# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.016 0.025 0.038 0.055 0.307 0.004 0.057 0.044 0.003 0.001 0.004 0.004 0.007 0.006 0.041 0.057 0.056 0.058 0.094 0.120 0.003 2 E 0.027 0.023 0.177 0.155 0.075 0.005 0.029 0.047 0.004 0.001 0.005 0.003 0.009 0.007 0.087 0.015 0.191 0.024 0.054 0.059 0.003 3 N 0.032 0.042 0.027 0.058 0.315 0.008 0.123 0.072 0.005 0.002 0.005 0.008 0.014 0.012 0.020 0.039 0.084 0.038 0.051 0.042 0.003 4 L 0.028 0.058 0.134 0.127 0.080 0.006 0.105 0.101 0.002 0.001 0.003 0.004 0.012 0.008 0.080 0.021 0.082 0.045 0.039 0.059 0.002 5 Y 0.047 0.074 0.056 0.109 0.302 0.007 0.049 0.088 0.003 0.001 0.005 0.005 0.011 0.006 0.020 0.022 0.055 0.049 0.038 0.047 0.005 6 F 0.060 0.063 0.128 0.105 0.180 0.007 0.056 0.087 0.004 0.001 0.004 0.005 0.012 0.004 0.044 0.020 0.070 0.031 0.072 0.041 0.005 7 Q 0.052 0.054 0.109 0.127 0.243 0.006 0.047 0.054 0.005 0.002 0.003 0.003 0.009 0.002 0.039 0.010 0.095 0.034 0.042 0.061 0.002 8 S 0.026 0.019 0.089 0.145 0.172 0.003 0.036 0.015 0.019 0.014 0.002 0.003 0.003 0.001 0.023 0.012 0.087 0.033 0.118 0.179 0.002 9 M 0.006 0.006 0.024 0.041 0.231 0.003 0.077 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.395 0.022 0.028 0.137 0.001 10 G 0.010 0.017 0.060 0.064 0.139 0.004 0.413 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 0.024 0.170 0.027 0.050 0.001 11 L 0.035 0.066 0.138 0.199 0.296 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.009 0.016 0.022 0.027 0.075 0.088 0.002 12 R 0.076 0.131 0.102 0.141 0.438 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.001 0.020 0.004 0.010 0.007 0.021 0.020 0.003 13 T 0.149 0.215 0.055 0.114 0.378 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.012 0.001 0.016 0.009 0.004 0.002 0.010 0.008 0.007 14 V 0.224 0.267 0.062 0.109 0.250 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 0.006 0.024 0.001 0.023 0.003 0.003 0.001 0.004 0.003 0.007 15 E 0.261 0.318 0.050 0.103 0.190 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.008 0.020 0.001 0.014 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 16 M 0.300 0.261 0.061 0.095 0.213 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.017 0.001 0.018 0.002 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 17 K 0.250 0.189 0.079 0.139 0.268 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.001 0.020 0.002 0.007 0.002 0.006 0.008 0.005 18 K 0.125 0.113 0.080 0.163 0.391 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.025 0.005 0.015 0.010 0.014 0.031 0.003 19 G 0.034 0.034 0.154 0.220 0.165 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.028 0.006 0.020 0.020 0.098 0.198 0.002 20 P 0.011 0.009 0.048 0.067 0.351 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.214 0.036 0.068 0.150 0.001 21 T 0.007 0.009 0.088 0.097 0.120 0.009 0.130 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.010 0.140 0.054 0.100 0.185 0.001 22 D 0.006 0.010 0.057 0.077 0.099 0.009 0.114 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.027 0.016 0.243 0.058 0.079 0.187 0.001 23 S 0.013 0.032 0.041 0.071 0.173 0.006 0.176 0.006 0.002 0.004 0.004 0.005 0.008 0.005 0.027 0.041 0.100 0.086 0.077 0.118 0.004 24 L 0.047 0.087 0.084 0.068 0.224 0.002 0.063 0.004 0.001 0.001 0.017 0.011 0.023 0.013 0.071 0.058 0.042 0.029 0.047 0.101 0.010 25 G 0.110 0.175 0.103 0.093 0.117 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.029 0.022 0.069 0.034 0.082 0.024 0.012 0.020 0.024 0.016 0.053 26 I 0.180 0.181 0.032 0.023 0.156 