# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 60 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.867 0.001 0.002 0.003 0.002 0.011 0.006 0.001 0.010 0.059 2 D 0.014 0.915 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.008 0.047 3 E 0.005 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.021 0.023 4 L 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.010 5 E 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.009 6 L 0.001 0.965 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.010 7 R 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 8 I 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 9 R 0.004 0.866 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.110 0.014 10 K 0.005 0.917 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.043 0.020 11 A 0.012 0.954 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.006 0.012 12 E 0.023 0.749 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.136 0.076 13 K 0.006 0.785 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.084 0.103 14 L 0.013 0.888 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.036 0.041 15 V 0.030 0.871 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.002 0.041 0.034 16 Q 0.026 0.801 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.058 0.099 17 D 0.012 0.848 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.003 0.037 0.074 18 A 0.022 0.901 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.013 0.044 19 K 0.036 0.839 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.028 0.076 20 K 0.012 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.023 0.084 21 E 0.043 0.309 0.235 0.002 0.001 0.001 0.025 0.014 0.111 0.149 0.110 22 F 0.566 0.229 0.007 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.003 0.052 0.095 23 E 0.095 0.237 0.002 0.002 0.001 0.002 0.036 0.005 0.002 0.034 0.583 24 M 0.023 0.458 0.002 0.003 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.011 0.461 25 G 0.014 0.609 0.002 0.008 0.004 0.009 0.040 0.004 0.001 0.050 0.260 26 L 0.015 0.772 0.001 0.003 0.004 0.004 0.024 0.002 0.001 0.069 0.106 27 Y 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.017 28 E 0.019 0.748 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.190 0.029 29 R 0.002 0.163 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.805 0.017 30 C 0.005 0.859 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.102 0.021 31 C 0.004 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 0.016 32 S 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 33 T 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 34 A 0.002 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.007 35 Y 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 36 Y 0.004 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.111 0.009 37 A 0.002 0.867 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.115 0.009 38 M 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 39 F 0.001 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.006 40 H 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.006 41 A 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 42 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 43 K 0.008 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.045 0.015 44 A 0.015 0.701 0.017 0.002 0.001 0.001 0.016 0.005 0.003 0.189 0.049 45 M 0.141 0.540 0.019 0.008 0.001 0.003 0.028 0.018 0.007 0.172 0.063 46 L 0.063 0.070 0.252 0.015 0.002 0.004 0.050 0.013 0.216 0.131 0.183 47 L 0.349 0.018 0.005 0.008 0.003 0.005 0.096 0.008 0.005 0.034 0.469 48 G 0.132 0.012 0.001 0.011 0.001 0.005 0.086 0.005 0.001 0.043 0.703 49 Y 0.027 0.002 0.001 0.010 0.002 0.006 0.157 0.002 0.001 0.026 0.769 50 G 0.009 0.003 0.001 0.031 0.004 0.014 0.117 0.001 0.001 0.027 0.793 51 R 0.017 0.002 0.001 0.018 0.014 0.019 0.148 0.003 0.001 0.042 0.736 52 D 0.136 0.037 0.001 0.051 0.014 0.018 0.136 0.008 0.001 0.102 0.496 53 S 0.155 0.032 0.003 0.028 0.007 0.012 0.148 0.005 0.001 0.075 0.534 54 K 0.063 0.032 0.002 0.026 0.005 0.015 0.161 0.005 0.001 0.042 0.648 55 T 0.055 0.049 0.001 0.018 0.008 0.014 0.117 0.004 0.001 0.325 0.408 56 H 0.043 0.516 0.003 0.009 0.005 0.011 0.054 0.006 0.001 0.125 0.226 57 R 0.040 0.642 0.004 0.006 0.007 0.012 0.032 0.005 0.001 0.034 0.218 58 G 0.011 0.780 0.002 0.005 0.016 0.022 0.023 0.003 0.001 0.022 0.114 59 T 0.018 0.922 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.004 0.001 0.004 0.033 60 I 0.026 0.844 0.004 0.005 0.013 0.014 0.009 0.009 0.001 0.026 0.049 61 Y 0.045 0.742 0.006 0.008 0.015 0.022 0.023 0.005 0.002 0.052 0.078 62 L 0.055 0.525 0.024 0.013 0.020 0.025 0.052 0.010 0.009 0.095 0.174 