# TARGET T0366 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1382 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.106 0.118 0.132 0.073 0.162 0.034 0.038 0.090 0.082 0.112 0.055 2 E 0.079 0.197 0.070 0.035 0.178 0.054 0.073 0.100 0.084 0.086 0.043 3 N 0.169 0.095 0.075 0.021 0.259 0.008 0.011 0.050 0.060 0.152 0.099 4 L 0.151 0.145 0.057 0.023 0.240 0.022 0.033 0.095 0.095 0.085 0.054 5 Y 0.123 0.216 0.103 0.023 0.283 0.013 0.019 0.078 0.053 0.050 0.041 6 F 0.086 0.234 0.092 0.020 0.198 0.018 0.046 0.142 0.077 0.055 0.032 7 Q 0.113 0.163 0.085 0.027 0.166 0.027 0.052 0.143 0.081 0.090 0.054 8 S 0.094 0.146 0.119 0.043 0.183 0.038 0.046 0.144 0.077 0.072 0.038 9 M 0.026 0.131 0.096 0.063 0.074 0.064 0.133 0.206 0.123 0.073 0.011 10 G 0.066 0.100 0.102 0.054 0.096 0.022 0.036 0.077 0.075 0.300 0.072 11 L 0.124 0.351 0.060 0.005 0.369 0.004 0.008 0.018 0.013 0.024 0.024 12 R 0.242 0.149 0.018 0.004 0.512 0.005 0.009 0.010 0.005 0.011 0.034 13 T 0.238 0.138 0.010 0.004 0.572 0.005 0.004 0.005 0.002 0.005 0.018 14 V 0.332 0.064 0.004 0.001 0.568 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.024 15 E 0.298 0.085 0.008 0.002 0.567 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.031 16 M 0.276 0.132 0.022 0.003 0.506 0.003 0.002 0.004 0.002 0.005 0.045 17 K 0.241 0.205 0.056 0.007 0.405 0.005 0.004 0.009 0.004 0.014 0.051 18 K 0.127 0.230 0.085 0.063 0.222 0.044 0.048 0.060 0.029 0.041 0.050 19 G 0.049 0.227 0.329 0.144 0.091 0.032 0.023 0.034 0.021 0.027 0.023 20 P 0.047 0.123 0.088 0.082 0.073 0.086 0.133 0.210 0.107 0.033 0.018 21 T 0.030 0.075 0.084 0.145 0.042 0.094 0.096 0.091 0.113 0.183 0.047 22 D 0.021 0.189 0.271 0.228 0.068 0.052 0.036 0.029 0.033 0.055 0.018 23 S 0.088 0.087 0.063 0.046 0.112 0.070 0.107 0.110 0.117 0.125 0.075 24 L 0.185 0.209 0.051 0.013 0.336 0.006 0.006 0.013 0.022 0.066 0.093 25 G 0.171 0.093 0.060 0.109 0.339 0.033 0.020 0.013 0.014 0.056 0.093 26 I 0.252 0.172 0.014 0.001 0.527 0.001 0.002 0.005 0.004 0.005 0.017 27 S 0.190 0.150 0.023 0.001 0.592 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.031 28 I 0.486 0.051 0.010 0.005 0.275 0.008 0.008 0.017 0.010 0.025 0.104 29 A 0.059 0.210 0.105 0.087 0.204 0.084 0.105 0.053 0.028 0.041 0.025 30 G 0.101 0.144 0.074 0.163 0.130 0.056 0.034 0.039 0.038 0.129 0.090 31 G 0.058 0.103 0.095 0.091 0.122 0.029 0.032 0.084 0.093 0.216 0.078 32 V 0.055 0.187 0.067 0.041 0.125 0.040 0.095 0.170 0.115 0.080 0.027 33 G 0.122 0.076 0.042 0.038 0.142 0.026 0.052 0.068 0.068 0.253 0.113 34 S 0.056 0.202 0.199 0.093 0.126 0.041 0.041 0.080 0.058 0.072 0.033 35 P 0.038 0.091 0.102 0.082 0.056 0.086 0.101 0.183 0.126 0.100 0.035 36 L 0.033 0.149 0.134 0.074 0.084 0.067 0.086 0.137 0.103 0.109 0.024 37 G 0.072 0.075 0.056 0.052 0.100 0.038 0.070 0.098 0.091 0.254 0.095 38 D 0.145 0.128 0.057 0.034 0.201 0.032 0.030 0.062 0.071 0.169 0.069 39 V 0.066 0.263 0.177 0.071 0.188 0.024 0.038 0.051 0.034 0.060 0.029 40 P 0.174 0.202 0.075 0.017 0.393 0.005 0.009 0.019 0.016 0.042 0.048 41 I 0.193 0.193 0.015 0.001 0.574 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.013 42 F 0.134 0.224 0.028 0.001 0.582 0.005 0.004 0.005 0.001 0.004 0.013 43 I 0.497 0.031 0.005 0.002 0.347 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.103 44 A 0.039 0.086 0.039 0.129 0.088 0.245 0.194 0.092 0.038 0.037 0.013 45 M 0.100 0.298 0.078 0.001 0.424 0.001 0.001 0.009 0.007 0.039 0.042 46 M 0.229 0.160 0.021 0.007 0.437 0.011 0.020 0.026 0.013 0.024 0.052 47 H 0.019 0.302 0.491 0.082 0.072 0.011 0.007 0.005 0.002 0.003 0.005 48 P 0.016 0.031 0.018 0.024 0.020 0.152 0.346 0.286 0.089 0.010 0.008 49 T 0.023 0.026 0.041 0.080 0.017 0.021 0.012 0.017 0.033 0.628 0.101 50 G 0.009 0.263 0.461 0.142 0.045 0.009 0.003 0.008 0.006 0.035 0.018 51 V 0.055 0.289 0.126 0.007 0.124 0.005 0.010 0.199 0.091 0.072 0.025 52 A 0.010 0.064 0.007 0.002 0.070 0.004 0.015 0.588 0.205 0.030 0.004 53 A 0.022 