# TARGET T0367 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 60 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.260 0.127 0.083 0.137 0.106 0.103 0.079 0.047 0.033 0.017 0.008 2 D 0.697 0.179 0.046 0.046 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 3 E 0.120 0.170 0.121 0.241 0.161 0.091 0.064 0.020 0.008 0.002 0.001 4 L 0.047 0.027 0.043 0.043 0.044 0.078 0.201 0.188 0.160 0.117 0.053 5 E 0.021 0.028 0.265 0.312 0.187 0.111 0.057 0.012 0.004 0.001 0.001 6 L 0.019 0.041 0.482 0.246 0.107 0.052 0.034 0.013 0.005 0.002 0.001 7 R 0.001 0.011 0.073 0.071 0.080 0.184 0.297 0.150 0.080 0.040 0.013 8 I 0.001 0.004 0.170 0.031 0.041 0.079 0.283 0.168 0.129 0.067 0.028 9 R 0.013 0.027 0.794 0.109 0.038 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.003 0.029 0.340 0.238 0.202 0.119 0.055 0.010 0.003 0.001 0.001 11 A 0.001 0.002 0.089 0.007 0.007 0.015 0.108 0.129 0.256 0.243 0.144 12 E 0.005 0.006 0.224 0.200 0.202 0.178 0.150 0.026 0.007 0.002 0.001 13 K 0.004 0.016 0.822 0.115 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.002 0.019 0.011 0.022 0.122 0.421 0.190 0.120 0.067 0.025 15 V 0.001 0.001 0.048 0.013 0.022 0.064 0.354 0.219 0.162 0.083 0.034 16 Q 0.016 0.026 0.887 0.054 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 D 0.003 0.021 0.311 0.268 0.230 0.122 0.037 0.006 0.002 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.023 0.002 0.003 0.007 0.051 0.085 0.255 0.301 0.271 19 K 0.002 0.005 0.101 0.137 0.204 0.234 0.231 0.058 0.021 0.005 0.001 20 K 0.003 0.015 0.844 0.090 0.033 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.043 0.058 0.144 0.094 0.110 0.183 0.229 0.074 0.036 0.019 0.010 22 F 0.011 0.008 0.021 0.016 0.022 0.051 0.215 0.196 0.206 0.161 0.093 23 E 0.108 0.206 0.336 0.136 0.080 0.050 0.048 0.018 0.009 0.005 0.003 24 M 0.096 0.113 0.299 0.224 0.125 0.068 0.042 0.015 0.010 0.005 0.002 25 G 0.554 0.169 0.077 0.069 0.049 0.031 0.026 0.010 0.007 0.004 0.003 26 L 0.016 0.046 0.044 0.119 0.141 0.191 0.225 0.094 0.069 0.035 0.019 27 Y 0.004 0.005 0.008 0.018 0.042 0.079 0.234 0.200 0.206 0.130 0.074 28 E 0.063 0.076 0.165 0.250 0.186 0.127 0.081 0.027 0.015 0.006 0.003 29 R 0.019 0.036 0.062 0.170 0.196 0.194 0.198 0.071 0.034 0.014 0.005 30 C 0.005 0.005 0.014 0.013 0.013 0.023 0.090 0.131 0.235 0.245 0.227 31 C 0.002 0.002 0.012 0.022 0.037 0.064 0.270 0.202 0.183 0.136 0.068 32 S 0.004 0.010 0.144 0.093 0.117 0.129 0.191 0.113 0.107 0.064 0.026 33 T 0.002 0.005 0.040 0.034 0.055 0.125 0.321 0.175 0.123 0.082 0.038 34 A 0.001 0.001 0.018 0.005 0.005 0.008 0.070 0.141 0.247 0.297 0.207 35 Y 0.002 0.004 0.068 0.020 0.020 0.039 0.176 0.157 0.197 0.192 0.127 36 Y 0.002 0.009 0.273 0.075 0.067 0.059 0.141 0.112 0.119 0.092 0.051 37 A 0.001 0.001 0.036 0.009 0.012 0.024 0.133 0.154 0.221 0.226 0.184 38 M 0.001 0.001 0.031 0.006 0.006 0.010 0.087 0.121 0.254 0.276 0.208 39 F 0.001 0.001 0.126 0.027 0.029 0.053 0.221 0.140 0.172 0.143 0.088 40 H 0.001 0.002 0.097 0.024 0.038 0.086 0.311 0.146 0.139 0.101 0.057 41 A 0.001 0.001 0.018 0.004 0.005 0.010 0.084 0.128 