# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.039 0.036 0.016 0.044 0.103 0.005 0.702 2 D 0.026 0.088 0.018 0.017 0.026 0.174 0.005 0.647 3 E 0.037 0.126 0.006 0.005 0.011 0.185 0.005 0.626 4 L 0.043 0.689 0.004 0.004 0.007 0.075 0.003 0.177 5 E 0.008 0.933 0.002 0.001 0.002 0.020 0.001 0.033 6 L 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 7 R 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 8 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 9 R 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 11 A 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 E 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 K 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 15 V 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 16 Q 0.009 0.922 0.004 0.001 0.001 0.008 0.005 0.050 17 D 0.016 0.909 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.062 18 A 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.037 19 K 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.027 20 K 0.017 0.927 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.041 21 E 0.031 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 22 F 0.061 0.873 0.005 0.001 0.002 0.003 0.019 0.035 23 E 0.062 0.790 0.036 0.006 0.006 0.022 0.021 0.056 24 M 0.055 0.713 0.024 0.008 0.007 0.015 0.021 0.157 25 G 0.218 0.381 0.035 0.011 0.008 0.025 0.040 0.281 26 L 0.069 0.299 0.091 0.011 0.011 0.076 0.013 0.429 27 Y 0.030 0.396 0.051 0.021 0.036 0.083 0.009 0.375 28 E 0.035 0.429 0.019 0.014 0.028 0.100 0.006 0.370 29 R 0.022 0.649 0.006 0.007 0.009 0.057 0.003 0.248 30 C 0.013 0.901 0.003 0.003 0.003 0.014 0.002 0.062 31 C 0.005 0.959 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.026 32 S 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 33 T 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 34 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 35 Y 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 36 Y 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 37 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 38 M 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 39 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 40 H 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 41 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 A 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 43 K 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 44 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 M 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 46 L 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 47 L 0.024 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 48 G 0.242 0.632 0.007 0.004 0.002 0.002 0.079 0.033 49 Y 0.205 0.474 0.092 0.013 0.006 0.008 0.098 0.103 50 G 0.219 0.145 0.082 0.027 0.022 0.036 0.084 0.385 51 R 0.095 0.038 0.280 0.033 0.037 0.065 0.016 0.434 52 D 0.014 0.019 0.043 0.023 0.030 0.108 0.005 0.756 53 S 0.021 0.013 0.034 0.010 0.020 0.062 0.004 0.836 54 K 0.044 0.021 0.029 0.011 0.017 0.352 0.008 0.517 55 T 0.087 0.030 0.018 0.010 0.014 0.478 0.017 0.346 56 H 0.175 0.161 0.036 0.028 0.029 0.144 0.018 0.408 57 R 0.075 0.109 0.045 0.026 0.044 0.219 0.011 0.472 58 G 0.106 0.112 0.043 0.054 0.072 0.146 0.019 0.447 59 T 0.152 0.188 0.081 0.084 0.163 0.098 0.012 0.222 60 I 0.031 0.232 0.054 0.101 0.200 0.060 0.007 0.316 61 Y 0.035 0.336 0.049 0.100 0.191 0.063 0.007 0.218 62 L 0.062 0.369 0.024 0.087 0.126 0.100 0.017 0.215 63 I 0.088 0.487 0.024 0.046 0.092 0.037 0.014 0.211 64 W 0.049 0.410 0.020 0.035 0.059 0.071 0.022 0.334 65 E 0.102 0.413 0.012 0.020 0.022 0.075 0.028 0.328 66 C 0.140 0.523 0.018 0.023 0.031 0.047 0.022 0.195 67 R 0.064 0.616 0.024 0.043 0.060 0.033 0.014 0.146 68 E 0.026 0.580 0.047 0.048 0.069 0.030 0.014 0.187 69 E 0.031 0.626 0.032 0.052 0.060 0.028 0.014 0.157 70 L 0.055 0.478 0.040 0.057 0.065 0.024 0.023 0.257 71 G 0.222 0.206 0.039 0.083 0.060 0.039 0.067 0.285 72 L 0.222 0.051 0.156 0.053 0.065 0.067 0.021 0.364 73 S 0.068 0.045 0.035 0.071 0.108 0.136 0.012 0.526 74 D 0.035 0.026 0.024 0.025 0.064 0.046 0.007 0.773 75 D 0.010 0.011 0.008 0.007 0.014 0.064 0.003 0.884 76 D 0.057 0.022 0.009 0.008 0.013 0.549 0.011 0.331 77 C 0.347 0.168 0.021 0.017 0.027 0.142 0.017 0.260 78 S 0.075 0.418 0.055 0.049 0.056 0.090 0.010 0.248 79 K 0.034 0.221 0.041 0.030 0.052 0.064 0.010 0.546 80 L 0.085 0.356 0.072 0.032 0.075 0.068 0.015 0.298 81 S 0.085 0.425 0.039 0.048 0.055 0.102 0.022 0.224 82 R 0.081 0.206 0.031 0.017 0.030 0.067 0.017 0.550 83 A 0.057 0.213 0.042 0.018 0.042 0.064 0.008 0.557 84 F 0.047 0.215 0.027 0.017 0.028 0.173 0.013 0.480 85 D 0.095 0.347 0.012 0.010 0.018 0.150 0.015 0.352 86 L 0.115 0.651 0.012 0.008 0.021 0.028 0.007 0.158 87 R 0.071 0.629 0.009 0.010 0.018 0.086 0.014 0.163 88 E 0.190 0.507 0.011 0.008 0.012 0.065 0.036 0.170 89 E 0.208 0.582 0.009 0.007 0.007 0.014 0.032 0.140 90 S 0.326 0.276 0.026 0.015 0.017 0.042 0.058 0.239 91 D 0.030 0.049 0.020 0.008 0.009 0.039 0.014 0.830 92 Y 0.068 0.062 0.034 0.020 0.042 0.071 0.014 0.688 93 G 0.101 0.065 0.032 0.025 0.033 0.231 0.018 0.495 94 I 0.120 0.056 0.033 0.017 0.027 0.139 0.010 0.596 95 Y 0.110 0.209 0.062 0.108 0.122 0.083 0.006 0.298 96 K 0.071 0.100 0.042 0.089 0.147 0.094 0.009 0.447 97 E 0.045 0.121 0.034 0.129 0.147 0.055 0.009 0.460 98 V 0.070 0.132 0.029 0.086 0.137 0.083 0.007 0.457 99 S 0.042 0.150 0.016 0.052 0.097 0.135 0.009 0.498 100 K 0.020 0.062 0.008 0.005 0.034 0.026 0.004 0.840 101 D 0.013 0.078 0.002 0.002 0.005 0.120 0.003 0.778 102 L 0.035 0.262 0.001 0.001 0.002 0.278 0.005 0.417 103 A 0.019 0.891 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.081 104 I 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 105 K 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 106 I 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 107 L 0.018 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 108 K 0.010 0.907 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.068 109 D 0.017 0.900 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.073 110 A 0.013 0.908 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.068 111 E 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 112 I 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 113 F 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.028 114 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 115 Q 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 116 K 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 117 A 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 118 K 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 119 N 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 120 A 0.012 0.960 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.016 121 V 0.013 0.965 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.011 122 N 0.034 0.877 0.013 0.007 0.007 0.009 0.018 0.035 123 K 0.210 0.556 0.018 0.011 0.009 0.013 0.055 0.130 124 N 0.282 0.264 0.035 0.011 0.010 0.043 0.080 0.275 125 R 0.184 0.117 0.061 0.019 0.019 0.079 0.046 0.474