# TARGET T0367 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.114 0.054 0.018 0.069 0.019 0.019 0.395 0.158 0.077 0.032 2 D 0.019 0.071 0.038 0.012 0.040 0.007 0.012 0.682 0.088 0.017 0.014 3 E 0.004 0.013 0.005 0.001 0.006 0.001 0.004 0.822 0.123 0.020 0.002 4 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.908 0.075 0.007 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.937 0.051 0.002 0.001 6 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.941 0.040 0.004 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.905 0.066 0.018 0.001 8 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.927 0.056 0.004 0.001 9 R 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.010 0.921 0.047 0.007 0.002 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.887 0.068 0.032 0.002 11 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.900 0.080 0.007 0.001 12 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.904 0.070 0.005 0.001 13 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.904 0.055 0.011 0.001 14 L 0.004 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.865 0.080 0.029 0.004 15 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.870 0.106 0.011 0.001 16 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.920 0.060 0.002 0.001 17 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.858 0.093 0.039 0.001 18 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.858 0.119 0.011 0.001 19 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.875 0.101 0.006 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.023 0.867 0.087 0.013 0.001 21 E 0.009 0.006 0.002 0.002 0.016 0.003 0.031 0.830 0.073 0.025 0.004 22 F 0.017 0.013 0.004 0.001 0.015 0.003 0.020 0.692 0.182 0.039 0.013 23 E 0.004 0.009 0.007 0.010 0.007 0.041 0.140 0.618 0.119 0.042 0.003 24 M 0.011 0.365 0.150 0.087 0.049 0.036 0.076 0.146 0.031 0.042 0.006 25 G 0.013 0.026 0.040 0.053 0.014 0.031 0.028 0.127 0.054 0.532 0.082 26 L 0.050 0.083 0.020 0.006 0.067 0.010 0.037 0.483 0.160 0.057 0.028 27 Y 0.034 0.046 0.022 0.014 0.050 0.012 0.010 0.598 0.115 0.069 0.030 28 E 0.006 0.009 0.004 0.003 0.010 0.006 0.023 0.833 0.094 0.008 0.002 29 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.851 0.126 0.007 0.002 30 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.918 0.068 0.002 0.001 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.919 0.069 0.003 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.929 0.057 0.002 0.001 33 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.933 0.058 0.003 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.062 0.001 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.942 0.051 0.001 0.001 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.038 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.047 0.002 0.001 38 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.059 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.944 0.047 0.002 0.001 40 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.936 0.047 0.005 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.943 0.049 0.003 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.077 0.003 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.924 0.062 0.003 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.936 0.045 0.006 0.001 45 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.911 0.080 0.002 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.907 0.064 0.009 0.001 47 L 0.003 0.006 0.003 0.001 0.006 0.003 0.046 0.746 0.143 0.042 0.002 48 G 0.025 0.055 0.014 0.008 0.033 0.009 0.099 0.634 0.073 0.043 0.008 49 Y 0.003 0.646 0.217 0.018 0.041 0.010 0.019 0.022 0.011 0.011 0.002 50 G 0.051 0.010 0.009 0.017 0.014 0.004 0.004 0.014 0.018 0.540 0.319 51 R 0.077 0.400 0.179 0.016 0.184 0.010 0.020 0.034 0.031 0.024 0.024 52 D 0.061 0.397 0.154 0.031 0.215 0.013 0.018 0.039 0.021 0.021 0.030 53 S 0.106 0.240 0.089 0.016 0.194 0.026 0.051 0.113 0.094 0.038 0.033 54 K 0.050 0.055 0.052 0.039 0.090 0.052 0.097 0.211 0.189 0.135 0.032 55 T 0.070 0.092 0.063 0.043 0.091 0.038 0.067 0.190 0.115 0.181 0.051 56 H 0.096 0.102 0.049 0.020 0.152 0.018 0.025 0.125 0.093 0.256 0.063 57 R 0.076 0.089 0.057 0.035 0.104 0.027 0.049 0.273 0.127 0.100 0.062 58 G 0.079 0.107 0.077 0.049 0.138 0.018 0.015 0.297 0.098 0.082 0.040 59 T 0.072 0.087 0.016 0.006 0.160 0.007 0.025 0.485 0.103 0.023 0.015 60 I 0.132 0.032 0.008 0.008 0.157 0.013 0.023 0.449 0.122 0.031 0.028 61 Y 0.051 0.080 0.025 0.024 0.104 0.020 0.058 0.474 0.102 0.038 0.023 62 L 0.087 0.053 