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.057 0.044 0.088 0.053 0.035 0.059 0.002 0.003 0.015 0.005 0.062 27 S 0.204 0.159 0.114 0.072 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.035 0.128 0.084 0.085 0.008 0.002 0.001 0.006 0.003 0.035 28 I 0.144 0.156 0.017 0.051 0.155 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.042 0.101 0.141 0.037 0.069 0.005 0.003 0.006 0.004 0.031 29 A 0.112 0.120 0.080 0.105 0.047 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.025 0.040 0.092 0.153 0.148 0.019 0.008 0.004 0.012 0.010 0.013 30 G 0.051 0.075 0.046 0.110 0.248 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.031 0.067 0.063 0.101 0.032 0.033 0.026 0.059 0.005 31 G 0.024 0.023 0.122 0.077 0.154 0.004 0.035 0.002 0.002 0.001 0.007 0.007 0.010 0.018 0.134 0.044 0.044 0.050 0.055 0.180 0.004 32 V 0.010 0.007 0.091 0.044 0.156 0.005 0.026 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.052 0.034 0.223 0.038 0.097 0.195 0.001 33 G 0.006 0.006 0.047 0.040 0.171 0.007 0.124 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.046 0.027 0.111 0.105 0.083 0.211 0.001 34 S 0.003 0.003 0.069 0.047 0.046 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.010 0.056 0.038 0.291 0.390 0.001 35 P 0.002 0.002 0.020 0.030 0.110 0.005 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.412 0.062 0.097 0.199 0.001 36 L 0.002 0.003 0.022 0.029 0.040 0.026 0.302 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.021 0.277 0.039 0.068 0.128 0.001 37 G 0.004 0.006 0.032 0.034 0.076 0.007 0.319 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.022 0.020 0.123 0.102 0.095 0.146 0.001 38 D 0.008 0.013 0.085 0.045 0.128 0.002 0.052 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.003 0.025 0.048 0.070 0.113 0.127 0.260 0.004 39 V 0.017 0.029 0.122 0.071 0.133 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.010 0.005 0.011 0.005 0.101 0.046 0.101 0.038 0.063 0.212 0.011 40 P 0.046 0.105 0.046 0.035 0.285 0.002 0.031 0.005 0.001 0.001 0.024 0.016 0.043 0.040 0.098 0.092 0.018 0.025 0.032 0.029 0.027 41 I 0.175 0.178 0.087 0.072 0.031 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.037 0.038 0.131 0.124 0.055 0.021 0.004 0.003 0.010 0.003 0.022 42 F 0.198 0.109 0.038 0.024 0.055 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.049 0.058 0.115 0.240 0.031 0.030 0.003 0.001 0.006 0.001 0.039 43 I 0.134 0.132 0.023 0.043 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.063 0.130 0.321 0.079 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.020 44 A 0.115 0.151 0.024 0.050 0.050 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.027 0.032 0.110 0.299 0.077 0.023 0.004 0.003 0.003 0.005 0.019 45 M 0.106 0.117 0.088 0.121 0.081 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.034 0.036 0.051 0.132 0.095 0.038 0.013 0.013 0.017 0.024 0.021 46 M 0.054 0.074 0.028 0.040 0.300 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 0.027 0.035 0.080 0.145 0.046 0.044 0.032 0.048 0.004 47 H 0.014 0.009 0.107 0.108 0.024 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.005 0.005 0.004 0.013 0.180 0.020 0.026 0.017 0.138 0.310 0.002 48 P 0.001 0.001 0.005 0.006 0.084 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 0.639 0.028 0.048 0.115 0.001 49 T 0.001 0.001 0.010 0.009 0.013 0.018 0.541 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.124 0.086 0.027 0.088 0.001 50 G 0.003 0.004 0.042 0.018 0.047 0.004 0.055 0.068 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.022 