# TARGET T0366 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1382 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.017 0.042 0.432 0.006 0.044 0.070 0.006 0.005 0.020 0.128 0.076 0.039 0.116 2 E 0.027 0.030 0.276 0.014 0.082 0.108 0.008 0.004 0.019 0.143 0.066 0.126 0.096 3 N 0.026 0.027 0.258 0.020 0.156 0.095 0.008 0.003 0.017 0.069 0.134 0.035 0.152 4 L 0.021 0.023 0.295 0.012 0.157 0.085 0.004 0.001 0.019 0.086 0.197 0.040 0.061 5 Y 0.022 0.029 0.342 0.020 0.079 0.041 0.003 0.001 0.015 0.165 0.150 0.042 0.093 6 F 0.021 0.038 0.303 0.006 0.057 0.032 0.003 0.001 0.011 0.173 0.129 0.119 0.106 7 Q 0.023 0.053 0.374 0.004 0.025 0.017 0.002 0.001 0.006 0.142 0.101 0.044 0.208 8 S 0.004 0.029 0.569 0.011 0.019 0.009 0.001 0.001 0.003 0.153 0.077 0.040 0.086 9 M 0.001 0.005 0.139 0.012 0.021 0.010 0.001 0.001 0.001 0.260 0.515 0.014 0.021 10 G 0.001 0.004 0.213 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.398 0.321 0.011 0.024 11 L 0.004 0.012 0.632 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.009 0.130 0.012 0.065 0.125 12 R 0.037 0.009 0.422 0.022 0.001 0.002 0.011 0.001 0.029 0.020 0.003 0.081 0.363 13 T 0.174 0.006 0.105 0.020 0.001 0.001 0.022 0.001 0.027 0.009 0.001 0.365 0.267 14 V 0.269 0.002 0.039 0.032 0.001 0.001 0.032 0.002 0.013 0.003 0.001 0.138 0.468 15 E 0.335 0.001 0.020 0.021 0.001 0.001 0.039 0.002 0.008 0.002 0.001 0.366 0.205 16 M 0.294 0.001 0.017 0.017 0.001 0.001 0.032 0.001 0.006 0.001 0.001 0.100 0.529 17 K 0.268 0.002 0.040 0.014 0.001 0.001 0.022 0.001 0.010 0.003 0.001 0.356 0.281 18 K 0.162 0.009 0.066 0.024 0.002 0.002 0.014 0.001 0.010 0.029 0.007 0.098 0.576 19 G 0.015 0.014 0.356 0.009 0.012 0.004 0.001 0.001 0.005 0.195 0.051 0.153 0.184 20 P 0.001 0.004 0.086 0.007 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.332 0.495 0.009 0.028 21 T 0.001 0.003 0.072 0.010 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 0.330 0.520 0.008 0.011 22 D 0.002 0.010 0.171 0.014 0.043 0.007 0.001 0.001 0.001 0.487 0.207 0.031 0.027 23 S 0.022 0.017 0.492 0.025 0.023 0.005 0.002 0.001 0.004 0.166 0.088 0.024 0.132 24 L 0.187 0.042 0.213 0.036 0.011 0.004 0.020 0.002 0.010 0.077 0.029 0.189 0.179 25 G 0.390 0.012 0.087 0.021 0.003 0.003 0.059 0.007 0.019 0.016 0.010 0.138 0.236 26 I 0.564 0.006 0.039 0.012 0.003 0.003 0.113 0.017 0.015 0.010 0.004 0.085 0.126 27 S 0.655 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.100 0.014 0.024 0.002 0.001 0.108 0.066 28 I 0.625 0.005 0.026 0.005 0.002 0.002 0.091 0.018 0.024 0.003 0.002 0.028 0.170 29 A 0.537 0.007 0.065 0.030 0.002 0.002 0.030 0.007 0.044 0.020 0.006 0.173 0.077 30 G 0.174 0.017 0.216 0.021 0.007 0.004 0.006 0.003 0.039 0.107 0.031 0.100 0.274 31 G 0.022 0.020 0.399 0.015 0.025 0.008 0.001 0.001 0.008 0.242 0.104 0.044 0.111 32 V 0.006 0.022 0.222 0.017 0.061 0.018 0.001 0.001 0.003 0.324 0.264 0.023 0.038 33 G 0.004 0.026 0.296 0.008 0.097 0.025 