# TARGET T0366 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.009 0.011 0.011 0.028 0.031 0.046 0.114 0.155 0.212 0.203 0.180 2 E 0.006 0.009 0.012 0.038 0.055 0.095 0.193 0.187 0.169 0.140 0.096 3 N 0.003 0.009 0.014 0.027 0.035 0.048 0.127 0.179 0.223 0.190 0.145 4 L 0.008 0.010 0.013 0.027 0.030 0.043 0.104 0.150 0.205 0.220 0.190 5 Y 0.009 0.013 0.015 0.048 0.062 0.074 0.157 0.164 0.195 0.161 0.102 6 F 0.024 0.039 0.035 0.097 0.103 0.114 0.179 0.146 0.134 0.083 0.047 7 Q 0.037 0.051 0.053 0.122 0.117 0.124 0.155 0.119 0.104 0.074 0.044 8 S 0.107 0.107 0.061 0.119 0.107 0.102 0.141 0.096 0.081 0.051 0.030 9 M 0.281 0.151 0.067 0.130 0.090 0.081 0.084 0.048 0.036 0.022 0.009 10 G 0.405 0.156 0.056 0.106 0.077 0.055 0.061 0.033 0.025 0.016 0.009 11 L 0.096 0.095 0.065 0.151 0.106 0.102 0.129 0.089 0.077 0.058 0.034 12 R 0.076 0.091 0.061 0.139 0.127 0.132 0.149 0.087 0.069 0.046 0.023 13 T 0.051 0.095 0.080 0.198 0.150 0.130 0.123 0.074 0.055 0.030 0.014 14 V 0.036 0.030 0.037 0.073 0.086 0.110 0.180 0.150 0.143 0.103 0.052 15 E 0.028 0.062 0.074 0.178 0.187 0.137 0.154 0.081 0.058 0.028 0.013 16 M 0.017 0.030 0.038 0.095 0.110 0.123 0.202 0.152 0.119 0.077 0.035 17 K 0.035 0.061 0.066 0.194 0.197 0.150 0.145 0.072 0.046 0.023 0.010 18 K 0.088 0.128 0.099 0.182 0.142 0.120 0.118 0.059 0.038 0.018 0.008 19 G 0.235 0.206 0.071 0.156 0.104 0.079 0.072 0.036 0.022 0.013 0.005 20 P 0.403 0.210 0.064 0.120 0.071 0.050 0.039 0.019 0.012 0.008 0.005 21 T 0.379 0.235 0.075 0.130 0.078 0.044 0.031 0.013 0.008 0.004 0.002 22 D 0.157 0.154 0.064 0.217 0.160 0.102 0.076 0.035 0.020 0.010 0.005 23 S 0.040 0.088 0.050 0.200 0.201 0.167 0.126 0.063 0.035 0.019 0.010 24 L 0.001 0.003 0.003 0.017 0.038 0.070 0.188 0.225 0.213 0.156 0.087 25 G 0.006 0.019 0.018 0.099 0.131 0.163 0.200 0.140 0.099 0.069 0.056 26 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.049 0.122 0.245 0.302 0.262 27 S 0.005 0.016 0.013 0.089 0.123 0.118 0.195 0.164 0.116 0.080 0.081 28 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.034 0.077 0.173 0.320 0.381 29 A 0.005 0.018 0.020 0.117 0.140 0.154 0.211 0.128 0.100 0.061 0.046 30 G 0.026 0.038 0.022 0.084 0.090 0.106 0.182 0.147 0.128 0.109 0.068 31 G 0.066 0.066 0.044 0.129 0.117 0.109 0.141 0.097 0.080 0.082 0.069 32 V 0.139 0.156 0.063 0.157 0.125 0.087 0.112 0.056 0.046 0.034 0.025 33 G 0.343 0.141 0.035 0.096 0.080 0.078 0.072 0.045 0.043 0.035 0.030 34 S 0.120 0.138 0.041 0.131 0.099 0.082 0.101 0.073 0.077 0.068 0.069 35 P 0.361 0.158 0.054 0.122 0.079 0.066 0.062 0.027 0.026 0.022 0.022 36 L 0.192 0.119 