# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.482 0.008 0.011 0.012 0.052 0.041 0.344 2 D 0.014 0.876 0.003 0.005 0.007 0.013 0.018 0.064 3 E 0.010 0.902 0.003 0.003 0.005 0.007 0.033 0.037 4 L 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.006 5 E 0.005 0.943 0.002 0.001 0.001 0.002 0.038 0.008 6 L 0.004 0.955 0.003 0.002 0.002 0.002 0.024 0.009 7 R 0.007 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 8 I 0.013 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.008 9 R 0.004 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.017 10 K 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.016 11 A 0.035 0.901 0.002 0.001 0.001 0.002 0.051 0.009 12 E 0.049 0.809 0.004 0.001 0.001 0.005 0.088 0.044 13 K 0.015 0.759 0.005 0.001 0.001 0.011 0.071 0.139 14 L 0.011 0.924 0.002 0.001 0.001 0.005 0.027 0.030 15 V 0.025 0.902 0.005 0.001 0.001 0.005 0.038 0.025 16 Q 0.018 0.877 0.004 0.001 0.001 0.008 0.028 0.066 17 D 0.042 0.870 0.007 0.001 0.001 0.006 0.046 0.030 18 A 0.020 0.922 0.004 0.001 0.001 0.006 0.023 0.024 19 K 0.039 0.812 0.011 0.001 0.001 0.011 0.031 0.096 20 K 0.043 0.640 0.020 0.002 0.001 0.027 0.101 0.166 21 E 0.095 0.340 0.060 0.005 0.005 0.052 0.268 0.176 22 F 0.337 0.243 0.019 0.003 0.003 0.048 0.101 0.247 23 E 0.068 0.244 0.009 0.002 0.003 0.050 0.041 0.582 24 M 0.014 0.266 0.013 0.002 0.004 0.070 0.020 0.610 25 G 0.019 0.538 0.029 0.011 0.011 0.088 0.068 0.237 26 L 0.021 0.835 0.008 0.005 0.004 0.017 0.039 0.072 27 Y 0.017 0.909 0.003 0.001 0.002 0.005 0.037 0.026 28 E 0.011 0.401 0.007 0.003 0.005 0.014 0.513 0.045 29 R 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.002 0.965 0.004 30 C 0.003 0.862 0.003 0.002 0.002 0.006 0.109 0.013 31 C 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.009 32 S 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.008 33 T 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 34 A 0.001 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 35 Y 0.001 0.442 0.001 0.001 0.001 0.001 0.555 0.001 36 Y 0.001 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.001 37 A 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 38 M 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 39 F 0.002 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.005 40 H 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 41 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 42 A 0.007 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.038 0.003 43 K 0.007 0.889 0.012 0.001 0.001 0.004 0.077 0.012 44 A 0.013 0.698 0.142 0.001 0.001 0.010 0.093 0.043 45 M 0.078 0.436 0.278 0.007 0.005 0.037 0.082 0.077 46 L 0.117 0.030 0.444 0.008 0.007 0.054 0.153 0.188 47 L 0.203 0.016 0.062 0.006 0.006 0.082 0.035 0.589 48 G 0.131 0.003 0.013 0.003 0.004 0.058 0.016 0.773 49 Y 0.009 0.002 0.007 0.004 0.008 0.159 0.009 0.803 50 G 0.015 0.003 0.012 0.008 0.022 0.135 0.021 0.785 51 R 0.027 0.003 0.013 0.019 0.012 0.107 0.041 0.778 52 D 0.124 0.031 0.025 0.028 0.022 0.099 0.158 0.513 53 S 0.190 0.044 0.020 0.010 0.016 0.099 0.064 0.557 54 K 0.044 0.021 0.024 0.015 0.024 0.123 0.036 0.713 55 T 0.049 0.062 0.021 0.010 0.019 0.089 0.111 0.639 56 H 0.060 0.375 0.016 0.017 0.028 0.091 0.122 0.290 57 R 0.031 0.372 0.034 0.029 0.055 0.079 0.067 0.334 58 G 0.019 0.537 0.032 0.047 0.079 0.042 0.082 0.162 59 T 0.021 0.762 0.020 0.018 0.036 0.020 0.062 0.060 60 I 0.023 0.715 0.032 0.039 0.039 0.015 0.080 0.057 61 Y 0.014 0.691 0.046 0.045 0.051 0.020 0.055 0.079 62 L 0.044 0.638 0.048 0.023 0.036 0.027 0.099 0.085 63 I 0.065 0.654 