# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 60 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.006 0.013 0.007 0.013 0.049 0.002 0.896 2 D 0.010 0.017 0.010 0.013 0.016 0.061 0.002 0.872 3 E 0.013 0.017 0.005 0.004 0.010 0.073 0.002 0.877 4 L 0.034 0.186 0.009 0.010 0.020 0.198 0.003 0.540 5 E 0.031 0.616 0.006 0.006 0.012 0.163 0.003 0.164 6 L 0.007 0.943 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.036 7 R 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 8 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 9 R 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 10 K 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 11 A 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 E 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 13 K 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 14 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 15 V 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 16 Q 0.008 0.928 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.048 17 D 0.013 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.050 18 A 0.011 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 19 K 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.025 20 K 0.013 0.933 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.041 21 E 0.018 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 22 F 0.042 0.904 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.033 23 E 0.073 0.815 0.016 0.003 0.003 0.026 0.021 0.043 24 M 0.097 0.769 0.016 0.004 0.003 0.012 0.024 0.076 25 G 0.342 0.364 0.019 0.005 0.004 0.017 0.043 0.207 26 L 0.061 0.363 0.116 0.009 0.009 0.064 0.013 0.364 27 Y 0.024 0.488 0.048 0.016 0.031 0.070 0.008 0.315 28 E 0.027 0.543 0.022 0.010 0.023 0.072 0.005 0.297 29 R 0.016 0.730 0.007 0.006 0.007 0.045 0.003 0.185 30 C 0.011 0.918 0.003 0.002 0.003 0.010 0.002 0.051 31 C 0.006 0.962 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.022 32 S 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 33 T 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 34 A 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 35 Y 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 36 Y 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 37 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 M 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 39 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 40 H 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 41 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 43 K 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 44 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 M 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 46 L 0.006 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 47 L 0.019 0.956 0.004 0.002 0.002 0.001 0.007 0.008 48 G 0.174 0.701 0.009 0.005 0.003 0.004 0.066 0.039 49 Y 0.247 0.455 0.069 0.014 0.007 0.009 0.104 0.093 50 G 0.241 0.117 0.105 0.027 0.020 0.036 0.090 0.365 51 R 0.084 0.029 0.257 0.032 0.033 0.069 0.014 0.480 52 D 0.011 0.014 0.034 0.020 0.028 0.092 0.004 0.798 53 S 0.017 0.010 0.024 0.009 0.020 0.052 0.003 0.865 54 K 0.038 0.014 0.021 0.007 0.012 0.447 0.006 0.456 55 T 0.075 0.023 0.008 0.004 0.006 0.644 0.011 0.229 56 H 0.175 0.283 0.024 0.015 0.016 0.098 0.013 0.376 57 R 0.040 0.169 0.026 0.012 0.019 0.178 0.010 0.544 58 G 0.145 0.108 0.020 0.019 0.026 0.172 0.022 0.488 59 T 0.184 0.335 0.052 0.035 0.060 0.095 0.012 0.228 60 I 0.029 0.402 0.049 0.056 0.124 0.064 0.008 0.269 61 Y 0.026 0.511 0.034 0.046 0.094 0.059 0.006 0.225 62 L 0.025 0.708 0.015 0.034 0.051 0.041 0.006 0.120 63 I 0.045 0.752 0.012 0.021 0.047 0.020 0.009 0.093 64 W 0.040 0.735 0.011 0.016 0.028 0.023 0.015 0.132 65 E 0.095 0.672 0.009 0.012 0.012 0.024 0.029 0.146 66 C 0.206 0.546 0.023 0.015 0.017 0.023 0.044 0.126 67 R 0.131 0.507 0.027 0.029 0.032 0.024 0.033 0.217 68 E 0.044 0.293 0.125 0.039 0.058 0.043 0.023 0.376 69 E 0.048 0.249 0.050 0.038 0.054 0.102 0.018 0.441 70 L 0.121 0.241 0.059 0.032 0.045 0.053 0.026 0.422 71 G 0.189 0.130 0.049 0.040 0.028 0.064 0.041 0.457 72 L 0.155 0.035 0.131 0.024 0.027 0.097 0.016 0.516 73 S 0.072 0.034 0.032 0.026 0.054 0.164 0.008 0.609 74 D 0.024 0.022 0.016 0.007 0.028 0.042 0.003 0.858 75 D 0.011 0.022 0.005 0.003 0.007 0.122 0.002 0.827 76 D 0.073 0.071 0.004 0.002 0.005 0.438 0.009 0.398 77 C 0.151 0.602 0.009 0.005 0.009 0.054 0.008 0.162 78 S 0.030 0.800 0.012 0.007 0.010 0.033 0.006 0.104 79 K 0.063 0.686 0.015 0.006 0.010 0.022 0.011 0.188 80 L 0.071 0.790 0.023 0.006 0.013 0.015 0.012 0.071 81 S 0.034 0.807 0.015 0.009 0.013 0.021 0.012 0.089 82 R 0.079 0.661 0.027 0.006 0.011 0.030 0.025 0.162 83 A 0.194 0.585 0.037 0.007 0.010 0.058 0.030 0.080 84 F 0.274 0.402 0.044 0.013 0.011 0.041 0.054 0.160 85 D 0.081 0.232 0.062 0.013 0.014 0.053 0.027 0.519 86 L 0.081 0.129 0.081 0.018 0.032 0.069 0.019 0.571 87 R 0.110 0.137 0.041 0.021 0.039 0.290 0.018 0.344 88 E 0.110 0.122 0.049 0.022 0.042 0.197 0.019 0.438 89 E 0.052 0.134 0.032 0.014 0.022 0.054 0.007 0.684 90 S 0.067 0.121 0.030 0.019 0.029 0.121 0.020 0.594 91 D 0.162 0.071 0.019 0.013 0.019 0.097 0.026 0.593 92 Y 0.243 0.101 0.049 0.024 0.047 0.128 0.025 0.384 93 G 0.168 0.061 0.030 0.031 0.041 0.227 0.028 0.414 94 I 0.115 0.051 0.045 0.014 0.024 0.093 0.012 0.646 95 Y 0.093 0.095 0.041 0.037 0.073 0.112 0.008 0.541 96 K 0.097 0.054 0.046 0.038 0.070 0.133 0.012 0.551 97 E 0.041 0.034 0.015 0.023 0.034 0.078 0.009 0.766 98 V 0.120 0.049 0.030 0.024 0.040 0.124 0.008 0.606 99 S 0.047 0.067 0.012 0.015 0.023 0.344 0.007 0.487 100 K 0.025 0.055 0.008 0.003 0.018 0.036 0.003 0.851 101 D 0.010 0.070 0.003 0.001 0.004 0.186 0.002 0.723 102 L 0.027 0.142 0.001 0.001 0.001 0.485 0.003 0.340 103 A 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 104 I 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 105 K 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 106 I 0.020 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 107 L 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 108 K 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 109 D 0.011 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.039 110 A 0.015 0.930 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.045 111 E 0.003 0.962 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 112 I 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 113 F 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 114 V 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 115 Q 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 116 K 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 117 A 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 118 K 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 119 N 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 120 A 0.023 0.939 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 121 V 0.020 0.943 0.004 0.002 0.002 0.002 0.006 0.021 122 N 0.042 0.801 0.017 0.007 0.008 0.013 0.023 0.087 123 K 0.174 0.499 0.022 0.008 0.007 0.020 0.052 0.216 124 N 0.205 0.289 0.030 0.009 0.008 0.046 0.065 0.349 125 R 0.111 0.080 0.043 0.012 0.010 0.062 0.038 0.645