.027 0.018 0.009 0.004 80 L 0.037 0.033 0.042 0.088 0.088 0.101 0.165 0.136 0.138 0.103 0.070 81 S 0.095 0.071 0.060 0.107 0.098 0.112 0.148 0.110 0.098 0.067 0.034 82 R 0.078 0.107 0.089 0.166 0.146 0.141 0.132 0.063 0.045 0.024 0.009 83 A 0.045 0.045 0.061 0.067 0.061 0.076 0.128 0.125 0.153 0.133 0.105 84 F 0.119 0.087 0.111 0.159 0.130 0.111 0.122 0.065 0.052 0.030 0.015 85 D 0.160 0.166 0.161 0.185 0.120 0.076 0.066 0.030 0.021 0.010 0.006 86 L 0.025 0.026 0.044 0.055 0.060 0.096 0.158 0.150 0.158 0.133 0.094 87 R 0.062 0.078 0.096 0.134 0.155 0.135 0.157 0.081 0.058 0.030 0.014 88 E 0.120 0.133 0.264 0.190 0.106 0.069 0.062 0.026 0.017 0.008 0.004 89 E 0.260 0.148 0.146 0.166 0.107 0.071 0.055 0.022 0.013 0.007 0.004 90 S 0.094 0.075 0.051 0.092 0.094 0.105 0.153 0.116 0.103 0.074 0.041 91 D 0.274 0.230 0.095 0.139 0.088 0.063 0.052 0.024 0.017 0.010 0.006 92 Y 0.036 0.048 0.043 0.093 0.113 0.136 0.204 0.124 0.106 0.064 0.033 93 G 0.348 0.160 0.082 0.125 0.079 0.058 0.061 0.034 0.027 0.016 0.010 94 I 0.069 0.073 0.054 0.145 0.143 0.136 0.172 0.088 0.065 0.035 0.019 95 Y 0.021 0.020 0.024 0.051 0.069 0.100 0.195 0.167 0.176 0.116 0.061 96 K 0.088 0.091 0.129 0.209 0.166 0.128 0.111 0.043 0.022 0.010 0.004 97 E 0.101 0.102 0.166 0.199 0.143 0.101 0.110 0.042 0.023 0.009 0.003 98 V 0.018 0.032 0.037 0.070 0.113 0.150 0.220 0.162 0.106 0.063 0.029 99 S 0.030 0.491 0.156 0.152 0.061 0.044 0.034 0.015 0.009 0.006 0.003 100 K 0.028 0.041 0.069 0.184 0.298 0.217 0.122 0.028 0.010 0.003 0.001 101 D 0.841 0.091 0.047 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.002 0.021 0.041 0.238 0.242 0.233 0.170 0.038 0.012 0.003 0.001 103 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.069 0.152 0.258 0.283 0.225 104 I 0.001 0.003 0.094 0.189 0.268 0.295 0.121 0.020 0.006 0.002 0.001 105 K 0.005 0.023 0.743 0.171 0.044 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 0.231 0.223 0.215 0.181 0.113 107 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.020 0.217 0.259 0.250 0.156 0.086 108 K 0.007 0.020 0.784 0.138 0.040 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.001 0.021 0.175 0.180 0.239 0.253 0.116 0.012 0.002 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.044 0.115 0.285 0.308 0.242 111 E 0.011 0.011 0.070 0.182 0.228 0.277 0.182 0.029 0.008 0.002 0.001 112 I 0.003 0.014 0.733 0.155 0.067 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.035 0.229 0.211 0.208 0.190 0.114 114 V 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.020 0.228 0.243 0.230 0.163 0.101 115 Q 0.006 0.017 0.811 0.121 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 116 K 0.001 0.009 0.103 0.138 0.240 0.298 0.179 0.025 0.005 0.002 0.001 117 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.028 0.084 0.279 0.332 0.268 118 K 0.001 0.001 0.019 0.069 0.181 0.316 0.311 0.068 0.023 0.008 0.002 119 N 0.004 0.016 0.885 0.070 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.001 0.002 0.014 0.016 0.047 0.178 0.458 0.169 0.074 0.033 0.009 121 V 0.001 0.002 0.013 0.006 0.006 0.011 0.087 0.158 0.246 0.277 0.193 122 N 0.012 0.073 0.432 0.217 0.160 0.061 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 123 K 0.147 0.112 0.500 0.144 0.056 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 124 N 0.328 0.164 0.088 0.100 0.083 0.069 0.084 0.038 0.025 0.014 0.006 125 R 0.183 0.112 0.050 0.087 0.083 0.104 0.141 0.089 0.073 0.047 0.030