0.054 0.136 0.112 0.105 0.108 0.065 0.054 0.035 0.021 37 G 0.209 0.113 0.054 0.140 0.105 0.091 0.093 0.059 0.053 0.042 0.040 38 D 0.182 0.199 0.115 0.214 0.126 0.072 0.047 0.020 0.012 0.007 0.005 39 V 0.018 0.040 0.020 0.101 0.135 0.155 0.208 0.135 0.099 0.064 0.025 40 P 0.009 0.027 0.019 0.124 0.191 0.208 0.196 0.100 0.061 0.039 0.026 41 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.027 0.105 0.183 0.250 0.245 0.169 42 F 0.001 0.004 0.007 0.054 0.107 0.148 0.255 0.180 0.125 0.072 0.047 43 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.043 0.114 0.207 0.293 0.326 44 A 0.005 0.008 0.008 0.078 0.146 0.158 0.240 0.165 0.110 0.053 0.028 45 M 0.068 0.165 0.051 0.219 0.159 0.103 0.116 0.055 0.036 0.018 0.008 46 M 0.001 0.002 0.001 0.009 0.012 0.018 0.059 0.110 0.197 0.281 0.309 47 H 0.038 0.123 0.046 0.195 0.216 0.152 0.127 0.053 0.029 0.013 0.009 48 P 0.359 0.206 0.059 0.140 0.086 0.054 0.048 0.023 0.014 0.008 0.003 49 T 0.354 0.123 0.050 0.142 0.105 0.081 0.071 0.032 0.022 0.014 0.008 50 G 0.151 0.154 0.039 0.109 0.088 0.088 0.093 0.072 0.083 0.068 0.056 51 V 0.077 0.118 0.046 0.121 0.112 0.115 0.128 0.096 0.088 0.061 0.040 52 A 0.111 0.035 0.031 0.060 0.063 0.087 0.157 0.125 0.141 0.106 0.084 53 A 0.149 0.097 0.128 0.195 0.142 0.101 0.086 0.043 0.030 0.017 0.012 54 Q 0.040 0.093 0.111 0.214 0.165 0.132 0.099 0.055 0.044 0.026 0.019 55 T 0.074 0.045 0.047 0.059 0.064 0.079 0.124 0.121 0.140 0.125 0.123 56 Q 0.539 0.142 0.092 0.102 0.053 0.033 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 57 K 0.096 0.148 0.093 0.205 0.161 0.118 0.108 0.036 0.021 0.009 0.004 58 L 0.004 0.002 0.002 0.005 0.006 0.011 0.037 0.070 0.152 0.224 0.486 59 R 0.100 0.175 0.152 0.213 0.147 0.108 0.069 0.018 0.011 0.005 0.004 60 V 0.090 0.132 0.133 0.197 0.124 0.111 0.111 0.049 0.031 0.017 0.006 61 G 0.479 0.147 0.063 0.129 0.075 0.045 0.029 0.013 0.009 0.006 0.005 62 D 0.002 0.012 0.015 0.082 0.135 0.166 0.251 0.149 0.107 0.055 0.026 63 R 0.008 0.050 0.047 0.182 0.226 0.209 0.174 0.056 0.026 0.013 0.009 64 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.011 0.054 0.110 0.200 0.282 0.328 65 V 0.001 0.003 0.005 0.023 0.046 0.077 0.214 0.215 0.203 0.139 0.074 66 T 0.006 0.041 0.051 0.196 0.153 0.121 0.133 0.101 0.092 0.061 0.045 67 I 0.001 0.002 0.003 0.009 0.015 0.030 0.101 0.156 0.256 0.251 0.176 68 C 0.006 0.020 0.026 0.116 0.143 0.128 0.216 0.162 0.108 0.050 0.025 69 G 0.186 0.165 0.071 0.191 0.135 0.091 0.087 0.035 0.021 0.011 0.007 70 T 0.093 0.149 0.095 0.250 0.172 0.108 0.070 0.033 0.018 0.009 0.004 71 S 0.245 0.254 0.062 0.165 0.113 