0.120 0.123 0.145 0.326 0.001 51 V 0.004 0.007 0.036 0.016 0.129 0.003 0.031 0.135 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.016 0.019 0.401 0.083 0.051 0.060 0.002 52 A 0.010 0.014 0.048 0.030 0.049 0.016 0.175 0.428 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.021 0.007 0.121 0.023 0.024 0.017 0.001 53 A 0.012 0.014 0.035 0.033 0.055 0.020 0.163 0.436 0.010 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.024 0.008 0.111 0.019 0.024 0.020 0.001 54 Q 0.015 0.014 0.029 0.050 0.058 0.008 0.208 0.097 0.070 0.023 0.003 0.004 0.011 0.012 0.020 0.018 0.234 0.051 0.035 0.039 0.002 55 T 0.007 0.008 0.016 0.018 0.085 0.003 0.435 0.029 0.008 0.003 0.002 0.002 0.005 0.006 0.018 0.031 0.086 0.035 0.079 0.122 0.001 56 Q 0.010 0.010 0.107 0.041 0.087 0.017 0.183 0.034 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.023 0.013 0.091 0.247 0.045 0.072 0.003 57 K 0.020 0.019 0.070 0.046 0.243 0.009 0.049 0.019 0.005 0.002 0.004 0.004 0.008 0.008 0.032 0.076 0.107 0.083 0.136 0.056 0.006 58 L 0.012 0.022 0.107 0.112 0.124 0.003 0.020 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.008 0.163 0.017 0.043 0.020 0.136 0.181 0.003 59 R 0.006 0.008 0.066 0.078 0.137 0.002 0.008 0.006 0.003 0.003 0.006 0.004 0.003 0.003 0.030 0.037 0.038 0.044 0.142 0.370 0.005 60 V 0.003 0.002 0.029 0.016 0.107 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.040 0.041 0.569 0.022 0.027 0.111 0.001 61 G 0.006 0.016 0.041 0.039 0.064 0.009 0.579 0.020 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.049 0.018 0.035 0.041 0.023 0.040 0.002 62 D 0.080 0.092 0.136 0.077 0.246 0.003 0.046 0.031 0.001 0.001 0.008 0.008 0.016 0.007 0.020 0.056 0.026 0.036 0.067 0.035 0.007 63 R 0.163 0.130 0.211 0.115 0.104 0.002 0.006 0.039 0.001 0.001 0.006 0.011 0.055 0.020 0.051 0.013 0.026 0.010 0.017 0.009 0.010 64 I 0.226 0.253 0.024 0.052 0.255 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 0.009 0.024 0.031 0.023 0.013 0.020 0.008 0.004 0.007 0.003 0.015 65 V 0.264 0.238 0.092 0.109 0.030 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 0.010 0.016 0.081 0.062 0.044 0.003 0.005 0.002 0.003 0.002 0.010 66 T 0.217 0.308 0.030 0.088 0.100 0.002 0.007 0.024 0.002 0.001 0.023 0.024 0.051 0.059 0.017 0.009 0.007 0.003 0.004 0.002 0.023 67 I 0.246 0.177 0.084 0.073 0.072 0.002 0.010 0.011 0.025 0.009 0.017 0.029 0.056 0.037 0.073 0.011 0.024 0.004 0.009 0.008 0.023 68 C 0.092 0.077 0.042 0.070 0.279 0.002 0.062 0.008 0.004 0.001 0.007 0.008 0.018 0.014 0.080 0.031 0.070 0.006 0.024 0.098 0.008 69 G 0.030 0.035 0.061 0.036 0.267 0.004 0.105 0.007 0.002 0.001 0.007 0.006 0.011 0.010 0.038 0.030 0.031 0.236 0.028 0.042 0.015 70 T 0.027 0.032 0.225 0.087 0.075 0.004 0.013 0.008 0.002 0.001 0.009 0.009 0.021 0.023 0.103 0.072 0.052 0.029 0.074 0.122 0.013 71 S 0.018 0.022 0.047 0.040 0.444 0.002 0.014 0.006 0.001 0.001 0.005 0.005 0.015 0.020 0.070 0.051 0.064 0.025 0.081 0.065 0.005 72 T 0.009 0.008 0.103 0.084 0.058 0.003 0.028 0.006 0.006 0.005 0.008 0.007 0.007 0.016 0.206 0.052 0.100 0.044 0.116 0.130 0.004 73 E 0.003 0.002 0.018 0.025 0.069 0.013 0.083 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.048 0.038 0.422 0.021 0.050 0.178 0.001 74 G 0.001 0.002 0.004 0.006 0.033 0.009 0.473 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.051 0.061 0.237 0.034 0.035 0.001 75 M 0.004 0.002 0.077 0.057 0.009 0.001 0.026 0.015 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.044 