# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 60 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.018 0.011 0.019 0.007 0.016 0.052 0.002 0.001 0.003 0.807 2 D 0.015 0.008 0.002 0.008 0.003 0.005 0.088 0.001 0.001 0.001 0.869 3 E 0.052 0.021 0.002 0.007 0.004 0.005 0.217 0.001 0.001 0.006 0.686 4 L 0.088 0.170 0.002 0.009 0.005 0.011 0.267 0.001 0.001 0.007 0.440 5 E 0.039 0.508 0.001 0.007 0.003 0.007 0.139 0.001 0.001 0.004 0.291 6 L 0.025 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.227 7 R 0.017 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.044 8 I 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 9 R 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 10 K 0.022 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 11 A 0.012 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.027 12 E 0.011 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.020 13 K 0.030 0.897 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.060 14 L 0.020 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.027 15 V 0.033 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 16 Q 0.011 0.905 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.067 17 D 0.026 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.072 18 A 0.052 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.025 19 K 0.013 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.044 20 K 0.031 0.860 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.091 21 E 0.034 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.050 22 F 0.035 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.030 23 E 0.031 0.886 0.015 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.047 24 M 0.053 0.835 0.004 0.002 0.001 0.002 0.011 0.037 0.001 0.001 0.054 25 G 0.390 0.400 0.011 0.002 0.002 0.001 0.010 0.054 0.001 0.003 0.126 26 L 0.149 0.275 0.367 0.003 0.002 0.002 0.054 0.006 0.001 0.006 0.136 27 Y 0.013 0.327 0.068 0.031 0.017 0.027 0.058 0.011 0.001 0.002 0.447 28 E 0.035 0.389 0.003 0.063 0.018 0.034 0.067 0.008 0.001 0.005 0.377 29 R 0.044 0.557 0.002 0.011 0.006 0.009 0.050 0.006 0.001 0.002 0.313 30 C 0.043 0.822 0.003 0.017 0.006 0.010 0.020 0.007 0.001 0.001 0.070 31 C 0.028 0.859 0.003 0.010 0.003 0.008 0.016 0.005 0.001 0.001 0.066 32 S 0.015 0.884 0.002 0.005 0.002 0.004 0.009 0.006 0.001 0.001 0.072 33 T 0.014 0.882 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.088 34 A 0.019 0.905 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.052 35 Y 0.013 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.032 36 Y 0.005 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.035 37 A 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 38 M 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 39 F 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 40 H 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 41 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 42 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 K 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 44 A 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 M 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 46 L 0.016 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 47 L 0.006 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.004 48 G 0.212 0.659 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.001 0.001 0.059 49 Y 0.185 0.276 0.139 0.010 0.004 0.004 0.011 0.106 0.001 0.001 0.265 50 G 0.161 0.017 0.040 0.015 0.004 0.004 0.047 0.100 0.001 0.006 0.607 51 R 0.041 0.002 0.717 0.007 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.002 0.206 52 D 0.011 0.002 0.002 0.037 0.013 0.014 0.152 0.001 0.001 0.001 0.765 53 S 0.021 0.001 0.001 0.019 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.002 0.937 54 K 0.036 0.004 0.001 0.030 0.006 0.012 0.457 0.001 0.001 0.011 0.444 55 T 0.298 0.007 0.001 0.024 0.008 0.011 0.382 0.001 0.001 0.046 0.222 56 H 0.379 0.059 0.003 0.046 0.005 0.009 0.174 0.002 0.001 0.020 0.302 57 R 0.063 0.046 0.007 0.023 0.006 0.008 0.166 0.001 0.001 0.012 0.668 58 G 0.071 0.044 0.003 0.017 0.011 0.015 0.326 0.002 0.001 0.013 0.498 59 T 0.129 0.170 0.014 0.018 0.017 0.044 0.183 0.002 0.001 0.009 0.414 60 I 0.028 0.466 0.003 0.030 0.056 0.115 0.066 0.002 0.001 0.003 0.232 61 Y 0.030 0.497 0.001 0.009 0.025 0.056 0.045 0.002 0.001 0.002 0.334 62 L 0.075 0.643 0.001 0.003 0.011 0.013 0.012 0.004 0.001 