# TARGET T0367 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.587 0.236 0.112 0.051 0.012 0.002 0.001 2 D 0.777 0.170 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001 3 E 0.520 0.277 0.122 0.060 0.018 0.003 0.001 4 L 0.270 0.199 0.172 0.179 0.129 0.049 0.003 5 E 0.348 0.306 0.203 0.111 0.027 0.005 0.001 6 L 0.392 0.379 0.151 0.055 0.019 0.004 0.001 7 R 0.167 0.164 0.202 0.256 0.172 0.037 0.001 8 I 0.173 0.178 0.168 0.235 0.179 0.065 0.002 9 R 0.317 0.406 0.196 0.068 0.013 0.001 0.001 10 K 0.237 0.410 0.243 0.093 0.016 0.001 0.001 11 A 0.084 0.105 0.154 0.302 0.274 0.079 0.002 12 E 0.207 0.310 0.242 0.172 0.058 0.010 0.001 13 K 0.371 0.451 0.134 0.036 0.008 0.001 0.001 14 L 0.060 0.199 0.327 0.298 0.103 0.013 0.001 15 V 0.018 0.073 0.174 0.308 0.321 0.101 0.004 16 Q 0.300 0.447 0.181 0.056 0.013 0.002 0.001 17 D 0.165 0.405 0.289 0.113 0.025 0.004 0.001 18 A 0.013 0.030 0.081 0.286 0.450 0.136 0.004 19 K 0.095 0.305 0.324 0.204 0.061 0.010 0.001 20 K 0.472 0.381 0.103 0.034 0.007 0.001 0.001 21 E 0.126 0.227 0.252 0.242 0.124 0.028 0.002 22 F 0.067 0.087 0.184 0.346 0.240 0.070 0.005 23 E 0.555 0.317 0.090 0.028 0.008 0.002 0.001 24 M 0.266 0.352 0.233 0.110 0.033 0.006 0.001 25 G 0.208 0.313 0.216 0.165 0.076 0.020 0.002 26 L 0.037 0.131 0.208 0.265 0.241 0.104 0.014 27 Y 0.013 0.020 0.043 0.144 0.334 0.381 0.067 28 E 0.015 0.064 0.129 0.248 0.320 0.192 0.033 29 R 0.016 0.046 0.097 0.213 0.287 0.266 0.075 30 C 0.003 0.008 0.015 0.054 0.182 0.471 0.268 31 C 0.001 0.005 0.012 0.044 0.139 0.416 0.382 32 S 0.004 0.020 0.049 0.150 0.278 0.365 0.134 33 T 0.001 0.005 0.026 0.120 0.314 0.405 0.128 34 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.283 0.686 35 Y 0.001 0.002 0.008 0.052 0.213 0.466 0.258 36 Y 0.001 0.005 0.025 0.113 0.285 0.435 0.137 37 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.056 0.330 0.605 38 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.187 0.800 39 F 0.001 0.001 0.001 0.009 0.071 0.398 0.521 40 H 0.001 0.001 0.002 0.017 0.110 0.392 0.479 41 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.110 0.879 42 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.182 0.794 43 K 0.001 0.005 0.010 0.046 0.115 0.379 0.445 44 A 0.001 0.006 0.013 0.057 0.186 0.446 0.291 45 M 0.001 0.003 0.015 0.053 0.173 0.531 0.224 46 L 0.003 0.015 0.039 0.124 0.359 0.398 0.061 47 L 0.012 0.058 0.128 0.269 0.319 0.193 0.021 48 G 0.050 0.178 0.247 0.277 0.179 0.065 0.005 49 Y 0.117 0.256 0.289 0.233 0.083 0.020 0.001 50 G 0.397 0.339 0.166 0.069 0.024 0.005 0.001 51 R 0.216 0.213 0.229 0.228 0.099 0.014 0.001 52 D 0.522 0.288 0.121 0.052 0.015 0.002 0.001 53 S 0.346 0.285 0.194 0.116 0.047 0.010 0.001 54 K 0.325 0.288 0.183 0.127 0.056 0.018 0.003 55 T 0.105 0.144 0.174 0.225 0.206 0.122 0.023 56 H 0.056 0.077 0.126 0.205 0.267 0.222 0.047 57 R 0.091 0.135 0.164 0.211 0.189 0.163 0.046 58 G 0.059 0.056 0.073 0.140 0.226 0.313 0.133 59 T 0.058 0.058 0.075 0.138 0.224 0.325 0.121 60 I 0.083 0.109 0.130 0.196 0.222 0.202 0.058 61 Y 0.116 0.176 0.189 0.200 0.170 