0.064 0.049 0.022 0.014 0.008 0.004 72 T 0.042 0.024 0.011 0.028 0.041 0.056 0.121 0.125 0.203 0.166 0.182 73 E 0.141 0.205 0.074 0.206 0.142 0.090 0.083 0.032 0.016 0.007 0.003 74 G 0.560 0.153 0.049 0.104 0.055 0.037 0.025 0.007 0.005 0.002 0.002 75 M 0.025 0.024 0.012 0.048 0.068 0.089 0.158 0.176 0.157 0.142 0.100 76 T 0.068 0.623 0.056 0.106 0.051 0.034 0.025 0.013 0.010 0.008 0.006 77 H 0.014 0.022 0.018 0.075 0.157 0.226 0.231 0.118 0.082 0.037 0.020 78 T 0.742 0.127 0.030 0.043 0.025 0.015 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 79 Q 0.004 0.028 0.059 0.376 0.272 0.145 0.083 0.022 0.007 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.077 0.198 0.340 0.352 81 V 0.001 0.001 0.013 0.045 0.119 0.299 0.311 0.119 0.056 0.026 0.013 82 N 0.002 0.016 0.577 0.250 0.094 0.038 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.033 0.120 0.378 0.212 0.117 0.080 0.047 84 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.025 0.078 0.213 0.340 0.332 85 K 0.001 0.009 0.111 0.182 0.296 0.198 0.137 0.041 0.015 0.006 0.003 86 N 0.021 0.074 0.592 0.166 0.080 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 87 A 0.007 0.007 0.007 0.015 0.028 0.068 0.239 0.184 0.175 0.155 0.115 88 S 0.446 0.256 0.046 0.090 0.045 0.034 0.040 0.019 0.013 0.007 0.004 89 G 0.534 0.153 0.067 0.104 0.058 0.039 0.024 0.010 0.006 0.003 0.002 90 S 0.155 0.228 0.111 0.244 0.123 0.067 0.043 0.014 0.008 0.004 0.002 91 I 0.007 0.007 0.006 0.023 0.037 0.084 0.224 0.202 0.195 0.134 0.080 92 E 0.021 0.082 0.100 0.380 0.240 0.113 0.043 0.012 0.005 0.002 0.001 93 M 0.002 0.002 0.004 0.006 0.008 0.019 0.084 0.160 0.261 0.257 0.197 94 Q 0.008 0.041 0.062 0.335 0.303 0.149 0.068 0.021 0.009 0.003 0.001 95 V 0.001 0.004 0.004 0.007 0.010 0.015 0.061 0.110 0.228 0.286 0.274 96 V 0.008 0.032 0.054 0.229 0.257 0.171 0.138 0.058 0.034 0.012 0.006 97 A 0.042 0.090 0.057 0.116 0.125 0.125 0.200 0.111 0.080 0.039 0.015 98 G 0.212 0.173 0.077 0.224 0.145 0.072 0.051 0.022 0.014 0.007 0.003 99 G 0.414 0.184 0.057 0.108 0.082 0.058 0.051 0.023 0.013 0.007 0.003 100 D 0.562 0.236 0.045 0.086 0.039 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 101 V 0.084 0.056 0.015 0.053 0.070 0.097 0.171 0.158 0.147 0.103 0.046 102 S 0.323 0.338 0.049 0.111 0.063 0.038 0.034 0.018 0.013 0.008 0.004 103 E 0.412 0.130 0.072 0.154 0.104 0.063 0.037 0.015 0.008 0.003 0.001 104 T 0.280 0.133 0.060 0.113 0.089 0.089 0.094 0.057 0.041 0.028 0.015 105 S 0.181 0.248 0.108 0.205 0.121 0.055 0.036 0.021 0.013 0.007 0.004 106 V 0.269 0.080 0.023 0.067 0.085 0.083 0.114 0.100 0.081 0.062 0.034