0.001 0.001 0.003 0.280 0.201 0.019 0.040 34 S 0.001 0.019 0.420 0.006 0.102 0.030 0.001 0.001 0.002 0.274 0.099 0.017 0.029 35 P 0.002 0.018 0.306 0.003 0.136 0.047 0.001 0.001 0.002 0.203 0.232 0.019 0.032 36 L 0.002 0.021 0.225 0.004 0.100 0.037 0.001 0.001 0.001 0.195 0.382 0.010 0.021 37 G 0.002 0.019 0.270 0.008 0.053 0.040 0.001 0.001 0.001 0.176 0.393 0.020 0.017 38 D 0.006 0.021 0.339 0.014 0.025 0.021 0.001 0.001 0.001 0.212 0.308 0.014 0.037 39 V 0.026 0.010 0.473 0.020 0.011 0.010 0.003 0.001 0.004 0.223 0.121 0.048 0.051 40 P 0.121 0.007 0.273 0.031 0.008 0.005 0.032 0.007 0.032 0.156 0.041 0.084 0.203 41 I 0.318 0.005 0.056 0.003 0.001 0.002 0.202 0.072 0.125 0.007 0.002 0.050 0.156 42 F 0.364 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.258 0.062 0.139 0.001 0.001 0.126 0.034 43 I 0.181 0.004 0.023 0.006 0.001 0.001 0.138 0.091 0.356 0.002 0.001 0.015 0.182 44 A 0.093 0.001 0.051 0.508 0.001 0.001 0.045 0.025 0.161 0.010 0.003 0.079 0.025 45 M 0.105 0.007 0.183 0.017 0.002 0.001 0.057 0.016 0.253 0.037 0.003 0.133 0.187 46 M 0.042 0.034 0.240 0.004 0.008 0.001 0.035 0.009 0.204 0.065 0.003 0.044 0.310 47 H 0.008 0.035 0.634 0.010 0.008 0.001 0.005 0.001 0.062 0.070 0.010 0.051 0.105 48 P 0.001 0.007 0.111 0.005 0.019 0.016 0.001 0.001 0.003 0.277 0.527 0.008 0.027 49 T 0.001 0.007 0.224 0.001 0.012 0.030 0.001 0.001 0.001 0.226 0.492 0.001 0.005 50 G 0.001 0.006 0.431 0.001 0.012 0.199 0.001 0.001 0.001 0.299 0.047 0.002 0.004 51 V 0.001 0.002 0.050 0.001 0.018 0.872 0.001 0.001 0.001 0.010 0.045 0.001 0.002 52 A 0.001 0.006 0.020 0.001 0.044 0.880 0.001 0.001 0.001 0.018 0.027 0.001 0.003 53 A 0.001 0.003 0.020 0.001 0.071 0.853 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 0.001 0.003 54 Q 0.004 0.009 0.032 0.001 0.058 0.746 0.003 0.001 0.002 0.021 0.108 0.004 0.012 55 T 0.001 0.009 0.042 0.001 0.052 0.168 0.001 0.001 0.001 0.033 0.689 0.001 0.003 56 Q 0.001 0.001 0.084 0.003 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 0.167 0.711 0.001 0.002 57 K 0.001 0.023 0.622 0.003 0.031 0.004 0.001 0.001 0.009 0.216 0.045 0.013 0.033 58 L 0.001 0.277 0.588 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 0.017 0.004 0.011 0.064 59 R 0.001 0.014 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.002 0.018 60 V 0.001 0.001 0.052 0.012 0.029 0.015 0.001 0.001 0.001 0.105 0.768 0.008 0.008 61 G 0.004 0.001 0.042 0.019 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 0.126 0.736 0.006 0.019 62 D 0.052 0.007 0.537 0.004 0.020 0.030 0.005 0.001 0.020 0.063 0.017 0.035 0.209 63 R 0.276 0.012 0.124 0.003 0.001 0.017 0.028 0.018 0.164 0.011 0.002 0.133 0.210 64 I 0.285 0.033 0.051 0.014 0.001 0.009 0.034 0.034 0.052 0.002 0.002 0.078 0.405 65 V 0.535 0.003 0.028 0.054 0.002 0.005 0.038 0.018 0.009 0.004 0.003 0.218 0.082 66 T 0.619 0.002 0.024 0.015 0.005 0.011 0.031 0.002 0.004 0.009 0.007 0.030 0.240 67 I 0.443 0.008 0.044 