0.232 0.277 0.243 42 A 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.005 0.042 0.094 0.225 0.335 0.285 43 K 0.001 0.001 0.047 0.018 0.022 0.046 0.191 0.165 0.203 0.180 0.126 44 A 0.001 0.002 0.090 0.014 0.014 0.033 0.142 0.150 0.204 0.199 0.150 45 M 0.001 0.001 0.016 0.007 0.008 0.017 0.105 0.152 0.249 0.254 0.191 46 L 0.001 0.002 0.023 0.009 0.007 0.011 0.049 0.106 0.232 0.288 0.272 47 L 0.001 0.003 0.026 0.029 0.055 0.102 0.251 0.177 0.182 0.111 0.064 48 G 0.011 0.021 0.098 0.076 0.088 0.114 0.231 0.131 0.135 0.063 0.033 49 Y 0.015 0.022 0.021 0.063 0.087 0.153 0.289 0.160 0.107 0.062 0.022 50 G 0.376 0.168 0.071 0.123 0.074 0.052 0.056 0.031 0.024 0.015 0.010 51 R 0.063 0.092 0.045 0.112 0.126 0.132 0.169 0.112 0.072 0.050 0.027 52 D 0.279 0.296 0.056 0.127 0.084 0.051 0.046 0.025 0.018 0.012 0.008 53 S 0.254 0.111 0.036 0.115 0.106 0.107 0.107 0.059 0.050 0.032 0.023 54 K 0.346 0.129 0.045 0.127 0.102 0.071 0.070 0.043 0.031 0.022 0.015 55 T 0.032 0.174 0.068 0.186 0.162 0.124 0.116 0.059 0.044 0.022 0.013 56 H 0.003 0.005 0.003 0.016 0.039 0.089 0.186 0.194 0.187 0.159 0.119 57 R 0.144 0.135 0.082 0.195 0.177 0.116 0.086 0.031 0.018 0.010 0.006 58 G 0.010 0.028 0.027 0.140 0.151 0.164 0.210 0.121 0.085 0.043 0.021 59 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.030 0.084 0.207 0.301 0.365 60 I 0.001 0.001 0.002 0.013 0.032 0.089 0.214 0.187 0.195 0.154 0.113 61 Y 0.004 0.023 0.243 0.217 0.167 0.131 0.107 0.050 0.032 0.017 0.008 62 L 0.001 0.001 0.003 0.014 0.028 0.082 0.264 0.227 0.175 0.130 0.075 63 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 0.080 0.216 0.345 0.328 64 W 0.003 0.007 0.043 0.125 0.177 0.209 0.216 0.099 0.069 0.034 0.018 65 E 0.010 0.040 0.277 0.223 0.178 0.133 0.085 0.030 0.017 0.006 0.003 66 C 0.001 0.001 0.002 0.008 0.019 0.063 0.242 0.223 0.198 0.162 0.081 67 R 0.040 0.049 0.030 0.110 0.108 0.127 0.203 0.143 0.102 0.058 0.029 68 E 0.033 0.071 0.167 0.191 0.176 0.137 0.112 0.055 0.032 0.017 0.010 69 E 0.217 0.188 0.139 0.197 0.115 0.067 0.048 0.016 0.008 0.004 0.002 70 L 0.028 0.021 0.010 0.041 0.057 0.097 0.230 0.177 0.159 0.122 0.058 71 G 0.493 0.247 0.058 0.091 0.046 0.026 0.020 0.008 0.006 0.003 0.002 72 L 0.015 0.018 0.013 0.036 0.053 0.081 0.170 0.160 0.178 0.161 0.116 73 S 0.087 0.227 0.067 0.145 0.118 0.100 0.101 0.052 0.044 0.032 0.026 74 D 0.264 0.166 0.083 0.199 0.141 0.073 0.043 0.016 0.009 0.004 0.002 75 D 0.792 0.101 0.035 0.044 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.065 0.159 0.082 0.196 0.152 0.126 0.118 0.049 0.033 0.014 0.007 77 C 0.007 0.008 0.006 0.026 0.052 0.109 0.218 0.197 0.181 0.122 0.076 78 S 0.162 0.199 0.292 0.181 0.082 0.042 0.025 0.008 0.004 0.002 0.002 79 K 0.018 0.053 0.117 0.189 0.173 0.167 0.158 0.065 0.036 0.017 0.007 80 L 0.004 0.003 0.003 0.008 0.011 0.023 0.083 0.137 0.220 0.256 0.253 81 S 0.065 0.089 0.134 0.254 0.183 0.123 0.084 0.033 0.021 0.009 0.004 82 R 0.037 0.064 0.279 0.184 0.142 0.115 0.088 0.039 0.027 0.016 0.008 83 A 0.015 0.018 0.022 0.035 0.039 0.064 0.169 0.160 0.175 0.164 0.139 84 F 0.031 0.025 