# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.178 0.181 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.053 0.067 0.428 2 E 0.071 0.166 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.120 0.062 0.087 0.473 3 N 0.092 0.172 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.071 0.071 0.100 0.470 4 L 0.105 0.085 0.006 0.004 0.003 0.006 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.156 0.106 0.357 5 Y 0.031 0.088 0.008 0.012 0.002 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.118 0.101 0.551 6 F 0.043 0.028 0.051 0.007 0.089 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.069 0.138 0.092 0.465 7 Q 0.159 0.010 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.092 0.044 0.087 0.589 8 S 0.255 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.053 0.074 0.552 9 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.019 0.101 0.819 10 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.023 0.073 0.652 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.013 0.081 0.683 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.603 0.032 0.035 0.311 13 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.011 0.012 0.007 0.267 0.064 0.036 0.548 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.003 0.003 0.818 0.023 0.010 0.124 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.650 0.037 0.017 0.277 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.019 0.078 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.501 0.040 0.025 0.277 17 K 0.005 0.001 0.001 0.002 0.027 0.067 0.125 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.298 0.040 0.041 0.362 18 K 0.013 0.001 0.001 0.002 0.009 0.007 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.024 0.079 0.774 19 G 0.063 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.035 0.087 0.772 20 P 0.098 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.030 0.089 0.753 21 T 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.033 0.109 0.753 22 D 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.057 0.144 0.676 23 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.056 0.015 0.008 0.011 0.002 0.004 0.002 0.139 0.070 0.127 0.541 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.029 0.031 0.061 0.059 0.023 0.010 0.328 0.083 0.069 0.292 25 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.037 0.053 0.164 0.028 0.022 0.517 0.091 0.012 0.055 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.043 0.008 0.673 0.061 0.028 0.133 27 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.014 0.009 0.856 0.053 0.008 0.034 28 I 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.585 0.075 0.056 0.253 29 A 0.017 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.551 0.114 0.069 0.212 30 G 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.037 0.121 0.574 31 G 0.082 0.004 0.002 0.001 0.004 0.019 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.123 0.106 0.513 32 V 0.010 0.004 0.001 0.006 0.029 0.086 0.027 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.051 0.125 0.574 33 G 0.014 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.020 0.090 0.838 34 S 0.368 0.005 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 0.081 0.089 0.403 35 P 0.175 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.036 0.094 0.667 36 L 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.022 0.043 0.087 0.778 37 G 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 0.003 0.012 0.002 0.004 0.002 0.002 0.039 0.029 0.119 0.741 38 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.047 0.012 0.003 0.006 0.001 0.004 0.001 0.085 0.028 0.154 0.642 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.005 0.027 0.029 0.018 0.008 0.164 0.041 0.141 0.550 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.019 0.009 0.109 0.017 0.022 0.487 0.061 0.048 0.218 41 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.014 0.009 0.733 0.053 0.028 0.141 42 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.008 0.852 0.056 0.010 0.062 43 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.744 0.036 0.029 0.176 44 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.723 0.033 0.041 0.188 45 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.308 0.055 0.120 0.461 46 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.037 0.115 0.502 47 H 0.399 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.100 0.068 0.302 48 P 0.066 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.027 0.092 0.696 49 T 0.045 0.188 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.018 0.066 0.649 50 G 0.134 0.435 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.186 0.043 0.156 51 V 0.102 0.132 0.017 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.465 0.062 0.174 52 A 0.039 0.109 0.049 0.013 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.001 0.002 0.001 0.026 0.347 0.084 0.286 53 A 0.333 0.026 0.021 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.002 0.004 0.036 0.099 0.077 0.371 54 Q 0.170 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.044 0.096 0.619 55 T 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.019 0.102 0.831 56 Q 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.054 0.123 0.566 57 K 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.036 0.139 0.664 58 L 0.013 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.403 0.030 0.100 0.418 59 R 0.441 0.007 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.003 0.002 0.150 0.101 0.047 0.226 60 V 0.121 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.225 0.079 0.102 0.449 61 G 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.043 0.146 0.606 62 D 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.619 0.090 0.059 0.209 63 R 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.682 0.122 0.026 0.142 64 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.060 0.008 0.063 65 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.421 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.468 0.040 0.007 0.047 66 T 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.829 0.016 0.016 0.112 67 I 0.502 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.051 0.042 0.205 68 C 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.021 0.127 0.786 69 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.042 0.072 0.776 70 T 0.009 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.675 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.019 0.023 0.217 71 S 0.217 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.027 0.060 0.535 72 T 0.193 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.001 0.002 0.001 0.024 0.083 0.070 0.476 73 E 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.047 0.005 0.007 0.058 0.029 0.104 0.709 74 G 0.011 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.078 0.115 0.716 75 M 0.002 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.052 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.128 0.143 0.451 76 T 0.016 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.007 0.040 77 H 0.009 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 0.021 78 T 0.004 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.308 0.003 0.025 79 Q 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.012 80 A 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 81 V 0.005 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.026 82 N 0.017 0.435 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.430 0.026 0.065 83 L 0.152 0.428 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.057 0.139 84 L 0.307 0.053 0.061 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.275 0.052 0.219 85 K 0.022 0.005 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.103 0.795 86 N 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.074 0.870 87 A 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.050 0.138 0.695 88 S 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.026 0.161 0.795 89 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.029 0.133 0.734 90 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.050 0.103 0.467 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.627 0.046 0.059 0.264 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.011 0.007 0.822 0.063 0.009 0.072 93 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.800 0.045 0.015 0.127 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.035 0.002 0.015 95 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.535 0.090 0.035 0.305 96 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.832 0.042 0.015 0.098 97 A 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.048 0.100 0.596 98 G 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.033 0.102 0.797 99 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.022 0.105 0.834 100 D 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.019 0.119 0.803 101 V 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.024 0.109 0.805 102 S 0.058 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.034 0.065 0.092 0.730 103 E 0.086 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.004 0.001 0.018 0.020 0.068 0.785 104 T 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.036 0.020 0.096 0.824 105 S 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.027 0.097 0.787 106 V 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.024 0.120 0.808