0.001 0.002 0.005 0.029 0.001 0.012 0.014 0.010 0.213 0.218 68 C 0.006 0.004 0.097 0.012 0.006 0.007 0.001 0.001 0.002 0.138 0.663 0.035 0.029 69 G 0.001 0.001 0.075 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.632 0.003 0.012 70 T 0.007 0.010 0.158 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.088 0.012 0.641 0.073 71 S 0.005 0.067 0.411 0.003 0.003 0.004 0.006 0.001 0.015 0.013 0.005 0.006 0.459 72 T 0.023 0.038 0.362 0.041 0.103 0.034 0.023 0.001 0.048 0.045 0.034 0.172 0.076 73 E 0.007 0.008 0.121 0.103 0.171 0.036 0.008 0.001 0.025 0.128 0.287 0.027 0.078 74 G 0.001 0.004 0.081 0.031 0.103 0.014 0.002 0.001 0.011 0.122 0.580 0.028 0.024 75 M 0.001 0.043 0.605 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.019 0.184 0.010 0.051 0.071 76 T 0.001 0.066 0.698 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.041 0.044 0.008 0.005 0.105 77 H 0.001 0.001 0.028 0.001 0.006 0.925 0.001 0.001 0.001 0.016 0.022 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.836 0.001 0.001 0.001 0.008 0.133 0.001 0.001 86 N 0.001 0.001 0.038 0.001 0.012 0.534 0.001 0.001 0.001 0.051 0.362 0.001 0.001 87 A 0.001 0.005 0.387 0.001 0.024 0.110 0.001 0.001 0.001 0.212 0.255 0.002 0.005 88 S 0.001 0.003 0.211 0.001 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 0.266 0.467 0.001 0.003 89 G 0.001 0.001 0.146 0.004 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.418 0.386 0.006 0.003 90 S 0.011 0.013 0.430 0.006 0.016 0.002 0.006 0.001 0.056 0.209 0.076 0.029 0.146 91 I 0.135 0.012 0.171 0.010 0.001 0.001 0.081 0.007 0.210 0.019 0.003 0.224 0.128 92 E 0.308 0.002 0.035 0.040 0.001 0.001 0.169 0.038 0.159 0.007 0.001 0.050 0.192 93 M 0.322 0.001 0.023 0.019 0.001 0.001 0.237 0.104 0.107 0.002 0.001 0.114 0.071 94 Q 0.258 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.275 0.102 0.187 0.002 0.001 0.076 0.072 95 V 0.256 0.004 0.048 0.011 0.001 0.001 0.211 0.031 0.152 0.003 0.001 0.038 0.243 96 V 0.209 0.003 0.099 0.052 0.001 0.001 0.081 0.007 0.140 0.016 0.003 0.272 0.117 97 A 0.056 0.010 0.331 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.057 0.062 0.007 0.108 0.341 98 G 0.005 0.018 0.617 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.011 0.148 0.032 0.020 0.120 99 G 0.001 0.008 0.221 0.009 0.042 0.014 0.001 0.001 0.002 0.429 0.241 0.021 0.012 100 D 0.001 0.014 0.365 0.004 0.049 0.024 0.001 0.001 0.001 0.292 0.223 0.004 0.024 101 V 0.001 0.019 0.703 0.001 0.034 0.020 0.001 0.001 0.002 0.121 0.041 0.022 0.036 102 S 0.002 0.045 0.635 0.004 0.040 0.031 0.001 0.001 0.002 0.122 0.061 0.012 0.046 103 E 0.002 0.028 0.372 0.003 0.092 0.058 0.001 0.001 0.001 0.290 0.108 0.021 0.024 104 T 0.002 0.014 0.378 0.003 0.082 0.072 0.001 0.001 0.001 0.202 0.196 0.015 0.032 105 S 0.003 0.040 0.583 0.001 0.041 0.065 0.001 0.001 0.004 0.071 0.118 0.021 0.053 106 V 0.001 0.007 0.928 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.006 0.016