0.039 0.025 0.028 0.020 0.104 0.066 64 W 0.069 0.658 0.013 0.011 0.016 0.022 0.042 0.168 65 E 0.033 0.481 0.032 0.017 0.018 0.042 0.058 0.319 66 C 0.100 0.458 0.028 0.017 0.017 0.054 0.060 0.265 67 R 0.280 0.099 0.065 0.021 0.018 0.055 0.200 0.261 68 E 0.278 0.040 0.012 0.008 0.008 0.064 0.026 0.564 69 E 0.203 0.011 0.011 0.004 0.007 0.055 0.043 0.666 70 L 0.012 0.007 0.006 0.004 0.005 0.117 0.016 0.833 71 G 0.016 0.017 0.010 0.006 0.011 0.129 0.014 0.797 72 L 0.027 0.039 0.008 0.007 0.004 0.100 0.018 0.798 73 S 0.286 0.404 0.007 0.003 0.003 0.039 0.089 0.169 74 D 0.238 0.304 0.007 0.003 0.003 0.040 0.218 0.186 75 D 0.042 0.407 0.015 0.006 0.008 0.065 0.125 0.333 76 D 0.067 0.682 0.007 0.003 0.006 0.027 0.059 0.150 77 C 0.051 0.387 0.017 0.007 0.013 0.065 0.232 0.227 78 S 0.025 0.439 0.029 0.019 0.023 0.062 0.181 0.223 79 K 0.040 0.670 0.013 0.004 0.007 0.039 0.061 0.165 80 L 0.071 0.680 0.022 0.007 0.008 0.031 0.080 0.101 81 S 0.081 0.585 0.030 0.008 0.011 0.036 0.081 0.167 82 R 0.050 0.576 0.022 0.005 0.007 0.038 0.077 0.225 83 A 0.086 0.454 0.073 0.010 0.013 0.054 0.102 0.209 84 F 0.131 0.344 0.039 0.020 0.021 0.068 0.076 0.302 85 D 0.058 0.169 0.029 0.008 0.013 0.071 0.052 0.599 86 L 0.044 0.126 0.056 0.016 0.022 0.118 0.149 0.470 87 R 0.055 0.096 0.056 0.033 0.027 0.116 0.144 0.474 88 E 0.197 0.109 0.019 0.012 0.016 0.082 0.062 0.503 89 E 0.181 0.054 0.028 0.012 0.013 0.092 0.076 0.544 90 S 0.146 0.041 0.014 0.009 0.013 0.110 0.041 0.626 91 D 0.071 0.028 0.016 0.008 0.013 0.091 0.044 0.729 92 Y 0.045 0.029 0.017 0.014 0.023 0.138 0.025 0.708 93 G 0.091 0.026 0.038 0.032 0.057 0.098 0.077 0.581 94 I 0.080 0.023 0.022 0.043 0.050 0.107 0.036 0.640 95 Y 0.033 0.013 0.041 0.034 0.063 0.093 0.073 0.649 96 K 0.032 0.043 0.023 0.037 0.046 0.119 0.049 0.651 97 E 0.027 0.091 0.026 0.028 0.037 0.113 0.031 0.646 98 V 0.027 0.216 0.015 0.017 0.014 0.082 0.031 0.597 99 S 0.031 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.017 100 K 0.015 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.015 101 D 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.012 102 L 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 103 A 0.008 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 104 I 0.007 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.006 105 K 0.006 0.870 0.002 0.001 0.001 0.003 0.092 0.025 106 I 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.008 107 L 0.013 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.012 108 K 0.004 0.919 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.037 109 D 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 110 A 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 111 E 0.002 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 112 I 0.002 0.974 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.006 113 F 0.004 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 114 V 0.012 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 115 Q 0.005 0.756 0.008 0.001 0.001 0.008 0.165 0.058 116 K 0.006 0.922 0.006 0.001 0.001 0.005 0.042 0.018 117 A 0.047 0.902 0.005 0.001 0.001 0.004 0.030 0.013 118 K 0.085 0.506 0.031 0.004 0.003 0.025 0.179 0.167 119 N 0.065 0.350 0.021 0.003 0.004 0.043 0.097 0.417 120 A 0.141 0.077 0.073 0.013 0.011 0.093 0.193 0.399 121 V 0.121 0.016 0.042 0.014 0.012 0.121 0.093 0.580 122 N 0.111 0.005 0.007 0.003 0.005 0.063 0.025 0.781 123 K 0.020 0.002 0.005 0.002 0.003 0.080 0.010 0.877 124 N 0.039 0.005 0.012 0.008 0.014 0.139 0.030 0.753 125 R 0.042 0.006 0.011 0.013 0.022 0.124 0.029 0.753