0.032 0.074 0.089 0.139 0.260 0.150 0.113 0.061 0.026 85 D 0.117 0.146 0.308 0.191 0.099 0.058 0.039 0.018 0.012 0.007 0.005 86 L 0.028 0.044 0.065 0.082 0.087 0.108 0.160 0.128 0.130 0.100 0.069 87 R 0.046 0.027 0.021 0.042 0.059 0.078 0.153 0.146 0.173 0.144 0.110 88 E 0.118 0.147 0.099 0.149 0.124 0.108 0.118 0.058 0.043 0.024 0.012 89 E 0.251 0.141 0.149 0.193 0.112 0.071 0.043 0.019 0.012 0.006 0.003 90 S 0.135 0.060 0.035 0.082 0.078 0.082 0.124 0.109 0.117 0.103 0.076 91 D 0.126 0.129 0.089 0.145 0.108 0.102 0.118 0.070 0.057 0.035 0.022 92 Y 0.032 0.031 0.024 0.058 0.076 0.099 0.192 0.165 0.149 0.109 0.067 93 G 0.265 0.165 0.092 0.134 0.095 0.070 0.068 0.041 0.034 0.022 0.014 94 I 0.119 0.135 0.068 0.163 0.141 0.100 0.115 0.063 0.050 0.029 0.018 95 Y 0.046 0.034 0.020 0.062 0.085 0.092 0.160 0.132 0.160 0.121 0.088 96 K 0.258 0.160 0.087 0.186 0.128 0.080 0.061 0.022 0.011 0.005 0.002 97 E 0.563 0.145 0.066 0.103 0.055 0.030 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 98 V 0.006 0.009 0.005 0.019 0.038 0.075 0.170 0.205 0.195 0.172 0.107 99 S 0.036 0.730 0.072 0.089 0.030 0.018 0.011 0.006 0.004 0.003 0.002 100 K 0.054 0.044 0.048 0.187 0.294 0.224 0.111 0.026 0.009 0.002 0.001 101 D 0.927 0.052 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.013 0.031 0.240 0.227 0.237 0.186 0.046 0.014 0.003 0.001 103 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.013 0.096 0.187 0.253 0.261 0.182 104 I 0.001 0.006 0.271 0.258 0.216 0.178 0.057 0.009 0.002 0.001 0.001 105 K 0.002 0.018 0.561 0.284 0.097 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.017 0.142 0.168 0.226 0.241 0.199 107 L 0.001 0.001 0.010 0.005 0.014 0.042 0.361 0.273 0.181 0.081 0.032 108 K 0.005 0.013 0.812 0.126 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.001 0.006 0.060 0.090 0.202 0.344 0.250 0.036 0.008 0.002 0.001 110 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.034 0.101 0.283 0.306 0.269 111 E 0.004 0.007 0.088 0.192 0.253 0.258 0.161 0.027 0.007 0.003 0.001 112 I 0.002 0.015 0.688 0.171 0.086 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.017 0.147 0.176 0.236 0.238 0.176 114 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.021 0.232 0.236 0.225 0.168 0.107 115 Q 0.005 0.014 0.799 0.132 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 116 K 0.001 0.003 0.029 0.072 0.193 0.359 0.284 0.044 0.011 0.004 0.001 117 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.063 0.247 0.347 0.323 118 K 0.001 0.002 0.023 0.099 0.227 0.304 0.255 0.058 0.022 0.007 0.002 119 N 0.009 0.026 0.882 0.062 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.001 0.002 0.009 0.017 0.049 0.178 0.468 0.168 0.071 0.029 0.008 121 V 0.003 0.003 0.006 0.007 0.008 0.016 0.106 0.177 0.248 0.257 0.170 122 N 0.025 0.109 0.343 0.220 0.164 0.075 0.041 0.014 0.006 0.003 0.001 123 K 0.264 0.151 0.306 0.149 0.065 0.038 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 124 N 0.341 0.151 0.051 0.085 0.075 0.070 0.095 0.055 0.037 0.027 0.013 125 R 0.483 0.183 0.044 0.078 0.056 0.047 0.044 0.025 0.020 0.012 0.007