0.001 0.237 63 I 0.053 0.844 0.003 0.005 0.009 0.021 0.008 0.006 0.001 0.001 0.050 64 W 0.040 0.785 0.006 0.007 0.012 0.037 0.013 0.011 0.001 0.001 0.087 65 E 0.062 0.661 0.006 0.006 0.010 0.023 0.010 0.019 0.001 0.001 0.201 66 C 0.179 0.545 0.006 0.006 0.010 0.010 0.009 0.029 0.001 0.001 0.205 67 R 0.161 0.424 0.029 0.012 0.012 0.019 0.026 0.020 0.001 0.003 0.295 68 E 0.055 0.382 0.048 0.026 0.035 0.058 0.044 0.013 0.001 0.002 0.338 69 E 0.094 0.221 0.008 0.023 0.034 0.060 0.047 0.012 0.001 0.003 0.498 70 L 0.126 0.127 0.010 0.024 0.024 0.041 0.048 0.010 0.001 0.003 0.587 71 G 0.146 0.047 0.010 0.022 0.016 0.019 0.098 0.016 0.001 0.006 0.619 72 L 0.196 0.025 0.109 0.022 0.016 0.025 0.088 0.003 0.001 0.010 0.505 73 S 0.030 0.016 0.005 0.030 0.024 0.037 0.211 0.003 0.001 0.003 0.642 74 D 0.036 0.008 0.003 0.017 0.006 0.008 0.046 0.001 0.001 0.004 0.871 75 D 0.026 0.015 0.002 0.005 0.004 0.006 0.213 0.001 0.001 0.007 0.721 76 D 0.142 0.023 0.001 0.009 0.012 0.016 0.551 0.006 0.001 0.043 0.198 77 C 0.420 0.210 0.010 0.028 0.009 0.018 0.093 0.006 0.001 0.022 0.185 78 S 0.080 0.392 0.008 0.028 0.037 0.034 0.118 0.007 0.001 0.006 0.291 79 K 0.091 0.194 0.005 0.011 0.016 0.022 0.055 0.010 0.001 0.005 0.591 80 L 0.215 0.324 0.014 0.023 0.033 0.062 0.050 0.015 0.001 0.007 0.258 81 S 0.080 0.238 0.011 0.032 0.048 0.066 0.187 0.020 0.001 0.011 0.306 82 R 0.125 0.169 0.011 0.023 0.037 0.052 0.094 0.015 0.001 0.007 0.468 83 A 0.226 0.222 0.014 0.045 0.032 0.057 0.089 0.016 0.001 0.011 0.288 84 F 0.127 0.195 0.015 0.064 0.047 0.072 0.129 0.013 0.001 0.010 0.327 85 D 0.089 0.134 0.014 0.027 0.021 0.039 0.084 0.009 0.001 0.005 0.578 86 L 0.139 0.138 0.016 0.032 0.029 0.040 0.054 0.007 0.001 0.005 0.541 87 R 0.101 0.085 0.008 0.030 0.037 0.079 0.154 0.007 0.001 0.010 0.489 88 E 0.134 0.074 0.015 0.017 0.034 0.063 0.096 0.005 0.001 0.006 0.554 89 E 0.067 0.105 0.005 0.028 0.035 0.059 0.041 0.004 0.001 0.003 0.653 90 S 0.077 0.111 0.003 0.018 0.041 0.054 0.118 0.005 0.001 0.006 0.568 91 D 0.206 0.148 0.004 0.017 0.036 0.041 0.143 0.011 0.001 0.011 0.383 92 Y 0.194 0.278 0.010 0.021 0.025 0.034 0.120 0.010 0.001 0.012 0.297 93 G 0.173 0.154 0.013 0.014 0.019 0.028 0.207 0.009 0.001 0.021 0.361 94 I 0.183 0.154 0.051 0.016 0.021 0.034 0.126 0.006 0.001 0.014 0.396 95 Y 0.076 0.126 0.016 0.037 0.060 0.086 0.115 0.007 0.001 0.007 0.469 96 K 0.077 0.072 0.012 0.024 0.029 0.060 0.073 0.005 0.001 0.005 0.645 97 E 0.090 0.073 0.006 0.018 0.014 0.034 0.051 0.007 0.001 0.003 0.705 98 V 0.217 0.080 0.016 0.029 0.024 0.046 0.099 0.009 0.001 0.009 0.472 99 S 0.172 0.056 0.007 0.015 0.013 0.022 0.258 0.009 0.001 0.005 0.442 100 K 0.017 0.016 0.004 0.006 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.920 101 D 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.001 0.001 0.003 0.627 102 L 0.028 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.735 0.002 0.001 0.010 0.183 103 A 0.044 0.837 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.002 0.001 0.002 0.071 104 I 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 105 K 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 106 I 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 107 L 0.012 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 108 K 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 109 D 0.009 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.035 110 A 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 111 E 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 112 I 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 113 F 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 114 V 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 115 Q 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 116 K 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 117 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 118 K 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 119 N 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 120 A 0.028 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 121 V 0.027 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 122 N 0.034 0.871 0.016 0.001 0.001 0.003 0.003 0.025 0.001 0.001 0.046 123 K 0.159 0.633 0.015 0.002 0.002 0.003 0.005 0.053 0.001 0.001 0.129 124 N 0.364 0.248 0.019 0.006 0.005 0.003 0.016 0.086 0.001 0.002 0.250 125 R 0.105 0.046 0.148 0.009 0.004 0.004 0.050 0.010 0.001 0.004 0.619