0.016 0.084 0.055 0.175 0.425 0.001 76 T 0.001 0.002 0.005 0.007 0.086 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.026 0.020 0.220 0.568 0.001 77 H 0.001 0.001 0.014 0.002 0.002 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.873 0.016 0.011 0.009 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.929 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.154 0.579 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.203 0.005 0.003 0.003 0.001 86 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.421 0.121 0.147 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.182 0.042 0.011 0.008 0.001 87 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.252 0.013 0.052 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.247 0.083 0.173 0.121 0.001 88 S 0.001 0.001 0.006 0.003 0.011 0.001 0.242 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.152 0.233 0.141 0.176 0.001 89 G 0.001 0.001 0.019 0.008 0.028 0.003 0.192 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.067 0.058 0.321 0.096 0.188 0.001 90 S 0.006 0.020 0.138 0.056 0.150 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.005 0.074 0.095 0.045 0.084 0.104 0.161 0.009 91 I 0.033 0.096 0.091 0.045 0.294 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.030 0.015 0.038 0.032 0.137 0.092 0.009 0.011 0.023 0.019 0.028 92 E 0.097 0.164 0.089 0.076 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.040 0.103 0.072 0.175 0.019 0.002 0.001 0.004 0.002 0.050 93 M 0.171 0.184 0.012 0.012 0.137 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.063 0.127 0.067 0.032 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 94 Q 0.238 0.221 0.086 0.073 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.039 0.134 0.043 0.083 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 95 V 0.226 0.301 0.009 0.025 0.190 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.025 0.069 0.021 0.012 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 96 V 0.263 0.258 0.096 0.112 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.025 0.076 0.020 0.083 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 97 A 0.114 0.105 0.040 0.101 0.423 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.015 0.007 0.032 0.047 0.023 0.008 0.017 0.046 0.004 98 G 0.026 0.027 0.084 0.073 0.209 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.126 0.027 0.048 0.037 0.074 0.202 0.002 99 G 0.005 0.004 0.097 0.052 0.064 0.005 0.047 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.063 0.016 0.229 0.068 0.069 0.271 0.001 100 D 0.005 0.004 0.036 0.030 0.153 0.010 0.182 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.026 0.082 0.108 0.172 0.163 0.001 101 V 0.003 0.003 0.105 0.082 0.036 0.003 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 0.012 0.087 0.064 0.157 0.362 0.001 102 S 0.002 0.003 0.018 0.026 0.158 0.002 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.036 0.039 0.193 0.463 0.001 103 E 0.002 0.002 0.069 0.058 0.047 0.002 0.024 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.015 0.331 0.074 0.135 0.186 0.001 104 T 0.003 0.005 0.031 0.041 0.131 0.023 0.212 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.019 0.115 0.041 0.077 0.216 0.001 105 S 0.006 0.008 0.064 0.073 0.109 0.006 0.120 0.044 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.035 0.026 0.105 0.074 0.184 0.133 0.002 106 V 0.012 0.018 0.056 0.080 0.219 0.004 0.051 0.043 0.002 0.001 0.004 0.003 0.009 0.003 0.050 0.041 0.077 0.078 0.123 0.125 0.003