0.119 0.029 62 L 0.104 0.126 0.149 0.209 0.225 0.161 0.026 63 I 0.110 0.137 0.166 0.231 0.211 0.125 0.020 64 W 0.292 0.300 0.190 0.124 0.065 0.027 0.003 65 E 0.340 0.313 0.172 0.105 0.051 0.017 0.002 66 C 0.206 0.212 0.202 0.207 0.119 0.049 0.005 67 R 0.120 0.124 0.169 0.233 0.224 0.119 0.010 68 E 0.266 0.268 0.206 0.155 0.077 0.026 0.003 69 E 0.322 0.264 0.176 0.133 0.073 0.029 0.004 70 L 0.181 0.167 0.200 0.221 0.155 0.069 0.007 71 G 0.403 0.287 0.147 0.092 0.048 0.021 0.002 72 L 0.182 0.271 0.238 0.187 0.088 0.029 0.004 73 S 0.089 0.086 0.141 0.255 0.279 0.136 0.012 74 D 0.292 0.314 0.198 0.117 0.054 0.021 0.003 75 D 0.325 0.255 0.174 0.142 0.074 0.026 0.004 76 D 0.214 0.239 0.201 0.181 0.113 0.046 0.006 77 C 0.106 0.114 0.159 0.225 0.232 0.147 0.017 78 S 0.137 0.162 0.159 0.196 0.189 0.133 0.025 79 K 0.182 0.214 0.200 0.187 0.129 0.076 0.011 80 L 0.109 0.115 0.145 0.223 0.236 0.149 0.023 81 S 0.149 0.182 0.177 0.184 0.170 0.119 0.019 82 R 0.129 0.188 0.211 0.228 0.156 0.077 0.011 83 A 0.090 0.098 0.134 0.218 0.257 0.180 0.023 84 F 0.250 0.270 0.197 0.154 0.087 0.039 0.004 85 D 0.285 0.306 0.198 0.125 0.060 0.023 0.003 86 L 0.164 0.170 0.182 0.223 0.178 0.075 0.007 87 R 0.281 0.252 0.208 0.156 0.075 0.025 0.002 88 E 0.543 0.258 0.111 0.059 0.022 0.007 0.001 89 E 0.467 0.287 0.143 0.069 0.026 0.007 0.001 90 S 0.249 0.202 0.204 0.207 0.110 0.027 0.002 91 D 0.452 0.308 0.139 0.068 0.025 0.007 0.001 92 Y 0.227 0.193 0.201 0.216 0.125 0.035 0.003 93 G 0.399 0.300 0.161 0.093 0.037 0.010 0.001 94 I 0.205 0.231 0.200 0.187 0.128 0.046 0.003 95 Y 0.125 0.141 0.184 0.256 0.207 0.080 0.006 96 K 0.172 0.239 0.219 0.210 0.118 0.040 0.003 97 E 0.314 0.305 0.183 0.122 0.054 0.019 0.002 98 V 0.186 0.255 0.219 0.190 0.113 0.033 0.003 99 S 0.162 0.358 0.254 0.162 0.054 0.010 0.001 100 K 0.054 0.220 0.332 0.270 0.106 0.017 0.001 101 D 0.513 0.393 0.079 0.013 0.002 0.001 0.001 102 L 0.044 0.257 0.366 0.248 0.073 0.010 0.001 103 A 0.004 0.014 0.046 0.190 0.482 0.255 0.009 104 I 0.012 0.174 0.384 0.316 0.100 0.013 0.001 105 K 0.077 0.466 0.311 0.121 0.021 0.003 0.001 106 I 0.003 0.014 0.048 0.184 0.447 0.294 0.011 107 L 0.001 0.006 0.034 0.189 0.477 0.281 0.012 108 K 0.028 0.389 0.406 0.150 0.024 0.002 0.001 109 D 0.008 0.075 0.288 0.435 0.169 0.025 0.001 110 A 0.001 0.002 0.004 0.028 0.234 0.665 0.067 111 E 0.004 0.068 0.270 0.408 0.214 0.035 0.001 112 I 0.018 0.228 0.388 0.290 0.066 0.009 0.001 113 F 0.001 0.006 0.017 0.107 0.429 0.419 0.021 114 V 0.001 0.005 0.026 0.151 0.478 0.326 0.014 115 Q 0.018 0.317 0.440 0.186 0.035 0.005 0.001 116 K 0.005 0.056 0.271 0.479 0.172 0.017 0.001 117 A 0.001 0.003 0.005 0.037 0.311 0.602 0.041 118 K 0.010 0.100 0.312 0.406 0.154 0.018 0.001 119 N 0.176 0.563 0.201 0.050 0.008 0.001 0.001 120 A 0.020 0.094 0.298 0.412 0.157 0.018 0.001 121 V 0.048 0.086 0.158 0.373 0.299 0.036 0.001 122 N 0.489 0.407 0.088 0.014 0.002 0.001 0.001 123 K 0.722 0.222 0.044 0.011 0.001 0.001 0.001 124 N 0.636 0.244 0.088 0.027 0.005 0.001 0.001 125 R 0.676 0.228 0.071 0.020 0.004 0.001 0.001