0.023 0.023 0.006 0.011 0.017 0.071 0.632 0.167 0.021 0.009 54 Q 0.017 0.011 0.019 0.013 0.019 0.028 0.094 0.504 0.226 0.057 0.012 55 T 0.009 0.677 0.137 0.054 0.057 0.004 0.005 0.019 0.014 0.016 0.006 56 Q 0.007 0.021 0.025 0.022 0.011 0.009 0.005 0.028 0.050 0.736 0.086 57 K 0.082 0.406 0.078 0.004 0.192 0.003 0.011 0.043 0.043 0.097 0.039 58 L 0.200 0.253 0.034 0.003 0.450 0.002 0.004 0.005 0.005 0.014 0.031 59 R 0.023 0.310 0.507 0.044 0.103 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 60 V 0.007 0.007 0.005 0.021 0.011 0.116 0.433 0.301 0.088 0.007 0.003 61 G 0.016 0.013 0.026 0.075 0.016 0.010 0.008 0.042 0.063 0.602 0.129 62 D 0.101 0.282 0.055 0.011 0.399 0.012 0.034 0.030 0.014 0.050 0.012 63 R 0.282 0.117 0.024 0.003 0.525 0.002 0.003 0.009 0.003 0.007 0.026 64 I 0.268 0.133 0.007 0.003 0.531 0.004 0.007 0.010 0.002 0.003 0.032 65 V 0.118 0.194 0.011 0.002 0.596 0.007 0.009 0.006 0.003 0.019 0.033 66 T 0.383 0.102 0.037 0.003 0.386 0.002 0.005 0.005 0.002 0.004 0.071 67 I 0.068 0.051 0.049 0.242 0.052 0.316 0.083 0.027 0.018 0.034 0.058 68 C 0.004 0.097 0.049 0.606 0.019 0.080 0.080 0.035 0.018 0.009 0.003 69 G 0.006 0.001 0.001 0.010 0.002 0.006 0.011 0.017 0.073 0.827 0.047 70 T 0.010 0.502 0.312 0.018 0.113 0.002 0.005 0.010 0.012 0.012 0.003 71 S 0.230 0.194 0.036 0.006 0.360 0.004 0.008 0.017 0.015 0.023 0.109 72 T 0.114 0.047 0.016 0.025 0.101 0.040 0.045 0.118 0.201 0.220 0.073 73 E 0.011 0.036 0.033 0.045 0.025 0.202 0.363 0.175 0.070 0.033 0.008 74 G 0.078 0.045 0.035 0.013 0.042 0.006 0.004 0.013 0.035 0.542 0.188 75 M 0.030 0.419 0.302 0.046 0.134 0.010 0.007 0.016 0.009 0.015 0.013 76 T 0.014 0.594 0.303 0.005 0.041 0.001 0.001 0.022 0.005 0.009 0.005 77 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.832 0.145 0.008 0.001 78 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.048 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.046 0.007 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.041 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.047 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.037 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.908 0.079 0.006 0.001 84 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.735 0.229 0.022 0.001 85 K 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.007 0.074 0.739 0.154 0.013 0.001 86 N 0.025 0.015 0.005 0.003 0.019 0.010 0.102 0.342 0.124 0.320 0.035 87 A 0.091 0.187 0.207 0.047 0.157 0.034 0.035 0.085 0.046 0.066 0.044 88 S 0.013 0.064 0.030 0.076 0.029 0.152 0.322 0.190 0.087 0.029 0.008 89 G 0.029 0.036 0.043 0.051 0.037 0.020 0.019 0.061 0.112 0.525 0.066 90 S 0.111 0.294 0.038 0.004 0.461 0.005 0.010 0.009 0.012 0.032 0.024 91 I 0.293 0.056 0.004 0.001 0.617 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 92 E 0.225 0.063 0.004 0.003 0.673 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.019 93 M 0.229 0.047 0.002 0.001 0.709 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 94 Q 0.193 0.064 0.003 0.001 0.727 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 95 V 0.338 0.055 0.004 0.001 0.560 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 96 V 0.199 0.197 0.039 0.004 0.504 0.002 0.003 0.003 0.001 0.006 0.041 97 A 0.107 0.320 0.183 0.029 0.283 0.010 0.009 0.012 0.005 0.014 0.029 98 G 0.072 0.253 0.226 0.068 0.178 0.023 0.024 0.063 0.039 0.029 0.025 99 G 0.018 0.117 0.087 0.067 0.049 0.077 0.158 0.224 0.142 0.051 0.010 100 D 0.061 0.128 0.100 0.033 0.100 0.022 0.060 0.102 0.110 0.221 0.062 101 V 0.092 0.289 0.144 0.017 0.211 0.012 0.021 0.060 0.058 0.059 0.036 102 S 0.060 0.248 0.188 0.039 0.160 0.023 0.039 0.084 0.061 0.060 0.037 103 E 0.089 0.193 0.136 0.034 0.180 0.024 0.042 0.112 0.102 0.058 0.032 104 T 0.059 0.217 0.156 0.045 0.129 0.033 0.046 0.115 0.104 0.061 0.036 105 S 0.149 0.140 0.048 0.007 0.249 0.009 0.032 0.107 0.091 0.098 0.069 106 V 0.126 0.175 0.060 0.013 0.214 0.011 0.019 0.086 0.085 0.142 0.068