63 I 0.133 0.316 0.075 0.022 0.023 0.022 0.078 0.026 0.030 0.078 0.199 64 W 0.299 0.173 0.010 0.015 0.014 0.025 0.065 0.018 0.007 0.046 0.328 65 E 0.101 0.090 0.002 0.008 0.016 0.041 0.063 0.004 0.001 0.027 0.646 66 C 0.019 0.094 0.007 0.014 0.024 0.068 0.100 0.004 0.003 0.029 0.639 67 R 0.108 0.110 0.043 0.016 0.025 0.048 0.077 0.009 0.016 0.048 0.501 68 E 0.352 0.033 0.003 0.009 0.021 0.022 0.050 0.021 0.001 0.059 0.429 69 E 0.157 0.022 0.001 0.011 0.009 0.020 0.070 0.004 0.001 0.042 0.664 70 L 0.012 0.007 0.001 0.022 0.006 0.016 0.087 0.001 0.001 0.017 0.831 71 G 0.008 0.013 0.001 0.021 0.037 0.042 0.144 0.002 0.001 0.028 0.704 72 L 0.019 0.018 0.001 0.014 0.031 0.021 0.110 0.004 0.001 0.037 0.743 73 S 0.209 0.328 0.002 0.009 0.007 0.008 0.069 0.020 0.001 0.037 0.310 74 D 0.338 0.179 0.003 0.007 0.002 0.003 0.053 0.006 0.001 0.115 0.293 75 D 0.044 0.244 0.007 0.016 0.005 0.012 0.096 0.007 0.002 0.108 0.459 76 D 0.153 0.327 0.004 0.009 0.014 0.026 0.064 0.015 0.001 0.053 0.334 77 C 0.222 0.107 0.013 0.022 0.032 0.031 0.070 0.013 0.005 0.088 0.397 78 S 0.076 0.160 0.002 0.017 0.035 0.058 0.110 0.007 0.001 0.037 0.499 79 K 0.110 0.163 0.006 0.016 0.024 0.049 0.090 0.009 0.003 0.031 0.498 80 L 0.067 0.201 0.012 0.026 0.031 0.042 0.119 0.027 0.005 0.032 0.437 81 S 0.229 0.140 0.004 0.012 0.034 0.062 0.077 0.011 0.003 0.036 0.392 82 R 0.060 0.070 0.007 0.032 0.036 0.061 0.092 0.007 0.002 0.048 0.583 83 A 0.059 0.057 0.009 0.031 0.023 0.040 0.110 0.007 0.004 0.048 0.613 84 F 0.200 0.055 0.003 0.036 0.037 0.040 0.089 0.017 0.002 0.074 0.447 85 D 0.054 0.023 0.001 0.023 0.017 0.026 0.105 0.002 0.001 0.033 0.714 86 L 0.018 0.009 0.001 0.025 0.023 0.037 0.097 0.002 0.001 0.028 0.760 87 R 0.023 0.043 0.001 0.026 0.028 0.042 0.132 0.005 0.001 0.047 0.653 88 E 0.151 0.210 0.004 0.013 0.016 0.019 0.082 0.009 0.002 0.058 0.434 89 E 0.177 0.193 0.013 0.011 0.013 0.018 0.081 0.009 0.005 0.069 0.411 90 S 0.116 0.110 0.004 0.007 0.012 0.020 0.077 0.008 0.002 0.038 0.607 91 D 0.283 0.127 0.004 0.008 0.010 0.020 0.074 0.013 0.002 0.051 0.405 92 Y 0.222 0.064 0.004 0.011 0.011 0.017 0.065 0.010 0.001 0.045 0.550 93 G 0.086 0.028 0.002 0.009 0.019 0.037 0.089 0.003 0.001 0.027 0.699 94 I 0.011 0.012 0.001 0.013 0.039 0.064 0.105 0.004 0.001 0.018 0.732 95 Y 0.087 0.036 0.001 0.018 0.028 0.034 0.120 0.005 0.001 0.036 0.635 96 K 0.060 0.012 0.001 0.013 0.034 0.023 0.139 0.004 0.001 0.046 0.668 97 E 0.015 0.012 0.001 0.014 0.007 0.012 0.135 0.001 0.001 0.035 0.770 98 V 0.008 0.115 0.001 0.024 0.009 0.009 0.107 0.005 0.001 0.082 0.639 99 S 0.023 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.008 0.034 100 K 0.016 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.034 101 D 0.011 0.844 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.073 0.057 102 L 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.015 0.011 103 A 0.007 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.007 0.012 104 I 0.023 0.631 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.276 0.051 105 K 0.006 0.576 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.330 0.067 106 I 0.013 0.728 0.011 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.001 0.173 0.049 107 L 0.022 0.859 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.069 0.034 108 K 0.018 0.815 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.063 0.090 109 D 0.006 0.801 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.129 0.049 110 A 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.008 111 E 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.013 112 I 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 113 F 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 114 V 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 115 Q 0.007 0.585 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.376 0.022 116 K 0.006 0.896 0.011 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.044 0.027 117 A 0.039 0.868 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.002 0.012 0.029 118 K 0.077 0.377 0.011 0.006 0.001 0.003 0.032 0.007 0.006 0.255 0.224 119 N 0.078 0.193 0.009 0.005 0.002 0.005 0.078 0.005 0.005 0.191 0.428 120 A 0.137 0.049 0.067 0.016 0.002 0.008 0.104 0.022 0.028 0.202 0.366 121 V 0.243 0.014 0.022 0.026 0.004 0.009 0.088 0.006 0.014 0.062 0.512 122 N 0.057 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 0.066 0.001 0.001 0.014 0.847 123 K 0.015 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.095 0.003 0.001 0.014 0.864 124 N 0.067 0.002 0.001 0.006 0.003 0.005 0.129 0.008 0.001 0.034 0.745 125 R 0.050 0.004 0.001 0.012 0.005 0.011 0.113 0.005 0.001 0.030 0.769