0.020 0.010 0.094 0.015 0.057 0.425 0.094 0.106 0.040 63 I 0.040 0.121 0.044 0.030 0.063 0.044 0.049 0.336 0.160 0.087 0.026 64 W 0.058 0.105 0.076 0.049 0.101 0.023 0.038 0.299 0.114 0.095 0.042 65 E 0.050 0.038 0.014 0.010 0.061 0.015 0.037 0.438 0.213 0.096 0.028 66 C 0.034 0.087 0.023 0.007 0.092 0.009 0.029 0.501 0.161 0.045 0.012 67 R 0.079 0.027 0.006 0.005 0.095 0.007 0.024 0.473 0.130 0.120 0.035 68 E 0.047 0.080 0.029 0.015 0.076 0.027 0.092 0.477 0.106 0.035 0.016 69 E 0.098 0.087 0.058 0.037 0.132 0.024 0.051 0.293 0.074 0.102 0.044 70 L 0.018 0.401 0.133 0.050 0.094 0.041 0.051 0.117 0.061 0.027 0.008 71 G 0.059 0.044 0.040 0.035 0.046 0.013 0.014 0.071 0.065 0.442 0.172 72 L 0.141 0.202 0.087 0.014 0.199 0.011 0.023 0.107 0.063 0.093 0.061 73 S 0.056 0.348 0.161 0.030 0.164 0.014 0.015 0.094 0.047 0.044 0.026 74 D 0.071 0.173 0.060 0.019 0.161 0.014 0.033 0.228 0.161 0.053 0.027 75 D 0.034 0.047 0.018 0.011 0.067 0.014 0.032 0.382 0.300 0.080 0.016 76 D 0.043 0.039 0.013 0.006 0.079 0.012 0.077 0.422 0.168 0.116 0.025 77 C 0.162 0.055 0.014 0.008 0.166 0.014 0.037 0.167 0.106 0.193 0.077 78 S 0.071 0.243 0.072 0.027 0.249 0.015 0.021 0.154 0.081 0.043 0.023 79 K 0.102 0.067 0.019 0.007 0.166 0.010 0.033 0.292 0.170 0.083 0.050 80 L 0.117 0.096 0.027 0.007 0.223 0.008 0.036 0.251 0.111 0.088 0.037 81 S 0.077 0.128 0.045 0.020 0.145 0.029 0.072 0.265 0.103 0.083 0.033 82 R 0.118 0.278 0.135 0.017 0.231 0.005 0.008 0.081 0.032 0.047 0.047 83 A 0.047 0.076 0.021 0.009 0.099 0.009 0.017 0.412 0.233 0.057 0.021 84 F 0.019 0.037 0.021 0.010 0.037 0.016 0.046 0.556 0.208 0.042 0.010 85 D 0.037 0.043 0.016 0.009 0.053 0.012 0.048 0.491 0.159 0.111 0.024 86 L 0.049 0.069 0.026 0.014 0.076 0.015 0.043 0.393 0.159 0.124 0.033 87 R 0.061 0.118 0.044 0.023 0.102 0.019 0.032 0.310 0.162 0.098 0.032 88 E 0.026 0.094 0.036 0.020 0.072 0.029 0.086 0.395 0.159 0.066 0.017 89 E 0.076 0.049 0.030 0.021 0.058 0.013 0.033 0.107 0.102 0.422 0.089 90 S 0.036 0.357 0.267 0.045 0.137 0.016 0.020 0.065 0.026 0.019 0.013 91 D 0.135 0.177 0.047 0.012 0.204 0.013 0.029 0.166 0.078 0.074 0.063 92 Y 0.058 0.124 0.055 0.026 0.122 0.021 0.027 0.227 0.194 0.113 0.033 93 G 0.040 0.057 0.030 0.016 0.072 0.021 0.048 0.430 0.182 0.081 0.024 94 I 0.047 0.051 0.013 0.012 0.060 0.025 0.080 0.378 0.176 0.127 0.032 95 Y 0.083 0.082 0.021 0.017 0.147 0.014 0.020 0.180 0.124 0.253 0.058 96 K 0.133 0.122 0.040 0.012 0.197 0.013 0.022 0.176 0.114 0.119 0.053 97 E 0.131 0.257 0.071 0.008 0.248 0.005 0.013 0.125 0.042 0.051 0.050 98 V 0.032 0.219 0.048 0.014 0.087 0.025 0.058 0.378 0.081 0.041 0.018 99 S 0.057 0.376 0.250 0.008 0.090 0.001 0.002 0.135 0.026 0.036 0.019 100 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.864 0.119 0.006 0.001 101 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.936 0.050 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.895 0.075 0.024 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.066 0.009 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.920 0.074 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.937 0.052 0.002 0.001 106 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.855 0.107 0.029 0.001 107 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.881 0.103 0.007 0.001 108 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.925 0.062 0.001 0.001 109 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.911 0.060 0.021 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.098 0.005 0.001 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.055 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.038 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.053 0.004 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.050 0.001 0.001 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.031 0.001 0.001 116 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.022 0.002 0.001 117 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.064 0.001 0.001 118 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.062 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.946 0.042 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.891 0.062 0.009 0.001 121 V 0.007 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.019 0.699 0.198 0.047 0.008 122 N 0.003 0.021 0.008 0.008 0.007 0.022 0.091 0.638 0.159 0.041 0.002 123 K 0.013 0.153 0.078 0.022 0.052 0.028 0.133 0.268 0.086 0.150 0.017 124 N 0.092 0.089 0.051 0.021 0.091 0.028 0.052 0.133 0.096 0.236 0.111 125 R 0.092 0.135 0.055 0.024 0.145 0.023 0.051 0.168 0.114 0.121 0.072